MANUEL ADMINISTRATEUR

Architecture

GeoNature possède une architecture modulaire et s’appuie sur plusieurs “services” indépendants pour fonctionner :

UsersHub et son sous-module d’authentification Flask (https://github.com/PnX-SI/UsersHub-authentification-module) sont utilisés pour gérer le schéma de BDD ref_users (actuellement nommé utilisateurs) et l’authentification. UsersHub permet une gestion centralisée de ses utilisateurs (listes, organismes, droits), utilisable par les différentes applications de son système d’information.
TaxHub (https://github.com/PnX-SI/TaxHub) est utilisé pour la gestion du schéma de BDD ref_taxonomy (actuellement nommé taxonomie). L’API de TaxHub est utilisée pour récupérer des informations sur les espèces et la taxonomie en général.
Un sous-module Flask (https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module/) a été créé pour une gestion centralisée des nomenclatures (https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module/), il pilote le schéma ref_nomenclature.
ref_geo est le schéma de base de données qui gère le référentiel géographique. Il est utilisé pour gérer les zonages, les communes, le MNT, le calcul automatique d’altitude et les intersections spatiales.

GeoNature a également une séparation claire entre le backend (API: intéraction avec la base de données) et le frontend (interface utilisateur). Le backend peut être considéré comme un “service” dont se sert le frontend pour récupérer ou poster des données. NB : Le backend et le frontend se lancent séparément dans GeoNature.

Base de données

Dans la continuité de sa version 1, GeoNature V2 utilise le SGBD PostgreSQL et sa cartouche spatiale PostGIS. Cependant l’architecture du modèle de données a été complétement revue.

La base de données a notamment été refondue pour s’appuyer au maximum sur des standards, comme le standard d’Occurrences de taxons du SINP (Voir http://standards-sinp.mnhn.fr/category/standards/occurrences-de-taxons/).

La base de données a également été traduite en Anglais et supporte désormais le multilangue.

Les préfixes des schémas de BDD sont désormais standardisés : ref_ concerne les référentiels externes, gn_ concerne les schémas du coeur de GeoNature et pr_ les schémas des protocoles.

Autres standards :

Noms de tables, commentaires et fonctions en anglais
Pas de nom de table dans les noms de champs
Nom de schema éventuellement dans nom de table

Schéma simplifié de la BDD :

http://geonature.fr/docs/img/admin-manual/GN-schema-BDD.jpg

En jaune, les schémas des réferentiels.
En rose, les schémas du coeur de GeoNature
En bleu, les schémas des protocoles et sources de données
En vert, les schémas des applications pouvant interagir avec le coeur de GeoNature

Depuis la version 2.0.0-rc.4, il faut noter que les droits (CRUVED) ont été retirés du schéma utilisateurs (ref_users) de UsersHub pour l’intégrer dans GeoNature dans un schéma gn_permissions, à ajouter en rose.

Modèle simplifié de la BDD (2017-12-15) :

_images/2017-12-15-GN2-MCD-simplifie.jpg

Dernière version complète de la base de données (GeoNature 2.1 / 2019-08) :

Les relations complexes entre les schémas ont été grisées pour faciliter la lisibilité.

Administration avec Alembic

À partir de la version 2.7.5 de GeoNature, la gestion du schéma de la base de données se fait avec l’outil Alembic. Celui-ci fonctionne grâce à des fichiers de migration qui sont appliqués de manière atomique (via une transaction) à la base de données, leur application étant enregistré dans la table public.alembic_version permettant en chaque instant de savoir dans quel état la base de données se trouve.

Les fichiers de migrations de GeoNature se trouve dans le dossier backend/geonature/migrations/versions/. Il est possible pour n’importe quelle dépendance ou module GeoNature de fournir également des fichiers de migrations. Pour que ceux-ci soient détectés par Alembic, il suffira de définir un point d’entrée dans le setup.py de la dépendance ou du module concerné :

setuptools.setup(
    …,
    entry_points={
        'alembic': [
            'migrations = my_module:migrations',
        ],
    },
    …
)

Il est également possible de spécifier l’emplacement de révisions Alembic manuellement dans la configuration de GeoNature. Cela est nécessaire entre autre pour UsersHub afin de pouvoir manipuler son schéma alors que UsersHub n’est usuellemment pas installé dans le venv de GeoNature (seul UsersHub-authentification-module l’est) :

[ALEMBIC]
VERSION_LOCATIONS = '/path/to/usershub/app/migrations/versions'

Les commandes Alembic sont disponible grâce à la sous-commande db de la commande geonature :

$ geonature db --help

Chaque fichier de migration est caractérisé par :

un identifiant, e.g. f06cc80cc8ba
une branche : Les branches permettent de séparer les fichiers de migrations afin de pouvoir les appliquer séparement. Par exemple, pour un déploiement de TaxHub sans GeoNature, il peut être intéressant de créer le schéma taxonomie sans créer les schémas de GeoNature, et ainsi gérer indépendamment les migrations de chaque schéma.
un ancêtre : Lorsqu’un fichier de migration représente l’évolution d’un état antérieur de la base de données, l’ancêtre indique dans quelle version la base de données doit se trouver avant d’appliquer le-dis fichier de migration.
des dépendances : Il est possible d’indiquer qu’une migration nécessite qu’une ou plusieurs autres migrations aient été préalablement appliquées. Par exemple, ceci permet d’indiquer que le schéma de GeoNature nécessite les schémas taxonomie et utilisateurs.

La commande heads permet de lister l’ensemble des branches disponibles, ainsi que la dernière révision disponible pour chaque branche :

$ geonature db heads
e0ac4c9f5c0a (ref_geo) (effective head)
7077aa76da3d (geonature) (head)
586613e2faeb (ref_geo_inpn_grids_1) (head)
1715cf31a75d (ign_bd_alti) (effective head)
3d0bf4ee67d1 (geonature-samples) (head)
0dfdbfbccd63 (ref_geo_fr_municipalities) (head)
7d6e98441e4c (ref_geo_inpn_grids_5) (head)
87651375c2e8 (ign_bd_alti_vector) (head)
3fdaa1805575 (ref_geo_fr_departments) (effective head)
ede150d9afd9 (ref_geo_inpn_grids_10) (head)
3842a6d800a0 (sql_utils) (effective head)
951b8270a1cf (utilisateurs) (effective head)
72f227e37bdf (utilisateurs-samples) (effective head)
f5436084bf17 (nomenclatures_taxonomie) (effective head)
6015397d686a (nomenclatures) (effective head)
96a713739fdd (nomenclatures_inpn_data) (effective head)
a763fb554ff2 (nomenclatures_taxonomie_inpn_data) (effective head)
4fb7e197d241 (taxonomie) (effective head)
aa7533601e41 (taxonomie_attributes_example) (head)
3fe8c07741be (taxhub-admin) (head)
8222017dc3f6 (taxonomie_taxons_example) (head)
f61f95136ec3 (taxonomie_inpn_data) (effective head)
fa5a90853c45 (taxhub) (effective head)
46e91e738845 (habitats_inpn_data) (effective head)
62e63cd6135d (habitats) (effective head)

La commande history permet de lister l’ensemble de fichier de révisions. Il est également possible de lister les révisions devant être appliqué pour passer d’un état à un autre. Par exemple, voici la liste des révisions à appliquer pour passer d’une base de données vierge (base) à une base avec la branche nomenclatures_inpn_data à jour (head) :

$ geonature db history -r base:nomenclatures_inpn_data@head
<base> (6015397d686a) -> 96a713739fdd (nomenclatures_inpn_data) (effective head), insert inpn data in ref_nomenclatures
<base> (fa35dfe5ff27, 3842a6d800a0) -> 6015397d686a (nomenclatures) (effective head), create ref_nomenclature schema 1.3.9
<base> -> 3842a6d800a0 (sql_utils) (effective head), Add public shared functions
<base> -> fa35dfe5ff27 (utilisateurs), utilisateurs schema 1.4.7 (usershub 2.1.3)

Si vous avez déjà une base de données existante correspondant à une installation de GeoNature en version 2.7.5 et que vous passez à Alembic, vous pouvez l’indiquer grâce à la commande suivante :

$ geonature db stamp f06cc80cc8ba

Il est possible que votre base de données contiennent quelques données supplémentaires (référentiel géographique des communes, …), qu’il faut donc indiquer à Alembic aussi. Reportez-vous aux notes de versions de la release 2.8.0 de GeoNature afin de consulter la liste des révisions à éventuellement « stamper ».

Vous pouvez demander à Alembic dans quel état se trouve votre base de données avec la commande current :

$ geonature db current
62e63cd6135d (effective head)
f06cc80cc8ba
3842a6d800a0 (effective head)
9c2c0254aadc
72f227e37bdf (effective head)
fa35dfe5ff27
6015397d686a (effective head)
6afe74833ed0
a763fb554ff2 (effective head)
f5436084bf17 (effective head)
46e91e738845 (effective head)
f61f95136ec3 (effective head)
96a713739fdd (effective head)

La liste obtenue contient, pour chaque branche, la dernière migration appliqué. Notons toutefois que Alembic ne stoque pas l’ensemble de cette liste dans la table public.alembic_revision, mais se restreint uniquement aux migrations dont l’application ne peut être déduit des indications de dépendances.

Il est possible que d’afficher les informations liées à une révision avec la commande show :

$ geonature db show f06cc80cc8ba
Rev: f06cc80cc8ba
Parent: <base>
Also depends on: 72f227e37bdf, a763fb554ff2, 46e91e738845, 6afe74833ed0
Branch names: geonature
Path: backend/geonature/migrations/versions/f06cc80cc8ba_2_7_5.py

    geonature schemas 2.7.5

    Revision ID: f06cc80cc8ba
    Create Date: 2021-08-10 14:23:55.144250

L’absence de l’indication (head) à côté du numéro de révision indique qu’il ne s’agit pas de la dernière révision disponible pour la branche geonature. Vous pouvez alors mettre à jour cette branche avec la commande upgrade :

$ geonature db upgrade geonature@head

Il est possible de monter des branches optionnelles pour, par exemple, bénéficier des mailles 10×10 dans son référentiel géographique :

$ geonature db upgrade ref_geo_inpn_grids_10@head -x data-directory=./tmp_geo

L’ensemble des branches disponible est décrit dans la sous-section ci-après.

L’argument -x permet de fournir des variables à usage des fichiers de migrations. Dans le cas des migrations de données de zones géographiques, celles-ci supporte la variable data-directory permettant de spécifier où doivent être cherché et éventuellement téléchargé les données géographiques. Si l’argument n’est pas spécifié, un dossier temporaire, supprimé à la fin de la procédure, sera utilisé.

Pour supprimer les mailles 10×10 de son référentiel géographique, on utilisera :

$ geonature db downgrade ref_geo_inpn_grids_10@base

Dans le cas d’une branche contenant plusieurs migrations, on pourra appliquer ou dé-appliquer chaque migration individuellement avec upgrade branch@+1 ou downgrade branch@-1. Il est également possible de référencer directement un numéro de migration.

Si l’on souhaite appliquer une migration manuellement, ou si l’on souhaite la modifier, il est possible de passer l’argument --sql aux commandes upgrade et downgrade afin de récupérer le code SQL de la migration. Cela ne fonctionne toutefois pas avec certaines migrations telles que les migrations de données géographique en raison d’import SQL nécessitant de manipuler directement le curseur SQLAlchemy.

Pour créer un nouveau fichier de migration afin d’y placer ses évolutions de la base de données, on utilisera la commande suivante :

$ geonature db revision -m "add table gn_commons.t_foo" --head geonature@head
  Generating […]/backend/geonature/migrations/versions/31250092bce3_add_table_gn_commons_t_foo.py ...  done

La documentation d’Alembic liste les opérations prises en charge. Certaines opérations complexes telles que la création de trigger ne sont pas prévu, mais il reste toujours possible d’executer du SQL directement avec l’opérateur op.execute.

Description des branches

Cette section liste les branches Alembic disponibles et leur impacte sur la base de données.

sql_utils : Fournie quelques fonctions SQl utilitaires dans le schéma public. Fournie par Utils-Flask-SQLAlchemy.
geonature : Crée les schémas propres à GeoNature (gn_commons, gn_synthese, …).
geonature-samples : Insert quelques données d’exemple en base.
taxonomie : Crée le schéma taxonomie. Fournie par TaxHub.
taxonomie_inpn_data : Insert le référentiel TAXHUBv14 en base. Fournie par TaxHub.
taxonomie_attributes_example : Insert quelques attributs d’exemple en base. Fournie par TaxHub.
taxonomie_taxons_example : Insert quelques taxons d’exemple en base. Fournie par TaxHub.
nomenclatures : Crée le schéma ref_nomenclatures. Fournie par Nomenclature-api-module.
nomenclatures_inpn_data : Insert le référentiel des nomenclatures de l’INPN en base. Fournie par Nomenclature-api-module.
nomenclatures_taxonomie : Complète le schéma ref_nomenclatures pour accueillir les nomenclatures liées à la taxonomie.
nomenclatures_taxonomie_inpn_data : Insert les nomenclatures liées à la taxonomie en base.
utilisateurs : Installe le schéma utilisateurs. Fournie par UsersHub-authentification-module.
utilisateurs-samples : Insert des données d’exemples (utilisateurs, groupes) dans le schéma utilisateurs. Fournie par UsersHub-authentification-module.
habitats : Crée le schéma ref_habitats. Fournie par Habref-api-module.
habitats_inpn_data : Insert le référentiel HABREF de l’INPN en base. Fournie par Habref-api-module.
ref_geo : Crée le schéma ref_geo.

Si vous utilisez TaxHub, vous pouvez être intéressé par les branches suivantes :

taxhub : Déclare l’application TaxHub dans la liste des applications. Fournie par TaxHub.
taxhub-admin : Associe le groupe « Grp_admin » issue des données d’exemple à l’application UsersHub et au profil « Administrateur » permettant aux utilisateurs du groupe de se connecter à TaxHub. Fournie par TaxHub.

Si vous utilisez UsersHub, vous pouvez être intéressé par les branches suivantes :

usershub : Déclare l’application UsersHub dans la liste des applications. Fournie par UsersHub.
usershub-samples : Associe le groupe « Grp_admin » issue des données d’exemple à l’application UsersHub et au profil « Administrateur » permettant aux utilisateurs du groupe de se connecter à UsersHub. Fournie par UsersHub.

Les branches ci-après sont totalement optionnelles :

ref_geo_inpn_grids_1 : Insert les mailles 1×1 km (INPN) dans le référentiel géographique (type de zone M1).
ref_geo_inpn_grids_5 : Insert les mailles 5×5 km (INPN) dans le référentiel géographique (type de zone M5).
ref_geo_inpn_grids_10 : Insert les mailles 10×10 km (INPN) dans le référentiel géographique (type de zone M10).
ref_geo_fr_municipalities : Insert les municipalités française (IGN février 2020) dans le référentiel géographique (type de zone COM).
ref_geo_fr_departments : Insert les départements français (IGN février 2020) dans le référentiel géographique (type de zone DEP).
ign_bd_alti : Insert le modèle numérique de terrain (MNT) de l’IGN en base.
ign_bd_alti_vector : Vectorise le MNT.

Note : pour plusieurs fichiers de révisions, notamment lié au référentiel géographique ou nécessitant des données INPN, il est nécessaire de télécharger des ressources externes. Il est possible d’enregistrer les données téléchargé (et ne pas les re-télécharger si elles sont déjà présentes) avec -x data-directory=… :

$ geonature db upgrade …@head -x data-directory=./data/

Gestion des droits

Les comptes des utilisateurs, leur mot de passe, email, groupes et leur accès à l’application GeoNature est géré de manière centralisée dans UsersHub. Pour qu’un rôle (utilisateur ou groupe) ait accès à GeoNature, il faut lui attribuer un profil de “Lecteur” dans l’application GeoNature, grâce à l’application UsersHub.

La gestion des droits (permissions) des rôles, spécifique à GeoNature, est ensuite gérée dans un schéma (gn_permissions) et un module de GeoNature dédié. Les permissions des groupes et utilisateurs peuvent en effet être administrées dans le module “Admin / Administration des permissions” de GeoNature. Dans la version 1 de GeoNature, il était possible d’attribuer des droits selon 6 niveaux à des rôles (utilisateurs ou groupes). Pour la version 2 de GeoNature, des évolutions ont été réalisées pour étendre les possibilités d’attribution de droits et les rendre plus génériques.

La gestion des droits dans GeoNature, comme dans beaucoup d’applications, est liée à des actions (Create / Read / Update / Delete aka CRUD). Pour les besoins métiers de l’application nous avons rajouté deux actions : “Valider” et “Exporter”, ce qui donne le CRUVED : Create / Read / Update / Validate / Export / Delete.

Sur ces actions, on va pouvoir appliquer des filtres de manière générique.

Le filtre le plus courant est celui de la “portée”. On autorise des actions à un utilisateur sur une portée : “Ses données”, “Les données de son organisme”, “Toutes les données”.

Exemple :

Utilisateur 1 peut effectuer l’action “DELETE” sur la portée “SES DONNEES”
Utilisateur Admin peut effectuer l’action “UPDATE” sur la portée “TOUTES LES DONNEES”

Les autres filtres possibles sont liés à la précisions des données, les groupes taxonomiques ou des entités géographiques :

Exemple :

Utilisateur 1 peut effectuer l’action “READ” sur “LES DONNES DEGRADEES”
Utilisateur admin peut effectuer l’action “READ” sur “LES DONNES PRECISES”

Enfin ces permissions vont pouvoir s’attribuer à l’ensemble de l’application GeoNature et/ou à un module.

On a donc le quatriptique : Un utilisateur / Une action / Un filtre / Un module

Pour l’instant les filtres de type groupe taxonomique, précisions et géographique existent dans la base de données mais ne sont pas implémentés au niveau de l’application GeoNature, donc ils n’ont aucun effet.

Récapitulatif :

Dans GeoNature V2 on peut attribuer à un role des actions possibles, sur lesquels on peut ajouter des filtres, dans un module ou sur toute l’application GeoNature (définis dans gn_permissions.cor_role_action_filter_module_object).
6 actions sont possibles dans GeoNature : Create / Read / Update / Validate / Export / Delete (aka CRUVED).
Différents types de filtre existent. Le plus courant est le filtre de type “SCOPE” (portée) : 3 portées sont attribuables à des actions: Mes données / Les données de mon organisme / Toutes les données.
Une vue permet de retourner toutes les actions, leurs filtres et leurs modules de GeoNature pour tous les rôles (gn_permissions.v_users_permissions)
Des fonctions PostgreSQL ont aussi été intégrées pour faciliter la récupération de ces informations (gn_permissions.cruved_for_user_in_module, gn_permissions.does_user_have_scope_permission, …)
Les permissions attribuées à un module surchargent les permission attribuées sur l’ensemble de l’application par un mécanisme d’héritage. Par défaut et en l’absence de permissions, tous les modules héritent des permissions de GeoNature. Attention cependant aux utilisateurs appartenant à plusieurs groupes. Si un CRUVED est définit pour un module à un seul de ses groupes, c’est ce CRUVED qui sera pris en compte. En effet, le mécanisme d’héritage ne fonctionne plus lorsqu’on surcouche implicitement le CRUVED d’un module pour un groupe.
Si un utilisateur n’a aucune action possible sur un module, alors il ne lui sera pas affiché et il ne pourra pas y accéder
Il est aussi possible de ne pas utiliser UsersHub pour gérer les utilisateurs et de connecter GeoNature à un CAS (voir configuration). Actuellement ce paramétrage est fonctionnel en se connectant au CAS de l’INPN (MNHN)

A noter que toutes les actions et toutes les portées n’ont pas été implémentées dans tous les modules. Elles le sont en fonction des besoins de chaque module.

TODO : Lister les permissions implémentées dans chaque module.

Accès public

Cette section de la documentation concerne l’implémentation d’un utilisateur-lecteur pour votre instance GeoNature, permettant d’y donner accès sans authentification.

Etapes :

1/ UsersHub :

Aller dans la section Utilisateurs
Créer un utilisateur
Définir un identifiant et un mot de passe (par défaut utilisateur ‘public’ et mot de passe ‘public’)
Aller ensuite dans la section Applications
Pour GeoNature, cliquer sur le premier icône ‘Voir les membres’
Cliquer sur ajouter un rôle
Choisir l’utilisateur juste créé
Attribuer le rôle 1, ‘lecteur’

2/ Configuration GeoNature :

Reporter identifiant et mot de passe dans le fichier de configuration de GeoNature (config/geonature_config.toml)

PUBLIC_LOGIN = 'public'
PUBLIC_PASSWORD = 'public'

Mettre à jour la configuration de GeoNature

$ source backend/venv/bin/activate
$ geonature update_configuration

A ce moment-là, cet utilisateur a tous les droits sur GeoNature. Il s’agit maintenant de gérer ses permissions dans GeoNature même.

3/ GeoNature

Se connecter à GeoNature avec un utilisateur administrateur
Aller dans le module Admin
Cliquer sur ‘Gestion des permissions’
Choisissez l’utilisateur sélectionné
Editer le CRUVED pour chacun des modules de l’instance. Passer à 0 tous les droits et tous les modules devant être supprimés. Laisser ‘3’ pour les modules d’intérêt.

Nomenclatures

Toutes les valeurs des listes déroulantes sont gérées dans une table générique ref_nomenclatures.t_nomenclatures
Elles s’appuient sur les nomenclatures du SINP (http://standards-sinp.mnhn.fr/nomenclature/) qui peuvent être désactivées ou completées
Chaque nomenclature est associée à un type, et une vue par type de nomenclature a été ajoutée pour simplifier leur usage
Ces nomenclatures sont gérées dans un sous-module pour pouvoir les réutiliser (ainsi que leur mécanisme) dans d’autres applications : https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module/
Les identifiants des nomenclatures et des types de nomenclature sont des serials (entiers auto-incrémentés) et ne sont pas prédéfinis lors de l’installation, ni utilisées en dur dans le code des applications. En effet, les nomenclatures peuvent varier en fonction des structures. On utilise le cd_nomenclature et le mnémonique du type de nomenclature pour retrouver dynamiquement l’id_nomenclature d’une nomenclature. C’est cependant cet identifiant qu’on stocke au niveau des données pour garantir l’intégrité référentielle
Chaque nomenclature peut être associée à un règne ou un group2inpn (ref_nomenclatures.cor_taxref_nomenclature) pour proposer des nomenclatures correspondants à un taxon
Les valeurs par défaut sont définies dans chaque module
Pour Occtax c’est dans pr_occtax.defaults_nomenclatures_value. Elles peuvent être définies pour chaque type de nomenclature ainsi que par organisme, règne et/ou group2inpn
Si organisme = 0 alors la valeur par défaut s’applique à tous les organismes. Idem pour les règnes et group2inpn
La fonction pr_occtax.get_default_nomenclature_value permet de renvoyer l’id de la nomenclature par défaut
Ces valeurs par défaut sont aussi utilisées pour certains champs qui sont cachés (statut_observation, floutage, statut_validation…) mais ne sont donc pas modifiables par l’utilisateur
Il existe aussi une table pour définir des valeurs par défaut générales de nomenclature (ref_nomenclatures.defaults_nomenclatures_value)
Elles peuvent être administrées dans le module Admin de GeoNature

Métadonnées

Elles sont gérées dans le schéma gn_meta basé sur le standard Métadonnées du SINP (http://standards-sinp.mnhn.fr/category/standards/metadonnees/)
Elles permettent de gérer des jeux de données, des cadres d’acquisition, des acteurs (propriétaire, financeur, producteur…) et des protocoles
Elles peuvent être administrées dans le module Métadonnées de GeoNature

Données SIG

Le schéma ref_geo permet de gérer les données SIG (zonages, communes, MNT…) de manière centralisée, potentiellement partagé avec d’autres BDD
Il contient une table des zonages, des types de zonages, des communes, des grilles (mailles) et un MNT raster ou vectorisé (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/issues/235)
La fonction ref_geo.fct_get_area_intersection permet de renvoyer les zonages intersectés par une observation en fournissant sa géométrie
La fonction ref_geo.fct_get_altitude_intersection permet de renvoyer l’altitude min et max d’une observation en fournissant sa géométrie
Les intersections d’une observation avec les zonages sont stockées au niveau de la synthèse (gn_synthese.cor_area_synthese) et non au niveau de la donnée source pour alléger et simplifier leur gestion

Fonctions

La base de données contient de nombreuses fonctions.

gn_synthese

Fonction	Paramètres	Résultat	Description
get_default_nomenclature_value	id_type_nomenclature, idorganism, regne, group2inpn	Entier	Function that return the default nomenclature id with a nomenclature type, organism id, regne, group2_inpn
fct_trig_insert_in_cor_area_synthese	geom	Trigger	Trigger intersectant la géométrie d’une observation avec tous les zonages

ref_geo

ref_geo.fct_get_altitude_intersection(IN mygeom geometry)
-- Fonction qui retourne l'altitude min et max de la géométrie passée en paramètre

ref_geo.fct_get_area_intersection(
  IN mygeom geometry,
  IN myidtype integer DEFAULT NULL::integer)
RETURNS TABLE(id_area integer, id_type integer, area_code character varying, area_name character varying)
-- Fonction qui retourne un tableau des zonages (id_area) intersectant la géométrie passée en paramètre

ref_geo.get_id_area_type(mytype character varying) RETURNS integer
--Function which return the id_type_area from the type_code of an area type

pr_occtax

pr_occtax.get_id_counting_from_id_releve(my_id_releve integer) RETURNS integer[]
-- Function which return the id_countings in an array (table pr_occtax.cor_counting_occtax) from the id_releve(integer)

get_default_nomenclature_value(mytype character varying, myidorganism integer DEFAULT 0, myregne character varying(20) DEFAULT '0', mygroup2inpn character varying(255) DEFAULT '0') RETURNS integer
--Function that return the default nomenclature id with wanteds nomenclature type, organism id, regne, group2_inp  --Return -1 if nothing matche with given parameters

pr_occtax.insert_in_synthese(my_id_counting integer) RETURNS integer[]

ref_nomenclatures

get_id_nomenclature_type(mytype character varying) RETURNS integer
--Function which return the id_type from the mnemonique of a nomenclature type

get_default_nomenclature_value(mytype character varying, myidorganism integer DEFAULT 0) RETURNS integer
--Function that return the default nomenclature id with wanteds nomenclature type (mnemonique), organism id
--Return -1 if nothing matche with given parameters

check_nomenclature_type_by_mnemonique(id integer , mytype character varying) RETURNS boolean
--Function that checks if an id_nomenclature matches with wanted nomenclature type (use mnemonique type)

check_nomenclature_type_by_cd_nomenclature(mycdnomenclature character varying , mytype character varying)
--Function that checks if an id_nomenclature matches with wanted nomenclature type (use mnemonique type)

check_nomenclature_type_by_id(id integer, myidtype integer) RETURNS boolean
--Function that checks if an id_nomenclature matches with wanted nomenclature type (use id_type)

get_id_nomenclature(
mytype character varying,
mycdnomenclature character varying)
RETURNS integer
--Function which return the id_nomenclature from an mnemonique_type and an cd_nomenclature

get_nomenclature_label(
myidnomenclature integer,
mylanguage character varying
)
RETURNS character varying
--Function which return the label from the id_nomenclature and the language

get_cd_nomenclature(myidnomenclature integer) RETURNS character varying
--Function which return the cd_nomenclature from an id_nomenclature

get_filtered_nomenclature(mytype character varying, myregne character varying, mygroup character varying)
RETURNS SETOF integer
--Function that returns a list of id_nomenclature depending on regne and/or group2_inpn sent with parameters.

calculate_sensitivity(
mycdnom integer,
mynomenclatureid integer)
RETURNS integer
--Function to return id_nomenclature depending on observation sensitivity
--USAGE : SELECT ref_nomenclatures.calculate_sensitivity(240,21);

TODO : A compléter…

Tables transversales

GeoNature contient aussi des tables de stockage transversales qui peuvent être utilisées par tous les modules. C’est le cas pour la validation, la sensibilité, l’historisation des modifications et les médias.

Cela permet de ne pas avoir à mettre en place des tables et mécanismes dans chaque module, mais de s’appuyer sur un stockage, des fonctions et développements factorisés, centralisés et partagés.

Ces tables utilisent notamment le mécanisme des UUID (identifiant unique) pour retrouver les enregistrements. Depuis une table source (Occtax ou un autre module) on peut retrouver les enregistrements stockées dans les tables transversales en utilisant un WHERE <TABLE_TRANSVERSALE>.uuid_attached_row = <MON_UUID_SOURCE> et ainsi retrouver l’historique de validation, les médias ou encore la sensibilité associés à une donnée.

Voir https://github.com/PnX-SI/GeoNature/issues/339

Triggers vers la synthèse

Voir ceux mis en place de Occtax vers Synthèse.

Cheminement d’une donnée Occtax :

Formulaire Occtax
Ecriture dans la table cor_counting_occtax et génération d’un nouvel UUID
Trigger d’écriture dans la table verticale t_validations à partir de la valeur par défaut de la nomenclature de validation (gn_common.ref_nomenclatures.defaults_nomenclatures_value)
Trigger d’écriture d’Occtax vers la synthèse (on ne maitrise pas l’ordre de ces 2 triggers qui sont lancés en même temps)
Trigger de rapatriement du dernier statut de validation de la table verticale vers la synthèse.

Triggers dans la synthèse

Version 2.1.0 de GeoNature

https://geonature.fr/docs/img/2019-06-triggers-gn_synthese.jpg

Table : synthese

Table contenant l’ensemble des données. Respecte le standard Occurrence de taxon du SINP.

tri_meta_dates_change_synthese
- BEFORE INSERT OR UPDATE
- Mise à jour des champs meta_create_date et meta_update_date
tri_insert_cor_area_synthese
- AFTER INSERT OR UPDATE OF the_geom_local
- Mise à jour de la table cor_area_synthese
- Actions :
  1. Si update : suppression des enregistrements de la table gn_synthese.cor_area_synthese avec l’id_synthese concerné
  2. Insertion des id_areas intersectant la géométrie de la synthèse dans gn_synthese.cor_area_synthese. Prise en compte de toutes les aires qu’elles soient ou non actives. Manque enable = true
tri_del_area_synt_maj_corarea_tax
- BEFORE DELETE
- Mise à jour des tables cor_area_taxon et cor_area_synthese
- Actions :
  1. Récupération de l’ensemble des aires intersectant la donnée de synthèse
  2. Suppression des enregistrement de cor_area_taxon avec le cd_nom et les aires concernés
  3. Insertion dans cor_area_taxon recalculant les max, nb_obs et couleur pour chaque aire pour l’ensemble des données avec les aires concernées et le cd_nom concerné ne correspondant pas à la donnée supprimée
  4. Suppression des enregistrements de gn_synthese.cor_area_synthese
tri_update_cor_area_taxon_update_cd_nom
- AFTER UPDATE OF cd_nom
- Mise à jour de la table cor_area_taxon
- Actions :
  1. Récupération de l’ensemble des aires intersectant la donnée de synthèse
  2. Recalcul cor_area_taxon pour l’ancien cd_nom via fonction gn_synthese.delete_and_insert_area_taxon
  3. Recalcul cor_area_taxon pour le nouveau cd_nom via fonction gn_synthese.delete_and_insert_area_taxon

Table : cor_area_synthese

Table contenant l’ensemble des id_areas intersectant les enregistrements de la synthèse

tri_maj_cor_area_taxon
- AFTER INSERT OR UPDATE
- Mise à jour des données de cor_area_taxon
- Actions :
  1. Récupération du cd_nom en lien avec l’enregistrement cor_area_synthese
  2. Suppression des données de cor_area_taxon avec le cd_nom et id_area concernés
  3. Insertion des données dans cor_area_taxon en lien avec le cd_nom et id_area

Table : cor_observer_synthese

trg_maj_synthese_observers_txt
- AFTER INSERT OR UPDATE OR DELETE
- Mise à jour du champ observers de la table synthese
- Actions :
  1. Construction de la valeur textuelle des observateurs
  2. Mise à jour du champ observer de l’enregistrement de la table synthese

FONCTIONS

delete_and_insert_area_taxon
- Fonction qui met à jour la table cor_area_taxon en fonction d’un cd_nom et d’une liste d’id area
- Actions :
  1. Suppression des enregistrement de la table cor_area_taxon avec le cd_nom et les id_area concernés
  2. Insertion des données dans cor_area_taxon
color_taxon
- Fonction qui associe une couleur à une durée
- Passer les couleurs en paramètres : table gn_commons.t_parameters ?
- Passer la fonction en immutable

Modularité

Chaque module doit avoir son propre schéma dans la BDD, avec ses propres fichiers SQL de création comme le module OccTax : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/tree/develop/contrib/occtax/data

Côté Backend, chaque module a aussi son modèle et ses routes : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/tree/develop/contrib/occtax/backend

Idem côté Frontend, où chaque module a sa configuration et ses composants : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/tree/develop/contrib/occtax/frontend/app

Mais en pouvant utiliser des composants du Cœur comme expliqué dans la documentation Developpeur.

Plus d’infos sur le développement d’un module : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/docs/development.rst#d%C3%A9velopper-et-installer-un-gn_module

Configuration

Pour configurer GeoNature, actuellement il y a :

Une configuration pour l’installation : config/settings.ini
Une configuration globale de l’application : <GEONATURE_DIRECTORY>/config/geonature_config.toml (générée lors de l’installation de GeoNature)
Une configuration par module : <GEONATURE_DIRECTORY>/external_modules/<nom_module>/config/conf_gn_module.toml (générée lors de l’installation d’un module)
Une table gn_commons.t_parameters pour des paramètres gérés dans la BDD

http://geonature.fr/docs/img/admin-manual/administration-geonature.png

Configuration générale de l’application

L’installation de GeoNature génère le fichier de configuration globale <GEONATURE_DIRECTORY>/config/geonature_config.toml. Ce fichier est aussi copié dans le frontend (frontend/conf/app.config.ts), à ne pas modifier.

Par défaut, le fichier <GEONATURE_DIRECTORY>/config/geonature_config.toml est minimaliste et généré à partir des infos présentes dans le fichier config/settings.ini.

Il est possible de le compléter en surcouchant les paramètres présents dans le fichier config/default_config.toml.example.

A chaque modification du fichier global de configuration (<GEONATURE_DIRECTORY>/config/geonature_config.toml), il faut regénérer le fichier de configuration du frontend.

Ainsi après chaque modification des fichiers de configuration globale, placez-vous dans le backend de GeoNature (/home/monuser/GeoNature/backend) et lancez les commandes :

source venv/bin/activate
geonature update_configuration
deactivate

Configuration d’un gn_module

Lors de l’installation d’un module, un fichier de configuration est créé : <MODULE_DIRECTORY>/config/conf_gn_module.toml.

Comme pour la configuration globale, ce fichier est minimaliste et peut être surcouché. Le fichier conf_gn_module.toml.example, situé dans le répertoire config du module, décrit l’ensemble des variables de configuration disponibles ainsi que leurs valeurs par défaut.

A chaque modification de ce fichier, lancer les commandes suivantes depuis le backend de GeoNature (/home/monuser/GeoNature/backend). Le fichier est copié à destination du frontend <nom_module>/frontend/app/module.config.ts, qui est alors recompilé automatiquement.

source venv/bin/activate
geonature update_module_configuration <NOM_DE_MODULE>
deactivate

Exploitation

Logs

Les logs de GeoNature sont dans le répertoire <GEONATURE_DIRECTORY>/var/log/ :

Logs d’installation de la BDD : install_db.log
Logs d’installation de la BDD d’un module : install_<nom_module>_schema.log
Logs de l’API : gn-errors.log

Les logs de TaxHub sont dans le répertoire /var/log/taxhub:

Logs de l’API de TaxHub : taxhub-errors.log

Commandes GeoNature

GeoNature est fourni avec une série de commandes pour administrer l’application. Pour les exécuter, il est nécessaire d’être dans le virtualenv python de GeoNature

cd <GEONATURE_DIRECTORY>/backend
source venv/bin/activate

Le préfixe (venv) se met alors au début de votre invite de commande.

Voici la liste des commandes disponibles (aussi disponibles en tapant la commande geonature --help) :

activate_gn_module : Active un gn_module installé (Possibilité d’activer seulement le backend ou le frontend)
deactivate_gn_module : Désactive gn_un module activé (Possibilté de désactiver seulement le backend ou le frontend)
dev_back : Lance le backend en mode développement
dev_front : Lance le frontend en mode développement
generate_frontend_module_route : Génère ou regénère le fichier de routing du frontend en incluant les gn_module installés (Fait automatiquement lors de l’installation d’un module)
install_gn_module : Installe un gn_module
start_gunicorn : Lance l’API du backend avec gunicorn
supervisor : Exécute les commandes supervisor (supervisor stop <service>, supervisor reload)
update_configuration : Met à jour la configuration du cœur de l’application. A exécuter suite à une modification du fichier geonature_config.toml
update_module_configuration : Met à jour la configuration d’un module. A exécuter suite à une modification du fichier conf_gn_module.toml.

Effectuez geonature <nom_commande> --help pour accéder à la documentation et à des exemples d’utilisation de chaque commande.

Vérification des services

Les API de GeoNature et de TaxHub sont lancées par deux serveurs http python indépendants (Gunicorn), eux-mêmes controlés par le supervisor.

Par défaut :

L’API de GeoNature tourne sur le port 8000
L’API de taxhub tourne sur le port 5000

Pour vérifier que les API de GeoNature et de TaxHub sont lancées, exécuter la commande :

ps -aux |grep gunicorn

La commande doit renvoyer 4 fois la ligne suivante pour GeoNature :

root      27074  4.6  0.1  73356 23488 ?        S    17:35   0:00       /home/theo/workspace/GN2/GeoNature/backend/venv/bin/python3 /home/theo/workspace/GN2/GeoNature/backend/venv/bin/gunicorn wsgi:app --error-log /var/log/geonature/api_errors.log --pid=geonature2.pid -w 4 -b 0.0.0.0:8000 -n geonature2

et 4 fois la ligne suivante pour TaxHub :

root      27103 10.0  0.3 546188 63328 ?        Sl   17:35   0:00 /home/theo/workspace/GN2/TaxHub/venv/bin/python3.5 /home/theo/workspace/GN2/TaxHub/venv/bin/gunicorn server:app --access-logfile /var/log/taxhub/taxhub-access.log --error-log /var/log/taxhub/taxhub-errors.log --pid=taxhub.pid -w 4 -b 0.0.0.0:5000 -n taxhub

Chaque ligne correspond à un worker Gunicorn.

Si ces lignes n’apparaissent pas, cela signifie qu’une des deux API n’a pas été lancée ou a connu un problème à son lancement. Voir les logs des API pour plus d’informations.

Supervision des services

Vérifier que les applications GeoNature et TaxHub sont accessibles en http
Vérifier que leurs services (API) sont lancés et fonctionnent correctement (tester les deux routes ci-dessous).
- Exemple de route locale pour tester l’API GeoNature : http://127.0.0.1:8000/occtax/defaultNomenclatures qui ne doit pas renvoyer de 404. URL absolue : https://urlgeonature/api/occtax/defaultNomenclatures
- Exemple de route locale pour tester l’API TaxHub : http://127.0.0.1:5000/api/taxref/regnewithgroupe2 qui ne doit pas renvoyer de 404. URL absolue : https://urltaxhub/api/taxref/regnewithgroupe2
Vérifier que les fichiers de logs de TaxHub et GeoNature ne sont pas trop volumineux pour la capacité du serveur
Vérifier que les services nécessaires au fonctionnement de l’application tournent bien (Apache, PostgreSQL)

Stopper/Redémarrer les API

Les API de GeoNature et de TaxHub sont gérées par le supervisor pour être lancées automatiquement au démarrage du serveur.

Pour les stopper, exécuter les commandes suivantes :

GeoNature : sudo supervisorctl stop geonature2
TaxHub : sudo supervisorctl stop taxhub

Pour redémarer les API :

sudo supervisorctl reload

Maintenance

Lors d’une opération de maintenance (montée en version, modification de la base de données…), vous pouvez rendre l’application momentanémment indisponible.

Pour cela, désactivez la configuration Apache de GeoNature, puis activez la configuration du mode de maintenance :

sudo a2dissite geonature
sudo a2ensite geonature_maintenance
sudo apachectl restart

A la fin de l’opération de maintenance, effectuer la manipulation inverse :

sudo a2dissite geonature_maintenance
sudo a2ensite geonature
sudo apachectl restart

Attention : ne pas stopper le backend (des opérations en BDD en cours pourraient être corrompues)

Redémarrage de PostgreSQL

Si vous effectuez des manipulations de PostgreSQL qui nécessitent un redémarrage du SGBD (sudo service postgresql restart), il faut impérativement lancer un redémarrage des API GeoNature et TaxHub pour que celles-ci continuent de fonctionner. Pour cela, lancez la commande sudo supervisorctl reload.

NB: Ne pas faire ces manipulations sans avertir les utilisateurs d’une perturbation temporaire des applications.

Sauvegarde et restauration

Sauvegarde

Sauvegarde de la base de données :

Les sauvegardes de la BDD sont à faire avec l’utilisateur postgres. Commencer par créer un répertoire et lui donner des droits sur le répertoire où seront faites les sauvegardes.

$ # Créer le répertoire pour stocker les sauvegardes
$ mkdir /home/`whoami`/backup
$ # Ajouter l'utilisateur postgres au groupe de l'utilisateur linux courant pour qu'il ait les droits d'écrire dans les mêmes répertoires
$ sudo adduser postgres `whoami`
$ # ajout de droit aux groupes de l'utilisateur courant sur le répertoire `backup`
$ chmod g+rwx /home/`whoami`/backup

Connectez-vous avec l’utilisateur linux postgres pour lancer une sauvegarde de la BDD :

sudo su postgres
pg_dump -Fc geonature2db  > /home/`whoami`/backup/`date +%Y-%m-%d-%H:%M`-geonaturedb.backup
exit

Si la sauvegarde ne se fait pas, c’est qu’il faut revoir les droits du répertoire où sont faites les sauvegardes pour que l’utilisateur postgres puisse y écrire

Opération à faire régulièrement grâce à une tâche cron.

Sauvegarde des fichiers de configuration :

cd /home/`whoami`/geonature/config
tar -zcvf /home/`whoami`/backup/`date +%Y%m%d%H%M`-geonature_config.tar.gz ./

Opération à faire à chaque modification d’un paramètre de configuration.

Sauvegarde des fichiers de customisation :

cd /home/`whoami`/geonature/frontend/src/custom
tar -zcvf /home/`whoami`/`date +%Y%m%d%H%M`-geonature_custom.tar.gz ./

Opération à faire à chaque modification de la customisation de l’application.

Sauvegarde des modules externes :

cd /home/`whoami`/geonature/external_modules
tar -zcvf /home/`whoami`/backup/`date +%Y%m%d%H%M`-external_modules.tar.gz ./

Restauration

Restauration de la base de données :

Créer une base de données vierge (on part du principe que la base de données geonature2db n’existe pas ou plus). Sinon adaptez le nom de la BDD et également la configuration de connexion de l’application à la BDD dans <GEONATURE_DIRECTORY>/config/geonature_config.toml

sudo -n -u postgres -s createdb -O <MON_USER> geonature2db
sudo -n -u postgres -s psql -d geonature2db -c "CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS postgis;"
sudo -n -u postgres -s psql -d geonature2db -c "CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS hstore;"
sudo -n -u postgres -s psql -d geonature2db -c "CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS plpgsql WITH SCHEMA pg_catalog; COMMENT ON EXTENSION plpgsql IS 'PL/pgSQL procedural language';"
sudo -n -u postgres -s psql -d geonature2db -c 'CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS "uuid-ossp";'
sudo -n -u postgres -s psql -d geonature2db -c "CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS pg_trgm;"
sudo -n -u postgres -s psql -d geonature2db -c "CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS postgis_raster;"

Restaurer la BDD à partir du backup

sudo su postgres
pg_restore -d geonature2db <MY_BACKUP_DIRECTORY_PATH>/201803150917-geonaturedb.backup

Restauration de la configuration et de la customisation :

Décompresser les fichiers précedemment sauvegardés pour les remettre au bon emplacement :

sudo rm <GEONATURE_DIRECTORY>/config/*
cd <GEONATURE_DIRECTORY>/config
sudo tar -zxvf <MY_BACKUP_DIRECTORY>/201803150953-geonature_config.tar.gz

cd /home/<MY_USER>/geonature/frontend/src/custom
rm -r <MY_USER>/geonature/frontend/src/custom/*
tar -zxvf <MY_BACKUP_DIRECTORY>/201803150953-geonature_custom.tar.gz

rm /home/<MY_USER>/geonature/external_modules/*
cd <GEONATURE_DIRECTORY>/external_modules
tar -zxvf <MY_BACKUP_DIRECTORY>/201803151036-external_modules.tar.gz

Relancer l’application :

cd /<MY_USER>/geonature/frontend
npm run build
sudo supervisorctl reload

Customisation

La customisation de l’application nécessite de relancer la compilation du frontend à chaque modification. Cette opération étant relativement longue, une solution alternative (mais avancée) consiste à passer le frontend de manière temporaire en mode ‘developpement’.

Pour cela exécuter la commande suivante depuis le répertoire frontend

npm run start -- --host=0.0.0.0 --disable-host-check

L’application est désormais disponible sur un serveur de développement à la même addresse que précédemment, mais sur le port 4200 : http://test.geonature.fr:4200

Ouvrez un nouveau terminal (pour laisser tourner le serveur de développement), puis modifier la variable URL_APPLICATION dans le fichier geonature_config.toml en mettant l’adresse ci-dessus et relancer l’application (sudo supervisorctl restart geonature2)

A chaque modification d’un fichier du frontend, une compilation rapide est relancée et votre navigateur se rafraichit automatiquement en intégrant les dernières modifications.

Une fois les modifications terminées, remodifier le fichier geonature_config.toml pour remettre l’URL initiale, relancez l’application (sudo supervisorctl restart geonature2), puis relancez la compilation du frontend (npm run build). Faites enfin un ctrl+c dans le terminal ou le frontend a été lancé pour stopper le serveur de développement.

Si la manipulation vous parait compliquée, vous pouvez suivre la documentation qui suit, qui fait relancer la compilation du frontend à chaque modification.

Intégrer son logo

Le logo affiché dans la barre de navigation de GeoNature peut être modifié dans le répertoire geonature/frontend/src/custom/images. Remplacez alors le fichier logo_structure.png par votre propre logo, en conservant ce nom pour le nouveau fichier. Le bandeau fait 50px de hauteur, vous pouvez donc mettre une image faisant cette hauteur. Il est également possible de modifier la taille de l’image en CSS dans le fichier frontend/src/assets/custom.css de la manière suivante:

/* la balise img affichant l'image a l'id 'logo-structure */
#logo-structure {
    height: 50px;
    width: 80px;
}

Relancez la construction de l’interface :

cd /home/`whoami`/geonature/frontend
npm run build

Customiser le contenu

Customiser le contenu de la page d’introduction :

Le texte d’introduction et le titre de la page d’Accueil de GeoNature peuvent être modifiés à tout moment, sans réinstallation de l’application. Il en est de même pour le bouton d’accès à la synthèse.

Il suffit pour cela de mettre à jour le fichier introduction.component.html, situé dans le répertoire geonature/frontend/src/custom/components/introduction.

Afin que ces modifications soient prises en compte dans l’interface, il est nécessaire de relancer les commandes suivantes :

cd /home/`whoami`/geonature/frontend
npm run build

Customiser le contenu du pied de page :

Le pied de page peut être customisé de la même manière, en renseignant le fichier footer.component.html, situé dans le répertoire geonature/frontend/src/custom/components/footer

De la même manière, il est nécessaire de relancer les commandes suivantes pour que les modifications soient prises en compte :

cd /home/`whoami`/geonature/frontend
npm run build

Customiser l’aspect esthétique

Les couleurs de textes, couleurs de fonds, forme des boutons etc peuvent être adaptées en renseignant le fichier custom.css, situé dans le répertoire geonature/frontend/src/assets.

Pour remplacer la couleur de fond du bandeau de navigation par une image, on peut par exemple apporter la modification suivante :

 html body pnx-root pnx-nav-home mat-sidenav-container.sidenav-container.mat-drawer-container.mat-sidenav-container mat-sidenav-content.mat-drawer-content.mat-sidenav-content mat-toolbar#app-toolbar.row.mat-toolbar
{
   background :
   url(bandeau_test.jpg)
}

Dans ce cas, l’image bandeau_test.jpg doit se trouver dans le répertoire geonature/frontend/src.

Comme pour la modification des contenus, il est nécessaire de relancer la commande suivante pour que les modifications soient prises en compte :

cd /home/`whoami`/geonature/frontend
npm run build

Customiser les noms et pictos des modules

Vous pouvez modifier l’intitulé et le pictogramme des modules dans le menu des modules. Pour cela, adaptez le contenu des champs module_label et module_picto (avec des icones de la librairie Font Awesome - https://fontawesome.com) dans la table gn_commons.t_modules.

Exemple :

-- Module Occtax
UPDATE gn_commons.t_modules SET module_label = 'Occtax' WHERE module_code = 'OCCTAX';
UPDATE gn_commons.t_modules SET module_picto = 'fa-map-marker' WHERE module_code = 'OCCTAX';
-- Module Occhab
UPDATE gn_commons.t_modules SET module_label = 'Occhab' WHERE module_code = 'OCCHAB';
UPDATE gn_commons.t_modules SET module_picto = 'fa-leaf' WHERE module_code = 'OCCHAB';
-- Module Import
UPDATE gn_commons.t_modules SET module_label = 'Import' WHERE module_code = 'IMPORT';
UPDATE gn_commons.t_modules SET module_picto = 'fa-upload' WHERE module_code = 'IMPORT';
-- Module Export
UPDATE gn_commons.t_modules SET module_label = 'Export' WHERE module_code = 'EXPORTS';
UPDATE gn_commons.t_modules SET module_picto = 'fa-download' WHERE module_code = 'EXPORTS';
-- Module Dashboard
UPDATE gn_commons.t_modules SET module_label = 'Dashboard' WHERE module_code = 'DASHBOARD';
UPDATE gn_commons.t_modules SET module_picto = 'fa-bar-chart' WHERE module_code = 'DASHBOARD';
-- Module Validation
UPDATE gn_commons.t_modules SET module_label = 'Validation' WHERE module_code = 'VALIDATION';
UPDATE gn_commons.t_modules SET module_picto = 'fa-check' WHERE module_code = 'VALIDATION';
-- Module Monitorings (Suivis)
UPDATE gn_commons.t_modules SET module_label = 'Suivis' WHERE module_code = 'MONITORINGS';
UPDATE gn_commons.t_modules SET module_picto = 'fa-eye' WHERE module_code = 'MONITORINGS';

Depuis la version 2.5.0, il est aussi possible de customiser l’ordre des modules dans le menu, par ordre alphabétique par défaut, en renseignant le champs gn_commons.t_modules.module_order.

Customiser les exports PDF

Vous pouvez modifier le bandeau et le logo fournis par défaut dans les exports PDF en modifiant les images Bandeau_pdf.png et Logo_pdf.png dans backend/static/images. Le style des fichiers est également customisable grâce au fichier “backend/geonature/static/css/custom.css”. La classe main-color permet notamment de changer la couleur des séparateurs (orange par défaut).

Intégrer des données

Référentiel géographique

GeoNature est fourni avec des données géographiques de base sur la métropôle (MNT national à 250m et communes de métropôle).

1. Si vous souhaitez modifier le MNT pour mettre celui de votre territoire :

Videz le contenu des tables ref_geo.dem et éventuellement ref_geo.dem_vector
Uploadez le(s) fichier(s) du MNT sur le serveur
Suivez la procédure de chargement du MNT en l’adaptant : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/install/install_db.sh#L295-L299

TODO : Procédure à améliorer et simplifier : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/issues/235

Si vous n’avez pas choisi d’intégrer le raster MNT national à 250m fourni par défaut lors de l’installation ou que vous souhaitez le remplacer, voici les commandes qui vous permettront de le faire.

Suppression du MNT par défaut (adapter le nom de la base de données : MYDBNAME).

sudo -n -u postgres -s psql -d MYDBNAME -c "TRUNCATE TABLE ref_geo.dem;"
sudo -n -u postgres -s psql -d MYDBNAME -c "TRUNCATE TABLE ref_geo.dem_vector;"

Placer votre propre fichier MNT (ou vos différents fichiers “dalles”) dans le répertoire /tmp/geonature (adapter le nom du fichier et son chemin ainsi que les paramètres en majuscule).

Pour utiliser celui proposé par défaut :

wget --cache=off http://geonature.fr/data/ign/BDALTIV2_2-0_250M_ASC_LAMB93-IGN69_FRANCE_2017-06-21.zip -P /tmp/geonature
unzip /tmp/geonature/BDALTIV2_2-0_250M_ASC_LAMB93-IGN69_FRANCE_2017-06-21.zip -d /tmp/geonature
export PGPASSWORD=MYUSERPGPASS;raster2pgsql -s MYSRID -c -C -I -M -d -t 5x5 /tmp/geonature/BDALTIV2_250M_FXX_0098_7150_MNT_LAMB93_IGN69.asc ref_geo.dem|psql -h localhost -U MYPGUSER -d MYDBNAME
sudo -n -u postgres -s psql -d MYDBNAME -c "REINDEX INDEX ref_geo.dem_st_convexhull_idx;"

Si votre MNT source est constitué de plusieurs fichiers (dalles), assurez vous que toutes vos dalles ont le même système de projection et le même format de fichier (tiff, asc, ou img par exemple). Après avoir chargé vos fichiers dans tmp/geonature (par exemple), vous pouvez lancer la commande export en remplacant le nom des fichiers par *.asc :

export PGPASSWORD=MYUSERPGPASS;raster2pgsql -s MYSRID -c -C -I -M -d -t 5x5 /tmp/geonature/*.asc ref_geo.dem|psql -h localhost -U MYPGUSER -d MYDBNAME

Si vous souhaitez vectoriser le raster MNT pour de meilleures performances lors des calculs en masse de l’altitude à partir de la localisation des observations, vous pouvez le faire en lançant les commandes ci-dessous. Sachez que cela prendra du temps et beaucoup d’espace disque (2.8Go supplémentaires environ pour le fichier DEM France à 250m).

sudo -n -u postgres -s psql -d MYDBNAME -c "INSERT INTO ref_geo.dem_vector (geom, val) SELECT (ST_DumpAsPolygons(rast)).* FROM ref_geo.dem;"
sudo -n -u postgres -s psql -d MYDBNAME -c "REINDEX INDEX ref_geo.index_dem_vector_geom;"

Si ref_geo.dem_vector est remplie, cette table est utilisée pour le calcul de l’altitude à la place de la table ref_geo.dem

2. Si vous souhaitez modifier ou ajouter des zonages administratifs, réglementaires ou naturels :

Vérifiez que leur type existe dans la table ref_geo.bib_areas_types, sinon ajoutez-les
Ajoutez vos zonages dans la table ref_geo.l_areas en faisant bien référence à un id_type de ref_geo.bib_areas_types. Vous pouvez faire cela en SQL ou en faisant des copier/coller de vos zonages directement dans QGIS
Pour les grilles et les communes, vous pouvez ensuite compléter leurs tables d’extension ref_geo.li_grids et ref_geo.li_municipalities

Données externes

Il peut s’agir de données partenaires, de données historiques ou de données saisies dans d’autres outils.

2 possibilités s’offrent à vous :

Créer un schéma dédié aux données pour les intégrer de manière complète et en extraire les DEE dans la Synthèse
N’intégrer que les DEE dans la Synthèse

Nous présenterons ici la première solution qui est privilégiée pour disposer des données brutes mais aussi les avoir dans la Synthèse.

Créer un JDD dédié (gn_meta.t_datasets) ou utilisez-en un existant. Eventuellement un CA si elles ne s’intègrent pas dans un CA déjà existant.
Ajouter une Source de données dans gn_synthese.t_sources ou utilisez en une existante.
Créer le schéma dédié à accueillir les données brutes.
Créer les tables nécessaires à accueillir les données brutes.
Intégrer les données dans ces tables (avec les fonctions de gn_imports, avec QGIS ou pgAdmin).
Pour alimenter la Synthèse à partir des tables sources, vous pouvez mettre en place des triggers (en s’inspirant de ceux de OccTax) ou bien faire une requête spécifique si les données sources ne sont plus amenées à évoluer.

Pour des exemples plus précis, illustrées et commentées, vous pouvez consulter les 2 exemples d’import dans cette documentation (Import niveau et Import niveau 2).

Vous pouvez aussi vous inspirer des exemples avancés de migration des données de GeoNature V1 vers GeoNature V2 : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/tree/master/data/migrations/v1tov2

Import depuis SICEN (ObsOcc) : https://github.com/PnX-SI/Ressources-techniques/tree/master/GeoNature/migration/sicen
Import depuis SERENA : https://github.com/PnX-SI/Ressources-techniques/tree/master/GeoNature/migration/serena
Import continu : https://github.com/PnX-SI/Ressources-techniques/tree/master/GeoNature/migration/generic
Import d’un CSV historique (Flavia) : https://github.com/PnX-SI/Ressources-techniques/blob/master/GeoNature/V2/2018-12-csv-vers-synthese-FLAVIA.sql

Création de compte

Configuration de la création de compte

Depuis la version 2.1.0, UsersHub propose une API de création de compte utilisateur. Une interface a été ajoutée à GeoNature pour permettre aux futurs utilisateurs de faire des demandes de création de compte depuis la page d’authentification de GeoNature. Ce mode est activable/désactivable depuis la configuration globale de GeoNature.

Pour des raisons de sécurité, l’API de création de compte est réservée aux utilisateurs “admin” grâce à un token secret. GeoNature a donc besoin de se connecter en tant qu’administrateur à UsersHub pour éxecuter les requêtes d’administration de compte. Renseigner les paramètres suivants dans le fichier de configuration (geonature_config.toml). L’utilisateur doit avoir des droits 6 dans UsersHub

[USERSHUB]
    URL_USERSHUB = 'http://mon_adresse_usershub.fr' # sans slash final
    # Administrateur de mon application
    ADMIN_APPLICATION_LOGIN = "login_admin_usershub"
    ADMIN_APPLICATION_PASSWORD = "password_admin_usershub

Les fonctionnalités de création de compte nécessitent l’envoi d’emails pour vérifier l’identité des demandeurs de compte. Il est donc nécessaire d’avoir un serveur SMTP capable d’envoyer des emails. Renseigner la rubrique MAIL_CONFIG de la configuration. La description détaillées des paramètres de configuration d’envoie des emails est disponible dans la documentation de Flask-Mail. Exemple :

[MAIL_CONFIG]
    MAIL_SERVER = 'mail.espaces-naturels.fr'
    MAIL_PORT = 465
    MAIL_USE_TLS = false
    MAIL_USE_SSL = true
    MAIL_USERNAME = 'mon_email@email.io'
    MAIL_PASSWORD = 'monpassword'
    MAIL_DEFAULT_SENDER = 'mon_email@email.io'
    MAIL_ASCII_ATTACHMENTS = false

Pour activer cette fonctionnalité (qui est par défaut désactivée), modifier le fichier de configuration de la manière suivante :

NB : tous les paramètres décrits ci-dessous doivent être dans la rubrique [ACCOUNT_MANAGEMENT]

[ACCOUNT_MANAGEMENT]
    ENABLE_SIGN_UP = true

Deux modes sont alors disponibles. Soit l’utilisateur est automatiquement accepté et un compte lui est créé après une confirmation de son email, soit un mail est envoyé à un administrateur pour confirmer la demande. Le compte ne sera crée qu’après validation par l’administrateur. Le paramètre AUTO_ACCOUNT_CREATION contrôle ce comportement (par défaut le compte créé sans validation par un administrateur: true). Dans le mode “création de compte validé par administrateur”, il est indispensable de renseigner un email où seront envoyés les emails de validation (paramètre VALIDATOR_EMAIL)

# automatique
[ACCOUNT_MANAGEMENT]
    ENABLE_SIGN_UP = true
    AUTO_ACCOUNT_CREATION = true

# validé par admin
[ACCOUNT_MANAGEMENT]
    ENABLE_SIGN_UP = true
    AUTO_ACCOUNT_CREATION = false
    VALIDATOR_EMAIL = 'email@validateur.io'

L’utilisateur qui demande la création de compte est automatiquement mis dans un “groupe” UsersHub (par défaut, il s’agit du groupe “En poste”). Ce groupe est paramétrable depuis la table utilisateurs.cor_role_app_profil. (La ligne où is_default_group_for_app = true sera utilisée comme groupe par défaut pour GeoNature). Il n’est pas en paramètre de GeoNature pusqu’il serait falsifiable via l’API. ⚠️ Attention, si vous effectuez une migration depuis une version de GeoNature < 2.2.0, aucun groupe par défaut n’est défini, vous devez définir à la main le groupe par défaut pour l’application GeoNature dans la table utilisateurs.cor_role_app_profil.

Dans le mode “création de compte validé par administrateur”, lorsque l’inscription est validée par un administrateur, un email est envoyé à l’utilisateur pour lui indiquer la confirmation de son inscription. Il est possible de personnaliser le texte de la partie finale de cet email située juste avant la signature à l’aide du paramètre ADDON_USER_EMAIL (toujours à ajouter à la rubrique [ACCOUNT_MANAGEMENT]). Vous pouvez utiliser des balises HTML compatibles avec les emails pour ce texte.

[ACCOUNT_MANAGEMENT]
    ADDON_USER_EMAIL = """<p>
        Toute l'équipe de GeoNature vous remercie pour votre inscription.
      </p>"""

Il est également possible de créer automatiquement un jeu de données et un cadre d’acquisition “personnel” à l’utilisateur afin qu’il puisse saisir des données dès sa création de compte via le paramètre AUTO_DATASET_CREATION. Par la suite l’administrateur pourra rattacher l’utilisateur à des JDD et CA via son organisme.

[ACCOUNT_MANAGEMENT]
    AUTO_ACCOUNT_CREATION = true
    ENABLE_SIGN_UP = true
    AUTO_DATASET_CREATION = true

Customisation du formulaire

Le formulaire de création de compte est par défaut assez minimaliste (nom, prénom, email, mot de passe, organisme, remarque).

NB l’organisme est demandé à l’utilisateur à titre “informatif”, c’est à l’administrateur de rattacher individuellement l’utilisateur à son organisme, et éventuellement de le créer, s’il n’existe pas.

Il est possible d’ajouter des champs au formulaire grâce à un générateur controlé par la configuration. Plusieurs type de champs peuvent être ajoutés (text, textarea, number, select, checkbox mais aussi taxonomy, nomenclature etc…).

L’exemple ci-dessous permet de créer un champs de type “checkbox” obligatoire, avec un lien vers un document (une charte par exemple) et un champ de type “select”, non obligatoire. (voir le fichier config/geonature_config.toml.example pour un exemple plus exhaustif).

[ACCOUNT_MANAGEMENT]
[[ACCOUNT_MANAGEMENT.ACCOUNT_FORM]]
    type_widget = "checkbox"
    attribut_label = """
      <a target="_blank" href="http://docs.geonature.fr">
        J'ai lu et j'accepte la charte
      </a>"""
    attribut_name = "validate_charte"
    values = [true]
    required = true

[[ACCOUNT_MANAGEMENT.ACCOUNT_FORM]]
    type_widget = "select"
    attribut_label = "Exemple select"
    attribut_name = "select_test"
    values = ["value1", "value2"]
    required = false

Espace utilisateur

Enfin, un espace “utilisateur” est accessible lorsque l’on est connecté, permettant de modifier ses informations personnelles, y compris son mot de passe.

Cet espace est activable grâce au paramètre ENABLE_USER_MANAGEMENT. Par défaut, il est désactivé.

[ACCOUNT_MANAGEMENT]
AUTO_ACCOUNT_CREATION = true
ENABLE_SIGN_UP = true
ENABLE_USER_MANAGEMENT = true

Rendre GeoNature accessible sans authentification

Cette section de la documentation concerne l’implémentation d’un utilisateur-lecteur pour votre instance GeoNature.

Etapes :

1/ UsersHub :

Aller dans la section Utilisateurs
Créer un utilisateur
Définir un identifiant et un mot de passe (par défaut utilisateur ‘public’ et mot de passe ‘public’)
Aller ensuite dans la section Applications
Pour GeoNature, cliquer sur le premier icône ‘Voir les membres’
Cliquer sur ajouter un rôle
Choisir l’utilisateur juste créé
Attribuer le rôle 1, ‘lecteur’

2/ Configuration GeoNature :

Reporter identifiant et mot de passe dans le fichier de configuration de GeoNature

$ cd config
$ nano geonature_config.toml
PUBLIC_LOGIN = 'public'
PUBLIC_PASSWORD = 'public'

Mettre à jour la configuration de GeoNature

$ source backend/venv/bin/activate
$ geonature update_configuration

A ce moment là, cet utilisateur a tous les droits sur GeoNature. Il s’agit donc de gérer ses permissions dans GeoNature même.

3/ GeoNature

Se connecter à GeoNature avec un utilisateur administrateur

Aller dans le module Admin

Cliquer sur ‘Gestion des permissions’

Choisissez l’utilisateur sélectionné

Editer le CRUVED pour chacun des modules de l’instance. Passer à 0 tous les droits et tous les modules devant être supprimés. Laisser ‘3’ pour les modules d’intérêt.

Module OCCTAX

Installer le module

Le module est fourni par défaut avec l’installation de GeoNature.

Si vous l’avez supprimé, lancez les commandes suivantes depuis le repertoire backend de GeoNature

source venv/bin/activate
geonature install_gn_module /home/<mon_user>/geonature/contrib/occtax occtax

Configuration du module

Le fichier de configuration du module se trouve ici : <GEONATURE_DIRECTORY>/external_modules/occtax/config/conf_gn_module.toml.

Pour voir l’ensemble des variables de configuration disponibles du module ainsi que leurs valeurs par défaut, ouvrir le fichier /home/<mon_user>/geonature/external_modules/occtax/config/conf_gn_module.toml.example.

Les surcouches de configuration doivent être faites dans le fichier conf_gn_module.toml, en ne modifiant jamais le fichier conf_gn_module.toml.example.

Après toute modification de la configuration d’un module, il faut regénérer le fichier de configuration du frontend comme expliqué ici : Configuration d’un gn_module

Afficher/masquer des champs du formulaire

La quasi-totalité des champs du standard Occurrences de taxons sont présents dans la base de données, et peuvent donc être saisis à partir du formulaire.

Pour plus de souplesse et afin de répondre aux besoins de chacun, l’ensemble des champs sont masquables (sauf les champs essentiels : observateur, taxon …)

En modifiant les variables des champs ci-dessous, vous pouvez donc personnaliser le formulaire :

[form_fields]
    date_min = true
    date_max = true
    hour_min = true
    hour_max = true
    altitude_min = true
    altitude_max = true
    obs_technique = true
    group_type = true
    comment_releve = true
    obs_method = true
    bio_condition = true
    bio_status = true
    naturalness = true
    exist_proof = true
    observation_status = true
    diffusion_level = false
    blurring = false
    determiner = true
    determination_method = true
    sample_number_proof = true
    digital_proof = true
    non_digital_proof = true
    source_status = false
    comment_occ = true
    life_stage = true
    sex = true
    obj_count = true
    type_count = true
    count_min = true
    count_max = true
    validation_status = false

Si le champ est masqué, une valeur par défaut est inscrite en base (voir plus loin pour définir ces valeurs).

Modifier le champ Observateurs

Par défaut le champ Observateurs est une liste déroulante qui pointe vers une liste du schéma utilisateurs. Il est possible de passer ce champ en texte libre en mettant à true la variable observers_txt.

Le paramètre id_observers_list permet de changer la liste d’observateurs proposée dans le formulaire. Vous pouvez modifier le numéro de liste du module ou modifier le contenu de la liste dans UsersHub (utilisateurs.t_listes et utilisateurs.cor_role_liste)

Par défaut, l’ensemble des observateurs de la liste 9 (observateurs faune/flore) sont affichés.

Personnaliser la liste des taxons saisissables dans le module

Le module est fourni avec une liste restreinte de taxons (8 seulement). C’est à l’administrateur de changer ou de remplir cette liste.

Le paramètre id_taxon_list = 100 correspond à un ID de liste de la table taxonomie.bib_listes (L’ID 100 correspond à la liste “Saisie Occtax”). Vous pouvez changer ce paramètre avec l’ID de liste que vous souhaitez, ou bien garder cet ID et changer le contenu de cette liste.

Voici les requêtes SQL pour remplir la liste 100 avec tous les taxons de Taxref à partir du rang genre :

Il faut d’abord remplir la table taxonomie.bib_noms (table des taxons de sa structure), puis remplir la liste 100, avec l’ensemble des taxons de bib_noms :

DELETE FROM taxonomie.cor_nom_liste;
DELETE FROM taxonomie.bib_noms;

INSERT INTO taxonomie.bib_noms(cd_nom,cd_ref,nom_francais)
SELECT cd_nom, cd_ref, nom_vern
FROM taxonomie.taxref
WHERE id_rang NOT IN ('Dumm','SPRG','KD','SSRG','IFRG','PH','SBPH','IFPH','DV','SBDV','SPCL','CLAD','CL',
  'SBCL','IFCL','LEG','SPOR','COH','OR','SBOR','IFOR','SPFM','FM','SBFM','TR','SSTR');

INSERT INTO taxonomie.cor_nom_liste (id_liste,id_nom)
SELECT 100,n.id_nom FROM taxonomie.bib_noms n;

Il est également possible d’éditer des listes à partir de l’application TaxHub.

Gérer les valeurs par défaut des nomenclatures

Le formulaire de saisie pré-remplit des valeurs par défaut pour simplifier la saisie. Ce sont également ces valeurs qui sont prises en compte pour remplir dans la BDD les champs du formulaire qui sont masqués.

La table pr_occtax.defaults_nomenclatures_value définit les valeurs par défaut pour chaque nomenclature.

La table contient les deux colonnes suivantes :

l’id_type de nomenclature (voir table ref_nomenclature.bib_nomenclatures_types)
l’id_nomenclature (voir table ref_nomenclature.t_nomenclatures)

Pour chaque type de nomenclature, on associe l’ID de la nomenclature que l’on souhaite voir apparaitre par défaut.

Le mécanisme peut être poussé plus loin en associant une nomenclature par défaut par organisme, règne et group2_inpn. La valeur 0 pour ses champs revient à mettre la valeur par défaut pour tous les organismes, tous les règnes et tous les group2_inpn.

Une interface de gestion des nomenclatures est prévue d’être développée pour simplifier cette configuration.

TODO : valeur par défaut de la validation

Personnaliser l’interface Map-list

La liste des champs affichés par défaut dans le tableau peut être modifiée avec le paramètre default_maplist_columns.

Par défaut :

default_maplist_columns = [
    { prop = "taxons", name = "Taxon" },
    { prop = "date_min", name = "Date début" },
    { prop = "observateurs", name = "Observateurs" },
    { prop = "dataset_name", name = "Jeu de données" }
]

Voir la vue occtax.v_releve_list pour voir les champs disponibles.

Ajouter une contrainte d’échelle de saisie sur la carte

Il est possible de contraindre la saisie de la géométrie d’un relevé sur la carte par un seuil d’échelle minimum avec le paramètre releve_map_zoom_level.

Par défaut :

# Zoom level on the map from which you can add point/line/polygon
releve_map_zoom_level = 6

Il suffit de modifier la valeur qui correspond au niveau de zoom sur la carte. Par exemple, pour contraindre la saisie à l’affichage de la carte IGN au 1/25000e :

releve_map_zoom_level = 15

Gestion des exports

Les exports du module sont basés sur une vue (par défaut pr_occtax.export_occtax_sinp)

Il est possible de définir une autre vue pour avoir des exports personnalisés. Pour cela, créer votre vue, et modifier les paramètres suivants :

# Name of the view based export
export_view_name = 'v_export_occtax'

# Name of the geometry columns of the view
export_geom_columns_name = 'geom_4326'

# Name of the primary key column of the view
export_id_column_name = 'permId'

La vue doit cependant contenir les champs suivants pour que les filtres de recherche fonctionnent :

date_min,
date_max,
id_releve_occtax,
id_dataset,
id_occurrence_occtax,
id_digitiser,
geom_4326,
dataset_name

Attribuer des droits

La gestion des droits (CRUVED) se fait module par module. Cependant si on ne redéfinit pas de droit pour un module, ce sont les droits de l’application mère (GeoNature elle-même) qui seront attribués à l’utilisateur pour l’ensemble de ses sous-modules.

Pour ne pas afficher le module Occtax à un utilisateur où à un groupe, il faut lui mettre l’action Read (R) à 0.

L’administration des droits des utilisateurs pour le module Occtax se fait dans le backoffice de gestion des permissions de GeoNature.

Module Admin

Administration des champs additionnels

Certains protocoles nécessitent la saisie de champs qui vont au-delà des standards du SINP sur lesquels GeoNature s’appuie. Les champs additionnels permettent ainsi d’étendre les formulaires en ajoutant des informations spécifiques pour des jeux de données (JDD) ou pour l’ensemble d’un module.

Les champs additionnels ne sont pas créés comme des colonnes à part entière, mais leurs valeurs sont stockées dans un champs additional_data au format JSON.

Actuellement seul le module Occtax implémente la gestion de ces champs additionnels.

Le backoffice de GeoNature offre une interface de création et de gestion de ces champs additionnels. Un champ additionnel est définit par:

son nom (nom dans la base de données)
son label (nom tel qu’il sera affiché sur l’interface)
son type de widget : vous devez définir si le champs est une liste déroulante, une checkbox, une nomenclature, un entier, un champ texte, etc…
le (ou les) module(s) auquel il est rattaché
le (ou les) objet(s) auquel il est rattaché. Il s’agit du placement et de la table de rattachement du champs dans le module. Par exemple Occtax est composé de 3 “objets/table”. Les objets “relevé”, “occurrence” et “dénombrement”.
le (ou les) JDD auquel il est rattaché. Si aucun JDD n’est renseigné le champ sera proposé dans tout le module pour tous les JDD. S’il est rattaché à un JDD, le champs sera chargé dynamiquement à la selection du JDD dans le formulaire
une série d’autres options pour paramétrer le comportement du champs (obligatoire, ordre, description, exportable etc…)

Exemples de configuration :

Un champs type “select” :

Un champs type “multiselect” (la clé “value” est obligatoire dans le dictionnaire de valeurs) :

Un champs type “html”. C’est un champs de type “présentation”, aucune valeur ne sera enregistré en base de données pour ce champs :

Configuration avancée des champs

Le champs “Attribut additionnels” permet d’ajouter des éléments de configuration sur les formulaires sour forme de JSON: - Ajouter une icone “?” et un tooltip au survol du formulaire : {“description” : “mon toolitp”} - Ajouter un sous-titre descriptif : {“help” : “mon sous titre”} - Ajouter des valeurs min/max pour un input number : {“min”: 1, “max”: 10}

Module OCCHAB

Installer le module

Le module OCCHAB fait parti du coeur de GeoNature. Son installation est au choix de l’administrateur.

Pour l’installer, lancer les commande suivante:

cd backend
source venv/bin/activate
geonature install_gn_module /home/`whoami`/geonature/contrib/gn_module_occhab occtax

Base de données

Le module s’appuie sur deux schémas.: ref_habitats: Le réferentiel habitat du MNHN pr_occhab: le schéma qui contient les données d’occurrence d’habitat, basé sur standard du MNHN

Configuration

Le parametrage du module OCCHAB se fait depuis le fichier /home/`whoami`/geonature/contrib/config/conf_gn_module.toml Après toute modification de la configuration d’un module, il faut regénérer le fichier de configuration du frontend comme expliqué ici : Configuration d’un gn_module

Formulaire

La liste des habitats fournit pour la saisie est basé sur une liste définit en base de données (table ref_habitat.cor_list_habitat et ref_habitat.bib_list_habitat). Il est possible d’éditer cette liste directement den base de données, d’en créer une autre et de changer la liste utiliser par le module. Editer alors ce paramètre:

ID_LIST_HABITAT = 1

Le formulaire permet de saisir des observateur basés sur le referentiel utilisateurs ( false) ou de les saisir en texte libre (true).

OBSERVER_AS_TXT = false

L’ensemble des champs du formulaire son masquables. Pour en masquer certains, passer à false les variables suivantes:

[formConfig]
  date_min = true
  date_max = true
  depth_min = true
  depth_max = true
  altitude_min = true
  altitude_max = true
  exposure = true
  area = true
  comment = true
  area_surface_calculation = true
  geographic_object = true
  determination_type = true
  determiner = true
  collection_technique = true
  technical_precision = true
  recovery_percentage = true
  abundance = true
  community_interest = true

Voir le fichier conf_gn_module.toml.example qui liste l’ensemble des paramètres de configuration du module.

Module SYNTHESE

Le module Synthèse est un module du coeur de GeoNature, fourni par défaut lors de l’installation.

Configuration

L’ensemble des paramètres de configuration du module se trouve dans le fichier général de configuration de GeoNature config/geonature_config.toml puisqu’il s’agit d’un module du coeur.

1. Modifier les filtres géographiques disponibles par défaut dans l’interface de recherche.

Editer la variable AREA_FILTERS en y ajoutant le label et l’ID du type d’entité géographique que vous souhaitez rajouter. Voir table ref_geo.bib_areas_types. Dans l’exemple on ajoute le type ZNIEFF1 (id_type = 3). Attention, dans ce cas les entités géographiques correspondantes au type 3, doivent également être présentes dans la table ref_geo.l_areas. Attention : Si des données sont déjà présentes dans la synthèse et que l’on ajoute de nouvelles entités géographiques à ref_geo.l_areas, il faut également recalculer les valeurs de la table gn_synthese.cor_area_synthese qui assure la correspondance entre les données de la synthèse et les entités géographiques.

[SYNTHESE]
    # Liste des entités géographiques sur lesquels les filtres
    # géographiques de la synthese s'appuient (id_area = id de l'entité géo, table ref_geo.bib_areas_types)
    AREA_FILTERS = [
        { label = "Communes", id_type = 25 },
        { label = "ZNIEFF1", id_type = 3 },
    ]

Il est aussi possible de passer plusieurs id_types regroupés dans un même filtre géographique (exemple : { label = "Zonages réglementaires", id_type = [22, 23] }).

2. Configurer les champs des exports

Dans tous les exports, l’ordre et le nom des colonnes sont basés sur la vue servant l’export. Il est possible de les modifier en éditant le SQL des vues en respectant bien les consignes ci-dessous.

Export des observations

Les exports (CSV, GeoJson, Shapefile) sont basés sur la vue gn_synthese.v_synthese_for_export.

Il est possible de ne pas intégrer certains champs présents dans cette vue d’export. Pour cela modifier le paramètre EXPORT_COLUMNS.

Enlevez la ligne de la colonne que vous souhaitez désactiver. Les noms de colonne de plus de 10 caractères seront tronqués dans le fichier shapefile.

[SYNTHESE]
    EXPORT_COLUMNS   = [
      "date_debut",
      "date_fin",
      "heure_debut",
      "heure_fin",
      "cd_nom",
      "cd_ref",
      "nom_valide",
      "nom_vernaculaire",
      "nom_cite",
      "regne",
      "group1_inpn",
      "group2_inpn",
      "classe",
      "ordre",
      "famille",
      "rang_taxo",
      "nombre_min",
      "nombre_max",
      "alti_min",
      "alti_max",
      "prof_min",
      "prof_max",
      "observateurs",
      "determinateur",
      "communes",
      "x_centroid_4326",
      "y_centroid_4326",
      "geometrie_wkt_4326",
      "nom_lieu",
      "comment_releve",
      "comment_occurrence",
      "validateur",
      "niveau_validation",
      "date_validation",
      "comment_validation",
      "preuve_numerique_url",
      "preuve_non_numerique",
      "jdd_nom",
      "jdd_uuid",
      "jdd_id",
      "ca_nom",
      "ca_uuid",
      "ca_id",
      "cd_habref",
      "cd_habitat",
      "nom_habitat",
      "precision_geographique",
      "nature_objet_geo",
      "type_regroupement",
      "methode_regroupement",
      "technique_observation",
      "biologique_statut",
      "etat_biologique",
      "biogeographique_statut",
      "naturalite",
      "preuve_existante",
      "niveau_precision_diffusion",
      "stade_vie",
      "sexe",
      "objet_denombrement",
      "type_denombrement",
      "niveau_sensibilite",
      "statut_observation",
      "floutage_dee",
      "statut_source",
      "type_info_geo",
      "methode_determination",
      "comportement",
      "reference_biblio",
      "id_synthese",
      "id_origine",
      "uuid_perm_sinp",
      "uuid_perm_grp_sinp",
      "date_creation",
      "date_modification"
    ]

Note: L’entête [SYNTHESE] au dessus EXPORT_COLUMNS indique simplement que cette variable appartient au bloc de configuration de la synthese. Ne pas rajouter l’entête à chaque paramètre de la synthese mais une seule fois au dessus de toutes les variables de configuration du module.

Il est également possible de personnaliser ses exports en éditant le SQL de la vue gn_synthese.v_synthese_for_export (niveau SQL et administration GeoNature avancé).

Attention, certains champs sont cependant obligatoires pour assurer la réalisation des fichiers d’export (csv, geojson et shapefile) et des filtres CRUVED.

La vue doit OBLIGATOIREMENT contenir les champs :

geojson_4326
geojson_local
id_synthese,
jdd_id (l’ID du jeu de données)
id_digitiser
observateurs

Ces champs doivent impérativement être présents dans la vue, mais ne seront pas nécessairement dans le fichier d’export si ils ne figurent pas dans la variable EXPORT_COLUMNS. De manière générale, préférez rajouter des champs plutôt que d’en enlever !

Le nom de ces champs peut cependant être modifié. Dans ce cas, modifiez le fichier geonature_config.toml, section SYNTHESE parmis les variables suivantes (EXPORT_ID_SYNTHESE_COL, EXPORT_ID_DATASET_COL, EXPORT_ID_DIGITISER_COL, EXPORT_OBSERVERS_COL, EXPORT_GEOJSON_4326_COL, EXPORT_GEOJSON_LOCAL_COL).

NB : Lorsqu’on effectue une recherche dans la synthèse, on interroge la vue gn_synthese.v_synthese_for_web_app. L’interface web passe ensuite une liste d’id_synthese à la vue gn_synthese.v_synthese_for_export correspondant à la recherche précedemment effectuée (ce qui permet à cette seconde vue d’être totalement modifiable).

La vue gn_synthese.v_synthese_for_web_app est taillée pour l’interface web, il ne faut donc PAS la modifier.

Export des métadonnées

En plus des observations brutes, il est possible d’effectuer un export des métadonnées associées aux observations. L’export est au format CSV et est construit à partir de la table gn_synthese.v_metadata_for_export. Vous pouvez modifier le SQL de création de cette vue pour customiser votre export (niveau SQL avancé).

Deux champs sont cependant obligatoire dans la vue :

jdd_id (qui corespond à l’id du JDD de la table gn_meta.t_datasets). Le nom de ce champs est modifiable. Si vous le modifiez, éditez la variable EXPORT_METADATA_ID_DATASET_COL.
acteurs: Le nom de ce champs est modifiable. Si vous le modifiez, éditez la variable EXPORT_METADATA_ACTOR_COL

Export des statuts taxonomiques (réglementations)

Cet export n’est pas basé sur une vue, il n’est donc pas possible de l’adapter.

3. Configurer les seuils du nombre de données pour la recherche et les exports

Par défaut et pour des questions de performance (du navigateur et du serveur) on limite à 50000 le nombre de résultat affiché sur la carte et le nombre d’observations dans les exports.

Ces seuils sont modifiables respectivement par les variables NB_MAX_OBS_MAP et NB_MAX_OBS_EXPORT :

Le mode cluster activé par défaut peut être désactivé via le paramètre ENABLE_LEAFLET_CLUSTER. Dans ce cas, il est conseillé de repasser le paramètre NB_MAX_OBS_MAP à 10000.

[SYNTHESE]
    # Nombre d'observation maximum à afficher sur la carte après une recherche
    NB_MAX_OBS_MAP = 10000
    # Nombre max d'observation dans les exports
    NB_MAX_OBS_EXPORT = 40000

4. Désactiver des filtres génériques

L’interface de recherche de la synthèse permet de filtrer sur l’ensemble des nomenclatures de la table gn_synthese, il est cependant possible de désactiver les filtres de certains champs.

Modifiez la variable EXCLUDED_COLUMNS

[SYNTHESE]
    EXCLUDED_COLUMNS = ['non_digital_proof'] # pour enlever le filtre 'preuve non numérique'

D’autres élements sont paramètrables dans le module synthese. La liste complète est disponible dans le fichier config/geonature_config.toml rubrique SYNTHESE.

Module VALIDATION

Le module VALIDATION, integré depuis la version 2.1.0 dans le coeur de GeoNature permet de valider des occurrences de taxon en s’appuyant sur les données présentes dans la SYNTHESE. Le module s’appuie sur le standard Validation du SINP et sur ses nomenclatures officiels.

Afin de valider une occurrence, celle-ci doit impérativement avoir un UUID. En effet, la validation est stockée en BDD dans la table transversale gn_commons.t_validations (voir doc ) qui impose la présence de cet UUID.

La table gn_commons.t_validations contient l’ensemble de l’historique de validation des occurrences. Pour une même occurrence (identifiée par un UUID unique) on peut donc retrouver plusieurs lignes dans la table correspondant au différents statuts de validation attribués à cet occurrence dans le temps.

La vue gn_commons.v_latest_validation permet de récupérer le dernier statut de validation d’une occurrence.

NB : une donnée non présente dans la SYNTHESE, ne remontera pas dans l’interface du module VALIDATION. Cependant rien n’empêche un administrateur avancé d’utiliser la table de validation et son mécanisme pour des données qui ne seraient pas en SYNTHESE (du moment que les données disposent d’un UUID).

Au niveau de l’interface, le formulaire de recherche est commun avec le module SYNTHESE. Les paramètres de configuration du formulaire sont donc également partagés et administrables depuis le fichier geonature_config.toml, rubrique SYNTHESE.

Configuration

Le parametrage du module VALIDATION se fait depuis le fichier /home/`whoami`/geonature/contrib/gn_module_validation/config/conf_gn_module.toml Après toute modification de la configuration d’un module, il faut regénérer le fichier de configuration du frontend comme expliqué ici : Configuration d’un gn_module

Liste des champs visibles

La configuration des champs de la liste se fait via deux paramètres:

COLUMNS_API_VALIDATION_WEB_APP

Liste des colonnes qui seront récupérées en plus des colonnes obligatoires. Les colonnes disponibles correspondent à celles présentent dans la vue v_synthese_validation_forwebapp

"id_nomenclature_valid_status"
"id_synthese"
"entity_source_pk_value"
"validation_auto"
"cd_nom"
"meta_update_date"
"cd_nomenclature_validation_status"
"mnemonique"
"label_default"
"unique_id_sinp"
"geojson"
"nom_vern"
"lb_nom"
"nom_vern_or_lb_nom"

LIST_COLUMNS_FRONTEND

Gestion de l’affichage des colonnes de la liste

[[LIST_COLUMNS_FRONTEND]]
prop = "observers" # Nom de la propriété en base
name = "Observateurs" # Titre de la colonne
min_width = 100 # Taille minimale de la colonne
max_width = 100 # Taille maximale de la colonne

Mail

Il est possible de personnaliser le message du mail envoyé aux observateurs. Pour ce faire il faut modifier les paramètres MAIL_BODY et MAIL_SUBJECT

Pour afficher dans le mail des données relatives à l’observation ou au taxon il faut respecter la syntaxe suivante: ${ d.NOM_PROPRIETE }

Liste des propriétés disponibles :

communes : liste des communes
medias : Titre, auteur et lien vers le média associée
data_link : lien vers l’observation dans son module de saisie
tous les champs de la synthèse (acquisition_framework, altitude_max, altitude_min, bio_status, blurring, cd_hab, cd_nom, comment_context, comment_description, date_min, depth_max, depth_min, determiner, diffusion_level, digital_proof, entity_source_pk_value, exist_proof, grp_method, grp_typ, last_action, life_stage, meta_create_date, meta_update_date, meta_v_taxref, meta_validation_date, nat_obj_geo, naturalness, nom_cite, non_digital_proof, obj_count, obs_technique, observation_status, observers, occ_behaviour, occ_stat_biogeo, place_name, precision, sample_number_proof, sensitivity, sex, source, type_count, unique_id_sinp, unique_id_sinp_grp, valid_status, validation_comment)
tous les champs du taxon (cd_nom, cd_ref, cd_sup, cd_taxsup, regne, ordre, classe, famille, group1_inpn, group2_inpn, id_rang, nom_complet, nom_habitat, nom_rang, nom_statut, nom_valide, nom_vern)