SPECIFICITES DEPOBIO¶

Cette documentation mentionne les spécificités et la configuration de l’installation de l’instance nationale du Ministère de la Transition Ecologique et Solidaire (MTES), dans le cadre du projet de Depôt Légal des données de biodiversité (https://depot-legal-biodiversite.naturefrance.fr/).

Pour l’installation de GeoNature, voir la procédure d’installation de GeoNature et ses dépendances (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/docs/installation-all.rst).

Configuration Apache¶

Editez la configuration Apache de GeoNature et de TaxHub pour l’adapter au contexte de production.

Fichier /etc/apache/site-enabled/geonature.conf :

#Configuration GeoNature

Alias /saisie /home/ecrins/geonature/frontend/dist
<Directory /home/ecrins/geonature/frontend/dist>
    Require all granted
</Directory>

<Location /saisie/api>
    ProxyPass http://127.0.0.1:8000
    ProxyPassReverse  http://127.0.0.1:8000
</Location>

Fichier /etc/apache/site-enabled/taxhub.conf :

# Configuration TaxHub
RewriteEngine  on
RewriteRule    "taxhub$"  "taxhub/"  [R]
<Location /saisie/taxhub>
    ProxyPass  http://127.0.0.1:5000 retry=0
    ProxyPassReverse  http://127.0.0.1:5000
</Location>
#FIN Configuration TaxHub

Le fichier /etc/apache/site-enabled/000-default.conf doit également être édité pour faire fonctionner le load balancing (Voir la configuration de la pre-prod pour l’adapter au serveur de production).

Configuration de l’application¶

Une fois l’installation terminée, il est nécessaire d’adapter les fichiers de configuration de l’application pour les besoins spécifiques de l’instance nationale.

Lancer le script pour effectuer automatiquement la configuration de l’application :

/home/<my_user>/geonature/install/install_all/configuration_mtes.sh

Il est cependant possible de modifier ces configurations. Le fichier /home/<my_user>/geonature/config/default_config.toml.example liste l’ensemble des variables de configuration disponibles ainsi que leurs valeurs par défaut.

Editer le fichier de configuration de GeoNature pour surcoucher ces variables :

sudo nano /home/<MON_USER>/geonature/config/geonature_config.toml`

Ci-dessous, les paramètres de configuration pour l’instance de production.

Configuration globale de l’application¶

# code EPSG de la projection de la base LOCAL_SRID = ‘2154’

DEFAULT_LANGUAGE=’fr’

# url de l’application métadonnée MTD_API_ENDPOINT = ‘http://inpn.mnhn.fr/mtd’

# Nom de l’application sur la page d’acceuil appName = ‘Depôt légal de biodiviersité - saisie’

ID_APPLICATION_GEONATURE = 14

Configuration des URLS pour le CAS¶

Les URLS doivent correspondre aux informations renseignées dans la configuration Apache et au Load Balancer. Elle ne doivent pas contenir de / final.

Pour la pré-prod, ajouter le préfixe “pp-” avant saisie et taxhub (naturefrance.fr/pp-saisie, naturefrance.fr/pp-taxhub/api) et adapter la configuration Apache en conséquence.

# URL d'accès à l'application
URL_APPLICATION = 'https://depot-legal-biodiversite.naturefrance.fr/saisie'
# URL de l'API de GeoNature
API_ENDPOINT = 'https://depot-legal-biodiversite.naturefrance.fr/saisie/api'
# URL de l'API de Taxhub
API_TAXHUB = 'https://depot-legal-biodiversite.naturefrance.fr/taxhub/api'

Clé secrète¶

Mettre un clé secrète personnalisée

SECRET_KEY = '<MA_CLE_CRYPTEE>'

Configuration BDD liée à la connexion au CAS¶

[BDD]
# id du groupe dans lequel tous les utilisateurs connectés sont ajoutés
# (seul le socle 1 - droit minimum - est utilisé pour l'instance de production)
ID_USER_SOCLE_1 = 20003
ID_USER_SOCLE_2 = 20001

Connexion au CAS INPN - gestion centralisée des utilisateurs¶

Bien changer les variables ID et PASSWORD avec les bonnes valeurs.

NB : pour la pré-prod, utiliser https://preprod-inpn.mnhn.fr

[CAS_PUBLIC]
CAS_AUTHENTIFICATION = true
CAS_URL_LOGIN = 'https://inpn.mnhn.fr/auth/login'
CAS_URL_LOGOUT = 'https://inpn.mnhn.fr/auth/logout'

[CAS]
CAS_URL_VALIDATION = 'https://inpn.mnhn.fr/auth/serviceValidate'
# est ce que les utilisateurs connecté peuvent voir les donées de leur organisme
USERS_CAN_SEE_ORGANISM_DATA = false

[CAS.CAS_USER_WS]
URL = 'https://inpn.mnhn.fr/authentication/information'
ID = '<THE_INPN_LOGIN>'
PASSWORD = '<THE_INPN_PASSWORD>'

Configuration du frontend¶

Pour l’instance de pré-prod, rajouter “instance de démo” à la variable appName.

[FRONTEND]
    # Compilation du fronend en mode production
    PROD_MOD = true
    # Affichage du footer sur la page d'acceuil
    DISPLAY_FOOTER = true
    # affiche la carte des dernières observations basées sur la synthese
    DISPLAY_MAP_LAST_OBS = false
    # afficheafficher un bloc de stat basé sur la synthese
    DISPLAY_STAT_BLOC = false

Configuration de la cartographie¶

[MAPCONFIG]
BASEMAP = [
    {"name" = "IGN-topo", "layer" = "https://wxs.ign.fr/i53afxeajwaokg3gxzzhn8un/geoportail/wmts?SERVICE=WMTS&REQUEST=GetTile&VERSION=1.0.0&LAYER=GEOGRAP$
    {"name"= "IGN-Scan Express", "layer" = "https://wxs.ign.fr/i53afxeajwaokg3gxzzhn8un/geoportail/wmts?SERVICE=WMTS&REQUEST=GetTile&VERSION=1.0.0&LAYER=$
    {"name" = "IGN-Ortho", "layer" = "https://wxs.ign.fr/i53afxeajwaokg3gxzzhn8un/geoportail/wmts?SERVICE=WMTS&REQUEST=GetTile&VERSION=1.0.0&LAYER=ORTHOI$
]
# Attention: les coordonnées sont au format [Y, X] - cf leaflet configuration (https://leafletjs.com/reference-1.4.0.html#latlng-l-latlng)
CENTER = [46.52863469527167, 2.43896484375]
# Zoom par défaut
ZOOM_LEVEL = 6
# Zoom à partir duquel on peut pointer un releve
ZOOM_LEVEL_RELEVE = 15

Après chaque modification du fichier de configuration, lancez les commandes suivantes pour mettre à jour l’application (l’opération peut être longue car il s’agit de la recompilation du frontend).

Depuis le répertoire backend de GeoNature

source venv/bin/activate
geonature update_configuration
deactivate

Configuration du module Occurrence de taxon: OCCTAX¶

Le fichier de configuration du module Occtax se trouve dans le fichier <GEONATURE_DIRECTORY>/external_modules/occtax/config/conf_gn_module.toml.

Le script de configuration spécifique de l’instance nationale remplit ce fichier avec les bonnes configuration.

Voici la configuration fournie pour l’instance de production:

api_url = '/occtax'

# message sur la modale des export pour préciser les consignes pour GINCO
export_message = "<p> <b> Attention: </b> </br> Vous vous apprêtez à télécharger les données de la <b>recherche courante.</b> </br> Pour n'exporter qu'un <b>$

# format disponible pour l'export
export_available_format = ['csv', 'geojson']

# passage du champ observateur du formulaire de saisi en mode 'saisie libre'
observers_txt = true

# identifiant de la liste des taxon proposé dans le formulaire (voir table taxonomie.bib_listes et taxonomie.cor_nom_liste)
id_taxon_list = 500

# niveau de zoom à partir duquel on peut saisir un relevé sur la carte
releve_map_zoom_level = 15

# colonnes de la vue pr_occtax.export_occtax_sinp à exporter pour GINCO dépot légal
export_columns =  [
    "permId",
    "statObs",
    "nomCite",
    "dateDebut",
    "dateFin",
    "heureDebut",
    "heureFin",
    "altMax",
    "altMin",
    "cdNom",
    "cdRef",
    "dateDet",
    "comment",
    "dSPublique",
    "statSource",
    "idOrigine",
    "refBiblio",
    "obsMeth",
    "ocEtatBio",
    "ocNat",
    "ocSex",
    "ocStade",
    "ocBiogeo",
    "ocStatBio",
    "preuveOui",
    "ocMethDet",
    "preuvNum",
    "preuvNoNum",
    "obsCtx",
    "permIdGrp",
    "methGrp",
    "typGrp",
    "denbrMax",
    "denbrMin",
    "objDenbr",
    "typDenbr",
    "obsId",
    "obsNomOrg",
    "detId",
    "detNomOrg",
    "orgGestDat",
    "WKT",
    "natObjGeo"
    ]

Le fichier <GEONATURE_DIRECTORY>/external_modules/occtax/config/conf_gn_module.toml.example liste l’ensemble des variables de configuration du module Occtax ainsi que leurs valeurs par défault.

Après chaque modification du fichier de configuration, lancez les commandes suivantes pour mettre à jour l’application (l’opération peut être longue car il s’agit de la recompilation du frontend).

Depuis le répertoire backend de GeoNature

source venv/bin/activate
geonature update_module_configuration occtax
deactivate

Pour plus d’information sur la configuration du module Occtax, voir la documentation concernant le module (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/docs/admin-manual.rst#module-occtax).

Référentiel géographique¶

Sur l’instance nationale on charge dans le référentiel géographique l’ensemble des communes du territoire français, ainsi qu’un MNT (modèle numérique de terrain) national de résolution 250m (pour le calcul automatique des altitudes pour chaque observation).

http://geonature.fr/docs/img/admin-manual/design-geonature-mtes.png

Authentification CAS INPN¶

Connexion et droits dans GeoNature¶

A chaque connexion via le CAS INPN on récupère l’ID_Utilisateur. On ajoute cet utilisateur dans la base de données de GeoNature (utilisateurs.t_roles et utilisateurs.bib_organisme) et on lui affecte des droits CRUVED par défaut.
On assigne à l’utilisateur le « socle 1 » (C1-R1-V0-E1-D1). Il pourra voir seulement les données qu’il a saisi lui-même et les JDD qu’il a créé dans MTD.

NB sur la gestion des droits dans GeoNature :

6 actions sont possibles dans GeoNature : Create / Read / Update / Validate / Export / Delete (aka CRUVED).
3 portées de ces actions sont possibles : Mes données / Les données de mon organisme / Toutes les données.

Récupération des JDD¶

Grâce à l’API de MTD, il est désormais possible d’ajouter les jeux de données (et des cadres d’acquisition) créés dans MTD dans la BDD GeoNature.

On récupère la liste des JDD créés par l’utilisateur grâce à l’API MTD au chargement de la liste déroulante des JDD : https://xxxxx/cadre/jdd/export/xml/GetRecordsByUserId?id=<ID_USER>
On récupère l’UUID du cadre CA associé au JDD dans le XML renvoyé et on fait appel au l’API MTD pour récupérer le fichier XML du CA : https://xxxxx/cadre/export/xml/GetRecordById?id=<UUID>
On ajoute le CA dans la table gn_meta.t_acquisition_framwork et les JDD dans la table gn_meta.t_datasets. Si le CA ou les JDD sont modifiés dans MTD, ils seront également modifiés dans le BDD GeoNature.
Dans la table gn_meta.cor_dataset_actor on fait le lien entre les acteurs et le JDD. On ajoute l’utilisateur qui a créé le JDD comme “Point de contact principal” du JDD. Si on dispose de l’ID_Organisme de l’utilisateur, on ajoute également l’organisme comme “Point de contact principal” du JDD.
Pour remplir cette table on ne prend pas les infos renvoyés par le XML JDD sous l’intitulé « Acteur » puisque l’ID_Organisme ou l’ID_Acteur n’est pas renseigné. (Dans la table gn_meta.cor_dataset_actor, il faut obligatoirement un ID).
La question de la suppresion de JDD et des CA n’est pas résolue. Si un JDD est supprimé dans MTD, qu’est-ce qu’on fait des données associées a celui-ci dans GeoNature ?

Module Synthese¶

Sur l’instance DEPOPBIO le module synthese a été désactivé en mettant un CRUVED à 0 au groupe socle 1 et socle 2 pour le module.

  INSERT INTO gn_permissions.cor_role_action_filter_module_object
  (
  id_role,
  id_action,
  id_filter,
  id_module,
  id_object
  )
  VALUES
  -- synthese pour socle 1
  (20003, 1, 1, 17, 1),
  (20003, 2, 1, 17, 1),
  (20003, 3, 1, 17, 1),
  (20003, 4, 1, 17, 1),
  (20003, 5, 1, 17, 1),
  (20003, 6, 1, 17, 1),
 -- synthese socle 2
  (20001, 1, 1, 17, 1),
  (20001, 2, 1, 17, 1),
  (20001, 3, 1, 17, 1),
  (20001, 4, 1, 17, 1),
  (20001, 5, 1, 17, 1),
  (20001, 6, 1, 17, 1),
-- admin socle 2
  (20003, 1, 1, 19, 1),
  (20003, 2, 1, 19, 1),
  (20003, 3, 1, 19, 1),
  (20003, 4, 1, 19, 1),
  (20003, 5, 1, 19, 1),
  (20003, 6, 1, 19, 1),
-- admin socle 2
  (20001, 1, 1, 19, 1),
  (20001, 2, 1, 19, 1),
  (20001, 3, 1, 19, 1),
  (20001, 4, 1, 19, 1),
  (20001, 5, 1, 19, 1),
  (20001, 6, 1, 19, 1),
-- meta socle 2
  (20003, 1, 1, 20, 1),
  (20003, 2, 1, 20, 1),
  (20003, 3, 1, 20, 1),
  (20003, 4, 1, 20, 1),
  (20003, 5, 1, 20, 1),
  (20003, 6, 1, 20, 1),
-- meta socle 2
  (20001, 1, 1, 20, 1),
  (20001, 2, 1, 20, 1),
  (20001, 3, 1, 20, 1),
  (20001, 4, 1, 20, 1),
  (20001, 5, 1, 20, 1),
  (20001, 6, 1, 20, 1)
;

Les triggers d’insertion du module Occtax vers le module Synthese ont également été désactivés.

ALTER TABLE pr_occtax.t_releves_occtax DISABLE TRIGGER tri_update_synthese_t_releve_occtax;
ALTER TABLE pr_occtax.t_releves_occtax DISABLE TRIGGER tri_delete_synthese_t_releve_occtax;

ALTER TABLE pr_occtax.t_occurrences_occtax DISABLE TRIGGER tri_update_synthese_t_occurrence_occtax;
ALTER TABLE pr_occtax.t_occurrences_occtax DISABLE TRIGGER tri_delete_synthese_t_occurrence_occtax;

ALTER TABLE pr_occtax.cor_counting_occtax DISABLE TRIGGER tri_insert_synthese_cor_counting_occtax;
ALTER TABLE pr_occtax.cor_counting_occtax DISABLE TRIGGER tri_update_synthese_cor_counting_occtax;
ALTER TABLE pr_occtax.cor_counting_occtax DISABLE TRIGGER tri_delete_synthese_cor_counting_occtax;