CHANGELOG
2.9.2 (2022-02-15)
🚀 Nouveautés
Optimisation du nombre d’informations renvoyées par l’API pour les utilisateurs et les organismes
Ajout d’une commande pour relancer le calcul de la sensibilité, utile en cas de modification du référentiel de sensibilité :
geonature sensitivity update-synthese
. Elle s’appuie sur la fonctiongn_synthese.update_sensitivity()
.Le niveau de diffusion dans la synthèse n’est plus calculé automatiquement à partir du niveau de sensibilité (#1711)
Le niveau de sensibilité tient compte du comportement de l’occurrence (
OCC_COMPORTEMENT
), en plus du statut biologique (STATUT_BIO
)Optimisation du recalcul de la sensibilité lors de la mise à jour de la synthèse (trigger
BEFORE
au lieu deAFTER
)Ajout de tests unitaires sur les fonctions de calcul de la sensibilité
🐛 Corrections
Correction d’une régression sur la récupération de la liste des taxons (#1674)
Correction de l’authentification au CAS de l’INPN
Correction du calcul de la sensibilité (#1284) :
Gestion correcte de la présence de plusieurs règles avec et sans critère statut biologique
Utilisation de la règle la plus sensible quand plusieurs règles s’appliquent
⚠️ Notes de version
La correction de la fonction de calcul de la sensibilité est suivie d’un recalcul automatique du niveau de sensibilité des données présentes dans la synthèse. Si vous ne souhaitez pas procéder à ce recalcul, ajoutez le paramètre
-x recompute-sensitivity=false
lors de la mise à jour de la base de données avec la commandegeonature db autoupgrade
(lancée automatiquement par le scriptmigration.sh
) :(venv)$ geonature db autoupgrade -x recompute-sensitivity=false
Le niveau de diffusion des données dans la synthèse est remis à
NULL
si celui-ci équivaut au niveau de sensibilité. Seuls les niveaux de diffusion qui différent sont laissés intacts. Si vous souhaitez rectifier vous-mêmes vos niveaux de diffusion et ne pas les remettre àNULL
quand ils sont équivalents au niveau de sensibilité, vous pouvez ajouter le paramètre-x clear-diffusion-level=false
lors de la mise à jour de la base de données :(venv)$ geonature db autoupgrade -x clear-diffusion-level=false
Si vous redescendez à l’état antérieur de votre base de données, les niveaux de diffusion seront restaurés à partir du niveau de sensibilité ; vous pouvez éviter ceci avec
-x restore-diffusion-level=false
.
2.9.1 (2022-01-27)
🚀 Nouveautés
Utilisation du paramètre
page
de Flask à la place du paramètre maisonoffset
pour la pagination des routes (rétro-compatible)Installation de TaxHub en version 1.9.4 (version corrective) par défaut
Ajout du paramètre de configuration
CODE_APPLICATION
(par défautGN
) (#1635)
🐛 Corrections
Correction de l’URL de réinitialisation de mot passe envoyée par email (#1620)
Correction d’un problème d’authentification avec le CAS
Occtax : Correction des listes déroulantes masquées dans le bloc dénombrement, en rajoutant un scroll
Correction de l’URL de l’API de TaxHub (slash final manquant) pour l’affichage des photos sur la fiche d’un profil de taxon
Correction de la synchronisation des métadonnées depuis MTD
Correction de la génération du token quand on utilise le CAS de l’INPN pour se connecter à GeoNature
Correction des permissions trop restrictives d’accès aux données de la synthèse
Correction de la pagination de la route
/color_taxon
en rajoutant un ordonnancement parcd_nom
etid_area
(utilisé par Occtax-mobile)Contournement d’un problème de redirection incorrecte par l’API de TaxHub lorsque celui-ci est mal configuré (#1438, #1616)
2.9.0 - Actias luna (2022-01-13)
Profils de taxons
🚀 Nouveautés
Construction automatique d’une fiche d’identité (profil) par taxon grâce aux observations validées présentes dans la base de données (altitude min/max, distribution spatiale, date de première/dernière observation, nombre de données valides, phénologie) (#917 par @DonovanMaillard, @lepontois, @Adrien-Pajot, @TheoLechemia, @bouttier, @amandine-sahl, @jpm-cbna)
Création d’un schéma
gn_profiles
dans la BDD contenant les tables, les vues, les fonctions et les paramètres de calcul des profils de taxons (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/data/core/profiles.sql) (#1103)Mise en place de l’API des profils de taxons (#1104)
Affichage des scores de chaque observation par rapport au profil du taxon dans la liste des observations du module Validation, ainsi que dans les fiches détails des observations dans les modules Synthèse et Validation (#1105)
Ajout de filtres des observations par score ou critère des profils de taxon dans le module Validation (#1105)
Ajout d’une alerte de contextualisation d’une observation par rapport au profil de taxon, lors de sa saisie dans le module Occtax
Mise en place de paramètres pour activer ou non les profils de taxons, paramétrer leurs règles et définir les statut de validation pris en compte pour le calcul des profils (“Certain-très probable” et “Probable” par défaut)
Documentation des profils de taxons et de leur paramètrage (https://docs.geonature.fr/admin-manual.html#profils-de-taxons)
Suppression de la vue matérialisée
gn_synthese.vm_min_max_for_taxons
et de la fonctiongn_synthese.fct_calculate_min_max_for_taxon()
qui n’étaient pas utilisées
[OCCTAX] Ajout d’un bouton permettant d’annuler la modification d’un taxon (#1508 par @jbrieuclp)
[OCCTAX] Ajout de valeurs par défaut aux champs additionnels (
gn_commons.t_additional_fields.default_value
)[OCCTAX] Ajout d’un filtre avancé par
id_releve
[SYNTHESE] Ajout d’un filtre avancé par UUID d’observation (#973)
Amélioration des listes déroulantes en passant à la librairie
ng-select2
pour les composants multiselects (#616 par @jbrieuclp)Gestion du référentiel des régions par Alembic (#1475)
Ajout des anciennes régions (1970-2016), inactives par défaut, mais utiles pour les règles régionales de sensibilité
Gestion du référentiel de sensibilité (règles nationales et régionales) par Alembic (#1576)
Ajout d’une documentation sur le calcul de la sensibilité des observations (https://docs.geonature.fr/admin-manual.html#gestion-de-la-sensibilite, par @mvergez)
[SYNTHESE] Amélioration de la fenêtre de limite d’affichage atteinte (#1520 par @jpm-cbna)
[OCCHAB] Utilisation de tout Habref par défaut si aucune liste d’habitats n’est renseignée dans la configuration du module
[METADONNEES] Attribuer des droits à un utilisateur sur un JDD si il a des droits sur son cadre d’acquisition
Association automatique et paramétrable des jeux de données personnels auto-générés à des modules (Occtax par défaut) (#1555)
Utilisation du C du CRUVED de l’utilisateur pour lister les jeux de données dans lesquels il peut ajouter des données dans les différents modules (et non plus le R du CRUVED sur GeoNature) (#659)
🐛 Corrections
[OCCTAX] Correction de l’enregistrement des dénombrements lors de l’enchainement des relevés (#1479 par @jbrieuclp)
[OCCTAX] Correction du filtre du champs “Habitat” par typologie d’habitat
[ADMIN] Correction de l’affichage du module (#1427 par @jbrieuclp)
[ADMIN] Sécurisation du module (#839)
[VALIDATION] Corrections de la validation des observations (#1485 / #1529)
[METADONNEES] Amélioration des performances (#1559)
[METADONNEES] Correction de la suppression des JDD
[METADONNEES] Correction de l’export PDF des JDD (#1544)
[METADONNEES] Correction des permissions (#1528)
[METADONNEES] Correction de la recherche avancée
[SYNTHESE] Correction de la recherche sur les champs génériques de type nombre entier (#1519 par @jpm-cbna)
[SYNTHESE] Correction des permissions
[SYNTHESE] Correction du lien entre les filtres CA et JDD (#1530)
[OCCHAB] Correction du chargement de la configuration, des fiches info et de la modification d’une station
[METADONNEES] Améliorations des performances et des contrôles du formulaire des acteurs pour les JDD et les CA (par @joelclems)
Correction de la redirection vers le formulaire de login en cas de cookie corrompu (#1550 par @antoinececchimnhn)
Correction de la création de compte utilisateur (#1527)
Mise à jour du module Habref-api-module pour corrections de certaines données d’Habref
💻 Développement
Migration vers la librairie
gn-select2
pour les listes déroulantes des formulaires (#616 / #1285 par @jbrieuclp)Documentation de développement backend revue et complétée (#1559, https://docs.geonature.fr/development.html#developpement-backend)
Amélioration de nombreuses routes et fonctions du backend
Ajouts de tests automatisés du backend
Mise en place d’une intégration continue pour exécuter automatiquement les tests backend et leur couverture de code avec GitHub Actions, à chaque commit ou pull request dans les branches
develop
oumaster
(#1568, https://github.com/PnX-SI/GeoNature/actions)[VALIDATION] Suppression des vues SQL et optimisation des routes
Génération automatique et aléatoire du paramètre
SECRET_KEY
[SYNTHESE] Remplacement de
as_literal
parjson.loads
, plus performant (par @antoinececchimnhn)Possibilité de filter la route
synthese/taxa_distribution
parid_source
(#1446 par @mvergez)Factorisation du composant
pnx-municipalities
avec le composantpnx-areas
Ajout du composant
pnx-areas
dans dynamic-formAjout d’un input
valueFieldName
aux composantspnx-areas
etpnx-municipalities
. Voir documentation (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/docs/development.rst#pnx-municipalities)Mise à jour de nombreuses dépendances
⚠️ Notes de version
La liste des JDD dans les modules de saisie (Occtax, Occhab, Monitoring et Import) se base désormais sur le C du CRUVED de l’utilisateur au niveau du module (ou du C du CRUVED de GeoNature si l’utilisateur n’a pas de CRUVED sur le module), au lieu du R de GeoNature jusqu’à présent. Vous devrez donc potentiellement adapter vos permissions à ce changement de comportement (#659)
Si vous avez surcouché le paramètre de configuration
AREA_FILTERS
de la section[SYNTHESE]
, veuillez remplacerid_type
partype_code
(voirref_geo.bib_areas_types
)AREA_FILTERS = [ { label = "Communes", id_type = 25 } ]
devient
AREA_FILTERS = [ { label = "Communes", type_code = "COM" } ]
Si vous aviez modifié les colonnes de la liste des observations du module Validation en adaptant la vue
gn_validation.v_synthese_validation_forwebapp
, celle-ci a été supprimée et il suffit désormais d’indiquer les colonnes souhaitées dans la configuration du module. Voir documentation (http://docs.geonature.fr/admin-manual.html#liste-des-champs-visibles)Les nouvelles fonctionnalités liées aux profils de taxons nécessitent de rafraichir des vues materialisées à intervalles réguliers et donc de créer une tâche planfiée (cron). Voir documentation (https://docs.geonature.fr/installation.html#taches-planifiees)
Les régions sont maintenant disponibles via des migrations Alembic. Si vous possédez déjà les régions, vous pouvez l’indiquer à Alembic :
geonature db upgrade ref_geo@head geonature db stamp d02f4563bebe
Le référentiel de sensibilité est désormais disponible via une migration Alembic. Celui-ci nécessite le référentiel des régions (branche Alembic
ref_geo_fr_regions
), ainsi que le référentiel des anciennes régions (branche Alembicref_geo_fr_regions_1970
) – l’installation de ces référentiels est automatique avec l’installation des règles de sensibilité.Si vous possédez déjà le référentiel, vous pouvez l’indiquer à Alembic :
geonature db stamp 7dfd0a813f86
Si vous avez installé GeoNature 2.8.X, le référentiel de sensibilité n’a pas été installé automatiquement. Vous pouvez l’installer manuellement :
geonature db upgrade ref_sensitivity_inpn@head
Par défaut, seule les règles nationales sont activées, vous laissant le soin d’activer vos règles locales en base vous-même. Vous pouvez également demander, lors de l’installation du référentiel, à activer (resp. désactiver) toutes les règles en ajout à la commande Alembic l’option
-x active=true
(resp.-x active=false
).Si vous souhaitez surcoucher les paramètres par défaut de Gunicorn (app_name, timeout…), depuis le passage à
systemd
dans la version 2.8.0, c’est désormais à faire dans un fichierenviron
à la racine du dossier de votre GeoNature (#1588, https://docs.geonature.fr/admin-manual.html#parametres-gunicorn)Si vous les utilisez, mettez à jour les modules Import, Export et Monitoring dans leurs dernières versions compatibles avec le version 2.9.0 de GeoNature
2.8.1 (2021-10-17)
🚀 Nouveautés
Ajout de l’indication du département au formulaire des communes (#1480)
Ajout des champs
group2inpn
etregne
au formulaire des nomenclatures (#1481)
🐛 Corrections
Correction de la commande
geonature db autoupgrade
Mise-à-jour corrective de UsersHub-authentification-module 1.5.7
2.8.0 - Vaccinium myrtillus (2021-10-18)
Gestion de la base de données avec Alembic
⚠️ Avant de mettre à jour GeoNature, vérifiez que les modules que vous utilisez disposent d’une version compatible avec la 2.8.0, suite au passage à la version 3 de Marshmallow.
🚀 Nouveautés
Support de Debian 11 / Python 3.9
Passage de
supervisor
àsystemd
Gestion de la base de données et de ses évolutions avec Alembic (#880)
Mise à jour de la procédure d’installation afin d’utiliser Alembic (#880)
Révision et réorganisation des scripts et de la documentation d’installation
Passage à la version 3 de Marshmallow (#1451)
Suppression du paramètre
ID_APP
, celui-ci est automatiquement déterminé à partir de la base de données et du code de l’applicationAjout d’un index sur le champs
ref_geo.l_areas.id_area
Mise à jour des dépendances
🐛 Corrections
Corrections et améliorations des formulaires dynamiques et des champs additionnels
Correction de l’envoi d’email lors de la récupération du mot de passe (#1471)
Occtax : Correction du focus sur le champs “taxon” quand on enchaine les taxons (#1462)
Occtax : Correction du formulaire de modification quand le relevé est une ligne ou un polygone (#1461)
Occtax : Correction de la conservation de la date quand on enchaine les relevés (#1442)
Occtax : Correction du paramètre d’export des champs additionnels (#1440)
Synthèse : correction de la recherche par jeu de données (#1494)
Correction de l’affichage des longues listes déroulantes dans les champs additionnels (#1442)
Mise à jour de la table
cor_area_synthese
lors de l’ajout de nouvelles zones via un trigger sur la tablel_areas
(#1433)Correction de l’export PDF des fiches de métadonnées (#1449)
Jeux de données : correction de l’affichage des imports sources
Correction de la configuration Apache et de la gestion par flask d’un GeoNature accessible sur un préfix (e.g.
/geonature
) (#1463)Correction de la commande
install_packaged_gn_module
Correction des champs additionnels de type boutons radios (#1464 et #1472)
Occtax : Correction du contrôle des heures quand on est sur 2 mois distincts (#1468)
Suppression de nombreux identifiants en dur dans les scripts SQL de création de la BDD
Correction du trigger d’Occtax vers la Synthèse pour le champs
Comportement
(#1469)Correction des fonctions
get_default_nomenclature_value
Correction du composant
multiselect
(#1488)Correction du script
migrate.sh
pour récupérer le fichiercustom.scss
depuis son nouvel emplacement (#1430)Correction du paramètre
EXPORT_OBSERVERS_COL
Métadonnées : Suppression en cascade sur les tables
gn_meta.cor_dataset_territory
etgn_meta.cor_dataset_protocol
(#1452)Correction de la commande
install_packaged_gn_module
: rechargement des entry points après installation avec pip d’un module packagéCorrection d’un bug lors de l’ajout d’un cadre d’acquisition
💻 Développement
Mise à jour de plusieurs dépendances
Packetage des modules fournis avec GeoNature
L’utilisateur connecté est maintenant accessible via
g.current_user
Nettoyage et refactoring divers
⚠️ Notes de version
Mettre à jour UsersHub en version 2.2.1 et TaxHub en version 1.9.0 (si vous les utilisez) en sautant leur étape de passage à Alembic (car la mise à jour de GeoNature se charge désormais de mettre à jour aussi les schémas
taxonomie
etutilisateurs
)Suppression de
supervisor
:Stopper GeoNature :
sudo supervisorctl stop geonature2
Supprimer le fichier de configuration supervisor de GeoNature :
sudo rm /etc/supervisor/conf.d/geonature-service.conf
Si supervisor n’est plus utilisé par aucun service (répertoire
/etc/supervisor/conf.d/
vide), il peut être désinstallé (sudo apt remove supervisor
)
Suivre la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)
Passage à
systemd
:Copier le fichier
install/assets/geonature.service
dans/etc/systemd/system/
Éditer
/etc/systemd/system/geonature.service
et remplacer les variables${USER}
(votre utilisateur linux courant) et${BASE_DIR}
(chemin absolu du répertoire de GeoNature) par les valeurs appropriéesLancer la commande
sudo systemctl daemon-reload
Pour démarrer GeoNature :
sudo systemctl start geonature
Pour lancer GeoNature automatiquement au démarrage du serveur :
sudo systemctl enable geonature
Correction de la configuration Apache : si vous servez GeoNature sur un préfixe (typiquement
/geonature/api
), assurez vous que ce préfixe figure bien également à la fin des directivesProxyPass
etProxyPassReverse
comme dans l’exemple suivant :<Location /geonature/api> ProxyPass http://127.0.0.1:8000/geonature/api ProxyPassReverse http://127.0.0.1:8000/geonature/api </Location>
Si vous servez GeoNature sur un sous-domaine, vérifiez ou modifier la configuration Apache :
<Location /api> ProxyPass http://127.0.0.1:8000/api ProxyPassReverse http://127.0.0.1:8000/api </Location>
Pensez à recharger Apache si vous êtes amené à en changer la configuration :
sudo systemctl reload apache2
Passage à Alembic :
S’assurer d’avoir une base de données de GeoNature en version 2.7.5
Si vous avez UsersHub installé, ajoutez dans votre configuration GeoNature la section suivante (en adaptant le chemin) :
[ALEMBIC] VERSION_LOCATIONS = '/path/to/usershub/app/migrations/versions'
Entrer dans le virtualenv afin d’avoir la commande
geonature
disponible :source backend/venv/bin/activate
Exécuter les commandes suivantes afin d’indiquer à Alembic l’état de votre base de données :
geonature db stamp f06cc80cc8ba # GeoNature 2.7.5 geonature db stamp 0dfdbfbccd63 # référentiel géographique des communes geonature db stamp 3fdaa1805575 # référentiel géographique des départements geonature db stamp 586613e2faeb # référentiel géographique des mailles 1×1 geonature db stamp 7d6e98441e4c # référentiel géographique des mailles 5×5 geonature db stamp ede150d9afd9 # référentiel géographique des mailles 10×10 geonature db stamp 1715cf31a75d # MNT de l’IGN
Si vous aviez déjà intallé certains modules, vous devez l’indiquer à Alembic :
Module Occtax :
geonature db stamp f57107d2d0ad
Module Occhab :
geonature db stamp 2984569d5df6
Mettre sa base de données à jour avec Alembic :
geonature db autoupgrade
Pour plus d’information sur l’utilisation d’Alembic, voir la documentation administrateur de GeoNature.
2.7.5 (2021-07-28)
🐛 Corrections
Compatibilité avec Occtax-mobile 1.3. Possibilité d’ajouter la query string
fields
sur la routemeta/datasets
pour choisir les champs renvoyés par l’API
⚠️ Notes de version
Si vous mettez à jour GeoNature :
Vous pouvez passer directement à cette version mais en suivant les notes des versions intermédiaires
2.7.4 (2021-07-23)
🐛 Corrections
Correction d’un import manquant entrainant un problème de compilation du frontend (#1424)
⚠️ Notes de version
Si vous mettez à jour GeoNature :
Vous pouvez passer directement à cette version mais en suivant les notes des versions intermédiaires
2.7.3 (2021-07-22)
🚀 Nouveautés
Métadonnées : ajout des paramètres
CD_NOMENCLATURE_ROLE_TYPE_DS
etCD_NOMENCLATURE_ROLE_TYPE_AF
pour limiter les rôles utilisables au niveau des jeux de données et des cadres d’acquisition (#1417)Ajout de la commande
mtd_sync
qui permet de synchroniser les métadonnées de toute une instance depuis le flux MTD du SINP
🐛 Corrections
Correction de l’affichage des jeux de données sur les fiches des cadres d’acquisition (#1410)
Doc : Précision des OS supportés (Debian 10 uniquement en production)
💻 Développement
Support des commandes Flask au niveau de la commande
geonature
(run
,db
,routes
,shell
…)Ajout des sous-modules en tant que dépendances
Ajout d’une commande
install_packaged_gn_module
⚠️ Notes de version
Si vous mettez à jour GeoNature :
Vous pouvez passer directement à cette version mais en suivant les notes des versions intermédiaires
2.7.2 (2021-07-05)
🐛 Corrections
OCCTAX : correction de la vérification du CRUVED (#1413)
OCCTAX : correction du dégrisement du formulaire au chargement de la fonctionnalité “mes lieux” (#1414)
OCCTAX : Déplacement des champs additionnels pour les dénombrements avant les médias (#1409)
Suppression des champs additionnels de type “taxonomy” qui n’étaient pas supportés
⚠️ Notes de version
Si vous mettez à jour GeoNature :
Vous pouvez passer directement à cette version mais en suivant les notes des versions intermédiaires
Exécuter le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.7.1to2.7.2.sql)
2.7.1 (2021-07-02)
🐛 Corrections
Installation des dépendances javascript des modules lors de la migration de version de GeoNature (#1252)
Installation de la version 1.8.1 de TaxHub par défaut à la place de la 1.8.0
Intégration de la documentation permettant de mettre en place l’accès public à GeoNature
⚠️ Notes de version
Si vous mettez à jour GeoNature :
Vous pouvez passer directement à cette version mais en suivant les notes des versions intermédiaires
2.7.0 - Androsace delphinensis (2021-06-30)
Nécessite la version 1.8.x de TaxHub.
🚀 Nouveautés
Compatible avec TaxHub 1.8.x qui inclut notamment la migration (optionnelle) vers Taxref version 14 et l’ajout de la BDC statuts
Installation globale migrée de Taxref version 13 à 14
Occtax : Possibilité d’ajouter des champs additionels par JDD ou globaux au module et documentation liée (#1007)
Occtax/Synthese : Ajout des champs additionnels dans les exports (#1114)
Occtax/Synthese : Affichage des champs additionnels dans les fiches info
Customisation : possibilité de changer le CSS sans rebuilder l’application
Admin : Création d’un backoffice d’administration des champs additionels (#1007)
Admin : Création d’une documentation d’administration des champs additionnels (#1007)
Occtax : Possibilité de désactiver la recherche de taxon par liste (#1315)
Occtax : Par défaut la recherche de taxon n’interroge pas une liste mais tout Taxref, si aucune liste de taxons n’a été spécifiée dans la configuration du module Occtax (voir notes de version) (#1315)
Occtax/Metadonnées : possibilité d’associer une liste de taxons à un JDD (implémenté uniquement dans Occtax) (#1315)
Occtax : Possibilité d’ajouter les infos sur les médias dans les exports (paramètre
ADD_MEDIA_IN_EXPORT
) (#1326)Occtax : Possibilité de paramétrer l’affichage des champs du composant MEDIA dans OCCTAX (paramètre
MEDIA_FIELDS_DETAILS
- #1287)Occtax : Possibilité de filtrer la liste des habitats du formulaire avec les nouveaux paramètres
ID_LIST_HABITAT
etCD_TYPO_HABITAT
Occtax : Possibilité d’ouvrir le module avec un JDD pré-selectionné en passant le paramètre
id_dataset
dans l’URL (#1071)Accueil : Réorganisation des blocs (#1375)
Accueil : Ajout d’un paramètre controlant la fréquence de MAJ du cache des statistiques de la page d’accueil (
STAT_BLOC_TTL
, par défaut 1h: 3600 secondes) (#1320)Amélioration des performances de récupération des modules et du CRUVED
Monitoring : Ajout d’un trigger garantissant la cohérence entre
date_min
etdate_max
et historisation de la tablegn_monitoring.cor_visit_observer
(#1247)La page d’authentification affiche désormais le nom de l’application (
appName
) défini dans la configuration de GeoNature (#1277)Possibilité d’ouvrir l’accès à GeoNature sans authentification (voir documentation d’administration) (#1323)
Métadonnées : Optimisation du temps de chargement des listes des CA et JDD (#1291)
Métadonnées : Passage de la version 1.3.9 du standard SINP à la version 1.3.10 et ajout des champs liés dans les formulaires (#1291)
Métadonnées : Révision du design la partie “Acteurs” du formulaire et mise à part de l’acteur de type “Contact principal”, obligatoire dans le standard SINP
Métadonnées : Ordonnancement des JDD par leur nom
Métadonnées : Ajout de la suppression en cascade au niveau des tables des CA et des JDD
Métadonnées : Ajout d’un message quand un CA ou JDD n’a pas d’acteur (#1404)
Synthèse et validation : Ajout d’un filtre avancé
Possède des médias
(#1179, #1338, #1180)Synthèse : Affichage du contenu json du champs des données additionnelles, dans la fiche détail d’une observation
Synthèse : Ajout de la possibilité d’afficher la colonne “Effectif” dans la liste des observations
DynamicForm : enrichissement des formulaires dynamiques pour les médias, l’ajout de liens externes
Ajout d’une contrainte d’unicité de la combinaison des champs
id_type
etarea_code
dansref_geo.l_areas
(#1270)Ajout d’une contrainte d’unicité du champs
type_code
de la tableref_geo.bib_areas_types
Mise à jour des versions de nombreuses dépendances Python et Javascript
Support du gestionnaire d’erreurs Sentry
Compression des images
Ajout d’un script permettant d’identifier les doublons dans
data/scripts/duplicates_deletion
(#1324)Validation : possibilité de passer des fonctions dans la liste des colonnes affichées (pour décoder une nomenclature)
Validation : Les paramètres
LIST_COLUMNS_FRONTEND
etCOLUMNS_API_VALIDATION_WEB_APP
sont regroupés en un seul paramètre nomméCOLUMN_LIST
. Voir le fichiercontrib/gn_module_validation/config/conf_gn_module.toml.example
🐛 Corrections
Occtax : Correction d’un bug sur le champs observateur lors de la modification d’un relevé (#1177)
Occtax : Renseignement par défaut de l’utilisateur connecté à la création d’un relevé en mode “observers_txt” (#1292)
Occtax : Déplacement des boutons d’action à gauche dans la liste des taxons d’un relevé pour éviter qu’ils soient masqués quand les noms de taxon sont longs (#1299 et #1337)
Occtax : Correction de la possibilité de modifier un relevé si U=1 (#1365)
Occtax : Suppression du zoom quand on localise le relevé (#1317)
Occtax : Correction du nombre de lignes affichées après une recherche
Occtax : Correction de la suppression d’un habitat lors de la modification d’un relevé (#1296)
Occtax : Correction des champs “Habitat” et “Lieu” quand on enchaine des relevés (#1191)
Occtax : Correction de l’enchainement des saisies (#1300)
Occtax : Correction de l’affichage des taxons quand le nom est long (#1299, #1337)
Occtax : Correction de l’observateur par défaut en mode
observers_txt
Occtax : Correction des messages d’information multiples (#1367)
Occtax : Correction de la mise à jour du “digitiser” lors d’une édition de relevé (#1392)
Occtax : Correction du trigger alimentant les observateurs de la synthèse depuis Occtax (#1399)
Métadonnées : Correction de la suppression d’un JDD sans données, depuis la liste des JDD (#1312)
Métadonnées : Correction de la récupération des valeurs de nomenclature depuis MTD n’existant pas dans GeoNature (#1297)
Authentification : Redirection vers la page login après une période d’inactivité (#1193)
Résolution des problèmes de permission sur le fichier
gn_errors.log
(#1003)
💻 Développement
Possibilité d’utiliser la commande
flask
(egflask shell
)Préparation de l’utilisation d’Alembic pour la gestion des migrations de la structure de la BDD (#880)
Possibilité d’importer des modules packagés (#1272)
Réorganisation des fichiers
requirements
et installation des branchesdevelop
des dépendances du fichierrequirements-dev.txt
Simplification de la gestion des erreurs
Création de templates pour les configurations Apache de GeoNature, TaxHub et UsersHub, utilisés par le script
install_all.sh
Ajout du plugon
leaflet-image
Ajout d’un champs
type
dans la tablegn_commons.t_modules
pour gérer le polymorphisme, utilisé dans le module MonitoringAjout des champs
meta_create_date
etmeta_update_date
dans la tablegn_commons.t_modules
Diverses améliorations mineures de l’architecture du code
⚠️ Notes de version
Si vous mettez à jour GeoNature :
Mettez à jour TaxHub 1.8.x avant d’effectuer la mise à jour de GeoNature : https://github.com/PnX-SI/TaxHub/releases
Si vous utilisez le module Monitoring, mettez le à jour en version 0.2.4 minimum avant de mettre à jour GeoNature
Si vous n’aviez pas renseigné de valeur pour le paramètre
id_taxon_list
dans le fichiercontrib/occtax/config/conf_gn_module.toml
du module Occtax, la liste 100 n’est plus passée par defaut et le module va rechercher sur tout Taxref. Si vous souhaitez utiliser une liste de taxons dans la saisie Occtax, veuillez renseigner l’identifiant de votre liste dans la configuration du moduleVous pouvez passer directement à cette version mais en suivant les notes des versions intermédiaires
Exécuter le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.6.2to2.7.0.sql)
Le script SQL de mise à jour va supprimer et recréer les vues
pr_occtax.v_export_occtax
etgn_synthese.v_synthese_for_export
pour y intégrer les champs additionnels. Si vous aviez modifié ces vues, adaptez le script de mise à jour de GeoNature 2.6.2 à 2.7.0, ou répercuter vos modifications après la mise à jour, à appliquer aussi dans votre éventuelle surcouche des paramètresdefault_columns_export
(danscontrib/occtax/config/conf_gn_module.toml
) etEXPORT_COLUMNS
(dansconfig/geonature_config.toml
)Le fichier de customisation CSS a été déplacé de
frontend/src/custom/custom.scss
versfrontend/src/assets/custom.css
pour pouvoir être modifié sans devoir rebuilder l’application. Son déplacement est fait automatiquement lors de la mise à jour de GeoNature. Si vous avez customisé les styles dans ce fichier et notamment fait référence à d’autres fichiers, vérifiez ou adaptez leurs cheminsSi vous aviez renseigner un des deux paramètres
LIST_COLUMNS_FRONTEND
,COLUMNS_API_VALIDATION_WEB_APP
dans le module Validation, il est nécessaire de les remplacer par le nouveau paramètreCOLUMN_LIST
. Voir le fichiercontrib/gn_module_validation/config/conf_gn_module.toml.example
Modifier dans le fichier
/etc/supervisor/conf.d/geonature-service.conf
, remplacergn_errors.log
parsupervisor.log
dans la variablestdout_logfile
:
sudo sed -i 's|\(stdout_logfile = .*\)/gn_errors.log|\1/supervisor.log|' /etc/supervisor/conf.d/geonature-service.conf
sudo supervisorctl reload
2.6.2 (2021-02-15)
🐛 Corrections
Metadonnées : correction d’un bug sur la fiche JDD si le module d’import n’est pas installé
Metadonnées : correction de l’affichage de certains champs sur la fiche des cadres d’acquisition
Metadonnées : la recherche rapide n’est plus sensible à la casse casse
2.6.1 (2021-02-11)
🐛 Corrections
Correction de la fonction
gn_synthese.fct_tri_cal_sensi_diff_level_on_each_statement()
non compatible avec PostgreSQL 10 (#1255)Synthèse : correction de l’affichage du filtre “statut de validation” (#1267)
Permissions : correction de l’URL de redirection après l’éditiondes permissions (#1253)
Précision de la documentation de mise à jour de GeoNature (#1251)
Ajout du paramètre
DISPLAY_EMAIL_INFO_OBS
dans le fichier d’exemple de configuration (#1066 par @jbdesbas)Sécurité : suppression d’une route inutile
Correction de l’URL de la doc sur la page d’accueil
⚠️ Notes de version
Si vous mettez à jour GeoNature :
Vous pouvez passer directement à cette version mais en suivant les notes des versions intermédiaires
Exécuter le script de mise à jour de la BDD du sous-module de nomenclature : https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module/blob/master/data/update1.3.5to1.3.6.sql
Exécuter ensuite le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.6.0to2.6.1.sql)
Suivez la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)
2.6.0 - Saxifraga (2021-02-04)
Nécessite Debian 10, car cette nouvelle version nécessite PostgreSQL 10 minimum (qui n’est pas fourni par défaut avec Debian 9) pour les triggers déclenchés “on each statement”, plus performants.
🚀 Nouveautés
Sensibilité : Ajout d’un trigger sur la synthèse déclenchant automatiquement le calcul de la sensibilité des observations et calculant ensuite leur niveau de diffusion (si celui-ci est NULL) en fonction de la sensibilité (#413 et #871)
Ajout du format GeoPackage (GPKG) pour les exports SIG, plus simple, plus léger, plus performant et unique que le SHAPEFILE. Les exports au format SHP restent pour le moment utilisés par défaut (modifiable dans la configuration des modules Occtax, Occhab et Synthèse) (#898)
Performances : Suppression du trigger le plus lourd calculant les couleurs des taxons par unités géographiques. Il est remplacé par une vue utilisant le nouveau paramètre
gn_commons.t_parameters.occtaxmobile_area_type
, définissant le code du type de zonage à utiliser pour les unités géographiques dans Occtax-mobile (Mailles de 5km par défaut) (#997)Performances : Amélioration du trigger de la Synthèse calculant les zonages d’une observation en ne faisant un
ST_Touches()
seulement si l’observation n’est pas un point et en le passanton each statement
(#716)Métadonnées : Refonte de la liste des CA et JDD avec l’ajout d’informations et d’actions, ainsi qu’une recherche avancée (#889)
Métadonnées : Révision des fiches info des CA et JDD avec l’ajout d’actions, du tableau des imports et du téléchargement des rapports d’UUID et de sensibilité (#889)
Métadonnées: Ajout de la fonctionnalité de fermeture (dépot) au niveau du CA (qui ferme tous les JDD du CA), seulement si le CA a au moins un JDD. Désactivée par défaut via le paramètre
ENABLE_CLOSE_AF
(#889 par @alainlaupinmnhn)Métadonnées : Possibilité d’envoyer un email automatique au créateur et à l’utilisateur d’un CA quand celui-ci est fermé (#889)
Métadonnées : Possibilité d’ajouter un titre spécifique aux exports PDF des CA quand ceux-ci sont fermés, par exemple pour en faire un certificat (#889)
Métadonnées : Possibilité d’importer directement dans un JDD actif depuis le module Métadonnées, désactivé par défaut (#889)
Métadonnées : Amélioration des possibilités de customisation des PDF des fiches de métadonnées
Métadonnées : Amélioration des fiches détail des CA et JDD et ajout de la liste des imports dans les fiches des JDD (#889)
Métadonnées : Ajout d’un spinner lors du chargement de la liste des métadonnées et parallélisation du calcul du nombre de données par JDD (#1231)
Synthèse : Possibilité d’ouvrir le module avec un JDD préselectionné (
<URL_GeoNature>/#/synthese?id_dataset=2
) et ajout d’un lien direct depuis le module Métadonnées (#889)Synthèse : ajout de web service pour le calcul du nombre d’observations par un paramètre donné (JDD, module, observateur), et du calcul de la bounding-box par jeu de données
Synthese : ajout d’un filtre avancé
Possède médias
Exports au format SHP remplacés par défaut par le format GeoPackage (GPKG) plus simple, plus léger, plus performant et unique. Les exports SHP restent activables dans la configuration des modules (#898)
Occtax : ajout du paramètre
DISPLAY_VERNACULAR_NAME
qui contrôle l’affichage du nom vernaculaire vs nom complet sur les interfaces (Defaut = true: afffiche le nom vernaculaire)Validation : Préremplir l’email à l’observateur avec des informations paramétrables sur l’occurrence (date, nom du taxon, commune, médias) (#981)
Validation : Possibilité de paramètrer les colonnes affichées dans la liste des observations (#980)
Possibilité de customiser le logo principal (GeoNature par défaut) dans
frontend/src/custom/images/
Ajout d’un champs json
additional_data
dans la tablel_areas
(#1111)Complément des scripts de migration des données depuis GINCO (
data/scripts/import_ginco/
)Barre de navigation : Mention plus générique et générale des auteurs et contributeurs
Redirection vers le formulaire d’authentification si on tente d’accéder à une page directement sans être authentifié et sans passer par le frontend (#1193)
Connexion à MTD : possibilité de filtrer les JDD par instance, avec le paramètre
ID_INSTANCE_FILTER
, par exemple pour ne récupérer que les JDD de sa région (#1195)Connexion à MTD : récupération du créateur et des acteurs (#922, #1008 et #1196)
Connexion à MTD : récupération du nouveau champs
statutDonneesSource
pour indiquer si le JDD est d’origine publique ou privéeCréation d’une commande GeoNature permettant de récupérer les JDD, CA et acteurs depuis le webservice MTD de l’INPN, en refactorisant les outils existants d’import depuis ce webservice
Ajout de contraintes d’unicité sur certains champs des tables de métadonnées et de la table des sources (#1215)
Création d’un script permettant de remplacer les règles de sensibilité nationales et régionales, par les règles départementales plus précises (
data/scripts/sensi/import_sensi_depobio.sh
), uniquement utilisé pour DEPOBIO pour le moment, en attendant de clarifier dans une prochaine release le fonctionnement que l’on retient par défaut dans GeoNature (#413)Création d’un script permettant d’importer les régions dans le référentiel géographique (
data/migrations/insert_reg.sh
)
🐛 Corrections
Occhab : Export SIG (GPKG ou SHP) corrigé (#898)
Meilleur nettoyage des sessions enregistrées dans le navigateur (#1178)
Correction des droits CRUVED et de leur héritage (#1170)
Synthèse : Retour du bouton pour revenir à l’observation dans son module d’origine (Occtax par exemple) depuis la fiche info d’une observation (#1147)
Synthèse : Suppression du message “Aucun historique de validation” quand une observation n’a pas encore de validation (#1147)
Synthèse : Correction du CRUVED sur le R = 1 (ajout des JDD de l’utilisateur)
Synthèse : Correction de l’export des statuts basé sur une recherche géographique (#1203)
Occtax : Correction de l’erreur de chargement de l’observateur lors de la modification d’un relevé (#1177)
Occtax : Suppression de l’obligation de remplir les champs “Déterminateur” et “Méthode de détermination”
Métadonnées : Suppression du graphique de répartition des espèces dans les exports PDF car il était partiellement fonctionnel
Synthèse : Fonction
import_row_from_table
, test surLOWER(tbl_name)
Redirection vers le formulaire d’authentification si l’on essaie d’accéder à une URL sans être authentifié et sans passer par le frontend (#1193)
Script d’installation globale : prise en compte du paramètre
install_grid_layer
permettant d’intégrer ou non les mailles dans leref_geo
lors de l’installation initiale (#1133)Synthèse : Changement de la longueur du champs
reference_biblio
de la tablegn_synthese.synthese
(de 255 à 5000 caractères)Sensibilité : Corrections des contraintes NOT VALID (#1245)
⚠️ Notes de version
Si vous mettez à jour GeoNature :
Vous pouvez passer directement à cette version mais en suivant les notes des versions intermédiaires
Exécuter ensuite le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.5.5to2.6.0.sql)
Toutes les nouvelles données intégrées dans le Synthèse auront leur niveau de sensibilité et de diffusion calculés automatiquement. Vous pouvez ajouter ou désactiver des règles de sensibilité dans la table
gn_sensivity.t_sensitivity_rules
Vous pouvez aussi exécuter le script qui va calculer automatiquement le niveau de sensibilité et de diffusion de toutes les données déjà présentes dans la Synthèse, éventuellement en l’adaptant à votre contexte : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.5.5to2.6.0-update-sensitivity.sql
Mettez à jour de la longueur du champs
gn_synthese.synthese.reference_biblio
à 5000 charactères. Exécutez la commande suivante dans la console :sudo -u postgres psql -d geonature2db -c "UPDATE pg_attribute SET atttypmod = 5004 WHERE attrelid = 'gn_synthese.synthese'::regclass AND attname = 'reference_biblio';"
Exécuter le script de mise à jour de la BDD du sous-module de nomenclature : https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module/blob/master/data/update1.3.4to1.3.5.sql
Suivez la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)
Si vous utilisez Occtax-mobile, vous pouvez modifier la valeur du nouveau paramètre
gn_commons.t_parameters.occtaxmobile_area_type
pour lui indiquer le code du type de zonage que vous utilisez pour les unités géographiques (mailles de 5km par défaut)Si vous disposez du module d’import, vous devez le mettre à jour en version 1.1.1
2.5.5 (2020-11-19)
🚀 Nouveautés
Ajout d’un composant fil d’ariane (#1143)
Ajout de la possiblité de désactiver les composants
pnx-taxa
etpnx-areas
(#1142)Ajout de tests sur les routes pour assurer la compatibilité avec les applications mobiles
🐛 Corrections
Correction d’un bug de récupération du CRUVED sur les modules (#1146)
Correction des validateurs sur les preuves d’existence (#1134)
Correction de la récupération des dossiers dans
backend/static
dans le scriptmigrate.sh
Correction de l’affichage de l’utilisateur dans la navbar lorsqu’on est connecté via le CAS INPN
2.5.4 (2020-11-17)
🚀 Nouveautés
Ajout de scripts
sql
etsh
de restauration des medias dansdata/medias
(#1148)Ajout d’un service pour pouvoir récupérer les informations sur l’utilisateur connecté
🐛 Corrections
Correction des médias qui sont actuellement tous supprimés automatiquement après 24h, et non pas seulement ceux orphelins (#1148)
Correction des permissions sur les fiches info des relevés dans Occtax avec la désactivation du bouton de modification du relevé quand l’utilisateur n’en a pas les droits
⚠️ Notes de version
Si vous aviez associé des médias à des observations dans Occtax ou autre et qu’ils ont été supprimés, vous pouvez les retrouver dans la table d’historisation des actions (
SELECT * FROM gn_commons.t_history_actions WHERE table_content->'id_media' IS NOT NULL AND operation_type = 'D'
)Pour restaurer les médias supprimés depuis la table
gn_commons.t_history_actions
vous pouvez :exécuter le script SQL
data/medias/restore_medias.sql
qui va recréer les médias supprimés dans la tablegn_commons.t_medias
exécuter le script BASH
data/medias/restore_medias.sh
(bash /home/`whoami`/geonature/data/medias/restore_medias.sh
ensudo
si besoin) qui va renommer des fichiers supprimés en supprimant le préfixedeleted_
2.5.3 (2020-11-04)
🚀 Nouveautés
Mise en place de l’héritage du CRUVED au niveau des objets des modules (#1028)
Révision de l’export des observations de la Synthèse (noms plus lisibles, ajout des communes et d’informations taxonomiques, complément des champs existants (#755)
Ajout d’un paramètre permettant d’ajouter un message personnalisé à la fin des emails (inscriptions, exports…) (#1050 par @jpm-cbna)
Ajout d’une alerte de dépréciation sur les fonctions
utils-sqlalchemy
présentes dans GeoNatureAjout d’un widget de type “HTML” dans les formulaires dynamiques, permettant d’ajouter des informations dans un formulaire (#1043 et #1068 par @jpm-cbna)
Ajout de la possibilité d’ajouter un texte d’aide sur les champs des formulaires dynamiques (#1065 par @jpm-cbna)
Ajout de la possibilité de définir un min et un max au composant commun
date
(#1069 par @jpm-cbna)Ajout de la possibilité de définir le nombre de lignes du composant commun
textarea
(#1067 par @jpm-cbna)Ajout de la possibilité de contrôler par une expression régulière le contenu d’un champs de type
text
des formulaires dynamiques (#1073 par @FlorentRICHARD44)Ajout de la possibilité de masquer certains champs du composant
media
(#1072, #1078 et #1083 par @metourneau)Ajout d’un spinner sur les statistiques de la page d’accueil (#1086 par @jpm-cbna)
Ajout d’un composant d’autocomplete multiselect
pnx-taxa
permettant de rechercher des taxons dans tout l’arbre taxonomique et de limiter la recherche à un rangPossibilité d’ajouter plusieurs cartes sur la même page à l’aide du composant
pnx-map
Homogénéisation du style du code et documentation des pratiques de développement
🐛 Corrections
Correction de l’affichage des noms des validateurs sur la liste dans le module validation (#1091 par @lpofredc)
Corrections mineures de l’export des observations de la Synthèse (#1108)
Synthèse : Correction du masquage de la recherche par arbre taxonomique (#1057 par @jpm-cbna)
Ajout du champs
id_nomenclature_biogeo_status
dans la Synthese (correspondance standard : statut biogéographique). La BDD est remplie avec la valeur par défaut de la tablegn_synthese.default_nomenclature_value
(valeur = non renseignée)Accueil : Correction de l’affichage du nom du module (#1087)
Correction du trigger de mise à jour d’Occtax vers la Synthèse (champs
the_geom_local
non mis à jour) (#1117 par @jbrieuclp)Correction du paramètre stockant la version de Taxref, passé à 13.0 pour les nouvelles installations (#1097 par @RomainBaghi)
Correction de l’affichage en double des markers dans Leaflet.draw (#1095 par @FlorentRICHARD44)
Synthèse : Correction des filtres avancés par technique d’observation et méthode de détermination (#1110 par @jbrieuclp)
Recréation du fichier de configuration à chaque installation (#1074 par @etot)
Annulation de l’insertion du module lorsqu’une erreur est levée à l’installation d’un module
⚠️ Notes de version
Désormais les objets des modules (par exemple les objets ‘Permissions’ et ‘Nomenclatures’ du module ‘ADMIN’) héritent automatiquement des permissions définies au niveau du module parent et à défaut au niveau de GeoNature (#1028). Il s’agit d’une évolution de mise en cohérence puisque les modules héritaient déjà des permissions de GeoNature, mais pas leurs objets. Si vous avez défini des permissions particulières aux niveaux des objets, vérifier leur cohérence avec le nouveau fonctionnement. NB : si vous aviez mis des droits R=0 pour un groupe au module ‘ADMIN’, les utilisateurs de ce groupe ne pourront pas accéder aux sous-modules ‘permissions’ et ‘nomenclatures’.
Exécuter ensuite le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.5.2to2.5.3.sql). Attention, si vous avez customisé les vues des exports Occtax et Synthèse, elles seront supprimées et recrées automatiquement par le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature pour intégrer leurs évolutions réalisées dans cette nouvelle version. Révisez éventuellement ces vues avant et/ou après la mise à jour.
Suivez la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application).
Les noms de colonnes de l’export de la Synthèse ont été entièrement revus dans la vue fournie par défaut (
gn_synthese.v_synthese_for_export
). Si vous aviez surcouché le paramètreEXPORT_COLUMNS
dans le fichierconfig/geonature_config.toml
, vérifiez les noms des colonnes.Vérifiez que la valeur du paramètre
taxref_version
dans la tablegn_commons.t_parameters
correspond bien à votre version actuelle de Taxref (11.0 ou 13.0).
2.5.2 (2020-10-13)
🐛 Corrections
Occtax : correction du problème d’installation du module dans le fichier
schemas.py
Synthese : correction de la fonctions SQL
gn_synthese.import_row_from_table
et répercussion dans le fichiergn_synthese/process.py
⚠️ Notes de version
Si vous mettez à jour GeoNature :
Vous pouvez passer directement à cette version mais en suivant les notes des versions intermédiaires
Exécuter ensuite le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.5.1to2.5.2.sql)
2.5.1 (2020-10-06)
🐛 Corrections
Ajout d’un paramètre
DISPLAY_EMAIL_INFO_OBS
définissant si les adresses email des observateurs sont affichées ou non dans les fiches info des observations des modules Synthèse et Validation (#1066)Occtax : correction de l’affichage du champs “Technique de collecte Campanule” (#1059)
Occtax : correction du fichier d’exemple de configuration
contrib/occtax/config/conf_gn_module.toml.example
(#1059)Occtax : paramètre
DISPLAY_SETTINGS_TOOLS
renomméENABLE_SETTINGS_TOOLS
et désactivé par défaut (#1060)Occtax : quand le paramètre
ENABLE_SETTINGS_TOOLS
est désactivé, remise en place du fonctionnement de l’outil “Echainer les relevés”. Dans ce cas, quand on enchaine les relevés, on conserve le JDD, les observateurs, les dates et heures d’un relevé à l’autre (#1060)Occtax : correction de l’observateur par défaut en mode
observers_as_txt
Verification des UUID : autoriser toutes les versions (#1063)
⚠️ Notes de version
Si vous mettez à jour GeoNature :
Vous pouvez passer directement à cette version mais en suivant les notes des versions intermédiaires
2.5.0 - Manidae (2020-09-30)
Occtax v2 et médias
🚀 Nouveautés
Refonte de l’ergonomie et du fonctionnement du module de saisie Occtax (#758 et #860 par @jbrieuclp et @TheoLechemia)
Enregistrement continu au fur et à mesure de la saisie d’un relevé
Découpage en 2 onglets (Un pour le relevé et un onglet pour les taxons)
Amélioration de la liste des taxons saisis sur un relevé (#635 et #682)
Amélioration de la saisie au clavier
Zoom réalisé dans la liste des relevé conservé quand on saisit un nouveau relevé (#436 et #912)
Filtres conservés quand on revient à la liste des relevés (#772)
Possibilité de conserver les informations saisies entre 2 taxons ou relevés, désactivable avec le paramètre
DISPLAY_SETTINGS_TOOLS
(#692)Correction de la mise à jour des dates de début et de fin (#977)
Affichage d’une alerte si on saisit 2 fois le même taxon sur un même relevé
Fiche d’information d’un relevé complétée et mise à jour
Passage de la version 1.2.1 à la version 2.0.0 du standard Occurrences de taxon (dans les modules Occtax, Synthèse et Validation) (#516)
Ajout des champs “Comportement”, “NomLieu”, “Habitat”, “Méthode de regroupement”, “Type de regroupement” et “Profondeur”
Ajout du champs “Précision” dans Occtax et suppression de sa valeur par défaut à 100 m
Renommage du champs “Méthode d’observation” en “Technique d’observation”
Suppression du champs “Technique d’observation” actuel de la synthèse
Renommage du champs “Technique d’observation” actuel d’Occtax en “Technique de collecte Campanule”
Ajout et mise à jour de quelques nomenclatures
Ajout d’un document de suivi de l’implémentation du standard Occurrences de taxon dans GeoNature (
docs/implementation_gn_standard_occtax2.0.ods
) (#516)
Passage de la version 1.3.9 à la version 1.3.10 du standard de Métadonnées. Mise à jour des nomenclatures “CA_OBJECTIFS” et mise à jour des métadonnées existantes en conséquence (par @DonovanMaillard)
Ajout d’un champs
addtional_data
de typejsonb
dans la tablegn_synthese.synthese
, en prévision de l’ajout des champs additionnels dans Occtax et Synthèse (#1007)Mise en place de la gestion transversale et générique des médias (images, audios, vidéos, PDF…) dans
gn_commons.t_medias
et le Dynamic-Form (#336) et implémentation dans le module Occtax (désactivables avec le paramètreENABLE_MEDIAS
) (#620 par @joelclems)Mise en place de miniatures et d’aperçus des médias, ainsi que de nombreux contrôles des fichiers et de leurs formats
Affichage des médias dans les fiches d’information des modules de saisie, ainsi que dans les modules Synthèse et Validation
Ajout de la fonctionnalité “Mes lieux” (
gn_commons.t_places
), permettant de stocker la géométrie de ieux individuels fréquemment utilisés, implémentée dans le module cartographique d’Occtax (désactivable avec le paramètreENABLE_MY_PLACES
) (#246 par @metourneau)Tri de l’ordre des modules dans le menu latéral par ordre alphabétique par défaut et possibilité de les ordonner avec le nouveau champs
gn_commons.t_modules.module_order
(#787 par @alainlaupinmnhn)Arrêt du support de l’installation packagée sur Debian 9 et Ubuntu 16 pour passer à Python version 3.6 et plus
Prise en charge de PostGIS 3 et notamment l’installation de l’extension
postgis_raster
(#946 par @jpm-cbna)Création de compte : Envoi automatique d’un email à l’utilisateur quand son compte est validé. Nécessite la version 2.1.3 de UsersHub (#862 et #1035 par @jpm-cbna)
Ajouts mineurs
Homogénéisation des styles des boutons (#1026)
Factorisation du code des fiches infos d’une observation dans les modules Synthèse et Validation (#1053)
Métadonnées : Ajout d’un paramètre permettant de définir le nombre de CA affichés sur la page (100 par défaut)
Métadonnées : Tri des CA et JDD par ordre alphabétique
Métadonnées : Ajout d’un champs
id_digitiser
dans la table des CA et des JDD, utilisé en plus des acteurs pour le CRUVED des JDD (#921)Dynamic-Form : Ajout d’un composant “select” prenant une API en entrée (#1029)
Dynamic-Form : Ajout de la possibilité d’afficher une définition d’un champs sous forme de tooltip
CAS INPN : Redirection vers la page de connexion de GeoNature quand on se déconnecte
Ajout d’une contrainte d’unicité sur
schema_name
ettable_name
sur la tablegn_commons_bib_tables_location_unique
(#962)Ajout d’une contrainte d’unicité sur
id_organism
etparameter_name
dans la tablegn_commons.t_parameters
(#988)Ajout de la possibilité de filtrer le composant
dataset
du Dynamic-Form parmodule_code
pour pouvoir choisir parmis les JDD associées à un module (#964)Mise à jour de
psycopg2
en version 2.8.5, sqlalchemy en 1.3.19, marshmallow en 2.15.6, virtualenv en 20.0.31 (par @jpm-cbna)Mises à jour de sécurité diverses
Améliorations des scripts
install/install_db.sh
etinstall/install_app.sh
(par @jpm-cbna)Ajout de l’autocomplétion des commandes
geonature
(#999 par @jpm-cbna)Suppression du fichier
backend/gunicorn_start.sh.sample
Amélioration du script
install/migration/migration.sh
en vérifiant la présence des dossiers optionnels avant de les copierAmélioration des fonctions
gn_synthese.import_json_row_format_insert_data
etgn_synthese.import_json_row
pour prendre en charge la génération des geojson dans PostGIS 3Documentation administrateur : Précisions sur les labels, pictos et ordres des modules dans le menu de navigation latéral
🐛 Corrections
Module Validation : Affichage des commentaires du relevé et de l’observation (#978 et #854)
Module Validation : Ne lister que les observations ayant un UUID et vérification de sa validité (#936)
Module Validation : Correction et homogénéisation de l’affichage et du tri des observations par date (#971)
Module Validation : Correction de l’affichage du statut de validation après mise à jour dans la liste des observations (#831)
Module Validation : Correction de l’affichage du nom du validateur
Module Validation : Amélioration des performances avec l’ajout d’un index sur le champs
uuid_attached_row
de la tablegn_commons.t_validations
(#923 par @jbdesbas)Suppression du trigger en double
tri_insert_synthese_cor_role_releves_occtax
surpr_occtax.cor_role_releves_occtax
(#762 par @jbrieuclp)Passage des requêtes d’export de la synthèse en POST plutôt qu’en GET (#883)
Correction du traitement du paramètre
offset
de la routesynthese/color_taxon
utilisé par Occtax-mobile (#994)Correction et complément des scripts de migration de données depuis GINCO v1 (
data/scripts/import_ginco/occtax.sql
)Import des utilisateurs depuis le CAS INPN : Activer les utilisateurs importés par défaut et récupérer leur email
Calcul automatique de la sensibilité : Ajout de la récursivité dans la récupération des critères de sensibilité au niveau de la fonction
gn_sensitivity.get_id_nomenclature_sensitivity
(#284)Typo sur le terme “Preuve d’existence” (par @RomainBaghi)
⚠️ Notes de version
Si vous mettez à jour GeoNature :
Nomenclatures : Commencer par exécuter le script SQL de mise à jour du schéma
ref_nomenclatures
de la BDD (https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module/blob/master/data/update1.3.3to1.3.4.sql)Exécuter ensuite le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.4.1to2.5.0.sql). Attention, si vous avez customisé les vues des exports Occtax et Synthèse, elles seront supprimées et recrées automatiquement par le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature pour s’adapter aux évolutions du standard Occtax en version 2.0.0. Révisez éventuellement ces vues avant et/ou après la mise à jour. Le script SQL de mise à jour vérifiera aussi si vous avez d’autres vues (dans le module Export notamment) qui utilisent le champs
id_nomenclature_obs_technique
qui doit être renommé et l’indiquera dès le début de l’exécution du script, en l’arrêtant pour que vous puissiez modifier ou supprimer ces vues bloquant la mise à jour.Les colonnes de l’export de la Synthèse ont été partiellement revus dans la vue fournie par défaut (
gn_synthese.v_synthese_for_export
). Si vous aviez surcouché le paramètreEXPORT_COLUMNS
dans le fichierconfig/geonature_config.toml
, vérifiez les noms des colonnes.A partir la version 2.5.0 de GeoNature, la version 3.5 de Python n’est plus supportée. Seules les versions 3.6 et + le sont. Si vous êtes encore sur Debian 9 (fourni par défaut avec Python 3.5), veuillez suivre les instructions de mise à jour de Python sur cette version (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/docs/installation-standalone.rst#python-37-sur-debian-9). Il est cependant plutôt conseillé de passer sur Debian 10 pour rester à jour sur des versions maintenues
Suivez la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)
A noter, quelques changements dans les paramètres du module Occtax. Les paramètres d’affichage/masquage des champs du formulaire ont évolué ainsi :
obs_meth
devientobs_tech
obs_technique
devienttech_collect
A noter aussi que cette version de GeoNature est compatible avec la version 1.1.0 minimum d’Occtax-mobile (du fait de la mise du standard Occurrence de taxons)
2.4.1 (2020-06-25)
🚀 Nouveautés
Occurrences sans géométrie précise : Ajout d’un champs
id_area_attachment
dans la tablegn_synthese.synthese
permettant d’associer une observation à un zonage dans le référentiel géographique (ref_geo.l_areas.id_area
) (#845 et #867)Ajout d’un champs
geojson_4326
dans la tableref_geo.l_areas
pour pouvoir afficher les zonages du référentiel géographique sur les cartes (#867)Ajout de l’import par défaut des départements de France métropole dans le référentiel géographique lors de l’installation de GeoNature (en plus des actuelles communes et grilles)
Mise à jour des communes importées sur la version de février 2020 d’Admin express IGN pour les nouvelles installations
🐛 Corrections
Correction d’un bug d’affichage des fonds de carte WMTS de l’IGN, apparu dans la version 2.4.0 avec l’ajout du support des fonds WMS (#890)
Gestion des exceptions de type
FileNotFoundError
lors de l’import des commandes d’un module
⚠️ Notes de version
Si vous mettez à jour GeoNature :
Vous pouvez passer directement à cette version mais en suivant les notes des versions intermédiaires
Exécuter le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.4.0to2.4.1.sql
Suivez la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)
Vous pouvez alors lancer le script d’insertion des départements de France métropole dans le réferentiel géographique (optionnel) : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.4.0to2.4.1_insert_departments.sh. Vérifier le déroulement de l’import dans le fichier
var/log/insert_departements.log
2.4.0 - Fiches de métadonnées (2020-06-22)
🚀 Nouveautés
Métadonnées : Ajout d’une fiche pour chaque jeu de données et cadres d’acquisition, incluant une carte de l’étendue des observations et un graphique de répartition des taxons par Groupe INPN (#846 par @FloVollmer)
Métadonnées : Possibilité d’exporter les fiches des JDD et des CA en PDF, générés par le serveur avec WeasyPrint. Logo et entêtes modifiables dans le dossier
backend/static/images/
(#882 par @FloVollmer)Métadonnées : Implémentation du CRUVED sur la liste des CA et JDD (#911)
Métadonnées : Affichage de tous les CA des JDD pour lequels l’utilisateur connecté a des droits (#908)
Compatible avec TaxHub 1.7.0 qui inclut notamment la migration (optionnelle) vers Taxref version 13
Installation globale migrée de Taxref version 11 à 13
Synthèse et zonages : Ne pas inclure l’association aux zonages limitrophes d’une observation quand sa géométrie est égale à un zonage (maille, commune…) (#716 par @jbdesbas)
Synthèse : Ajout de la possibilité d’activer la recherche par observateur à travers une liste, avec ajout des paramètres
SEARCH_OBSERVER_WITH_LIST
(False
par défaut) etID_SEARCH_OBSERVER_LIST
(#834 par @jbrieuclp)Synthèse : Amélioration de la recherche des observateurs. Non prise en compte de l’ordre des noms saisis (#834 par @jbrieuclp)
Synthèse : Ajout de filtres avancés (
Saisie par
basé surid_digitiser
,Commentaire
du relevé et de l’occurrence,Déterminateur
) (#834 par @jbrieuclp)Occtax : Création d’un trigger générique de calcul de l’altitude qui n’est exécuté que si l’altitude n’est pas postée (#848)
Ajout d’une table
gn_commons.t_mobile_apps
permettant de lister les applications mobiles, l’URL de leur APK et d’une API pour interroger le contenu de cette table. Les fichiers des applications et leurs fichiers de configurations peuvent être chargés dans le dossierbackend/static/mobile
(#852)Ajout d’un offset et d’une limite sur la route de la couleur des taxons (utilisée uniquement par Occtax-mobile actuellement)
Support des fonds de carte au format WMS (https://leafletjs.com/reference-1.6.0.html#tilelayer-wms-l-tilelayer-wms), (#890 par @jbdesbas)
Ajout d’un champs texte
reference_biblio
dans la tablegn_synthese
Amélioration des perfomances du module de validation, en revoyant la vue
gn_commons.v_synthese_validation_forwebapp
, en revoyant les requêtes et en générant le GeoJSON au niveau de la BDD (#923)Ajout d’une fonction SQL d’insertion de données dans la synthese (et une fonction python associée)
Compléments de la documentation (Permissions des utilisateurs, Occhab…)
Ajout de scripts de migration des données de GINCO1 vers GeoNature (
data/scripts/import_ginco
)Trigger Occtax vers Synthèse : Amélioration du formatage des heures avec
date_trunc()
dans la fonctionpr_occtax.insert_in_synthese()
(#896 par @jbdesbas)Barre de navigation : Clarification de l’icône d’ouverture du menu, ajout d’un paramètre
LOGO_STRUCTURE_FILE
permettant de changer le nom du fichier du logo de l’application (#897 par @jbrieuclp)Médias : Amélioration des fonctions backend
Mise à jour de jQuery en version 3.5.0
Suppression de la table
gn_synthese.taxons_synthese_autocomplete
et du trigger sur la Synthèse qui la remplissait pour utiliser la vue matérialiséetaxonomie.vm_taxref_list_forautocomplete
listant les noms de recherche de tous les taxons de Taxref, entièrement revue dans TaxHub 1.7.0Monitoring : Correction du backend pour utiliser la nouvelle syntaxe de jointure des tables
Ajout de fonctions SQL d’insertion de données dans la Synthèse (
gn_synthese.import_json_row()
etgn_synthese.import_row_from_table()
) et de la fonction Python associée (import_from_table(schema_name, table_name, field_name, value)
) pour l’API permettant de poster dans la Synthèse (#736). Utilisée par le module Monitoring.Ajout du plugin Leaflet.Deflate (#934 par @jpm-cbna)
Connexion au CAS INPN : Association des JDD aux modules Occtax et Occhab (paramétrable) quand on importe les JDD de l’utilisateur qui se connecte (dans la table
gn_commons.cor_module_dataset
)Mise à jour des librairies Python Utils-Flask-SQLAlchemy (en version 0.1.1) et Utils-Flask-SQLAlchemy-Geo (en version 0.1.0) permettant de mettre en place les exports au format GeoPackage et corrigeant les exports de SHP contenant des géométries multiples
🐛 Corrections
Mise à jour des URL de la documentation utilisateur des modules, renvoyant vers http://docs.geonature.fr
Validation : Correction de l’ouverture de la fiche d’information d’une observation (#858)
Modification de l’attribution de la hauteur du composant
map-container
pour permettre d’adapter la hauteur de la carte si la hauteur d’un conteneur parent est modifié. Et que<pnx-map height="100%">
fonctionne (#844 par @jbrieuclp)Mise à jour de la librairie python Markupsafe en version 1.1, corrigeant un problème de setuptools (#881)
Page Maintenance : Correction de l’affichage de l’image (par @jpm-cbna)
Correction du multiselect du composant
pnx-nomenclatures
(#885 par @jpm-cbna)Correction de l’
input('coordinates')
du composantmarker
(#901 par @jbrieuclp)Utilisation de NVM quand on installe les dépendances javascript (#926 par @jpm-cbna)
Formulaire JDD : Correction de l’affichage de la liste des modules (#861)
Correction de l’utilisation des paramètres du proxy (#944)
⚠️ Notes de version
Si vous mettez à jour GeoNature.
Vous devez d’abord mettre à jour TaxHub en version 1.7.0
Si vous mettez à jour TaxHub, vous pouvez mettre à jour Taxref en version 13. Il est aussi possible de le faire en différé, plus tard
Vous pouvez mettre à jour UsersHub en version 2.1.2
Exécuter le script SQL de mise à jour des nomenclatures (https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module/blob/master/data/update1.3.2to1.3.3.sql).
Si vous avez mis à jour Taxref en version 13, répercutez les évolutions au niveau des nomenclatures avec le script SQL https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module/blob/master/data/update_taxref_v13.sql. Sinon vous devrez l’exécuter plus tard, après avoir mis à jour Taxref en version 13. Après avoir mis à jour Taxref en version 13, pensez à mettre à jour le paramètre
taxref_version
dans la tablegn_commons.t_parameters
.Exécuter le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.3.2to2.4.0.sql)
Installer les dépendances de la librairie Python WeasyPrint :
sudo apt-get install -y libcairo2
sudo apt-get install -y libpango-1.0-0
sudo apt-get install -y libpangocairo-1.0-0
sudo apt-get install -y libgdk-pixbuf2.0-0
sudo apt-get install -y libffi-dev
sudo apt-get install -y shared-mime-info
Corriger l’utilisation des paramètres du proxy (#944) dans le fichier
backend/gunicorn_start.sh
en remplaçant les 2 lignes :
export HTTP_PROXY="'$proxy_http'"
export HTTPS_PROXY="'$proxy_https'"
par :
# Activation de la configuration des proxy si necessaire
[[ -z "$proxy_http" ]] || export HTTP_PROXY="'$proxy_http'"
[[ -z "$proxy_https" ]] || export HTTPS_PROXY="'$proxy_https'"
Vous pouvez supprimer les associations des observations de la synthèse aux zonages limitrophes, si vous n’avez pas d’observations sans géométrie (#719) :
DELETE FROM gn_synthese.cor_area_synthese cas
USING gn_synthese.synthese s, ref_geo.l_areas a
WHERE cas.id_synthese = s.id_synthese AND a.id_area = cas.id_area
AND public.ST_TOUCHES(s.the_geom_local,a.geom);
Suivez ensuite la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)
2.3.2 (2020-02-24)
🚀 Nouveautés
Possibilité de charger les commandes d’un module dans les commandes de GeoNature
Ajout de commentaires dans le fichier d’exemple de configuration
config/default_config.toml.example
🐛 Corrections
Correction d’une incohérence dans le décompte des JDD sur la page d’accueil en leur appliquant le CRUVED (#752)
Montée de version de la librairie
utils-flask-sqlalchemy-geo
pour compatibilité avec la version 1.0.0 du module d’export
2.3.1 (2020-02-18)
🚀 Nouveautés
Installation globale : Compatibilité Debian 10 (PostgreSQL 11, PostGIS 2.5)
Installation globale : Passage à Taxhub 1.6.4 et UsersHub 2.1.1
Utilisation généralisée des nouvelles librairies externalisées de sérialisation (https://github.com/PnX-SI/Utils-Flask-SQLAlchemy et https://github.com/PnX-SI/Utils-Flask-SQLAlchemy-Geo)
Possibilité de régler le timeout de Gunicorn pour éviter le plantage lors de requêtes longues
Ne pas zoomer sur les observations au premier chargement de la carte (#838)
Leaflet-draw : Ajout de la possibilité de zoomer sur le point (par @joelclems)
Ajout du nom vernaculaire dans les fiches d’information des relevés d’Occtax (par @FloVollmer / #826)
🐛 Corrections
Correction de l’installation de Node.js et npm par l’utilisation généralisée de nvm (#832 et #837)
Fixation de la version de Node.js en 10.15.3 (dans le fichier
fronted/.nvmrc
)Ajout d’une référence de l’objet Leaflet
L
afin qu’il soit utilisé dans les modules et changement du typage de l’évenement LeafletMouseEvent
enL.LeafletMouseEvent
Fixation de la version de vitualenv en 20.0.1 (par @sogalgeeko)
Corrections de typos dans la documentation d’administration (#840 - par @sogalgeeko)
⚠️ Notes de version
Vous pouvez passer directement à cette version depuis la 2.2.x, mais en suivant les notes des versions intermédiaires (NB : il n’est pas nécessaire d’exécuter le script
migrate.sh
des versions précédentes)Installez
pip3
etvirtualenv
:sudo apt-get update sudo apt-get install python3-pip sudo pip3 install virtualenv==20.0.1
Rajoutez la ligne
gun_timeout=30
au fichierconfig/settings.ini
puis rechargez supervisor (sudo supervisorctl reload
). Il s’agit du temps maximal (en seconde) autorisé pour chaque requête. A augmenter, si vous avez déjà rencontré des problèmes de timeout.Depuis le répertoire
frontend
, lancez la commandenvm install
2.3.0 - Occhab de Noël (2019-12-27)
🚀 Nouveautés
Développement du module Occhab (Occurrences d’habitats) basé sur une version minimale du standard SINP du même nom et s’appuyant sur le référentiel Habref du SINP (#735)
Consultation (carte-liste) des stations et affichage de leurs habitats
Recherche (et export) des stations par jeu de données, habitats ou dates
Saisie d’une station et de ses habitats
Possibilité de saisir plusieurs habitats par station
Saisie des habitats basée sur une liste pré-définie à partir d’Habref. Possibilité d’intégrer toutes les typologies d’habitat ou de faire des listes réduites d’habitats
Possibilité de charger un fichier GeoJson, KML ou GPX sur la carte et d’utiliser un de ses objets comme géométrie de station
Mise en place d’une API Occhab (Get, Post, Delete, Export stations et habitats et récupérer les valeurs par défaut des nomenclatures)
Calcul automatique des altitudes (min/max) et de la surface d’une station
Gestion des droits (en fonction du CRUVED de l’utilisateur connecté)
Définition des valeurs par défaut dans la BDD (paramétrable par organisme)
Possibilité de masquer des champs du formulaire
Création d’un sous-module autonome ou intégré pour gérer l’API d’Habref (https://github.com/PnX-SI/Habref-api-module) pour :
Rechercher un habitat dans Habref (avec usage du trigramme pour la pertinence du résultat)
Obtenir les infos d’un habitat et de ses correspondances à partir de son cd_hab
Obtenir les habitats d’une liste (avec ou sans leur code en plus de leur nom et filtrable par typologie)
Obtenir la liste des typologies (filtrable par liste d’habitats)
Mise à jour du module des nomenclatures (https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module) en version 1.3.2 incluant notamment :
Ajout de nomenclatures SINP concernant les habitats
Ajout d’une contrainte d’unicité sur la combinaison des champs
id_type
etcd_nomenclature
de la tablet_nomenclatures
Association des JDD à des modules pour filtrer les JDD utilisés dans Occtax ou dans Occhab notamment (#399)
Mise à jour de Angular 4 à Angular 7 (performances, ….) par @jbrieuclp
Ajout d’une documentation utilisateur pour le module Synthèse : http://docs.geonature.fr/user-manual.html#synthese (par @amandine-sahl)
OCCTAX : Amélioration importante des performances de la liste des relevés (par @jbrieuclp) (#690, #740)
Améliorations des performances des exports de Occtax et de Synthèse et ajout d’index dans Occtax (par @gildeluermoz) (#560)
Partage de scripts de sauvegarde de l’application et de la BDD dans
data/scripts/backup/
(par @gildeluermoz)Externalisation des librairies d’outils Flask et SQLAlchemy (https://github.com/PnX-SI/Utils-Flask-SQLAlchemy et https://github.com/PnX-SI/Utils-Flask-SQLAlchemy-Geo) pour pouvoir les factoriser et les utiliser dans d’autres applications. Cela améliore aussi les performances des jointures.
SYNTHESE : Ajout d’un export de la liste des espèces (#805)
SYNTHESE : Baser la portée de tous les exports (y compris Statuts) sur l’action E (#804)
METADONNEES : Affichage des ID des JDD et CA
OCCTAX : Conserver le fichier GPX ou GeoJSON chargé sur la carte quand on enchaine des relevés et ajouter de la transparence sur les géométries utilisés dans les relevés précédents (#813)
OCCTAX : Clarification de l’ergonomie pour ajouter un dénombrement sur un taxon (#780)
Ajout des dates de creation et de modification dans les tables
gn_monitoring.t_base_sites
etgn_monitoring.t_base_visits
et triggers pour les calculer automatiquementAjout des champs
geom_local
,altitude_min
etaltitude_max
dans la tablegn_monitoring.t_base_sites
et triggers pour les calculer automatiquement (#812)Ajout des champs
id_dataset
,id_module
,id_nomenclature_obs_technique
etid_nomenclature_grp_typ
dans la tablegn_monitoring.t_base_visits
(#812)Le composant générique FileLayer expose un
output
pour récuperer la géométrie sélectionnée (un observable de MapService était utilisé auparavant)Support des markers sur le composant
leaflet-draw
Possibilité de ne pas activer le composant
marker
au lancement lorsque celui-ci est utilisé (inputdefaultEnable
)Ajout d’inputs
time
,number
,medias
etdatalist
au composant DynamicForm permettant de générer des formulaires dynamiques.Améliorations diverses du composant DynamicForm (par @joelclems)
Ajout d’un paramètre dans le cas où le serveur se trouve derrière un proxy (
proxy_http
ou dansproxy_https
dansconfig/settings.ini
)Ajout d’une route permettant de récupérer la liste des rôles d’une liste à partir de son code (par @joelclems)
🐛 Corrections
MENU Side nav : Correction pour ne pas afficher les modules pour lesquels le paramètre
active_frontend
est False (#822)OCCTAX : Gestion de l’édition des occurrences où le JDD a été désactivé, en ne permettant pas de modifier le JDD (#694)
OCCTAX : Correction d’une faiblesse lors de la récupération des informations taxonomiques d’un relevé (utilisation d’une jointure plutôt que l’API TaxHub) (#751)
OCCTAX : Correction des longues listes de taxons dans les tooltip des relevés en y ajoutant un scroll (par @jbrieuclp) (#666)
OCCTAX : Masquer le bouton
Télécharger
si l’utilisateur n’a pas de droits d’export dans le module (E = 0)OCCTAX : Correction de l’affichage des relevés dans la liste (#777)
OCCTAX : Correction des exports quand on filtre sur un obervateur en texte
SYNTHESE : Filtre sur
date_max
en prenantdate_max <= 23:59:59
pour prendre en compte les observations avec un horaire (#778)SYNTHESE : Correction des boutons radios pour les filtres taxonomiques avancés basés sur les attributs TaxHub (#763)
SYNTHESE : Correction de la recherche par
cd_nom
dans le composantSearchTaxon
(#824)VALIDATION : Corrections mineures (par @jbrieuclp) (#715)
INSCRIPTION : Correction si aucun champ additionnel n’a été ajouté au formulaire (par @jbrieuclp) (#746)
INSCRIPTION : Correction de l’usage des paramètres
ENABLE_SIGN_UP
etENABLE_USER_MANAGEMENT
(#791)Simplification de l’écriture des logs dans le script
install_db.sh
Correction de l’installation des requirements.txt lors de l’installation d’un module (#764 par @joelclems)
COMMONS : Modification des champs de
t_modules
de type CHARACTER(n) en CHARACTER VARYING(n) (module_path
,module_target
,module_external_url
) (#799)COMMONS : Ajout de contraintes d’unicité pour les champs
module_path
etmodule_code
det_modules
pnx-geojson : Amélioration du zoom, gestion des styles
Migration des données GeoNature V1 vers V2 (
data/migrations/v1tov2/
) : ajustements mineurs
⚠️ Notes de version
NB: La version 2.3.0 n’est pas compatible avec le module Dashboard. Si vous avez le module Dashboard installé, ne passez pas à cette nouvelle version. Compatibilité dans la 2.3.1.
Lancer le script de migration qui va installer et remplir le nouveau schéma
ref_habitats
avec Habref et mettre à jour le schémaref_nomenclatures
:
cd /home/`whoami`/geonature/install/migration
chmod +x 2.2.1to2.3.0.sh
./2.2.1to2.3.0.sh
Vérifier que la migration s’est bien déroulée dans le fichier var/log/2.2.1to2.3.0.log
.
Lancer le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature https://raw.githubusercontent.com/PnX-SI/GeoNature/2.3.0/data/migrations/2.2.1to2.3.0.sql
Vous pouvez installer le nouveau module Occhab (Occurrences d’habitats) si vous le souhaitez :
cd /home/`whoami`/geonature/backend
source venv/bin/activate
geonature install_gn_module /home/`whoami`/geonature/contrib/gn_module_occhab /occhab
deactivate
Lors de la migration (
/data/migrations/2.2.1to2.3.0.sql
), tous les JDD actifs sont associés par défaut au module Occtax (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.2.1to2.3.0.sql#L17-L22). A chacun d’adapter si besoin, en en retirant certains. Pour utiliser le module Occhab, vous devez y associer au moins un JDD.
2.2.1 (2019-10-09)
🐛 Corrections
La route de changement de mot de passe était désactivée par le mauvais paramètre (
ENABLE_SIGN_UP
au lieu deENABLE_USER_MANAGEMENT
)Désactivation du mode “enchainement des relevés” en mode édition (#669). Correction effacement du même relevé (#744)
Correction d’affichage du module métadonnées lorsque les AF n’ont pas de JDD pour des raisons de droit (#743)
Diverses corrections de doublons d’import et de logs de débugs (#742)
Montée de version du sous-module d’authentification: 1.4.2
2.2.0 - Module utilisateurs (2019-09-18)
🚀 Nouveautés
Ajout d’interfaces et de paramètres de création de compte, de récupération de son mot de passe et d’administration de son profil, basé sur l’API UsersHub 2.1.0 (par @jbrieuclp et @TheoLechemia) #615
Ajout d’une fonctionnalité de création automatique d’un CA et d’un JDD personnel lors de la validation d’un compte créé automatiquement (paramétrable)
Amélioration du composant de création dynamique de formulaire (support de text-area, checkbox simple et multiple et exemple d’utilisation à partir de la conf GeoNature)
Le composant ‘observateur’ permet de rechercher sur le nom ou le prénom (utilisation des RegEx) #567
Mise à jour de Flask en version 1.1.1
Nouvelle version du sous-module d’authentification (1.4.1), compatible avec UsersHub 2.1.0
Mise à jour du sous-module de nomenclatures (version 1.3.0)
Mise à jour et clarification du MCD (http://docs.geonature.fr/admin-manual.html#base-de-donnees) par @jpm-cbna
Ajout d’une tutoriel vidéo d’installation dans la documentation (https://www.youtube.com/watch?v=JYgH7cV9AjE, par @olivier8064)
🐛 Corrections
Correction d’un bug sur les export CSV en utilisant la librairie Python standard
csv
(#733)SYNTHESE API : Passage de la route principale de récupération des données en POST plutôt qu’en GET (#704)
SYNTHESE BDD : Suppression automatique des aires intersectées (
synthese.cor_area_synthese
) lorsqu’une observation est supprimée (DELETE CASCADE)SYNTHESE : Prise en compte du paramètre
EXPORT_ID_SYNTHESE_COL
(#707)OCCTAX : Correction d’une autocomplétion automatique erronée de la date max en mode édition (#706)
VALIDATION : Améliorations des performances, par @jbrieuclp (#710)
Prise en compte des sous-taxons pour le calcul des règles de sensibilité
Correction des contraintes CHECK sur les tables liées à la sensibilité
Complément et correction des scripts de migration
data/migrations/v1tov2
Correction et clarification de la documentation d’administration des listes de taxons et de sauvegarde et restauration de la BDD (par @lpofredc)
Correction de la rotation des logs
⚠️ Notes de version
Passer le script de migration suivant: https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.1.2to2.2.0.sql
Suivez ensuite la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)
Si vous souhaitez activer les fonctionnalités de création de compte, veuillez lire attentivement cette documentation : http://docs.geonature.fr/admin-manual.html#configuration-de-la-creation-de-compte
Si vous activez la création de compte, UsersHub 2.1.0 doit être installé. Voir sa note de version.
2.1.2 (2019-07-25)
🐛 Corrections
SYNTHESE : Correction d’une URL en dur pour la recherche de rangs taxonomiques
OCCTAX : Affichage uniquement des JDD actifs
VALIDATION : Abaissement de la limite d’affichage de données sur la carte par défaut + message indicatif
Migration : Suppression d’un lien symbolique qui créait des liens en cascade
Amélioration de la documentation (@dthonon)
Amélioration de la rapidité d’installation du MNT grâce à la suppression d’un paramètre inutile
BACKOFFICE : Correction d’une URL incorrecte et customisation
⚠️ Notes de version
Ceci est une version corrective mineure. Si vous migrez depuis la 2.1.0, passez directement à cette version en suivant les notes de version de la 2.1.1.
2.1.1 (2019-07-18)
🚀 Nouveautés
SYNTHESE: Factorisation du formulaire de recherche (utilisé dans le module synthese et validation)
SYNTHESE: Simplification et correction du module de recherche avancée d’un taxon en le limitant à l’ordre (performances)
SYNTHESE: Ajout d’un composant de recherche taxonomique avancé basé sur les rangs taxonomiques (modules synthese et validation), basé sur la nouvelle fonction
taxonomie.find_all_taxons_children
ajoutée à TaxHubCréation d’un backoffice d’admnistration dans le coeur de GeoNature. Basé sur Flask-admin, les modules peuvent alimenter dynamiquement le backoffice avec leur configuration
Mise en place d’une documentation développeur automatique de l’API à partir des docstring et des composants frontend, générée par Travis et désormais accessible à l’adresse http://docs.geonature.fr (#673)
Amélioration de la documentation (triggers, installation, module validation)
Suppression du module d’exemple, remplacé par un template de module (https://github.com/PnX-SI/gn_module_template)
Ajout d’un champ
validable
sur la tablegn_meta.t_datasets
controlant les données présentes dans le module VALIDATION (https://github.com/PnX-SI/gn_module_validation/issues/31)VALIDATION: Lister toutes les données de la synthèse ayant un
uuid_sinp
dans le module validation, et plus seulement celles qui ont un enregistrement dansgn_commons.t_validations
VALIDATION: On ne liste plus les
id_nomenclatures
des types de validation à utiliser, dans la configuration du module. Mais on utilise toutes les nomenclatures activées du type de nomenclatureSTATUT_VALID
. (https://github.com/PnX-SI/gn_module_validation/issues/30)Ajout de tests sur les ajouts de JDD et CA
Ajout d’une fonctionnalité d’envoie d’email via Flask-Mail dans le coeur de GeoNature
Amélioration des performances: ajout d’index sur Occtax et Metadonnées
Script d’import des métadonnées à partir du webservice MTD de l’INPN (@DonovanMaillard)
Complément, correction et compatibilité 2.1.0 des scripts de migration
data/migrations/v1tov2
🐛 Corrections
Nombreuses corrections du module de validation (non utilisation des id_nomenclature, simplification des vues et de la table
gn_commons.t_validations
)Ordonnancement de listes déroulantes (#685)
OCCTAX : correction de l’édition d’un relevé à la géométrie de type Polyline (#684)
OCCTAX : correction l’édition et du contrôle conditionnel des champs de “preuves” (preuve d’existence numérique / non numérique) (#679)
OCCTAX : correction du parametre
DATE_FORM_WITH_TODAY
non pris en compte (#670)OCCTAX: correction de la date_max non remplie lorsque
DATE_FORM_WITH_TODAY = false
OCCTAX: correction d’un bug lors de l’enchainement de relevé lorsque l’heure est remplie
SYNTHESE: correction des doublons lorsqu’il y a plusieurs observateurs
Correction du composant
dynamicForm
sur les champs de recherche de type texte (recherche sur Preuve numérique) (#530)Désactivation du mode “enchainer les relevés” en mode édition (#699)
Correction de
gn_monitoring
: utilisergn_commons.t_modules
à la place deutilisateurs.t_applications
pour associer des sites de suivi à des modulesFix de SQLalchemy 1.3.3 et jointure sur objet Table
Le trigger remplissant
cor_area_synthese
en intersectantgn_synthese.synthese
avecref_geo.l_areas
ne prend plus que les zonages ayant le champsenabled=true
Correction
dict()
et version de Python (par @jpm-cbna)MAJ de sécurité de Bootstrap (en version 4.3.1)
L’ancien module export du coeur est enlevé en vue de la sortie du nouveau module export
⚠️ Notes de version
Passer TaxHub en version 1.6.3 (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/releases/tag/1.6.3)
Passer le script de migration
data/2.1.0to2.1.1.sql
Si vous aviez modifier les
id_nomenclature
dans la surcouche de la configuration du module validation, supprimer les car on se base maintenant sur lescd_nomenclature
Suivez ensuite la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)
Nouvelle localisation de la doc : http://docs.geonature.fr
2.1.0 - Module validation (2019-06-01)
🚀 Nouveautés
Intégration du module Validation dans GeoNature (développé par @JulienCorny, financé par @sig-pnrnm)
Ajout de tables, règles et fonctions permettant de calculer la sensibilité des occurrences de taxon de la synthèse (#284)
Occtax - Possibilité d’enchainer les saisies de relevés et de garder les informations du relevé (#633)
Occtax - Amélioration de l’ergonomie de l’interface MapList pour clarifier la recherche et l’ajout d’un relevé + ajout compteur (#467)
Révision de l’interface du module Métadonnées, listant les cadres d’acquisition et leurs jeux de données (par @jbrieuclp)
Ajout d’un mécanisme du calcul des taxons observés par zonage géographique (#617)
Les mailles INPN (1, 5, 10km) sont intégrées à l’installation (avec un paramètre)
Statistiques de la page d’accueil - Ajout d’un paramètre permettant de les désactiver (#599)
Occtax - Date par défaut paramétrable (#351)
Support des géometries multiples (MultiPoint, MultiPolygone, MultiLigne) dans la synthèse et Occtax (#609)
Synthese - Affichage des zonages intersectés dans un onglet séparé (#579)
🐛 Corrections
Révision complète des scripts de migration de GeoNature v1 à v2 (
data/migrations/v1tov2
)Masquer l’export du module Synthèse si son CRUVED est défini à 0 (#608)
Correction de la vérification du CRUVED du module METADONNEES (#601)
Correction de la vérification du CRUVED lorsque get_role = False
Correction de la traduction sur la page de connexion (par @jbrieuclp)
Occtax - Retour du composant GPS permettant de charger un marker à partir de coordonnées X et Y (#624)
Correction lors d’import de fichier GPX ayant une altitude (#631)
Occtax - Correction du filtre Observateur texte libre (#598)
Métadonnées - Inversion des domaines terrestre/marin (par @xavyeah39)
Métadonnées - Correction de l’édition des cadres d’acquisition (#654, par @DonovanMaillard)
Mise à jour de sécurité de Jinja2 et SQLAlchemy
⚠️ Notes de version
Vous pouvez passer directement à cette version, mais en suivant les notes des versions intermédiaires
Suivez ensuite la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)
Lancer le script de migration de la base de données :
Cette nouvelle version de GeoNature intègre les mailles INPN (1, 5, 10km) dans le réferentiel géographique. Si vous ne souhaitez pas les installer, lancer le script ci dessous en passant le paramètre
no-grid
cd /home/`whoami`/geonature/data/migrations # avec les mailles ./2.0.1to2.1.0.sh # sans les mailles: # ./2.0.1to2.1.0.sh no-grid
Installer le module VALIDATION si vous le souhaitez :
Se placer dans le virtualenv de GeoNature
cd /home/`whoami`/geonature/backend source venv/bin/activate
Lancer la commande d’installation du module puis sortir du virtualenv
geonature install_gn_module /home/`whoami`/geonature/contrib/gn_module_validation/ /validation deactivate
2.0.1 (2019-03-18)
🚀 Nouveautés
Développement : ajout d’une fonction de génération dynamique de requête SQL (avec vérification et cast des types)
Synthese : Ajout d’un message indiquant que le module affiche les dernières observations par défaut
🐛 Corrections
Synthese : correction du filtre CRUVED pour les portées 1 et 2 sur la route
synthese/for_web
(#584)Synthese : correction du bug lorsque la géométrie est null (#580)
Synthese : Correction de la redirection vers le module de saisie (#586)
Synthese : Correction de la valeur par défaut de la nomenclature
STATUT_OBS
(Présent
au lieu deNSP
)Configuration carto : correction du bug d’arrondissement des coordonnées géographiques (#582)
Correction du trigger de calcul de la geom locale
Recréation de la vue
pr_occtax.export_occtax_sinp
qui avait été supprimée lors de la migration RC3 vers RC4Correction de la vue
pr_occtax.v_releve_list
Correction ajout rang et cd_nom sur l’autocomplete de la synthese, absent dans le script de migration
DEPOBIO : Correction de la déconnexion au CAS INPN
Occtax et Metadata: correction lors de la mise à jour d’un élement (Merge mal géré par SQLAlchemy lorsqu’on n’a pas une valeur NULL) (#588)
Composant “jeu de données” : retour à l’affichage du nom long (#583)
Amélioration du style du composant multiselect
Metadata : formulaire cadre d’acquisition - listage uniquement des cadres d’acquisition parent pour ne pas avoir de cadres d’acquisition imbriqués
Ajouts de tests automatisés complémentaires
⚠️ Notes de version
Vous pouvez passer directement à cette version, mais en suivant les notes des versions intermédiaires
Exécuter le script de migration SQL du sous-module Nomenclatures (https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module/blob/1.2.4/data/update1.2.3to1.2.4.sql)
Exécuter le script de migration SQL de GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.0.0to2.0.1.sql)
Suivez ensuite la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)
2.0.0 - La refonte (2019-02-28)
La version 2 de GeoNature est une refonte complète de l’application.
Refonte technologique en migrant de PHP/Symfony/ExtJS/Openlayers à Python3/Flask/Angular4/Leaflet
Refonte de l’architecture du code pour rendre GeoNature plus générique et modulaire
Refonte de la base de données pour la rendre plus standardisée, plus générique et modulaire
Refonte ergonomique pour moderniser l’application

Pour plus de détails sur les évolutions apportées dans la version 2, consultez les détails des versions RC (Release Candidate) ci-dessous.
Nouveautés
Possibilité de charger un fichier (GPX, GeoJson ou KML) sur la carte pour la saisie dans le module Occtax (#256)
Ajout d’un moteur de recherche de lieu (basé sur l’API OpenStreetMap Nominatim) sur les modules cartographiques (#476)
Intégration du plugin leaflet markerCluster permettant d’afficher d’avantage d’observations sur les cartes et de gérer leurs superposition (#559)
Synthèse : possibilité de grouper plusieurs types de zonages dans le composant
pnx-areas
Design de la page de login
Intégration d’un bloc stat sur la page d’accueil
Ajout d’un export des métadonnées dans la synthèse
Centralisation de la configuration cartographique dans la configuration globale de GeoNature (
geonature_config.toml
)Cartographie : zoom sur l’emprise des résultats après une recherche
Migration de la gestion des métadonnées dans un module à part : ‘METADATA’ (#550)
Export vue synthèse customisable (voir doc)
Lien vers doc par module (customisables dans
gn_commons.t_modules
) (#556)Ajout du code du département dans les filtres par commune (#555)
Ajout du rang taxonomique et du cd_nom après les noms de taxons dans la recherche taxonomique (#549)
Mise à jour des communes fournies lors de l’installation (IGN admin express 2019) (#537)
Synthèse : Ajout du filtre par organisme (#531), affichage des acteurs dans les fiches détail et les exports
Synthese: possibilité de filtrer dans les listes déroulantes des jeux de données et cadres d’acquisition
Filtre de la recherche taxonomique par règne et groupe INPN retiré des formulaires de recherche (#531)
Suppression du champ validation dans le schéma de BDD Occtax car cette information est stockée dans la table verticale
gn_commons.t_validations
+ affichage du statut de validation dans les fiches Occtax et SynthèseAjout d’une vue
gn_commons.v_lastest_validation
pour faciliter la récupération du dernier statut de validation d’une observationSuppression de toutes les références à
taxonomie.bib_noms
en vue de le supprimer de TaxHubSéparation des commentaires sur l’observation et sur le contexte (relevé) dans la Synthèse et simplification des triggers de Occtax vers Synthèse (#478)
Nouveau logo GeoNature (#346)
Corrections
Améliorations importantes des performances de la synthèse (#560)
Synthèse : correction liée aux filtres multiples et aux filtres géographiques de type cercle
Ajout d’une contrainte
DELETE CASCADE
entreref_geo.li_municialities
etref_geo.l_areas
(#554)Occtax : possibilité de saisir un dénombrement égal à 0 (cas des occurrences d’absence)
Occtax : retour à l’emprise cartographique précédente lorsqu’on enchaine les relevés (#570)
Occtax : correction de l’automplissage du champ
hour_max
lors de l’édition d’un relevéDivers compléments de la documentation (merci @jbdesbas, @xavyeah39 et @DonovanMaillard)
Ajout de contraintes d’unicité sur les UUID_SINP pour empêcher les doublons (#536)
Corrections et compléments des tests automatiques
Amélioration de l’installation des modules GeoNature
Notes de version
1. Pour les utilisateurs utilisant la version 1 de GeoNature :
Il ne s’agit pas de mettre à jour GeoNature mais d’en installer une nouvelle version. En effet, il s’agit d’une refonte complète.
Sauvegarder toutes ses données car l’opération est complexe et non-automatisée
Passer à la dernière version 1 de GeoNature (1.9.1)
Passer aux dernières versions de UsersHub et TaxHub
Installer GeoNature standalone ou refaire une installation complète
Adaptez les scripts présents dans
/data/migrations/v1tov2
et exécutez-les pas à pas. Attention ces scripts ont été faits pour la version 2.0.0-rc.1 et sont donc à ajuster, tester, compléter et adapter à votre contexte
2. Pour les utilisateurs utilisant une version RC de GeoNature 2 :
Veuillez bien lire ces quelques consignes avant de vous lancer dans la migration.
Vous pouvez passer directement à cette version, mais en suivant les notes des versions intermédiaires.
Les personnes ayant configuré leur fichier
map.config.ts
devront le répercuter dansgeonature_config.toml
, suite à la centralisation de la configuration cartographique (voir https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/2.0.0/config/default_config.toml.example section[MAPCONFIG]
).La configuration des exports du module synthèse a été modifiée (voir http://docs.geonature.fr/user-manual.html#synthese). Supprimer la variable``[SYNTHESE.EXPORT_COLUMNS]`` dans le fichier
geonature_config.toml
. Voir l’exemple dans le fichier (voir https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/2.0.0/config/default_config.toml.example section) pour configurer les exports.Supprimer la variable
COLUMNS_API_SYNTHESE_WEB_APP
si elle a été ajoutée dans le fichiergeonature_config.toml
.Pour simplifier son édition, le template personalisable de la page d’accueil (
frontend/src/custom/components/introduction/introduction.component.html
) a été modifié (la carte des 100 dernière observations n’y figure plus). Veuillez supprimer tout ce qui se situe à partir de la ligne 21 (<div class="row row-0">
) dans ce fichier.Exécuter le script de migration SQL: https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/2.0.0/data/migrations/2.0.0rc4.2to2.0.0.sql.
Le backoffice de gestion des métadonnées est dorénavant un module GeoNature à part. Le script migration précédemment lancé prévoit de mettre un CRUVED au groupe_admin et groupe_en_poste pour le nouveau module METADATA. Les groupes nouvellement créés par les administrateurs et n’ayant de CRUVED pour l’objet METADATA (du module Admin), se retrouvent avec le CRUVED hérité de GeoNature. L’administrateur devra changer lui-même le CRUVED de ces groupes pour le nouveau module METADATA via le backoffice des permissions.
Suivez ensuite la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application).
2.0.0-rc.4.2 (2019-01-23)
Nouveautés
Mise en place de logs rotatifs pour éviter de surcharger le serveur
Centralisation des logs applicatifs dans le dossier
var/log/gn_errors.log
de GeoNature
Corrections
Synthèse - Correction et amélioration de la gestion des dates (#540)
Amélioration des tests automatisés
Correction et complément ds scripts d’installation des modules GeoNature
Remplacement de
gn_monitoring.cor_site_application
pargn_monitoring.cor_site_module
Complément des documentations de customisation, d’administration et de développement
Ajout d’une documentation de migration de données Serena vers GeoNature (https://github.com/PnX-SI/Ressources-techniques/tree/master/GeoNature/migration/serena) par @xavyeah39
Note de version
Vous pouvez passer directement à cette version, mais en suivant les notes des versions intermédiaires
Exécutez la mise à jour de la BDD GeoNature (
data/migrations/2.0.0rc4.1to2.0.0rc4.2.sql
)Depuis la version 2.0.0-rc.4, on ne stocke plus les modules de GeoNature dans
utilisateurs.t_applications
. On ne peut donc plus associer les sites de suivi degn_monitoring
à des applications, utilisé par les modules de suivi (Flore, habitat, chiro). Le mécanisme est remplacé par une association des sites de suivi aux modules. La création de la nouvelle table est automatisée (data/migrations/2.0.0rc4.1to2.0.0rc4.2.sql
), mais pas la migration des éventuelles données existantes degn_monitoring.cor_site_application
versgn_monitoring.cor_site_module
, à faire manuellement.Afin que les logs de l’application soient tous écrits au même endroit, modifier le fichier
geonature-service.conf
(sudo nano /etc/supervisor/conf.d/geonature-service.conf
). A la lignestdout_logfile
, remplacer la ligne existante parstdout_logfile = /home/<MON_USER>/geonature/var/log/gn_errors.log
(en remplaçant <MON_USER> par votre utilisateur linux).Vous pouvez également mettre en place un système de logs rotatifs (système permettant d’archiver les fichiers de logs afin qu’ils ne surchargent pas le serveur - conseillé si votre serveur a une capacité disque limitée). Créer le fichier suivant
sudo nano /etc/logrotate.d/geonature
puis copiez les lignes suivantes dans le fichier nouvellement créé (en remplaçant <MON_USER> par votre utilisateur linux)/home/<MON_USER>/geonature/var/log/*.log { daily rotate 8 size 100M create compress }
Exécutez ensuite la commande
sudo logrotate -f /etc/logrotate.conf
Suivez ensuite la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)
2.0.0-rc.4.1 (2019-01-21)
Corrections
Mise à jour des paquets du frontend (#538)
Correction d’un conflit entre Marker et Leaflet-draw
Utilisation du paramètre
ID_APP
au niveau de l’applicationCorrections mineures diverses
Note de version
Sortie de versions correctives de UsersHub (2.0.2 - https://github.com/PnX-SI/UsersHub/releases) et TaxHub (1.6.1 - https://github.com/PnX-SI/TaxHub/releases) à appliquer aussi
Vous pouvez vous référer à la documentation globale de mise à jour de GeoNature RC3 vers RC4 par @DonovanMaillard (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/docs/update-all-RC3-to-RC4.rst)
2.0.0-rc.4 (2019-01-15)
Nouveautés
Intégration de la gestion des permissions (CRUVED) dans la BDD de GeoNature, géré via une interface d’administration dédié (#517)
Mise en place d’un système de permissions plus fin par module et par objet (#517)
Mise en place d’un mécanimse générique pour la gestion des permissions via des filtres : filtre de type portée (SCOPE), taxonomique, géographique etc… (#517)
Compatibilité avec UsersHub version 2
L’administration des permissions ne propose que les rôles qui sont actif et qui ont un profil dans GeoNature
Ajout du composant Leaflet.FileLayer dans le module Synthèse pour pouvoir charger un GeoJSON, un GPS ou KML sur la carte comme géométrie de recherche (#256)
Ajout et utilisation de l’extension PostgreSQL
pg_tgrm
permettant d’améliorer l’API d’autocomplétion de taxon dans la synthèse, en utilisant l’algorithme des trigrammes (http://si.ecrins-parcnational.com/blog/2019-01-fuzzy-search-taxons.html), fonctionnel aussi dans les autres modules si vous mettez à jour TaxHub en version 1.6.0.Nouvel exemple d’import de données historiques vers GeoNature V2 : https://github.com/PnX-SI/Ressources-techniques/blob/master/GeoNature/V2/2018-12-csv-vers-synthese-FLAVIA.sql (par @DonovanMaillard)
Complément de la documentation HTTPS et ajout d’une documentation Apache (par @DonovanMaillard, @RomainBaghi et @lpofredc)
Corrections
Correction de l’id_digitiser lors de la mise à jour (#481)
Corrections multiples de la prise en compte du CRUVED (#496)
Deconnexion apres inactivité de l’utilisateur (#490)
Suppression des heures au niveau des dates de l’export occtax (#485)
Correction du message d’erreur quand on n’a pas de JDD (#479)
Correction du champs commentaire dans les exports d’Occtax séparé entre relevé et occurrence (#478)
Correction des paramètres de la fonction
GenericQuery.build_query_filter()
(par @patkap)Correction de l’administration des métadonnées (#466 #420)
Métadonnées (JDD et CA) : ne pas afficher les utilisateurs qui sont des groupes dans les acteurs
Ajout d’un champs dans la Synthèse permettant de stocker de quel module provient une occurrence et fonctions SQL associées (#412)
Amélioration du style des champs obligatoires
Améliorations mineures de l’ergonomie d’Occtax
Correction du spinner qui tournait en boucle lors de l’export CSV de la Synthèse (#451)
Correction des tests automatisés
Amélioration des performances des intersections avec les zonages de
ref_geo.l_areas
Complément de la documentation de développement
Simplification de la configuration des gn_modules
Occtax : ordonnancement des observation par date (#467)
Occtax : Remplissage automatique de l’heure_max à partir de l’heure_min (#522)
Suppression des warnings lors du build du frontend
Correction de l’installation des modules GeoNature
Ajout d’un message quand on n’a pas accès à une donnée d’un module
Affichage du nom du module dans le Header (#398)
Correction des outils cartographiques dans Occtax
Correction complémentaire des styles des lignes sans remplissage (#458)
MaplistService : correction du zoom sur les polygones et polylignes
Composant Areas et Municipalities : remise à zéro de la liste déroulante quand on efface la recherche ou remet à jour les filtres
Composant Taxonomy : la recherche autocompletée est lancée même si on tape plus de 20 caractères. Le nombre de résultat renvoyé est désormais paramétrable (#518)
Limitation du nombre de connexions à la BDD en partageant l’instance
DB
avec les sous-modulesInstallation : utilisation d’un répertoire
tmp
local et non plus au niveau système pour limiter les problèmes de droits (#503)Evolution du template d’exemple de module GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/tree/master/contrib/module_example) pour utiliser l’instance DB et utiliser les nouveaux décorateurs de permissions (CRUVED)
Note de version
Si vous effectuez une migration de GeoNature RC3 vers cette nouvelle version, il est nécessaire d’avoir installé UsersHub version 2.x au préalable. Suivez donc sa documentation (https://github.com/PnX-SI/UsersHub/releases) avant de procéder à la montée de version de GeoNature.
Exécuter la commande suivante pour ajouter l’extension
pg_trgm
, en remplaçant la variable$db_name
par le nom de votre BDD :sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name -c "CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS pg_trgm;"
Mettez à jour TaxHub en version 1.6.0 pour bénéficier de l’amélioration de la recherche taxonomique dans tous les modules
Exécutez la mise à jour de la BDD GeoNature (
data/migrations/2.0.0rc3.1-to-2.0.0rc4.sql
)Suivez ensuite la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)
Note développeurs
Vous pouvez faire évoluer les modules GeoNature en utilisant l’instance
DB
de GeoNature pour lancer les scripts d’installation (#498)Il n’est plus nécéssaire de définir un
id_application
dans la configuration des modules GeoNature.La gestion des permissions a été revue et est désormais internalisée dans GeoNature (voir http://docs.geonature.fr/development.html#developpement-backend), il est donc necessaire d’utiliser les nouveaux décorateurs décrit dans la doc pour récupérer le CRUVED.
2.0.0-rc.3.1 (2018-10-21)
Corrections
Correction du script
ìnstall_all.sh
au niveau de la génération de la configuration Apache de TaxHub et UsersHub (#493)Suppression du Servername dans la configuration Apache de TaxHub du script
install_all.sh
Complément de la documentation de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)
Notes de version
Si vous migrez depuis une version 2.0.0-rc.2, installez directement cette version corrective plutôt que la 2.0.0-rc.3, mais en suivant les notes de versions de la 2.0.0-rc.3
Pour mettre en place la redirection de TaxHub sans
/
, consultez sa documentation https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#configuration-apacheLe script
install_all.sh
actuel ne semble pas fonctionner sur Debian 8, problème de version de PostGIS qui ne s’installe pas correctement
2.0.0-rc.3 (2018-10-18)
Possibilité d’utiliser le MNT en raster ou en vecteur dans la BDD (+ doc MNT) #439 (merci @mathieubossaert)
INSTALL_ALL - gestion du format date du serveur PostgreSQL (#435)
INSTALL_ALL - Amélioration de la conf Apache de TaxHub pour gérer son URL sans
/
à la finDessin cartographique d’une autre couleur (rouge) que les observations (bleu)
Occtax : retour au zoom précédent lors de l’enchainement de relevé (#436)
Occtax : observateur rempli par défaut avec l’utilisateur connecté (#438)
Prise en compte des géométries nulles dans la fonction
serializegeofn
Gestion plus complète des données exemple intégrées ou non lors de l’installation (#446)
Complément des différentes documentations
Complément FAQ (#441)
Documentation de la customisation (merci @DonovanMaillard)
Amélioration de l’architecture du gn_module d’exemple
Clarification de la configuration des gn_modules
Lire le fichier
VERSION
pour l’afficher dans l’interface (#421)Utilisation de la vue
export_occtax_sinp
et non plusexport_occtax_dlb
par défaut pour les exports Occtax (#462)Complément et correction des vues
export_occtax_sinp
etexport_occtax_dlb
(#462)Mise à jour de Marshmallow (2.5.0 => 2.5.1)
Améliorations des routes de
gn_monitoring
et de la configuration des modules de suivi pour pouvoir utiliser le nom d’une application plutôt que son identifiantExport Synthèse - Remplacement de la barre de téléchargement par un spinner (#451)
Corrections
Doc Import niveau 2 : Corrections et compléments
Correction du trigger Occtax > Synthèse qui met à jour le champs
gn_synthese.observers_txt
et les commentaires (#448 et #459)Correction et amélioration de la fonction
install_gn_module
Correction coquille dans le modèle
gn_monitoring
et la fonctionserializegeofn
Installation uniquement sur un environnement 64 bits (documentation + vérification) #442 (merci @jbrieuclp et @sig-pnrnm)
Correction et découpage des scripts de mise à jour de la BDD depuis la version Beta5
Correction de l’édition des date_debut et date_fin de Occtax (#457)
Correction des exports depuis la Synthèse et intégration de la géométrie des observations (#461 et #456)
Ne pas remplir
pr_occtax.cor_role_releves_occtax
siobservers_txt = true
(#463)Edition d’un relevé Occtax - Ne pas recalculer l’altitude existante (#424)
Correction de l’activation du formulaire Occtax après localisation du relevé (#469 et #471)
Carte - Enlever le remplissage des lignes (#458)
Amélioration du script de mise à jour de GeoNature (
install/migration/migration.sh
) (#465)Suppression d’un doublon dans le modèle de
gn_commons.t_modules
(merci @lpofredc)
Autres
Mise à jour de TaxHub (Doc utilisateur, configuration Apache, script d’import des médias depuis API INPN Taxref et remise à zéro des séquences)
Script de migration des données SICEN (ObsOcc) vers GeoNature : https://github.com/PnX-SI/Ressources-techniques/tree/master/GeoNature/migration/sicen
Script d’import continu depuis une BDD externe vivante (avec exemple SICEN) : https://github.com/PnX-SI/Ressources-techniques/tree/master/GeoNature/migration/generic
Module Suivi Flore Territoire fonctionnel et installable (https://github.com/PnX-SI/gn_module_suivi_flore_territoire)
Module Suivi Chiro fonctionnel et installable (https://github.com/PnCevennes/gn_module_suivi_chiro) ainsi que son Frontend générique pour les protocoles de suivi (https://github.com/PnCevennes/projet_suivis_frontend/)
Ebauche d’un module pour les protocoles CMR (Capture-Marquage-Recapture) : https://github.com/PnX-SI/gn_module_cmr
MCD du module Suivi Habitat Territoire (https://github.com/PnX-SI/gn_module_suivi_habitat_territoire)
MCD du module Flore Prioritaire (https://github.com/PnX-SI/gn_module_flore_prioritaire)
Consolidation du backend et premiers développements du frontend de GeoNature-citizen (https://github.com/PnX-SI/GeoNature-citizen)
Création d’un script expérimental d’installation de GeoNature-atlas compatible avec GeoNature V2 dt pouvant utiliser son schéma
ref_geo
pour les communes, le territoire et les mailles (https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/develop/install_db_gn2.sh)
Notes de version
Suivez la procédure standard de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)
Exécutez l’update de la BDD GeoNature (
data/migrations/2.0.0rc2-to-2.0.0rc3.sql
)Il est aussi conseillé de mettre à jour TaxHub en 1.5.1 (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/releases) ainsi que sa configuration pour qu’il fonctionne sans
/
à la fin de son URLAttention, si vous installez cette version avec le script global
install_all.sh
, il créé un problème dans la configuration Apache de UserHub (/etc/apache2/sites-available/usershub.conf
) et supprime tous les/
. Les ajouter sur la page de la documentation de UsersHub (https://github.com/PnX-SI/UsersHub/blob/master/docs/installation.rst#configuration-apache) puis relancer Apache (https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/develop/docs/installation.rst
). Il est conseillé d’installer plutôt la version corrective.
2.0.0-rc.2 (2018-09-24)
Nouveautés
Script
install_all.sh
compatible Ubuntu (16 et 18)Amélioration du composant Download
Amélioration du ShapeService
Compléments de la documentation
Intégration de la documentation Développement backend dans la documentation
Nettoyage du code
Mise à jour de la doc de l’API : https://documenter.getpostman.com/view/2640883/RWaPskTw
Configuration de la carte (
frontend/src/conf/map.config.ts
) : OSM par défaut car OpenTopoMap ne s’affiche pas à petite échelle
Corrections
Correction du script
install/migration/migration.sh
Ne pas afficher le debug dans le recherche de la synthèse
Correction du bug de déconnexion entre TaxHub et GeoNature (#423)
Correction de la fiche info d’Occtax
Champs Multiselect : Ne pas afficher les valeurs selectionnées dans la liste quand on modifie un objet
Trigger Occtax vers Synthèse : Correction des problèmes d’heure de relevés mal copiés dans la Synthèse
Correction des altitudes (non abouti) (#424)
Données exemple : Suppression de l’
observers_txt
dans la synthèseSuppression d’un
id_municipality
en dur dans une routeSuppression de la librairie Certifi non utilisée
Notes de version
Suivez la procédure standard de mise à jour de GeoNature
Exécuter l’update de la BDD GeoNature (
data/migrations/2.0.0rc1-to-2.0.0rc2.sql
)
2.0.0-rc.1 (2018-09-21)
La version 2 de GeoNature est une refonte complète de l’application.
Refonte technologique en migrant de PHP/Symfony/ExtJS/Openlayers à Python3/Flask/Angular4/Leaflet
Refonte de l’architecture du code pour rendre GeoNature plus générique et modulaire
Refonte de la base de données pour la rendre plus standarde, plus générique et modulaire
Refonte ergonomique pour moderniser l’application
Présentation et suivi des développements : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/issues/168
Accueil
Message d’introduction customisable
Carte des 100 dernières observations
CSS général de l’application surcouchable
Occtax
Module permettant de saisir, consulter, rechercher et exporter des données Faune, Flore et Fonge de type Contact selon le standard Occurrences de taxon du SINP (https://inpn.mnhn.fr/telechargement/standard-occurrence-taxon).
Développement des formulaires de saisie, page de recherche, fiche détail, API, CRUVED et export
Possibilité de masquer ou afficher les différents champs dans le formulaire Occtax (#344)
Développement du formulaire de manière générique pour pouvoir réutiliser ses différents éléments dans d’autres modules sous forme de composants Angular
Configuration possible du module (Niveau de zoom, champs affichées, export…)
Ajout des nomenclatures dans les filtres d’Occtax à partir du composant
dynamicForm
qui permet de créer dynamiquement un formulaire en déclarant ses champs et leur type (#318)Amélioration du composant de recherche d’un taxon en ne recherchant que sur les débuts de mot et en affichant en premier les noms de référence (
ordrer_by cd_nom=cd_ref DESC
) #334Multilingue fourni avec français et anglais (extensible à d’autres langues)
Mise en place d’un export CSV, SHP, GeoJSON paramétrable dans Occtax. #363 et #366
Ajout d’un message d’erreur si l’utilisateur n’a pas de jeu de données ou si il y a eu un problème lors de la récupération des JDD depuis MTD
Prise en compte du CRUVED au niveau des routes et du front pour adapter les contenus et fonctionnalités aux droits de l’utilisateur
Mise en place des triggers alimentant la synthèse à partir des données saisies et modifiées dans Occtax
Synthèse
Module permettant de rechercher parmi les données des différentes sources présentes ou intégrées dans la base de données de GeoNature
Mise en place du backend, de l’API et du frontend #345
Interface de consultation, de recherche et d’export dans la Synthèse
Synthèse : Calcul automatique (trigger) des zonages de chaque observation (communes, zonages réglementaires et naturels)
Recherche sur les zonages générique et paramétrable
Recherche par taxon, liste de taxons, par rang, groupe, liste rouge, milieu, attribut taxonomique, nomenclature, date, période, commune, zonage, cadre d’acquisition, jeu de données, observateur, polygone, rectange ou cercle dessiné
Retour à la fiche source possible si l’observation a été saisie dans un module de GeoNature
Affichage de la fiche détail de chaque observation
Attributs TaxHub dynamiques et paramétrables
Configuration possible du module (colonnes, limites de recherche et d’export, zoom, export…)
Export basé sur une vue (observations et statuts)
Prise en compte du CRUVED pour définir les données à afficher et à exporter #412
Recherche de taxons : Liste basée sur une table alimentée automatiquement par les taxons présents au moins une fois dans la Synthèse
Export
Module permettant de proposer des exports basés sur des vues
Mise en place temporaire d’un export unique, basé sur une vue s’appuyant sur les données de Occtax, par jeu de données
A remplacer par le module générique https://github.com/PnX-SI/gn_module_export (en cours de développement) permettant de générer des exports à volonté en créant des vues et en les affectant à des utilisateurs ou des groupes. Chaque export sera accompagné de son API standardisée et documentée
Admin
Module d’administration des tables centrales de GeoNature
Mise en place d’un module (incomplet) permettant de gérer les métadonnées et les nomenclatures
Gestion des droits
Mise en place d’un système baptisé CRUVED permettant de définir globalement ou par module 6 actions sont possibles (Create / Read / Update / Validate / Export / Delete) sur 3 portées possibles (Mes données / Les données de mon organisme / Toutes les données)
Ces évolutions ont été intégrées au niveau du schéma
utilisateurs
de la base de données de UsersHub, de son module (https://github.com/PnX-SI/UsersHub-authentification-module), des routes de l’API GeoNature et des interfaces
Bases de données
Développement d’un module et d’une API générique et autonome pour la gestion des nomenclatures (https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module). Il permet d’avoir un mécanisme générique de centralisation des listes de valeurs (nomenclatures) pour ne pas créer des tables pour chaque liste : https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module. Les valeurs de chaque nomenclature s’adaptent en fonction des regnes et groupe 2 INPN des taxons.
Mise en place de tables de stockage verticales (historique, médias et validation) #339
Mise en place d’un référentiel géographique avec un schéma dédié (
ref_geo
), partageable avec d’autres applications comprenant une table des communes, une table générique des zonages, une table pour le MNT et des fonctions pour intersecter point/ligne/polygones avec les zonages et le MNT (#228)Evolution du schéma
utilisateurs
de UsersHub pour passer d’une gestion des droits avec 6 niveaux à un mécanisme plus générique, souple et complet. Il permet d’attribuer des actions possibles à un rôle (utilisateur ou groupe), sur une portée; dans une application ou un module. 6 actions sont possibles dans GeoNature : Create / Read / Update / Validate / Export / Delete (aka CRUVED). 3 portées de ces actions sont possibles : Mes données / Les données de mon organisme / Toutes les données.Droits CRUVED : La définition du CRUVED d’un rôle (utilisateur ou groupe) sur un module de GeoNature surcouche ses droits GeoNature même si ils sont inférieurs. Si une action du CRUVED n’est pas définie au niveau du module, on prend celle de l’application parente. #292
Si un rôle a un R du CRUVED à 0 pour un module, alors celui-ci ne lui est pas listé dans le Menu et il ne lui est pas accessible si il en connait l’URL. #360
Développement des métadonnées dans la BDD (schéma
gn_meta
) sur la base du standard Métadonnées du SINP (http://standards-sinp.mnhn.fr/category/standards/metadonnees/). Elles permettent de gérer des jeux de données, des cadres d’acquisition, des acteurs (propriétaire, financeur, producteur…) et des protocoles. Chaque relevé est associé à un jeu de données.Développement d’un mécanisme de calcul automatique de la sensibilité d’une espèce directement dans la BDD (sur la base des règles nationales et régionales du SINP + locales éventuellement)
Intégration du calcul automatique de l’identifiant permanent SINP (#209)
Création du schéma
gn_monitoring
pour gérer la partie générique des modules de suivi (sites et visites centralisés) et les routes associéesMise en place d’un schéma
gn_commons
dans la BDD qui permet de stocker de manière générique des informations qui peuvent être communes aux autres modules : l’historique des actions sur chaque objet de la BDD, la validation d’une donnée et les médias associés à une donnée. Accompagné de fonctions génériques d’historisation et de validation des données mises en place sur le module Occtax. #339Ajout d’une vue matérialisée (
gn_synthese.vm_min_max_for_taxons
) et d’une fonction (gn_synthese.fct_calculate_min_max_for_taxon
) permettant de renvoyer des informations sur les observations existantes d’un taxon (étendue des observations, date min et max, altitude min et max, nombre d’observations) pour orienter la validation et la saisie (https://github.com/PnX-SI/gn_module_validation/issues/5). Désactivée pour le moment.Ajout d’un trigger générique pour calculer la géométrie dans la projection locale à partir de la géométrie 4326 (#370)
Ajout d’un trigger pour calculer automatiquement les zonages des sites de suivi (
gn_monitoring.fct_trg_cor_site_area()
)Gestion des conflits de nomenclatures en n’utilisant plus leur
id_type
ni leurid_nomenclature
lors de la création de leur contenu (code_nomenclature) (#384)Mise en place d’un schéma
gn_imports
intégrant des fonctions SQL permettant d’importer un CSV dans la BDD et de mapper des champs de tables importées avec ceux d’une table de GeoNature pour générer le scriptINSERT INTO
Début de script de migration GeoNature V1 vers GeoNature V2
Nombreuses fonctions intégrées dans les schémas de la BDD
Installation
Scripts d’installation autonome ou globale de GeoNature sur Debian (8 et 9) et Ubuntu (16 et 18)
Scripts de déploiement spécifiques de DEPOBIO (MTES-MNHN)
Documentation
Rédaction d’une documentation concernant l’installation (autonome ou globale), l’utilisation, l’administration et le développement : http://docs.geonature.fr
Développement
Découpage de l’application en backend / API / Frontend
Multilingue au niveau de l’interface et des listes de valeurs avec français et anglais intégrés mais extensible à d’autres langues (#173)
Développement de composants Angular génériques pour pouvoir les utiliser dans plusieurs modules sans avoir à les redévelopper ni les dupliquer (composant CARTE, composant RECHERCHE TAXON, composant OBSERVATEURS, composant NOMENCLATURES, SelectSearch, Municipalities, Observers, DynamicForm, MapList…)
Implémentation de la gestion des droits au niveau de l’API (pour limiter les données affichées à un utilisateur en fonction de ses droits) et au niveau du Frontend (pour afficher ou non certains boutons aux utilisateurs en fonction de leurs droits).
Par défaut, l’authentification et les utilisateurs sont gérés localement dans UsersHub, mais il est aussi possible de connecter GeoNature directement au CAS de l’INPN, sans UsersHub (cas de l’instance nationale INPN de GeoNature).
Connexion possible au webservice METADONNEES de l’INPN pour y récupérer les jeux de données en fonction de l’utilisateur connecté, avec mise à jour des JDD à chaque appel de la route
Mise en place d’un mécanisme standardisé de développement de modules dans GeoNature (#306)
Ajout de tests unitaires au niveau du backend et du frontend
Ajout d’un mécanisme de log par email (paramètres MAILERROR)
Début de création du module de gestion des médias (backend uniquement)
Mise en place d’une configuration globale et d’une configuration par module
Fonction d’installation d’un module et de génération des fichiers de configuration
Gestion de l’installation d’un module qui n’a pas de Frontend dans GeoNature
Mise en place d’une route générique permettant de requêter dans une vue non mappée
Mise en place d’un script pour la customisation de la plateforme nationale (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/install_all/configuration_mtes.sh)
Autres modules
Module Export en cours de développement (https://github.com/PnX-SI/gn_module_export). Chaque export s’appuie sur une vue. Il sera possible aux administrateurs d’une GeoNature d’ajouter autant de vues que nécessaires dans son GeoNature.
Module de validation des données en cours de développement (https://github.com/PnX-SI/gn_module_validation/issues/4)
Module Suivi Flore territoire en cours de développement (https://github.com/PnX-SI/gn_module_suivi_flore_territoire)
Module Suivi Habitat en cours de développement (https://github.com/PnX-SI/gn_module_suivi_habitat_territoire/issues/1)
gn_module_suivi_chiro refondu pour devenir un module de GeoNature V2 (https://github.com/PnCevennes/gn_module_suivi_chiro)
Projet suivi utilisé comme Frontend générique et autonome pour le Suivi chiro (https://github.com/PnCevennes/projet_suivis_frontend)
GeoNature-citizen en cours de développement (https://github.com/PnX-SI/GeoNature-citizen/issues/2)
GeoNature-mobile en cours de refonte pour compatibilité avec GeoNature V2 (https://github.com/PnEcrins/GeoNature-mobile/issues/19)
GeoNature-atlas en cours d’ajustements pour compatibilité avec GeoNature V2 (https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/issues/162)
Notes de version
1. Pour les utilisateurs utilisant la version 1 de GeoNature :
Il ne s’agit pas de mettre à jour GeoNature mais d’en installer une nouvelle version. En effet, il s’agit d’une refonte complète.
Passer à la dernière version 1 de GeoNature (1.9.1)
Idem pour UsersHub et TaxHub
Installer GeoNature standalone ou refaire une installation complète
Adaptez les scripts présents dans
/data/migrations/v1tov2
et éxécutez-les
TODO : MAJ depuis V1 à tester et compléter
2. Pour les utilisateurs utilisant la version 2.0.0.beta5 :
Supprimer le schéma
gn_synthese
puis le recréer dans sa version RC1 (#430)Exécuter l’update de la BDD GeoNature (
data/migrations/2.0.0beta5-to-2.0.0rc1.sql
) ainsi que celui du sous-module Nomenclature (https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module/blob/1.2.1/data/update1.1.0to1.2.1.sql)Suivre la procédure habituelle de mise à jour
Exécuter les commandes suivantes :
cd geonature/backend source venv/bin/activate geonature generate_frontend_modules_route geonature frontend_build
2.0.0.beta5 (2018-07-16)
Nouveautés
Ajout d’un message d’erreur si l’utilisateur n’a pas de JDD ou si il y a eu un problème lors de la récupération des JDD de MTD
Ajout d’une vue matérialisée (
gn_synthese.vm_min_max_for_taxons
) et d’une fonction (gn_synthese.fct_calculate_min_max_for_taxon
) permettant de renvoyer des informations sur les observations existantes d’un taxon (étendue des observations, date min et max, altitude min et max, nombre d’observations) pour orienter la validation et la saisie (https://github.com/PnX-SI/gn_module_validation/issues/5)L’export OccTax est désormais basé sur une vue qu’il est possible d’adapter
Ajouts de nouveaux tests automatisés du code et mise en place de Travis pour les lancer automatiquement à chaque commit (https://travis-ci.org/PnX-SI/GeoNature)
Ajout de données test
Mise à jour des scripts de déploiement spécifiques de DEPOBIO (MTES)
Déplacement de la table centrale de gestion des paramètres
t_parameters
dans le schémagn_commons
(#376)Ajout d’un trigger générique pour calculer la géométrie dans la projection locale à partir de la géométrie 4326 (#370)
Regroupement des fichiers liés à l’installation et la mise à jour dans un répertoire dédié (
install
) (#383)Mise en place de scripts de migration global de la BDD (
data/migrations/2.0.0beta4to2.00beta5.sql
) et du schémapr_occtax
(contrib/occtax/data/migration_2.0.0.beta4to2.0.0.beta5.sql
), d’un script générique de migration de l’application (install/migration/migration.sh
) et d’une doc de mise à jour (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/docs/installation-standalone.rst#mise-%C3%A0-jour-de-lapplication)Réintégration des fichiers de configuration, de logs et des modules externes dans les répertoires de l’application (#375)
Ajout de routes à
gn_monitoring
Ajout d’un trigger pour calculer automatiquement les zonages des sites de suivi (
gn_monitoring.fct_trg_cor_site_area()
)Améliorations et documentation des commandes d’installation d’un module
Ajout des unités géographiques dans le schéma
ref_geo
Ajout d’un bouton
Annuler
dans le formulaire OcctaxGestion des conflits de nomenclatures en n’utilisant plus leur
id_type
ni leurid_nomenclature
(#384)Migration du SQL de
ref_nomenclautres
dans le dépôt du sous-module (https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module)Début de mise en place d’un backoffice (métadonnées et nomenclatures)
Corrections
OccTax : Correction du double post
OccTax : Correction des droits dans les JDD
OccTax : Correction de l’affichage des observers_txt dans la fiche d’un relevé
Correction de la gestion générique des médias
Suppression du lien entre
ref_geo
etref_nomenclatures
(#374)Compléments et relecture de la documentation
Correction
Notes de version
Si vous mettez à jour votre GeoNature depuis une Beta4 :
Téléchargez la beta5 et renommer les répertoires :
cd /home/myuser
wget https://github.com/PnX-SI/GeoNature/archive/geonature2beta.zip
unzip geonature2beta.zip
mv /home/<mon_user>/geonature/ /home/<mon_user>/geonature_old/
mv GeoNature-geonature2beta /home/<mon_user>/geonature/
Exécutez le script de migration
install/migration/beta4tobeta5.sh
depuis la racine de votre GeoNature :
cd geonature
./install/migration/beta4tobeta5.sh
Celui-ci va récupérer vos fichiers de configuration, déplacer les modules et appliquer les changements de la BDD.
Si vous avez développé des modules externes, voir https://github.com/PnX-SI/GeoNature/issues/375, en ajoutant un lien symbolique depuis le répertoire
external_modules
et en réintégrant la configuration du module dans son répertoireconfig
2.0.0.beta4 (2018-05-25)
Nouveautés
Synthèse : début de mise en place du backend, de l’API et du frontend #345
Complément de la nomenclature des Méthodes de détermination et suppression du champs Complement_Determination. Merci @DonovanMaillard. #341
Nouveaux composants Angular (SelectSearch, Municipalities, Observers)
Amélioration de composants Angular (Date du jour par défaut, Option de tri des nomenclatures, DynamicForm
Connexion à MTD INPN : Mise à jour des JDD à chaque appel de la route
Finalisation du renommage de Contact en OccTax (BDD, API, backend)
Droits CRUVED : La définition du CRUVED d’un rôle (utilisateur ou groupe) sur un module de GeoNature surcouche ses droits GeoNature même si ils sont inférieurs. Si une action du CRUVED n’est pas définie au niveau du module, on prend celle de l’application parente. #292
Si un rôle a un R du CRUVED à 0 pour un module, alors celui-ci ne lui est pas listé dans le Menu et il ne lui ai pas accessible si il en connait l’URL. #360
Mise en place d’un schéma
gn_commons
dans la BDD qui permet de stocker de manière générique des informations qui peuvent être communes aux autres modules : l’historique des actions sur chaque objet de la BDD, la validation d’une donnée et les médias associés à une donnée. Accompagné de fonctions génériques d’historisation et de validation des données mises en place sur le module Occtax. #339Amélioration de l’ergonomie du MapList de OccTax. #361
Mise en place d’un export CSV, SHP, GeoJSON paramétrable dans OccTax. #363 et #366
Amélioration du module générique
gn_monitoring
et de ses sous-modules https://github.com/PnCevennes/gn_module_suivi_chiro et https://github.com/PnCevennes/projet_suivis_frontendAmélioration et compléments des scripts d’installation
Mise en place d’un script pour la customisation de la plateforme nationale (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/install_all/configuration_mtes.sh)
Documentation
Complément des différentes documentations
Ajout d’une documentation d’administration d’OccTax (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/docs/admin-manual.rst#module-occtax)
2.0.0.beta3 (2018-03-28)
Nouveautés
Travail sur le module générique de Suivi intégré à GeoNature (
gn_monitoring
). Gestion des fichiers de configurationGestion de l’installation d’un module qui n’a pas de Frontend dans GeoNature
Mise en place de tests automatiques au niveau du Frontend
Ménage et réorganisation du code du Frontend
Factorisation et harmonisation des composants génériques Angular
Suppression des blocs non fonctionnels sur la Home
Mise à jour de la doc et du MCD
Possibilité de masquer ou afficher les différents champs dans le formulaire Occtax (#344)
Ajout des nomenclatures dans les filtres d’OccTax à partir du nouveau composant
dynamicForm
qui permet de créer dynamiquement un formulaire en déclarant les champs (#318)Amélioration du composant de recherche d’un taxon en ne recherchant que sur les débuts de mot et en affichant en premier les noms de référence (ordrer_by cd_nom=cd_ref DESC) - #334
Mise en place d’une route générique permettant de requêter dans une vue non mappée
Suppression des options vides dans les listes déroulantes des nomenclatures
Ajout de quelques paramètres (niveau de zoom mini dans chaque module, ID de la liste des taxons saisissables dans Occtax…)
Corrections
Correction de la pagination du composant MapList
Correction des droits attribués automatiquement quand on se connecte avec le CAS
Correction de l’installation optionnelle de UsersHub dans le script
install_all.sh
Modules annexes
Début de refonte du module Suivi chiro (https://github.com/PnCevennes/gn_module_suivi_chiro) connecté au module générique de suivi de GeoNature, dont le front sera externe à GeoNature (https://github.com/PnCevennes/projet_suivi)
Maquettage et avancée sur le module Validation (https://github.com/PnX-SI/gn_module_validation)
Définition du module Suivi Habitat Territoire (https://github.com/PnX-SI/gn_module_suivi_habitat_territoire)
Piste de définition du module Interopérabilité (https://github.com/PnX-SI/gn_module_interoperabilite)
2.0.0.beta2 (2018-03-16)
Nouveautés
Compléments de la documentation (schéma architecture, administration, installation, développement, FAQ…)
Amélioration de l’ergonomie du module OccTax (composant MapList, filtres, colonnes et formulaires) et du module Exports
Amélioration du composant de recherche d’un taxon (#324)
Amélioration et optimisation de la sérialisation des données
Ajout de tests unitaires au niveau du backend
Ajout d’un mécanisme de log par email (paramètres MAILERROR)
Migration du module occtax dans le répertoire
/contrib
pour homogénéiser les modulesCréation du schéma
gn_monitoring
pour gérer la partie générique des modules de suivi (sites et visites centralisés)Début de création du module générique des protocoles de suivi
Début de création du module de gestion des médias
Corrections
Corrections de l’installation globale et autonome
Renommage Contact en OccTax (en cours)
Nettoyage du schéma des métadonnées (
gn_meta
)
2.0.0.beta1 (2018-02-16)
La version 2 de GeoNature est une refonte complète de l’application.
Refonte technologique en migrant de PHP/Symfony/ExtJS/Openlayers à Python3/Flask/Angular4/Leaflet
Refonte de l’architecture du code pour rendre GeoNature plus générique et modulaire
Refonte de la base de données pour la rendre plus standarde, plus générique et modulaire
Refonte ergonomique pour moderniser l’application
Présentation et suivi du projet : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/issues/168
Nouveautés
Refonte de la base de données du module Contact, renommé en OccTax, s’appuyant sur le standard Occurrence de taxons du SINP (#183)
Développement du module OccTax regroupant les contacts Faune, Flore, Fonge et Mortalité (avec formulaire de consultation et de saisie des données)
Développement d’un module et d’une API générique et autonome pour la gestion des nomenclatures (https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module). Il permet d’avoir un mécanisme générique de centralisation des listes de valeurs (nomenclatures) pour ne pas créer des tables pour chaque liste : https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module. Les valeurs de chaque nomenclature s’adaptent en fonction des regnes et groupe 2 INPN des taxons.
Découpage de l’application en backend / API / Frontend
Multilingue au niveau de l’interface et des listes de valeurs avec français et anglais intégrés mais extensible à d’autres langues (#173)
Développement de composants génériques pour pouvoir les utiliser dans plusieurs modules sans avoir à les redévelopper ni les dupliquer (composant CARTE, composant RECHERCHE TAXON, composant OBSERVATEURS, composant NOMENCLATURES…)
Mise en place d’un référentiel géographique avec un schéma dédié (
ref_geo
), partageable avec d’autres applications comprenant une table des communes, une table générique des zonages, une table pour le MNT et des fonctions pour intersecter point/ligne/polygones avec les zonages et le MNT (#228)Evolution du schéma
utilisateurs
de UsersHub pour passer d’une gestion des droits avec 6 niveaux à un mécanisme plus générique, souple et complet. Il permet d’attribuer des actions possibles à un rôle (utilisateur ou groupe), sur une portée; dans une application ou un module. 6 actions sont possibles dans GeoNature : Create / Read / Update / Validate / Export / Delete (aka CRUVED). 3 portées de ces actions sont possibles : Mes données / Les données de mon organisme / Toutes les données.Implémentation de la gestion des droits au niveau de l’API (pour limiter les données affichées à un utilisateur en fonction de ses droits) et au niveau du Frontend (pour afficher ou non certains boutons aux utilisateurs en fonction de leurs droits).
Par défaut, l’authentification et les utilisateurs sont gérés localement dans UsersHub, mais il est aussi possible de connecter GeoNature au CAS de l’INPN, sans utiliser GeoNature (utilisé pour l’instance nationale INPN de GeoNature). GeoNature peut aussi se connecter au webservice METADONNEES de l’INPN pour y récupérer les jeux de données en fonction de l’utilisateur connecté.
Mise en place d’un module d’export. Chaque export s’appuie sur une vue. Il sera possible à chaque administrateur d’ajouter autant de vues que nécessaires dans son GeoNature. Pour le moment, un export au format SINP Occurrence de taxons a été intégré par défaut.
Développement des métadonnées dans la BDD (schema
gn_meta
) sur la base du standard Métadonnées du SINP (http://standards-sinp.mnhn.fr/category/standards/metadonnees/). Elles permettent de gérer des jeux de données, des cadres d’acquisition, des acteurs (propriétaire, financeur, producteur…) et des protocoles. Chaque relevé est associé à un jeu de données.Développement d’un mécanisme de calcul automatique de la sensibilité d’une espèce directement dans la BDD (sur la base des règles nationales et régionales du SINP + locales éventuellement)
Intégration du calcul automatique de l’identifiant permanent SINP (#209)
Mise en place d’un mécanisme standardisé de développement de modules dans GeoNature (#306)
Scripts d’installation autonome ou globale de GeoNature sur Debian 8 et 9
Documentation
Installation globale de GeoNature (avec TaxHub et UsersHub) / https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/docs/installation-all.rst
Installation autonome de GeoNature / https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/docs/installation-standalone.rst
Manuel utilisateur / https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/docs/user-manual.rst
Manuel administrateur / https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/docs/admin-manual.rst
Développement (API, modules et composants) / https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/docs/development.rst
Documentation complète disponible sur http://geonature.fr/docs/2-0-0-beta1
A venir
Finalisation MCD du module Synthèse
Triggers d’alimentation automatique de la Synthèse depuis le module OccTax
Développement de l’interface du module Synthèse
Amélioration et généricité du module OccTax (médias, import GPX, champs masquables et pseudo-champs)
Généricité du module d’export
Développement du module de validation (#181)
Développement d’un module de suivi des habitats avec une gestion générique des sites et visites de suivi
Développement d’un module de collecte citoyenne (#242)
1.9.1 (2018-05-17)
Corrections
Installation - Suppression des couches SIG (communes, znieff…) pour les télécharger sur http://geonature.fr/data/inpn/layers/ et ainsi alléger le dépôt de 158 Mo.
Compléments mineurs de la documentation
Migration du script
install_all
en Debian 9. La doc et le script Debian 8 restent disponibles dans le répertoiredocs/install_all
Corrections mineures de triggers
Compatibilité avec TaxHub 1.3.2, UsersHub 1.3.1, GeoNature-atlas 1.3.2
Notes de version
Vous pouvez passer directement d’une 1.7.X à la 1.9.1, en prenant en compte les notes des différentes versions intermédiaires, notamment les scripts de mise à jour de la BDD ainsi que les éventuels nouveaux paramètres à ajouter.
Exécuter le script de mise à jour de la BDD
data/update_1.9.0to1.9.1.sql
1.9.0 (2017-07-06)
ATTENTION : Les évolutions de cette version concernent aussi la webapi. Si vous utilisez les applications GeoNature-mobile, vous devez attendre la sortie d’une version de GeoNature-mobile-webapi (https://github.com/PnEcrins/GeoNature-mobile-webapi) compatible avec cette version 1.9.0 de GeoNature. Coming soon !
A noter aussi que cette version de GeoNature est compatible avec GeoNature-atlas 1.2.4 et +.
Nouveautés
Ajout de la création des index spatiaux à la création initiale de la base.
Création ou mise à jour des géométries compatible PostGIS 2.
Ajout du champ diffusable (oui/non) dans le formulaire web de saisie, uniquement pour ContactFaune et Mortalité (TODO : faire la même chose pour les autres protocoles).
Multi-projection : Les versions antérieures de GeoNature n’étaient compatibles qu’avec la projection Lambert 93 (srid: 2154). Cette version permet de choisir sa projection locale. Elle ajoute un paramètre
srid_local
dans leconfig/settings.ini
et renomme tous les champsthe_geom_2154
enthe_geom_local
des tables “métier”. Ce paramètre est notamment utilisé lors de la création de la base pour affecter le srid de la projection locale à tous les champsthe_geom_local
présents dans les tables de la base. Ce paramètre est également utilisé pour mettre en cohérence le système de projection local utilisé dans toutes les couches SIG présentes dans la base et les géométries stockées dans les champsthe_geom_local
des tables “métier”. Le paramétrage du service WMS danswms/wms.map
est également pris en charge par le script d’installation de l’application.Correction de l’installation de npm
Script
install_all.sh
mis à jour avec les nouvelles versions de GeoNature-atlas, de TaxHub et de UsersHub.
IMPORTANT : toutes les couches SIG insérées dans le schéma layers
doivent être dans la projection fournie pour le paramètre srid_local
. L’application est livrée avec un ensemble de couches en Lambert 93 concernant la métropole. Une installation avec une autre projection, hors métropole, doit donc se faire sans l’insertion des couches SIG. Vous devrez manuellement fournir le contenu des tables du schéma layers
dans la projection choisie.
Notes de versions
Vous pouvez ajouter les paramètres
srid_local
,install_sig_layers
etadd_sample_data
au fichierconfig/settings.ini
en vous inspirant du fichierconfig/settings.ini.sample
. Toutefois ces paramètres ne sont utilisés que pour une nouvelle installation et notamment pour l’installation de la base.Vous pouvez passer directement d’une 1.7.X à la 1.9.0, en prenant en compte les notes des différentes versions intermédiaires, notamment les scripts de mise à jour de la BDD ainsi que les éventuels nouveaux paramètres à ajouter.
Si vous migrez depuis la version 1.8.3, exécutez le fichier SQL
data/update_1.8.3to1.9.0.sql
. Comme GeoNature ne fonctionne jusque là que pour des structures de métropole, il est basé sur le fait que le champthe_geom_local
reste en Lambert 93 (2154). Assurez-vous que le paramètre$srid_local
danslib/sfGeonatureConfig.php
est égal à2154
. ATTENTION : ce script SQL renomme tous les champsthe_geom_2154
enthe_geom_local
de la BDD de GeoNature. Ceci affecte de nombreuses tables, de nombreux triggers et de nombreuses vues de la base. Le script n’intègre que les vues fournies par défaut. Si vous avez créé des vues spécifiques, notamment pour le module d’export, ou si vous avez modifié des vues fournies, vous devez adapter/compléter le script. Vous pouvez vous inspirer de son contenu.RAPPEL : Ceci affecte également la webapi des applications mobiles. Vous devez donc mettre à jour votre webapi si vous utilisez la saisie sur les applications mobiles. Une release de la webapi devrait sortir bientôt.
1.8.4 (2017-04-10)
Corrections
Correction du script d’installation globale (
install_all
) si l’utilisateur de BDD par défaut a été renommé (data/grant.sql
)Correction de la création des vues qui remontent la liste des taxons dans les 3 contacts
1.8.3 (2017-02-23)
Nouveautés
Multi-organisme : l’organisme associé à la donnée est désormais celui de l’utilisateur connecté dans l’application (lors de la création d’une observation uniquement).
Taxonomie : création d’une liste
Saisie possible
, remplaçant l’attributSaisie
. Cela permet de choisir les synonymes que l’on peut saisir ou non dans GeoNature en se basant sur lescd_nom
(bib_listes
etcor_nom_liste
) et non plus sur lescd_ref
(bib_attributs
etcor_taxon_attribut
). Voir le script de migration SQLdata/update_1.8.2to1.8.3.sql
pour bien basculer les informations de l’attribut dans la nouvelle liste.Correction de la vue
synthese.v_tree_taxons_synthese
potentiellement bloquante à l’ouverture de la synthèse.Suppression de la table
utilisateurs.bib_observateurs
inutile.Création des index spatiaux manquants (performances)
Clarification et corrections mineures du script
install_all
Ajout du MCD de la 1.8 (par @xavier-pnm)
Améliorations du nom des fichiers exportés depuis la Synthèse (par @sylvain-m)
Notes de versions
Vous pouvez supprimer les lignes concernant le paramètre public static $id_organisme = ...
dans lib/sfGeonatureConfig.php
, l’organisme n’étant plus un paramètre fixe mais désormais celui de l’utilisateur connecté.
Vous pouvez passer directement d’une 1.7.X à la 1.8.3, en prenant en compte les notes des différentes versions intermédiaires.
Si vous migrez depuis la version 1.8.2, éxécutez le fichier SQL data/update_1.8.2to1.8.3.sql
.
1.8.2 (2017-01-11)
Nouveautés
Modularité des scripts SQL de création de la base en les dissociant par protocole et en regroupant les triggers dans les schémas de chaque protocole (préparation GeoNature V2)
Correction d’une requête dans flore station (indépendance vis à vis de flore patrimoniale)
Correction du trigger
synthese_update_fiche_cflore
(@ClaireLagaye)
Notes de versions
Vous pouvez passer directement d’une 1.7.X à la 1.8.2, en prenant en compte les notes des différentes versions intermédiaires.
Si vous migrez depuis la version 1.8.1, éxécutez le fichier data/update_1.8.1to1.8.2.sql
. Consultez les dernières lignes de ce fichier : vous devez évaluer si la requête d’insertion dans la table taxonomie.cor_taxon_attribut
doit être faite ou non (vous pourriez avoir déjà constaté et corrigé cette erreur lors d’une précédente migration). Cela corrige l’absence de taxons protégés dans votre synthese en récupérant les informations de protection présentes dans le champ filtre3
de la table save.bib_taxons
1.8.1 (2017-01-05)
Nouveautés
Ajout des sauvegardes et de l’installation globale avec un exemple détaillé dans la documentation : http://docs.geonature.fr
Optimisation et correction de la vue qui retourne l’arbre des rangs taxonomiques (synthese.v_tree_taxons_synthese)
Mise en cohérence des données exemple de GeoNature-atlas avec les critères des vues matérialisées de GeoNature-atlas
Mise à jour de 2 triggers du Contact Flore (@ClaireLagaye)
Notes de versions
Vous pouvez passer directement d’une 1.7.X à la 1.8.1, en prenant en compte les notes des différentes versions intermédiaires.
Si vous migrez depuis la version 1.8.0, éxécutez le fichier data/update_1.8to1.8.1.sql
1.8.0 (2016-12-14)
Nouveautés
Passage à TAXREF version 9
Accès à la synthèse en consultation uniquement pour des utilisateurs enregistrés avec des droits 1
Ajout d’un champ
diffusion
(oui/non) dans la tablesynthese.syntheseff
, utilisable dans GeoNature-atlas. Pas d’interface de gestion de ce champ pour le moment. CF #132Création d’un script d’installation simplifié pour un pack UsersHub, TaxHub, GeoNature et GeoNature-atlas : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/tree/master/docs/install_all
Factorisation des SQL de création des schémas
taxonomie
etutilisateurs
en les récupérant dans les dépots TaxHub et UsersHubCompatibilité avec l’application TaxHub qui permet de gérer la taxonomie à partir de TAXREF. Cela induit d’importants changements dans le schéma
taxonomie
, notamment le renommage detaxonomie.bib_taxons
entaxonomie.bib_noms
, la suppression detaxonomie.bib_filtres
et l’utilisation detaxonomie.bib_attributs
(voir https://github.com/PnX-SI/TaxHub/issues/71 pour plus d’informations). Voir aussi le fichier de migrationdata/update_1.7to1.8.sql
qui permet d’automatiser ces évolutions de la BDDCompatibilité avec l’application GeoNature-atlas qui permet de diffuser les données de la synthèse faune et flore dans un atlas en ligne (exemple : http://biodiversite.ecrins-parcnational.fr)
Création d’un site internet de présentation de GeoNature : http://geonature.fr
Corrections
Amélioration des triggers concernant la suppression de fiches orphelines
Affichage par défaut du nom latin dans Contact flore et Contact invertébrés
Correction des exports lors de la présence de points-virgules dans les commentaires. Fix #143
Suppression du besoin d’un super utilisateur lors de l’installation de la BDD. Fix #141
Correction de l’ID des protocoles mortalité et invertebres dans la configuration par défaut
Suppression d’un doublon dans le fichier de configuration symfony de l’application
Correction des coordonnées lors de l’export de données Flore Station
Autres corrections mineures
Note de version
Exécuter le script SQL de migration réalisant les modifications de la BDD de la version 1.7.X à 1.8.0
data/update_1.7to1.8.sql
Mettre à jour taxref en V9 en vous inspirant du script
data/taxonomie/inpn/update_taxref_v8tov9
TaxHub
L’application TaxHub (https://github.com/PnX-SI/TaxHub) est désormais fonctionnelle, documenté et installable.
Elle vous aidera à gérer vos taxons et l’ensemble du schéma taxonomie
, présent dans la BDD de GeoNature.
TaxHub évoluera pour intégrer progressivement de nouvelles fonctionnalités.
Il est conseillé de ne pas installer la base de données de TaxHub indépendamment et de connecter l’application directement sur le la base de données de GeoNature.
GeoNature-atlas
GeoNature-atlas est également basé sur le schéma taxonomie
de TaxHub. Ainsi TaxHub permet la saisie des informations relatives aux taxons (descriptions, milieux, photos, liens, PDF…). GeoNature-atlas dispose de sa propre base de données mais pour fonctionner en connexion avec le contenu de la base GeoNature il faut à minima disposer d’une version 1.8 de GeoNature.
- notes
Une régression dans le contenu de Taxref V9 conduit à la suppression de l’information concernant le niveau de protection des espèces (régional, national, international,…). Cette information était utilisée par GeoNature, notamment pour définir les textes à retenir pour la colonne
concerne_mon_territoire
de la tabletaxonomie.taxref_protection_articles
. Vous devez désormais remplir cette colonne manuellement.
1.7.4 (2016-07-06)
Corrections de bugs
Correction du script d’installation des tables liées au Contact flore (5a1fb07)
Mise en cohérence avec GeoNature-mobile utilisant les classes ‘gasteropodes’ et ‘bivalves’ et non la classe générique ‘mollusques’.
Nouveautés
Corrections de mise en forme de la documentation
Ajout de la liste rouge France de TaxRef lors d’une nouvelle installation (f4be2b6). A ne pas prendre en compte dans le cas d’une mise à jour.
Ajout du MCD de la BDD - https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/docs/2016-04-29-mcd_geonaturedb.png
Note de version
Vous pouvez passer directement de la version 1.6.0 à la 1.7.4 mais en vous référant aux notes de version de la 1.7.0.
Remplacer
id_classe_mollusques
parid_classe_gasteropodes
dansweb/js/config.js
et renseigner la valeur en cohérence avec l’id_liste
retenu dans la tabletaxonomie.bib_listes
pour les gastéropodes. Attention, vous devez avoir établi une correspondance entre les taxons gastéropodes et bivalves et leur liste dans la tabletaxonomie.cor_taxon_liste
.
1.7.3 (2016-05-19)
Corrections de bugs
Correction de coordonnées vides dans l’export de Flore station. cf https://github.com/PnX-SI/GeoNature/commit/0793a3d3d2b3719ed515058d1a0ba9baf7cb2096
Correction des triggers en base concernant un bug de saisie pour les taxons dont le taxon de référence n’est pas présent dans
taxonomie.bib_taxons
.
Note de version
Rappel : commencez par suivre la procédure classique de mise à jour. http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application
Vous pouvez passer directement de la version 1.6.0 à la 1.7.3 mais en vous référant aux notes de version de la 1.7.0.
Pour passer de la 1.7.2 à la 1.7.3 vous devez exécuter le script
https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/update_1.7.2to1.7.3.sql
.
1.7.2 (2016-04-27)
Corrections de bug
Correction d’un bug dans l’export XLS depuis Flore Station.
Note de version
Vous pouvez passer directement de la version 1.6.0 à la 1.7.2 mais en vous référant aux notes de version de la 1.7.0.
1.7.1 (2016-04-27)
Corrections de bug
Ajout des listes flore manquantes dans le script de mise à jour
data/update_1.6to1.7.sql
.
1.7.0 (2016-04-24)
Nouveautés
Ajout du contact flore
Correction et compléments dans les statistiques et mise en paramètre de leur affichage ou non, ainsi que de la date de début à prendre en compte pour leur affichage.
Ajout d’un module d’export des données permettant d’offrir, en interne ou à des partenaires, un lien de téléchargement des données basé sur une ou des vues de la base de données (un fichier par vue). Voir http://docs.geonature.fr
Modification des identifiants des listes pour compatibilité avec les applications GeoNature-Mobile.
Complément dans la base de données pour compatibilité avec les applications GeoNature-Mobile.
Correction d’une erreur sur l’importation de shape pour la recherche géographique
WMS : correction de la liste des sites N2000, correction de l’affichage de l’aire optimale d’adhésion des parcs nationaux et retrait des sites inscrits et classés
Correction d’un bug permettant la saisie d’une date d’observation postérieure à aujourd’hui dans Flore station
Mention de la version de taxref sur la page d’accueil
Note de version
Rappel : commencez par suivre la procédure classique de mise à jour. http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application
1. Modification des identifiants des listes de taxons pour compatibilité avec les applications GeoNature-Mobile.
Dans GeoNature-Mobile, les taxons sont filtrables par classe sur la base d’un id_classe
. Ces id sont inscrits en dur dans le code des applications mobiles.
Dans la base GeoNature les classes taxonomiques sont configurables grace au vues v_nomade_classes
qui utilisent les listes (taxonomie.bib_listes
).
Les id_liste
ont donc été mis à jour pour être compatibles avec les id_classe
des applications mobiles.
Voir le script SQL d’update data/update_1.6to1.7.sql
et LIRE ATTENTIVEMENT LES COMMENTAIRES.
En lien avec les modifications ci-dessus, mettre à jour les variables des classes taxonomiques correspondant aux modification des
id_liste
dansweb/js/config.js
Ajouter dans le fichier
lib/sfGeonatureConfig.php
les variables$struc_abregee
,$struc_long
,$taxref_version
,$show_statistiques
et$init_date_statistiques
(voir le fichierlib/sfGeonatureConfig.php.sample
)
2. Pour ajouter le Contact flore
Exécuter le script sql
data/2154/contactflore.sql
Ajouter les variables
$id_lot_cflore = 7
,$id_protocole_cflore = 7
,$id_source_cflore = 7
et$appname_cflore = 'Contact flore - GeoNature';
danslib/sfGeonatureConfig.php
(voir le fichier d’exemplelib/sfGeonatureConfig.php.sample
)Ajouter les variables
id_lot_contact_flore = 7
,id_protocole_contact_flore = 7
,id_source_contactflore = 7
dansweb/js/config.js
(voir le fichier d’exempleweb/js/config.js.sample
)l’enregistrement correspondant au contact flore dans la table
synthese.bib_sources
doit être actif (dernière colonne) pour que le contact flore soit accessible depuis la page d’accueil.
3. Afin de mettre à jour la configuration WMS, vous devez exécuter le fichier wms/update1.6to1.7.sh
.
Au préalable, assurez vous que les informations renseignées dans le fichier config/settings.ini
sont à jour. L’ancien fichier sera sauvegardé sous wms/wms_1.6.map
. Vous pourrez faire le choix de conserver ou de supprimer ce fichier de sauvegarde qui ne sera pas utilisé par l’application.
./wms/update1.6to1.7.sh
4. Mise en place du module d’export
Créer les vues retournant les données attendues.
Configurer le module dans le fichier
lib/sfGeonatureConfig.php
à partir de l’exemple du fichierlib/sfGeonatureConfig.php.sample
); sectionconfiguration du module d'export
Vous pouvez paramétrer plusieurs modules avec un nom pour chacun grace au paramètre
exportname
Pour chacun des modules seuls les utilisateurs de geonature dont le
id_role
figure dans le tableauauthorized_roles_ids
peuvent exporter les données mises à disposition par le module d’export.Chaque module peut comporter autant que vues que nécessaire (un bouton par vue générera un fichier zip par vue). Renseigner le tableau
views
pour chacun des modules.Voir la documentation ici : http://docs.geonature.fr
Attribution des droits nécessaires pour le répertoire permettant l’enregistrement temporaire des fichiers générés par le module d’export.
chmod -R 775 web/uploads/exports
Rétablir les droits d’écriture et vider le cache
chmod -R 777 cache/ chmod -R 777 log/ php symfony cc
1.6.0 (2016-01-14)
Note de version
Pour les changements dans la base de données vous pouvez exécuter le fichier
data/update_1.5to1.6.sql
Mise à jour de la configuration Apache. Modifier le fichier
apache/wms.conf
en vous basant sur l’exemple https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/apache/wms.conf.sample#L16-L17Ajouter le paramètre
$id_application
danslib/sfGeonatureConfig.php.php
(voir la valeur utilisée pour GeoNature dans les tablesutilisateurs.t_applications
etutilisateurs.cor_role_droit_application
)Ajouter le paramètre
import_shp_projection
dansweb/js/configmap.map
- voir l’exemple dans le fichierhttps://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/web/js/configmap.js.sample#L35
Supprimer toute référence à gps_user_projection dans
web/js/configmap.map
Ajouter un tableau JSON des projections disponibles pour l’outil de pointage GPS :
gps_user_projections
dansweb/js/configmap.map
. Respecter la structure définie danshttps://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/web/js/configmap.js.sample#L7-L14
. Attention de bien respecter la structure du tableau JSON et notamment sa syntaxe (accolades, virgules, nom des objects, etc…)Ajouter les
id_liste
pour les classes faune filtrables dans les formulaires de saisie dans le fichierweb/js/config.map
. Ceci concerne les variablesid_classe_oiseaux
,id_classe_mammiferes
,id_classe_amphibiens
,id_classe_reptiles
,id_classe_poissons
etid_classe_ecrevisses
,id_classe_insectes
,id_classe_arachnides
,id_classe_myriapodes
etid_classe_mollusques
. Voir l’exemple dans le fichierhttps://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/web/js/config.js.sample#L32-44
Taxref a été mis à jour de la version 7 à 8. GeoNature 1.6.0 peut fonctionner avec la version 7. Cependant il est conseillé de passer en taxref V8 en mettant à jour la table
synthese.taxref
avec la version 8. Cette mise à jour pouvant avoir un impact fort sur vos données, son automatisation n’a pas été prévue. Le script SQL de migration de vos données de taxref V7 vers taxref V8 n’est donc pas fourni. Pour une installation nouvelle de la base de données, GeoNature 1.6.0 est fourni avec taxref V8.Le routing a été mis à jour, vous devez vider le cache de Symfony pour qu’il soit pris en compte. Pour cela, placez vous dans le répertoire racine de l’application et effectuez la commande suivante :
php symfony cc
Changements
Les recherches dans la synthèse sont désormais faites sur le
cd_ref
et non plus sur lecd_nom
pour retourner tous les synonymes du taxon recherché - Fix #92Passage de taxref V7 à Taxref V8 - Fix #34
Intégration de la première version de l’API permettant d’intégrer des données dans la synthèse depuis une source externe - https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/docs/geonature_webapi_doc.rst
Mise en paramètre du
id_application
danslib/sfGeonatureConfig.php.php
- Fix #105Recharger la synthese après suppression d’un enregistrement - Fix #94
L’utilisateur peut lui-même définir le système de coordonnées dans l’outil de pointage GPS - Fix #107
Mise en paramètre de la projection de la shape importée comme zone de recherche dans la synthèse
Les exports XLS et SHP comportent le
cd_nom
ET lecd_ref
de tous les synonymes du nom recherché ainsi que le nom_latin (bib_taxons) ET le nom_valide (taxref) - Fix #92SAISIE invertébrés - Ajout d’un filtre Mollusques - Fix #117
Amélioration du vocabulaire utilisé sur la page d’accueil - #118
Affichage d’un message pendant le chargement des exports
Mise en place de statistiques automatiques sur la page d’accueil, basées sur les listes de taxons. A compléter.
Corrections de bug
Intégration de la librairie
OpenLayers.js
en local dans le code car les liens distants ne fonctionnaient plus - Fix #97Correction d’une erreur lors de l’enregistrement de la saisie invertébrés - Fix #104
Correction d’une erreur de redirection si on choisit “Quitter” après la saisie de l’enregistrement (contact faune, mortalité et invertébrés) - Fix #102
Correction du trigger
contactfaune.synthese_update_cor_role_fiche_cf()
- Fix #95Correction d’un bug dans les listes déroulantes des taxons filtrée par classe qui n’affichaient rien - Fix #109
Correction d’un bug sur le contenu des exports shape avec le critère de protection activé - Fix #114
Correction et adaptation faune-flore des exports shape
SYNTHESE - Correction de la liste des taxons sans nom français - Fix #116
Corrections CSS sur la page d’accueil - Fix #115
Correction sur la largeur de la liste des résultats de la synthèse - Fix #110
Correction des doublons dans la recherche multi-taxons - Fix #101
Autres corrections mineures
1.5.0 (2015-11-26)
Note de version
Pour les changements dans la base de données vous pouvez exécuter le fichier
data/update_1.4to1.5.sql
Le bandeau de la page d’accueil
web/images/bandeau_faune.jpg
a été renommé enbandeau_geonature.jpg
. Renommez le votre si vous aviez personnalisé ce bandeau.Si vous souhaitez désactiver certains programmes dans le “Comment ?” de la synthèse vous devez utiliser le champs
actif
de la tablemeta.bib_programmes
.Compléter si nécessaire les champs
url
,target
,picto
,groupe
etactif
dans la tablesynthese.bib_sources
.Nouvelle répartition des paramètres de configuration javascript en 2 fichiers (
config.js
etconfigmap.js
). Vous devez reprendre vos paramètres de configuration du fichierweb/js/config.js
et les ventiler dans ces deux fichiers.Ajouter le paramètre
id_source_mortalite = 2;
au fichierweb/js/config.js
;Retirer le paramètre
fuseauUTM;
du fichierweb/js/config.js
;Bien définir le système de coordonnées à utiliser pour les pointages par coordonnées fournies en renseignant le paramètre
gps_user_projection
dans le fichierweb/js/configmap.js
;Ajouter le paramètre
public static $id_source_mortalite = 2;
au fichierlib/sfGeonatureConfig.php
;Ajouter le paramètre
public static $srid_ol_map = 3857;
au fichierlib/sfGeonatureConfig.php
;L’altitude est calculée automatiquement à partir du service “Alticodage” de l’API GeoPortail de l’IGN et non pluas à partir de la couche
layers.l_isolines20
. Ajoutez ce service dans votre contrat API Geoportail. Il n’est donc plus nécessaire de remplir la couchelayers.l_isolines20
. Cette couche peut toutefois encore être utile si l’utilisateur supprime l’altitude calculée par l’API Geoportail dans les formulaires de saisie.Le loup et le lynx sont retirés par défaut de la saisie (saisie recommandée dans le protocole national du réseau grands prédateurs)
Le cerf, chamois et le bouquetin doivent être saisis selon 6 critères de sexe et age et non 5 comme les autres taxons. Comportement peut-être changé en modifiant la vue
contactfaune.v_nomade_taxons_faune
.Mortailité est désormais une source à part entière alors qu’elles étaient mélangées avec la source ContactFaune précédemment. Si vous avez déjà des données de mortalité enregistrées, vous devez adapter la requête SQL ci-dessous avec votre
id_source
pour Mortalité et l’exécuter :UPDATE synthese.syntheseff SET id_source = 2 WHERE id_source = 1 AND id_critere_synthese = 2;
Changements
Optimisation des vues aux chargement des listes de taxons. Fixes #64
Généricité des champs dans
meta.bib_programmes
(champssitpn
renommé enpublic
). Fixes #68Ajout d’un champ
actif
à la tablemeta.bib_programmes
permettant de masquer certains programmes dans le “Comment ?” de la synthèse. Fixes #66Ajout d’un champ
url
,target
,picto
,groupe
etactif
dans la tablesynthese.bib_sources
pour générer la page d’accueil dynamiquement et de manière générique. Fixes #69Construire dynamiquement la liste des liens vers la saisie des différents protocoles à partir de la table
synthese.bib_sources
. Fixes #69Tous les styles des éléments de la page d’accueil ont été passés en CSS. Fixes #57
Amélioration de l’interface pendant le chargement des différentes applications (synthèse, flore station, formualires de saisie…). Fixes #65
Recentrage sur la position de l’utilisation en utilisant le protocole de géolocalisation intégré au navigateur de l’utilisateur. Fixes #65
Un message automatique conseille les utilisateurs d’Internet Explorer de plutôt utiliser Firefox ou Chrome. Fixes #65
Tri par défaut par date décroissante des 50 dernières observations affichées à l’ouverture de la Synthèse. Fixes #51
Vocabulaire. “Dessiner un point” remplacé par “Localiser l’observation”. Fixes #66
Mise à jour des copyrights dans les pieds de page de toutes les applications.
Refonte du CSS du formulaire de login avec bootstrap et une image de fond différente.
Refonte Bootstrap de la page d’accueil.
Homogénéisation du pied de page.
FloreStation et Bryophytes - Homogénéiser interaction carte liste - ajout d’un popup au survol. Fixes #74
Suppression d’images non utilisées dans le répertoire
web/images
.Mise en cohérence des vues taxonomiques faune. Fixes #81
Calcul de l’altitude à partir du service “Alticodage” de l’API GeoPortail de l’IGN.
Factorisation et généralisation du module permettant un positionnement des pointages par saisie de coordonnées selon projection et bbox fournies en paramètres de config.
Création d’une configuration javascript carto dédiée (
configmap.js
).
Corrections de bug
Correction des problèmes de saisie de la version 1.4.0 liés à la migration de la taxonomie.
Correction de bugs dans Flore Station et Bryophytes (Zoom, recherche
1.4.0 (2015-10-16)
Note de version
La gestion de la taxonomie a été mis en conformité avec le schéma
taxonomie
de la base de données de TaxHub (https://github.com/PnX-SI/TaxHub). Ainsi le schémataxonomie
intégré à GeoNature 1.3.0 doit être globalement revu. L’ensemble des modifications peuvent être réalisées en éxecutant la partie correspondante dans le fichierdata/update_1.3to1.4.sql
(https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/update_1.3to1.4.sql).De nouveaux paramètres ont potentiellement été ajoutés à l’application. Après avoir récupéré le fichier de configuration de votre version 1.3.0, vérifiez les changements éventuels des différents fichiers de configuration.
Modification du nom de l’host host hébergeant la base de données. databases –> geonatdbhost. A changer ou ajouter dans le
/etc/hosts
si vous avez déjà installé GeoNature.Suivez la procédure de mise à jour : http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application
Changements
A l’installation initiale, chargement en base des zones à statuts juridiques pour toute la France métropolitaine à partir des sources de l’INPN
A l’installation initiale, chargement en base de toutes les communes de France
Mise en place de la compatibilité de la base avec le schema de TaxHub
1.3.0 (2015-02-11)
Pré-Version de GeoNature - Faune ET Flore. Le fonctionnement de l’ensemble n’a pas été totalement testé, des bugs sont identifiés, d’autres subsistent certainement.
Changements
Grosse évolution de la base de données
Ajout de deux applications de saisie flore (flore station et bryophytes)
Intégration de la flore en sythese
Ajouter un id_lot, id_organisme, id_protocole dans toutes les tables pour que ces id soit ajoutés vers la synthese en trigger depuis les tables et pas avec des valeurs en dur dans les triggers. Ceci permet d’utiliser les paramètres de conf de GeoNature
Ajout d’une fonction à la base pour correction du dysfonctionnement du wms avec mapserver
Suppression du champ id_taxon en synthese et lien direct de la synthese avecle taxref. ceci permet d’ajouter des données en synthese directement dans la base sans ajouter tous les taxons manquants dans la table bib_taxons
Suppression de la notion de coeur dans les critère de recherche en synthese
Ajout d’un filtre faune flore fonge dans la synthese
Ajout de l’embranchement et du regne dans les exports
Permettre à des partenaires de saisir mais d’exporter uniquement leurs données perso
Ajout du déterminateur dans les formulaires invertébrés et contactfaune + en synthese
Ajout du référentiel géographique de toutes les communes de France métropolitaine
Ajout des zones à statuts juridiques de la région sud-est (national à venir)
Bugs fix
BUG à identifier
Installation :
corriger l’insertion de données flore station qui ne fonctionne pas
Bryophythes :
Corriger la recherche avancée par date sans années
Synthèse :
la construction de l’arbre pour choisir plusieurs taxons ne tient pas compte des filtres
le fonctionnement des unités geographiques n’a pas été testé (initialement conçu uniquement pour la faune)
1.2.0 (2015-02-11)
Version stabilisée de GeoNature - Faune uniquement (Synthèse Faune + Saisie ContactFauneVertebre, ContactFauneInvertebre et Mortalité).
Changements
Modification du nom de l’application de FF-synthese en GeoNature
Changement du nom des utilisateurs PostgreSQL
Changement du nom de la base de données
Mise à jour de la documentation (http://docs.geonature.fr)
Automatisation de l’installation de la BDD
Renommer les tables pour plus de généricité
Supprimer les tables inutiles ou trop spécifiques
Gestion des utilisateurs externalisée et centralisée avec UsersHub (https://github.com/PnX-SI/UsersHub)
Correction de bugs
Préparation de l’intégration de la Flore pour passer de GeoNature Faune à GeoNature Faune-Flore
1.1.0 (2014-12-11)
Changements
Modification du schéma de la base pour être compatible taxref v7
Import automatisé de taxref v7
Suppression des tables de hiérarchie taxonomique (famille, ordre, …) afin de simplifier l’utilisation de la taxonomie.
Création de la notion de groupe (para-taxonomique) à la place de l’utilisation des classes.
Ajout de données pour pouvoir tester de façon complète l’application (invertébrés, vertébrés)
Ajout de données exemples
Bugs fix
1.0.0 (2014-12-10)
Version fonctionnelle des applications : visualisation de la synthèse faune, saisie d’une donnée de contact (vertébrés, invertébrés, mortalité)
Changements
Documentation de l’installation d’un serveur Debian wheezy pas à pas
Documentation de la mise en place de la base de données
Documentation de la mise en place de l’application et de son paramétrage
Script d’insertion d’un jeu de données test
Passage à PostGIS v2
Mise en paramètre de la notion de lot, protocole et source
Prochaines évolutions
Script d’import de taxref v7
Utilisation préférentielle de la taxonomie de taxref plutôt que les tables de hiérarchie taxonomique
0.1.0 (2014-12-01)
Création du projet et de la documentation