MANUEL UTILISATEUR

Authentification

Accéder à l’application de démonstration à l’adresse http://demo.geonature.fr/geonature.

Connectez-vous avec l’utilisateur admin et le mot de passe admin.

Accueil

Vous accédez alors à la page d’accueil de l’application GeoNature.

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/01-home-MTES.jpg

Le Menu de navigation à gauche permet d’accéder aux différents modules de l’application.

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/01-home-menu.jpg

Le bouton à gauche du nom de la page permet de rabattre ou d’ouvrir le Menu de navigation.

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/01-home-sidebar.jpg

Un bouton en haut à droite permet de se déconnecter de l’application.

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/01-home-logout.jpg

OccTax

Ce module permet de saisir des données selon le standard Occurrence de taxon du SINP (https://inpn.mnhn.fr/telechargement/standard-occurrence-taxon).

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/2018-09-geonature-occtax.gif

Les données sont organisées en relevés (localisation, jeu de données, date, observateur…) qui sont composés d’observations d’un ou plusieurs taxons (méthode, état, statut, détermination…).

Pour chaque taxon observé, il est possible de renseigner un ou plusieurs dénombrements.

Chaque dénombrement correspond à un stade de vie et un sexe.

Chaque relevé est associé à un jeu de données. Pour saisir dans un jeu de données, il faut donc que vous ayez créé au préalable les jeux de données dans l’application Métadonnées (MTD) du SINP.

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/02-occtax.jpg

Quand on accède au module OccTax, celui-ci affiche vos données présentes dans le module, sur la carte ainsi que dans une liste.

La carte et la liste sont interactives.

Il est possible de se déplacer et de zoomer dans la carte (avec la souris et la molette ou les bouton + et -).

Il est aussi possible de changer le fond de carte affiché.

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/02-occtax-layers.jpg

Les relevés affichés peuvent être filtrés.

Le premier filtre permet de limiter les relevés à ceux contenant un taxon en particulier.

Pour sélectionner un taxon, saisir au moins 3 lettres de l’espèce (en français ou en latin).

Il est aussi possible de saisir les premières lettres de l’espèce et de la sous-espèce.

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/02-occtax-filters.jpg

Il est possible de filtrer la liste des taxons par règne, en affichant le filtre :

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/02-occtax-filters-regne.jpg

Il est possible d’afficher des filtres complémentaires, et de supprimer les filtres existants :

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/02-occtax-filters-more.jpg

Cela permet de filtrer sur tous les champs du module :

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/02-occtax-filters-more-tools.jpg

Selon les droits dont vous disposez, il est possible d’afficher, de modifier ou de supprimer un relevé :

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/02-occtax-tools.jpg

Sur la liste, il est également possible de modifier les colonnes affichées :

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/02-occtax-modify-columns.jpg http://geonature.fr/docs/img/user-manual/02-occtax-modify-columns-2.jpg

Afficher un relevé

Si vous affichez un relevé, vous accéderez à sa fiche complète :

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/03-occtax-detail.jpg

Si vous cliquez sur un des taxons observés dans ce relevé, cela affichera le détail de l’observation du taxon :

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/03-occtax-detail-info.jpg

Vous pouvez aussi consulter les dénombrements du taxon observé :

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/03-occtax-detail-counting.jpg

Il est aussi possible d’afficher les informations géographiques liées au relevé :

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/03-occtax-detail-geo-button.jpg http://geonature.fr/docs/img/user-manual/03-occtax-detail-geo.jpg

Selon les droits dont vous disposez, il est possible de modifier un relevé directement depuis sa fiche Détail :

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/03-occtax-detail-edit.jpg

Ajouter un relevé

Depuis la liste des relevés, cliquer sur le bouton de création d’un relevé :

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/05-occtax-create.jpg

Vous accédez alors à un formulaire de saisie à compléter :

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/05-occtax-add.jpg

Commencez par localiser le relevé, sous forme de point (en cliquant sur la carte ou en saisissant les coordonnées GPS du point) :

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/05-occtax-create-point.jpg

De ligne (en recliquant sur le dernier point de la ligne pour la terminer) :

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/05-occtax-create-line.jpg

Ou de polygone (en recliquant sur le premier point du polygone pour le terminer) :

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/05-occtax-create-polygon.jpg

Les localisations peuvent être modifiées.

Pour les points, il suffit de les déplacer ou de recliquer ailleurs sur la carte.

Pour les lignes et les polygones, il faut cliquer sur le bouton de modification.

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/05-occtax-create-polygon-edit.jpg

Vous pouvez alors déplacer les sommets existants ou en créer de nouveaux pour affiner le tracé en cliquant sur les sommets transparents.

Cliquer sur SAVE pour enregistrer les modifications apportées à une ligne ou un polygone.

Les altitudes minimum et maximum du relevé sont calculées automatiquement mais peuvent être modifiées manuellement.

Les informations géographiques du relevé (communes notamment) sont aussi calculées automatiquement.

Pour les afficher, il faut cliquer sur le bouton d’information :

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/03-occtax-detail-geo-button.jpg http://geonature.fr/docs/img/user-manual/05-occtax-create-geo.jpg

Une fois les informations du relevé renseignées (observateurs, jeu de données, date et commentaire optionnel), vous pouvez ajouter un premier taxon à celui-ci en cliquant sur Ajouter un taxon sur ce relevé :

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/05-occtax-add-taxon.jpg http://geonature.fr/docs/img/user-manual/05-occtax-create-taxon.jpg

Pour sélectionner un taxon, saisissez au moins les 3 premières lettres de son nom latin ou français.

Vous pouvez aussi saisir les 3 premières lettres de l’espèce et de la sous-espèce.

Renseignez ensuite les autres champs relatifs au taxon. Les valeurs proposées dans les listes dépendent du rang et du groupe du taxon selectionné :

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/05-occtax-create-taxon-plus.jpg

Des valeurs par défaut sont renseignées pour certains.

Vous pouvez ensuite renseigner un ou plusieurs dénombrements pour le taxon observé.

Par défaut, un dénombrement indéterminé d’un individu est renseigné :

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/05-occtax-create-taxon-counting.jpg

Une fois le taxon renseigné, cliquer sur VALIDER LE TAXON pour l’enregistrer :

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/05-occtax-create-taxon-save.jpg

Vous pouvez alors :

  • Modifier le taxon enregistré
  • Supprimer le taxon enregistré
  • Ajouter un autre taxon au relevé
  • Enregistrer le relevé pour revenir à la liste des relevés.

Pour ajouter un taxon au relevé, il faut cliquer sur Ajouter un taxon sur ce relevé et le renseigner comme le précédent :

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/05-occtax-create-taxon-2.jpg

Modifier un relevé

Si vous modifiez un relevé existant, vous accédez à sa fiche renseignée, sur laquelle vous pouvez modifier la localisation, les informations du relevé, les taxons observés et leurs dénombrements :

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/04-occtax-edit.jpg

Vous pouvez ajouter un taxon au relevé en cliquant sur Ajouter un taxon sur ce relevé :

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/04-occtax-edit-taxon.jpg

Ou modifier une observation existante d’un taxon en le selectionnant dans la liste des taxons déjà enregistrés :

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/04-occtax-edit-taxon-list.jpg http://geonature.fr/docs/img/user-manual/04-occtax-edit-taxon-2.jpg

Exports

Une fois que vous avez saisi vos relevés et observations depuis le formulaire, vous pouvez exporter ces données en CSV selon le standard Occurrence de taxon du SINP.

Deux méthodes sont possibles pour exporter les données :

  • Depuis le module “Occtax”

Depuis la liste de vos relevés de l’interface carte-liste, filtrez d’abord vos relevés par jeu de données (ou autre) et cliquez sur le bouton Rechercher.

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/06-occtax-search-bar.jpg

Puis cliquez sur le bouton Télécharger les données en bas de la liste des relevés.

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/06-occtax-download-data.jpg

Une fenêtre s’ouvre, fournissant des informations sur le téléchargement des données. Selectionnez ensuite le format CSV pour GINCO :

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/06-occtax-download.jpg
  • Depuis le module d’export :

    Les exports se font par jeu de données.

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/06-export.jpg

Vous obtenez alors un CSV par jeu de données.

Pour disposer dans l’export de toutes les informations saisies, une ligne correspond à un dénombrement d’un taxon.

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/06-export-csv.jpg

Synthèse

Ce module permet de consulter, rechercher et exporter les données provenant des différentes sources et protocoles avec leur tronc commun, basé sur le standard Occurrences de taxon du SINP (https://inpn.mnhn.fr/telechargement/standard-occurrence-taxon).

Il permet aussi d’afficher la fiche détaillée de chaque occurrence et de revenir à sa fiche source si elle a été saisie dans un module de GeoNature.

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/2018-09-geonature-synthese.gif

Accéder à la synthèse

Cliquez sur le module Synthèse, dans le menu de navigation :

https://geonature.fr/docs/img/user-manual/synthese/01-acces-synthese.jpg

Présentation de la synthèse

La page principale de la synthèse est composée de 3 blocs :

  • Rechercher dans les résultats
  • Visualiser les résultats sur la carte
  • Visualiser les résultats en liste
https://geonature.fr/docs/img/user-manual/synthese/02-presentation-synthese.jpg

Par défaut, la synthèse affiche les 100 observations les plus récentes. Il est possible d’accéder aux données souhaitées en appliquant un ensemble de filtres.

Détail d’une observation

Il est possible d’accéder au détail d’une observation en cliquant sur le symbole (i) à gauche d’une observation. Le détail d’une observation correspond à l’ensemble des informations contenues dans la synthèse pour cette observation.

Une observation au sens de la synthèse ne correspond pas tout à fait à la donnée saisie initialement. C’est une représentation simplifiée et unifiée des données qui repose sur le standard SINP et qui répond aux questions suivantes :

  • Où ?
  • Quand ? : Date et heure de l’observation
  • Qui ? : Observateur
  • Quoi ? : Taxon, nombre et type d’individus, état biologique, …
  • Dans quel cadre ?

Toutes les données de la synthèse sont ramenées au niveau du dénombrement de taxon (exemple : 1 individu mâle adulte de Chevêche). Si une occurrence est constituée de 2 dénombrements, il y aura 2 enregistrements dans la synthèse (exemple : 1 individu mâle adulte et 1 individu femelle indéterminée de Chevêche).

https://geonature.fr/docs/img/user-manual/synthese/03-detail-synthese.jpg

Rechercher des observations

1. Filtrer les données géographiquement :

Il y a 3 façons de filtrer géographiquement les données :

  • en sélectionnant une commune
  • en dessinant une zone sur la carte à l’aide des outils de dessin (rectangle, polygone ou cercle)
  • en important un fichier de la zone

Filtrer par communes :

Dans le panneau filtre :

  • cliquez sur le champ Communes
  • saisissez les premières lettre de la commune
  • sélectionnez la commune souhaitée

Il est possible de sélectionner plusieurs communes.

https://geonature.fr/docs/img/user-manual/synthese/04-recherche-communes.jpg

Dessiner une zone :

Sur la carte, choisir un outil de dessin (rectangle, polygone ou cercle) et réaliser votre selection sur la carte.

https://geonature.fr/docs/img/user-manual/synthese/05-recherche-polygone.jpg

Après avoir dessiné une zone, il est nécessaire de cliquer sur le bouton Rechercher.

Importer un fichier :

Il est possible d’importer une/des zone(s) de sélection directement à partir d’un fichier GeoJson.

Vous pouvez préparer ce fichier avec QGIS depuis un fichier SHP ou autre. Le fichier doit être enregistré au format GeoJson (projection 4326).

Sur la couche souhaitée :

  • Faire un clic droit sur la couche puis sélectionner Exporter > Sauvegarder les entités sous…
https://geonature.fr/docs/img/user-manual/synthese/06-qgis-geojson.jpg
  • Enregistrer le fichier en sélectionnant les bons paramètres :
    • Format : GeoJson
    • SCR : WGS 84 (4326)
    • Pour des questions de performance il est possible de ne pas exporter les données attributaires
https://geonature.fr/docs/img/user-manual/synthese/06b-qgis-geojson.jpg

Importer le fichier dans la synthèse GeoNature :

  • Cliquer sur l’icône ouvrir un fichier
  • Sélectionner le fichier
  • La ou les zone(s) apparaissent sur la carte
  • Lancer la recherche
https://geonature.fr/docs/img/user-manual/synthese/07-filtre-geojson.jpg

2. Filtrer les données via la taxonomie

Il est possible de rechercher les données en utilisant des critères taxonomiques, en recherchant soit sur un taxon ou un groupe taxonomique en particulier, soit en se basant sur des critères taxonomiques (statut de protection, attributs)

Recherche simple :

Dans le panneau filtre :

  • cliquez sur le champ taxon
  • saisissez les premières lettre du taxon
  • sélectionnez le taxon souhaité

Il est possible de sélectionner plusieurs taxons.

https://geonature.fr/docs/img/user-manual/synthese/08-filtre-taxons.jpg

Recherche avancée :

Dans le panneau filtre dans la section « Quoi ? » cliquer sur Avancé.

Vous pourrez :

  • Sélectionner un ou des groupes taxonomiques (exemple Chiroptera)
  • Filtrer sur les listes rouge UICN,…
  • Filtrer sur des attributs spécifiés dans TaxHub : patrimonialité, enjeu prioritaire, …
https://geonature.fr/docs/img/user-manual/synthese/08-filtre-taxons-avances.jpg

3. Autres filtres

Il est également possible de filtrer :

  • sur une date ou une période donnée
  • sur un observateur
  • sur un jeu de données
https://geonature.fr/docs/img/user-manual/synthese/09-filtre-autres.jpg

Admin

Il permet aussi de gérer les permissions (CRUVED et autres filtres) et les nomenclatures (typologies et vocabulaires) utilisées dans les différents modules de GeoNature

http://geonature.fr/docs/img/user-manual/2018-09-geonature-admin.gif

Metadonnées

Ce module permet de gérer les métadonnées (Cadres d’acquisition et jeux de données), basées sur le standard Métadonnées du SINP (http://standards-sinp.mnhn.fr/category/standards/metadonnees/).