CHANGELOG

2.11.2 (2023-01-19)

🐛 Corrections

• Correction d’un import manquant dans un fichier de migration des données d’exemple d’Occtax

• Correction d’un problème d’installation en mode développement

2.11.1 (2023-01-18)

🐛 Corrections

• Correction de la documentation de la sensibilité (#2234)

• Correction de l’accès aux notifications lorsque la gestion des comptes utilisateurs est activée

• Correction des migrations Alembic des données d’exemple Occtax afin de supporter les migrations depuis GeoNature ≤ 2.9 (#2240, #2248)

• Correction de la commande upgrade-modules-db afin de supporter les anciens modules dont le passage à Alembic nécessite un stamp manuel

2.11.0 - Ilex aquifolium 🎄 (2022-12-21)

⏩ En bref

• Utilisation de la BDC statuts dans la Synthèse pour les filtres et infos sur les statuts des espèces

• Mise à jour des règles de sensibilité du SINP

• Notifications (changement de statut de validation de mes observations)

• Filtre des métadonnées par zonage géographique

• Affichage de zonages sur les cartes (depuis le ref_geo, un WMS, un WFS ou un GeoJSON)

• Suppression du support des modules non packagés

• Simplification et amélioration des commandes d’installation et de mise à jour des modules

• Amélioration du script migration.sh de mise à jour de GeoNature

• Nettoyage du frontend et amélioration de la séparation backend/frontend

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour GeoNature :

• Mettre à jour TaxHub en version 1.10.7

• Si vous utilisez des modules spécifiques (hors Import, Export, Dashboard, Monitoring), vérifiez qu’ils disposent d’une version packagée compatible avec GeoNature 2.11 (#2058)

• Si vous aviez mis en place l’accès public à GeoNature, adaptez sa configuration avec le nouveau paramètre unique PUBLIC_ACCESS_USERNAME (#2202)

• Suivez la procédure de mise à jour classique de GeoNature (https://docs.geonature.fr/installation.html#mise-a-jour-de-l-application)

• Si vous les utilisez, mettre à jour les modules Dashboard en version 1.2.1 (ou plus) et Monitoring en version 0.4.0 (ou plus), après la mise à jour de GeoNature

• Vous pouvez désactiver les textes de la BDC statuts ne correspondant par à votre territoire. Voir rubrique « 5. Configurer les filtres des statuts de protection et des listes rouges » de https://docs.geonature.fr/admin-manual.html#module-synthese

• Vous pouvez mettre à jour vos règles de sensibilité si vous utilisez TaxRef versions 14 ou 15 :

  • Désinstallez les règles fournies par Alembic :

    source ~/geonature/backend/venv/bin/activate
    geonature db downgrade ref_sensitivity_inpn@base
    

  • Vous n’avez probablement plus besoin des anciennes régions que vous pouvez alors supprimer de votre référentiel géographique :

    geonature db downgrade ref_geo_fr_regions_1970@base
    

  • Assurez-vous que votre référientiel géographique contienne les départements :

    geonature db upgrade ref_geo_fr_departments@head
    

  • Si vous avez TaxRef v15, insérez les nouvelles règles ainsi :

    geonature sensitivity add-referential \
        --source-name "Référentiel sensibilité TAXREF v15 20220331" \
        --url https://inpn.mnhn.fr/docs-web/docs/download/401875 \
        --zipfile RefSensibiliteV15_20220331.zip \
        --csvfile RefSensibilite_V15_31032022/RefSensibilite_15.csv  \
        --encoding=iso-8859-15
    

  • Si vous avez TaxRef v14, insérez les nouvelles règles ainsi :

    geonature sensitivity add-referential \
        --source-name "Référentiel sensibilité TAXREF v14 20220331" \
        --url https://inpn.mnhn.fr/docs-web/docs/download/401876 \
        --zipfile RefSensibiliteV14_20220331.zip \
        --csvfile RefSensibilite_V14_31032022/RefSensibilite_14.csv  \
        --encoding=iso-8859-15
    

  • Rafraîchissez la vue matérialisée pré-calculant les taxons enfants :

    geonature sensitivity refresh-rules-cache
    

  • Relancez le calcul de la sensibilité des observations de la synthèse :

    geonature sensitivity update-synthese
    

🚀 Nouveautés

• [Synthèse] Ajout de filtres sur les statuts de protection et les listes rouges dans le fenêtre de recherche avancée basés sur la BDC Statuts. Ajout des paramètres de configuration STATUS_FILTERS et RED_LISTS_FILTERS dans la section SYNTHESE. Il est possible de modifier les listes et statuts affichés comme indiqué dans la documentation de la configuration du module SYNTHESE. (#1492)

• [Synthèse] Affichage dans la fiche d’une observation, onglet Taxonomie, des informations issues de la BDC Statuts (statuts de protection, listes rouges) en rapport avec le taxon et l’emplacement géographique de l’observation sélectionnée (#1492)

• [Synthèse] L’export des statuts de protection est maintenant basé sur les données de la BDC Statuts (#1492)

• Documentation dans la rubrique « 5. Configurer les filtres des statuts de protection et des listes rouges » de https://docs.geonature.fr/admin-manual.html#module-synthese

• Possibilité d’afficher des zonages sur les cartes (#974). Ces derniers peuvent provenir :

  • d’un flux WMS ou WFS

  • d’un fichier ou flux GeoJSON

  • du référentiel géographique interne Les couches sont configurables via le paramètre REF_LAYERS de la section MAPCONFIG. Par défaut un WMS des limites administrativs de l’IGN et un WMS des ZNIEFF 1 continentales en métropole sont affichés.

• Ajout d’un mécanisme de notifications (#1873). L’utilisateur peut choisir de souscrire, pour chaque type de notificaton, s’il veut être notifié dans GeoNature et/ou par e-mail. Les templates de notifications peuvent être modifiés par l’administrateur dans le module Admin. Actuellement seule la notification du changement du statut de validation des observations est implémentée. Les fonctionnalités de notifications sont activées par défaut, mais peuvent être désactivées globalement en passant le paramètre de GeoNature NOTIFICATIONS_ENABLED à false.

• Recherche des métadonnées par emprise géographique des observations (#1768) Le paramètre METADATA_AREA_FILTERS permet de spécifier les types de zonages géographiques disponibles à la recherche (communes, départements et régions activés par défaut).

• Mise à jour des règles de sensibilité des observations (incluant les règles nationales et régionales mises à plat au niveau des départements) pour TaxRef version 14 et 15 (#1891)

• Intégration et mise à jour de la documentation sur les régles et le calcul de la sensibilité

• Ajout de sous-commandes pour la gestion du référentiel de sensibilité :

  • geonature sensitivity info : information sur les règles présentes dans la base de données

  • geonature sensitivity remove-referential : supprimer les règles d’une source donnée

  • geonature sensitivity add-referential : ajouter de nouvelles règles Les nouvelles installations de GeoNature reposent sur l’utilisation de ces commandes pour fournir les règles SINP de sensibilité du 31/03/2022. Ces dernières sont fournies à l’échelle du département et non plus des anciennes régions. La branche Alembic ref_sensitivity_inpn ne doit plus être utilisée et sera supprimée dans une prochaine version de GeoNature.

• Deux Dockerfiles permettant de générer une image frontend et une image backend ont été intégrés. La dockerisation de GeoNature reste toutefois un travail en cours, et l’utilisation de ces images n’est pas encore officiellement supportée (#2206)

• Les colonnes id_source de la synthèse et id_module des relevés Occtax sont désormais NOT NULL (#2186)

• Suppression de la section [PUBLIC_ACCESS] dans les paramètres de configuration, remplacée par un unique paramètre PUBLIC_ACCESS_USERNAME (#2202)

• Blocage de la possibilité de modifier son compte pour l’utilisateur public (#2218)

• Possibilité d’accéder directement à une page de GeoNature avec l’utilisateur public, sans passer par la page d’authentification (#1650)

• Support de la configuration par variable d’environnement préfixée par GEONATURE_ (e.g GEONATURE_SQLALCHEMY_DATABASE_URI). Les paramètres définis ainsi peuvent être exclus de la configuration TOML, y compris les paramètres obligatoires

• Activation de Celery Beat permettant de lancer des tâches périodiquement

• Mise à jour des dépendances :

  • TaxHub 1.10.7

  • UsersHub

  • UsersHub-authentification-module 1.6.2

  • Utils-Flask-SQLAlchemy 0.3.1

  • Utils-Flask-SQLAlchemy-Geo 0.2.6

• Modules GeoNature et séparation backend/frontend (#2088) :

  • Suppression du support des modules non packagés (#2058).

  • La commande install-packaged-gn-module devient install-gn-module.

  • Suppression des paramètres ID_MODULE, FRONTEND_PATH et MODULE_URL de la configuration frontend des modules, (#2165).

  • Recherche de la configuration des modules également dans le dossier config de GeoNature, sous le nom {module_code}_config.toml (le code du module étant en minuscule).

  • La commande update-module-configuration est renommée generate-frontend-module-config par homogénéité avec la commande generate-frontend-config.

  • La commande update-configuration génère la configuration frontend de tous les modules actifs en plus de la configuration GeoNature (puis lance le build du frontend).

  • Les liens symboliques dans le dossier external_modules sont supprimés au profit de liens symboliques dans le dossier frontend/external_modules pointant directement vers le dossier frontend des modules considérés. Ces liens sont créés par la commande install-gn-module. Le processus de migration convertit automatiquement vos liens symboliques existants.

  • Ajout de la commande upgrade-modules-db permettant d’insérer le module dans la table t_modules et de monter sa branche Alembic afin de créer ou mettre à jour son schéma de base de données. Il n’est pas nécessaire de lancer cette commande manuellement pour les modules installés avec la commande install-gn-module sauf lorsque cette dernière est appelée avec le paramètre --upgrade-db=false.

  • Les assets frontend ne sont plus collectés dans un dossier portant le nom du module. Le mainteneur du module doit donc créer cette arborescence lui-même.

🐛 Corrections

• Installation d’une dépendance Debian manquante pour Cypress (#2125)

• Les fichiers de service systemd ont été corrigés pour fonctionner sur une machine sans PostgreSQL (BDD sur un autre hôte)

• La BDC Statuts est maintenance chargée lors de l’intégration continue juste après le chargement des départements (#1492)

• Ajout de l’id_module aux relevés des données d’exemple Occtax

• Correction du chargement du module Validation (#2183)

• Correction du script de migration pour gérer la migration de l’ensemble des modules externes

• Correction de la gestion du protocole (http / https) lors des redirections automatique de Flask (redirection en cas de slash manquant en fin d’URL)

• Rafraîchissement du cache des règles de sensibilité en fin d’installation

💻 Développement

• Nettoyage du frontend : dépendances, configuration Angular

• Révision importante de la documentation, de développement notamment

• Les fichiers tsconfig.json et tsconfig.app.json n’ont plus besoin d’être générés (#2088)

• Suppression des paramètres ID_MODULE, FRONTEND_PATH et MODULE_URL de la configuration frontend des modules à répercuter dans les modules (#2165)

• Homogénéisation de la configuration entre current_app.config et geonature.utils.config.config

• Compilation en production sans AOT (#1855)

• L’installation du backend, du frontend et des modules peut désormais être faite sans disposer de la BDD (#1359)

• Ajout de UsersHub aux dépendances (développement uniquement)

• Correction du chemin du marqueur Leaflet (#2223)

📝 Merci aux contributeurs

@jpm-cbna / @pierrejego / @Gaetanbrl / @amandine-sahl / @VincentCauchois / @antoinececchimnhn / @metourneau / @bouttier / @TheoLechemia / @camillemonchicourt

2.10.4 (2022-11-30)

🐛 Corrections

• Mise à jour du RefGeo en version 1.2.1 afin de corriger une régression des performances dans la synthèse

• Correction de la génération du rapport de sensibilité dans les fiches des métadonnées

• Correction d’un filtre de permissions sur les jeux de données (#2160)

• Correction des boutons d’ajout de données dans les jeux de données (#2152)

• Ajout d’une dépendance à GeoNature dans les migrations Occtax pour corriger un problème aléatoire lors du passage des migrations (#2178)

2.10.3 (2022-11-15)

🚀 Nouveautés

• Optimisation d’une migration Occtax particulièrement lente en désactivant temporairement les triggers (#2138)

🐛 Corrections

• Correction de la fonctionnalité d’inscription des utilisateurs (#1874)

• Correction d’une régression des performances de la routes /modules (#2136)

2.10.2 (2022-11-09)

🚀 Nouveautés

• Documentation de la fonctionnalité de duplication d’Occtax

🐛 Corrections

• Correction du script de migration pour générer la configuration frontend des modules

• Correction des triggers d’Occtax pour correctement identifier la bonne source

2.10.1 (2022-11-08)

🚀 Nouveautés

• Ajout du paramètre de configuration DISABLED_MODULES

• Installation des dépendances frontend des modules dans le dossier frontend des modules eux-mêmes

🐛 Corrections

• La commande geonature ignore les modules dont le chargement a rencontré une erreur (#2109)

• Correction et amélioration du script de mise à jour de GeoNature (install/migration/migration.sh) (#2110)

• Correction de la commande d’installation des modules non packagés avec le routing dynamique (#2107)

• Correction du message de confirmation d’enregistrement d’un cadre d’acquisition (#2108)

• Correction d’une régression de la 2.10.0 sur la route de récupération des jeux de données impactant Occtax-mobile

⚠️ Notes de version

• Passez directement à cette version plutôt que la 2.10.0, mais en suivant les notes de version de la 2.10.0, en vous aidant éventuellement de l’exemple de migration.

2.10.0 - Alouatta macconnelli 🐒 (2022-11-02)

• Angular 12, tests automatisés frontend et backend

• Discussions, signalement, partage, épinglage d’une occurrence

🔧 Passage de la version 7 à 12 d’Angular. Avant de mettre à jour GeoNature sur cette version, vérifiez que les modules que vous utilisez sont disponibles dans une version compatible avec GeoNature 2.10.0 ou plus (compatibilité Angular 12).

Modules compatibles à date de la publication de la version 2.10 de GeoNature :

• Import

• Export

• Dashboard

• Monitoring

⚠️ Notes de version

• Avant de mettre à jour GeoNature :

  • Mettre à jour les versions de TaxHub (1.10.4) et UsersHub (2.3.1), sans la partie migration de la base de données avec Alembic (elle sera faite lors de la mise à jour de GeoNature)

  • Mettre à jour les modules compatibles avec GeoNature 2.10, en vous limitant aux étapes « Téléchargement de la nouvelle version du module », « Renommage des répertoires » et « Rapatriement de la configuration ». La compilation de chaque module sera faite automatiquement lors de la mise à jour de GeoNature

  • Les nouveaux fichiers de logs seront placés dans le dossier /var/log/geonature/. Vous pouvez archiver ou supprimer les anciens fichiers de log (/var/log/geonature.log*).

  • Supprimer les paramètres de configuration qui ont disparu s’ils sont présents dans votre fichier de configuration geonature_config.toml :

    • LOCAL_SRID

    • CRUVED_SEARCH_WITH_OBSERVER_AS_TXT

    • id_area_type_municipality

  • Installation du worker Celery : il vous faut installer le broker redis :

    sudo apt install redis
    

• Suivez la procédure de mise à jour classique de GeoNature (https://docs.geonature.fr/installation.html#mise-a-jour-de-l-application)

• Suivez les éventuelles notes de version spécifiques des modules installés (SQL de migration de leur schéma de BDD, stamp Alembic de la BDD)

✅ Un exemple de migration complète de GeoNature 2.9 à 2.10, ses dépendances et ses modules principaux est disponible (pour information et à adapter à votre contexte).

🚀 Nouveautés

• Possibilité de dupliquer le module Occtax (#621)

• Amélioration des fiches des observations dans les modules Synthèse et Validation (#1474)

• Ajout d’un permalien sur les fiches des observations dans les modules Synthèse et Validation (#1727)

• Signaler une occurrence et paramètre ALERT_MODULES associé (#1750)

• Epingler une occurrence et son paramètre PIN_MODULES associé (#1819)

• Discussions sur une occurrence et ses paramètres DISCUSSION_MODULES et DISCUSSION_MAX_LENGTH associés (#1731)

• Mise à jour d’Angular de la version 7 à 12 et des dépendances javascript liées (#1547)

• Mise en place de tests automatisés frontend avec Cypress, simulant les actions de l’utilisateur et vérifiant la conformité des résultats dans les modules Occtax, Synthèse et Métadonnées

• Renforcement et nettoyage des tests automatisés backend (augmentation de la couverture de code de 49,8% à 63,1%)

• Documentation de l’utilisation et de la mise en place des tests automatisés backend et frontend.

• Simplification du CRUVED minimum pour accéder à GeoNature, ne nécessitant plus d’avoir obligatoirement un CRUVED défini au niveau global de GeoNature (#1622)

• [Métadonnées] Remplacement de la liste des imports par la liste des sources dans la fiche des JDD (#1249)

• [Métadonnées] Lister les cadres d’acquisition par ordre alphabétique

• [Admin] Amélioration de l’interface (#2101)

• Ajout de la commande geonature db status permettant de lister les migrations Alembic, leurs dépendances et identifier celles qui ont été appliquées ou non (#1574)

• Ajout d’un worker Celery pour l’exécution de tâches asynchrones

• Déplacement du fichier de log GeoNature vers /var/log/geonature/geonature.log.

• Suppression de la table gn_sensitivity.cor_sensitivity_synthese et des triggers associés (#1710)

• Suppression du paramètre CRUVED_SEARCH_WITH_OBSERVER_AS_TXT permettant d’ajouter le filtre sur l’observers_txt en ILIKE sur les portée 1 et 2 du CRUVED

• Documentation : Ajout d’exemples de configuration pour utiliser les fonds IGN (#1703)

• Documentation : Complément de la documentation sur les calculs de la sensibilité

• Suppression du paramètre de configuration LOCAL_SRID. Le SRID local est fourni à l’installation, puis auto-détecté depuis la base de données à l’usage.

• Suppression du paramètre de configuration id_area_type_municipality.

• [Occtax] Révision du style des fiches d’information des relevés (#1876)

• [Occtax] Ajout des valeurs par défaut directement dans la base de données (#1857)

• [Monitoring] Ajout d’un trigger calculant automatiquement l’altitude des sites

• [Profils] Ajout des paramètres default_spatial_precision, default_temporal_precision_days et default_active_life_stage dans la table gn_profiles.t_parameters, remplaçant les valeurs par défaut définies au niveau du règne dans la table gn_profiles.cor_taxons_parameters

• Ajout d’une couche d’objets linéaires dans le référentiel géographique (https://github.com/PnX-SI/RefGeo/pull/4)

• Installation de la version 15 de Taxref par défaut lors des nouvelles installations

• Possibilité de limiter la recherche de lieux à un ou plusieurs pays avec le paramètre OSM_RESTRICT_COUNTRY_CODES (#2010)

• On ne peut pas fermer un cadre d’acquisition qui ne contient que des jeux de données sans données

• Rechargement (reload) automatique de GeoNature quand on modifie la configuration de GeoNature (#2045)

• Redémarrage (restart) automatique du worker Celery lors du redémarrage de GeoNature (#2045)

• Synthèse : ajout d’un message lors du chargement des données (#1637)

• Cartes : Faire remonter la géométrie de l’objet selectionné dans la liste (#2036)

• Ajout du paramètre CODE_APPLICATION, suite à la suppression du paramètre ID_APP (#1635)

• [Metadonnées] Formulaire des CA : correction de la saisie des CA parents (#2097)

• [Accueil] Amélioration du formatage des nombres dans le bloc de statistiques (#2085)

🐛 Corrections

• Remise en place de la rotation automatique des fichiers de logs (#1627)

• [OCCTAX] Ajout des valeurs par défaut des nomenclatures au niveau de la base de données (#1857)

• [OCCTAX] Correction d’un bug d’édition de géométrie non pris en compte

• Map List: à la selection d’une ligne dans le tableau, placement de la géométrie correspondante au dessus des autres géométries (#2036)

• Correction de l’URL pour la mise à jour des mots de passe (#1620)

• Statistiques sur la page d’accueil : utilisation des bonnes permissions (action R du module SYNTHESE). Les données et la carte sont masquées si les permissions sont manquantes.

• Amélioration du responsive de la page d’accueil (#1682)

• Correction de l’intégration des régions quand GeoNature n’est pas installé avec la projection 2154 (#1695)

• [Occtax] Correction de l’affichage de la liste tronquée des habitats (#1701)

• Correction du style des tooltips (#1775)

• [Validation] Correction du filtre par observations disposant d’un média (#1757)

• [Validation] Chargement des observations ayant un UUID uniquement

• [Synthèse] Amélioration de la liste dans la recherche des taxons (#1803)

• Correction des URL et redirection de renouvellement du mot de passe (#1810 / #1620)

• Correction du CSS du bloc introduction de la page d’accueil (#1824)

• Suppression de l’accès à la gestion du compte pour l’utilisateur « public » (#1844)

• Réduction du niveau de logs de l’outil Fiona pour améliorer les performances des exports en format SIG (#1875)

• Correction de la concaténation des champs additionnels au niveau des triggers de Occtax vers Synthèse et correction des données dans la Synthèse (#1467)

• Correction des données dans la Synthèse suite au problème d’enregistrement des dénombrements dans Occtax, corrigé dans la version 2.9.0 (#1479)

• Correction des triggers de Occtax vers Synthèse lors de la modification de dénombrements multiples et correction des données dans la Synthèse (#1821)

• Modification du script de démarrage systemd pour lancer GeoNature et son worker Celery après PostgreSQL (#1970)

• Correction de l’installation de psycopg2 (#1994)

• Correction de la route de récupération des jeux de données quand on lui passe plusieurs filtres

• Correction de la fonction gn_synthese.update_sensitivity() en cas de valeurs nulles

• [OCCTAX] Correction d’un bug d’édition de géométrie non pris en compte (#2023)

• [OCCTAX] Correction de l’affichage des dates en utilisant l’UTC pour éviter les soucis de fuseaux horaires différents entre le serveur et le navigateur de l’utilisateur (#2005)

• [Métadonnées] Correction de l’affichage des boutons de création d’un JDD et d’un CA seulement si l’utilisateur en a les droits (#1822)

💻 Développement

• Mise à jour d’Angular de la version 7 à 12 à répercuter dans les modules spécifiques (https://update.angular.io/?v=7.2-12.0)

• Mise à jour des dépendances backend et frontend

• Mise à jour de Flask version 1.1 à 2.2

• Routage dynamique des modules, supprimant la nécessité de générer le fichier de routage du frontend (#2059)

• Ajout de Celery pour les traitements asynchrones

• Possibilité de configurer GeoNature avec un fichier python en définissant le nom du module dans la variable d’environnement GEONATURE_SETTINGS

• Utilisation de la pagination fournit par Flask-SQLAlchemy pour get_color_taxon()

• Suppression de la table gn_exports.t_config_export et du schéma gn_exports créés par GeoNature (si le module Export n’est pas déjà installé) (#1642)

• Suppression des commandes GeoNature dev-front et frontend-build (#1800, #2088) :

• Rétablissement de l’utilisation de nvm pour installer NodeJS (#1726)

• Ajout de la commande geonature default-config

• Externalisation du ref_geo, de son schéma de données et de ses modèles en tant que module indépendant dans un dépôt dédié (#228)

• Intégration des régions par défaut lors de l’installation de GeoNature

• Amélioration des composants frontend DynamicForm

• Possibilité de filtrer le composant frontend « nomenclature » par règne ou Goup2INPN

• Amélioration du style des tooltips (#1717)

• Ajout de la commande geonature sensitivity refresh-rules-cache pour rafraichir la vue matérialisé gn_synthese.t_sensitivity_rules_cd_ref (à lancer à chaque modification de règles dans la table gn_synthese.t_sensitivity_rules)

• La configuration du module n’est pas écrasée lors d’une réinstallation de ce dernier

• Suppression de la vue gn_synthese.v_synthese_decode_nomenclatures

• Génération automatique de la documentation quand on publie une nouvelle version

• Ajout de la commande geonature ref_geo info qui compte le nombre de zonages par type

• Suppression des dépendances « geog » et « numpy » en utilisation la fonction PostGIS ST_DWithin pour la recherche par cercle (#1972)

• La variable d’environnement DATA_DIRECTORY permet de définir un dossier pour la mise en cache et réutilisation des ressources téléchargées lors de la création de la base de données

• Chargement de la configuration des modules packagés directement lors de l’import du module config (avant même l’appel à create_app) (#2055)

📝 Merci aux contributeurs

@bouttier / @antoinececchimnhn / @TheoLechemia / @jpm-cbna / @mvergez / @ophdlv / @Adrien-Pajot / @Gaetanbrl / @pierrejego / @jbrieuclp / @amandine-sahl / @joelclems / @metourneau / @gildeluermoz / @camillemonchicourt

2.9.2 (2022-02-15)

🚀 Nouveautés

• Optimisation du nombre d’informations renvoyées par l’API pour les utilisateurs et les organismes

• Ajout d’une commande pour relancer le calcul de la sensibilité, utile en cas de modification du référentiel de sensibilité : geonature sensitivity update-synthese. Elle s’appuie sur la fonction gn_synthese.update_sensitivity().

• Le niveau de diffusion dans la synthèse n’est plus calculé automatiquement à partir du niveau de sensibilité (#1711)

• Le niveau de sensibilité tient compte du comportement de l’occurrence (OCC_COMPORTEMENT), en plus du statut biologique (STATUT_BIO)

• Optimisation du recalcul de la sensibilité lors de la mise à jour de la synthèse (trigger BEFORE au lieu de AFTER)

• Ajout de tests unitaires sur les fonctions de calcul de la sensibilité

🐛 Corrections

• Correction d’une régression sur la récupération de la liste des taxons (#1672)

• Correction de l’authentification au CAS de l’INPN

• Correction du calcul de la sensibilité (#1284) :

  • Gestion correcte de la présence de plusieurs règles avec et sans critère statut biologique

  • Utilisation de la règle la plus sensible quand plusieurs règles s’appliquent

⚠️ Notes de version

• La correction de la fonction de calcul de la sensibilité est suivie d’un recalcul automatique du niveau de sensibilité des données présentes dans la synthèse. Si vous ne souhaitez pas procéder à ce recalcul, ajoutez le paramètre -x recompute-sensitivity=false lors de la mise à jour de la base de données avec la commande geonature db autoupgrade (lancée automatiquement par le script migration.sh) :

  (venv)$ geonature db autoupgrade -x recompute-sensitivity=false
  

• Le niveau de diffusion des données dans la synthèse est remis à NULL si celui-ci équivaut au niveau de sensibilité. Seuls les niveaux de diffusion qui différent sont laissés intacts. Si vous souhaitez rectifier vous-mêmes vos niveaux de diffusion et ne pas les remettre à NULL quand ils sont équivalents au niveau de sensibilité, vous pouvez ajouter le paramètre -x clear-diffusion-level=false lors de la mise à jour de la base de données :

  (venv)$ geonature db autoupgrade -x clear-diffusion-level=false
  

  Si vous redescendez à l’état antérieur de votre base de données, les niveaux de diffusion seront restaurés à partir du niveau de sensibilité ; vous pouvez éviter ceci avec -x restore-diffusion-level=false.

2.9.1 (2022-01-27)

🚀 Nouveautés

• Utilisation du paramètre page de Flask à la place du paramètre maison offset pour la pagination des routes (rétro-compatible)

• Installation de TaxHub en version 1.9.4 (version corrective) par défaut

• Ajout du paramètre de configuration CODE_APPLICATION (par défaut GN) (#1635)

🐛 Corrections

• Correction de l’URL de réinitialisation de mot passe envoyée par email (#1620)

• Correction d’un problème d’authentification avec le CAS

• Occtax : Correction des listes déroulantes masquées dans le bloc dénombrement, en rajoutant un scroll

• Correction de l’URL de l’API de TaxHub (slash final manquant) pour l’affichage des photos sur la fiche d’un profil de taxon

• Correction de la synchronisation des métadonnées depuis MTD

• Correction de la génération du token quand on utilise le CAS de l’INPN pour se connecter à GeoNature

• Correction des permissions trop restrictives d’accès aux données de la synthèse

• Correction de la pagination de la route /color_taxon en rajoutant un ordonnancement par cd_nom et id_area (utilisé par Occtax-mobile)

• Contournement d’un problème de redirection incorrecte par l’API de TaxHub lorsque celui-ci est mal configuré (#1438, #1616)

2.9.0 - Actias luna 🦋 (2022-01-13)

Profils de taxons

🚀 Nouveautés

• Construction automatique d’une fiche d’identité (profil) par taxon grâce aux observations validées présentes dans la base de données (altitude min/max, distribution spatiale, date de première/dernière observation, nombre de données valides, phénologie) (#917 par @DonovanMaillard, @lepontois, @Adrien-Pajot, @TheoLechemia, @bouttier, @amandine-sahl, @jpm-cbna)

  • Création d’un schéma gn_profiles dans la BDD contenant les tables, les vues, les fonctions et les paramètres de calcul des profils de taxons (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/data/core/profiles.sql) (#1103)

  • Mise en place de l’API des profils de taxons (#1104)

  • Affichage des scores de chaque observation par rapport au profil du taxon dans la liste des observations du module Validation, ainsi que dans les fiches détails des observations dans les modules Synthèse et Validation (#1105)

  • Ajout de filtres des observations par score ou critère des profils de taxon dans le module Validation (#1105)

  • Ajout d’une alerte de contextualisation d’une observation par rapport au profil de taxon, lors de sa saisie dans le module Occtax

  • Mise en place de paramètres pour activer ou non les profils de taxons, paramétrer leurs règles et définir les statut de validation pris en compte pour le calcul des profils (« Certain-très probable » et « Probable » par défaut)

  • Documentation des profils de taxons et de leur paramètrage (https://docs.geonature.fr/admin-manual.html#profils-de-taxons)

  • Suppression de la vue matérialisée gn_synthese.vm_min_max_for_taxons et de la fonction gn_synthese.fct_calculate_min_max_for_taxon() qui n’étaient pas utilisées

• [OCCTAX] Ajout d’un bouton permettant d’annuler la modification d’un taxon (#1508 par @jbrieuclp)

• [OCCTAX] Ajout de valeurs par défaut aux champs additionnels (gn_commons.t_additional_fields.default_value)

• [OCCTAX] Ajout d’un filtre avancé par id_releve

• [SYNTHESE] Ajout d’un filtre avancé par UUID d’observation (#973)

• Amélioration des listes déroulantes en passant à la librairie ng-select2 pour les composants multiselects (#616 par @jbrieuclp)

• Gestion du référentiel des régions par Alembic (#1475)

• Ajout des anciennes régions (1970-2016), inactives par défaut, mais utiles pour les règles régionales de sensibilité

• Gestion du référentiel de sensibilité (règles nationales et régionales) par Alembic (#1576)

• Ajout d’une documentation sur le calcul de la sensibilité des observations (https://docs.geonature.fr/admin-manual.html#gestion-de-la-sensibilite, par @mvergez)

• [SYNTHESE] Amélioration de la fenêtre de limite d’affichage atteinte (#1520 par @jpm-cbna)

• [OCCHAB] Utilisation de tout Habref par défaut si aucune liste d’habitats n’est renseignée dans la configuration du module

• [METADONNEES] Attribuer des droits à un utilisateur sur un JDD si il a des droits sur son cadre d’acquisition

• Association automatique et paramétrable des jeux de données personnels auto-générés à des modules (Occtax par défaut) (#1555)

• Utilisation du C du CRUVED de l’utilisateur pour lister les jeux de données dans lesquels il peut ajouter des données dans les différents modules (et non plus le R du CRUVED sur GeoNature) (#659)

🐛 Corrections

• [OCCTAX] Correction de l’enregistrement des dénombrements lors de l’enchainement des relevés (#1479 par @jbrieuclp)

• [OCCTAX] Correction du filtre du champs « Habitat » par typologie d’habitat

• [ADMIN] Correction de l’affichage du module (#1427 par @jbrieuclp)

• [ADMIN] Sécurisation du module (#839)

• [VALIDATION] Corrections de la validation des observations (#1485 / #1529)

• [METADONNEES] Amélioration des performances (#1559)

• [METADONNEES] Correction de la suppression des JDD

• [METADONNEES] Correction de l’export PDF des JDD (#1544)

• [METADONNEES] Correction des permissions (#1528)

• [METADONNEES] Correction de la recherche avancée

• [SYNTHESE] Correction de la recherche sur les champs génériques de type nombre entier (#1519 par @jpm-cbna)

• [SYNTHESE] Correction des permissions

• [SYNTHESE] Correction du lien entre les filtres CA et JDD (#1530)

• [OCCHAB] Correction du chargement de la configuration, des fiches info et de la modification d’une station

• [METADONNEES] Améliorations des performances et des contrôles du formulaire des acteurs pour les JDD et les CA (par @joelclems)

• Correction de la redirection vers le formulaire de login en cas de cookie corrompu (#1550 par @antoinececchimnhn)

• Correction de la création de compte utilisateur (#1527)

• Mise à jour du module Habref-api-module pour corrections de certaines données d’Habref

💻 Développement

• Migration vers la librairie gn-select2 pour les listes déroulantes des formulaires (#616 / #1285 par @jbrieuclp)

• Documentation de développement backend revue et complétée (#1559, https://docs.geonature.fr/development.html#developpement-backend)

• Amélioration de nombreuses routes et fonctions du backend

• Ajouts de tests automatisés du backend

• Mise en place d’une intégration continue pour exécuter automatiquement les tests backend et leur couverture de code avec GitHub Actions, à chaque commit ou pull request dans les branches develop ou master (#1568, https://github.com/PnX-SI/GeoNature/actions)

• [VALIDATION] Suppression des vues SQL et optimisation des routes

• Génération automatique et aléatoire du paramètre SECRET_KEY

• [SYNTHESE] Remplacement de as_literal par json.loads, plus performant (par @antoinececchimnhn)

• Possibilité de filter la route synthese/taxa_distribution par id_source (#1446 par @mvergez)

• Factorisation du composant pnx-municipalities avec le composant pnx-areas

• Ajout du composant pnx-areas dans dynamic-form

• Ajout d’un input valueFieldName aux composants pnx-areas et pnx-municipalities.

• Mise à jour de nombreuses dépendances

⚠️ Notes de version

• La liste des JDD dans les modules de saisie (Occtax, Occhab, Monitoring et Import) se base désormais sur le C du CRUVED de l’utilisateur au niveau du module (ou du C du CRUVED de GeoNature si l’utilisateur n’a pas de CRUVED sur le module), au lieu du R de GeoNature jusqu’à présent. Vous devrez donc potentiellement adapter vos permissions à ce changement de comportement (#659)

• Si vous avez surcouché le paramètre de configuration AREA_FILTERS de la section [SYNTHESE], veuillez remplacer id_type par type_code (voir ref_geo.bib_areas_types)

  AREA_FILTERS = [
      { label = "Communes", id_type = 25 }
  ]
  

  devient

  AREA_FILTERS = [
      { label = "Communes", type_code = "COM" }
  ]
  

• Si vous aviez modifié les colonnes de la liste des observations du module Validation en adaptant la vue gn_validation.v_synthese_validation_forwebapp, celle-ci a été supprimée et il suffit désormais d’indiquer les colonnes souhaitées dans la configuration du module. Voir documentation (http://docs.geonature.fr/admin-manual.html#liste-des-champs-visibles)

• Les nouvelles fonctionnalités liées aux profils de taxons nécessitent de rafraichir des vues materialisées à intervalles réguliers et donc de créer une tâche planfiée (cron). Voir documentation (https://docs.geonature.fr/installation.html#taches-planifiees)

• Les régions sont maintenant disponibles via des migrations Alembic. Si vous possédez déjà les régions, vous pouvez l’indiquer à Alembic :

  geonature db upgrade ref_geo@head
  geonature db stamp d02f4563bebe
  

• Le référentiel de sensibilité est désormais disponible via une migration Alembic. Celui-ci nécessite le référentiel des régions (branche Alembic ref_geo_fr_regions), ainsi que le référentiel des anciennes régions (branche Alembic ref_geo_fr_regions_1970) – l’installation de ces référentiels est automatique avec l’installation des règles de sensibilité.

  • Si vous possédez déjà le référentiel, vous pouvez l’indiquer à Alembic :

    geonature db stamp 7dfd0a813f86
    

  • Si vous avez installé GeoNature 2.8.X, le référentiel de sensibilité n’a pas été installé automatiquement. Vous pouvez l’installer manuellement :

    geonature db upgrade ref_sensitivity_inpn@head
    

  Par défaut, seule les règles nationales sont activées, vous laissant le soin d’activer vos règles locales en base vous-même. Vous pouvez également demander, lors de l’installation du référentiel, à activer (resp. désactiver) toutes les règles en ajout à la commande Alembic l’option -x active=true (resp. -x active=false).

• Si vous souhaitez surcoucher les paramètres par défaut de Gunicorn (app_name, timeout…), depuis le passage à systemd dans la version 2.8.0, c’est désormais à faire dans un fichier environ à la racine du dossier de votre GeoNature (#1588, https://docs.geonature.fr/admin-manual.html#parametres-gunicorn)

• Si vous les utilisez, mettez à jour les modules Import, Export et Monitoring dans leurs dernières versions compatibles avec le version 2.9.0 de GeoNature

2.8.1 (2021-10-17)

🚀 Nouveautés

• Ajout de l’indication du département au formulaire des communes (#1480)

• Ajout des champs group2inpn et regne au formulaire des nomenclatures (#1481)

🐛 Corrections

• Correction de la commande geonature db autoupgrade

• Mise-à-jour corrective de UsersHub-authentification-module 1.5.7

2.8.0 - Vaccinium myrtillus 🌿 (2021-10-18)

Gestion de la base de données avec Alembic

⚠️ Avant de mettre à jour GeoNature, vérifiez que les modules que vous utilisez disposent d’une version compatible avec la 2.8.0, suite au passage à la version 3 de Marshmallow.

🚀 Nouveautés

• Support de Debian 11 / Python 3.9

• Passage de supervisor à systemd

• Gestion de la base de données et de ses évolutions avec Alembic (#880)

• Mise à jour de la procédure d’installation afin d’utiliser Alembic (#880)

• Révision et réorganisation des scripts et de la documentation d’installation

• Passage à la version 3 de Marshmallow (#1451)

• Suppression du paramètre ID_APP, celui-ci est automatiquement déterminé à partir de la base de données et du code de l’application

• Ajout d’un index sur le champs ref_geo.l_areas.id_area

• Mise à jour des dépendances

  • TaxHub 1.9.0

  • UsersHub-authentification-module 1.5.6

  • Nomenclature-api-module 1.4.4

  • Habref-api-module 0.2.0

  • Utils-Flask-SQLAlchemy 0.2.4

  • Utils-Flask-SQLAlchemy-Geo 0.2.1

🐛 Corrections

• Corrections et améliorations des formulaires dynamiques et des champs additionnels

• Correction de l’envoi d’email lors de la récupération du mot de passe (#1471)

• Occtax : Correction du focus sur le champs « taxon » quand on enchaine les taxons (#1462)

• Occtax : Correction du formulaire de modification quand le relevé est une ligne ou un polygone (#1461)

• Occtax : Correction de la conservation de la date quand on enchaine les relevés (#1442)

• Occtax : Correction du paramètre d’export des champs additionnels (#1440)

• Synthèse : correction de la recherche par jeu de données (#1494)

• Correction de l’affichage des longues listes déroulantes dans les champs additionnels (#1442)

• Mise à jour de la table cor_area_synthese lors de l’ajout de nouvelles zones via un trigger sur la table l_areas (#1433)

• Correction de l’export PDF des fiches de métadonnées (#1449)

• Jeux de données : correction de l’affichage des imports sources

• Correction de la configuration Apache et de la gestion par flask d’un GeoNature accessible sur un préfix (e.g. /geonature) (#1463)

• Correction de la commande install_packaged_gn_module

• Correction des champs additionnels de type boutons radios (#1464 et #1472)

• Occtax : Correction du contrôle des heures quand on est sur 2 mois distincts (#1468)

• Suppression de nombreux identifiants en dur dans les scripts SQL de création de la BDD

• Correction du trigger d’Occtax vers la Synthèse pour le champs Comportement (#1469)

• Correction des fonctions get_default_nomenclature_value

• Correction du composant multiselect (#1488)

• Correction du script migrate.sh pour récupérer le fichier custom.scss depuis son nouvel emplacement (#1430)

• Correction du paramètre EXPORT_OBSERVERS_COL

• Métadonnées : Suppression en cascade sur les tables gn_meta.cor_dataset_territory et gn_meta.cor_dataset_protocol (#1452)

• Correction de la commande install_packaged_gn_module : rechargement des entry points après installation avec pip d’un module packagé

• Correction d’un bug lors de l’ajout d’un cadre d’acquisition

💻 Développement

• Mise à jour de plusieurs dépendances

• Packetage des modules fournis avec GeoNature

• L’utilisateur connecté est maintenant accessible via g.current_user

• Nettoyage et refactoring divers

⚠️ Notes de version

• Mettre à jour UsersHub en version 2.2.1 et TaxHub en version 1.9.0 (si vous les utilisez) en sautant leur étape de passage à Alembic (car la mise à jour de GeoNature se charge désormais de mettre à jour aussi les schémas taxonomie et utilisateurs)

• Suppression de supervisor :

  • Stopper GeoNature : sudo supervisorctl stop geonature2

  • Supprimer le fichier de configuration supervisor de GeoNature : sudo rm /etc/supervisor/conf.d/geonature-service.conf

  • Si supervisor n’est plus utilisé par aucun service (répertoire /etc/supervisor/conf.d/ vide), il peut être désinstallé (sudo apt remove supervisor)

• Suivre la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)

• Passage à systemd :

  • Copier le fichier install/assets/geonature.service dans /etc/systemd/system/

  • Éditer /etc/systemd/system/geonature.service et remplacer les variables ${USER} (votre utilisateur linux courant) et ${BASE_DIR} (chemin absolu du répertoire de GeoNature) par les valeurs appropriées

  • Lancer la commande sudo systemctl daemon-reload

  • Pour démarrer GeoNature : sudo systemctl start geonature

  • Pour lancer GeoNature automatiquement au démarrage du serveur : sudo systemctl enable geonature

• Correction de la configuration Apache : si vous servez GeoNature sur un préfixe (typiquement /geonature/api), assurez vous que ce préfixe figure bien également à la fin des directives ProxyPass et ProxyPassReverse comme dans l’exemple suivant :

  <Location /geonature/api>
      ProxyPass http://127.0.0.1:8000/geonature/api
      ProxyPassReverse  http://127.0.0.1:8000/geonature/api
  </Location>
  

  Si vous servez GeoNature sur un sous-domaine, vérifiez ou modifier la configuration Apache :

  <Location /api>
      ProxyPass http://127.0.0.1:8000/api
      ProxyPassReverse  http://127.0.0.1:8000/api
  </Location>
  

  Pensez à recharger Apache si vous êtes amené à en changer la configuration : sudo systemctl reload apache2

• Passage à Alembic :

  • S’assurer d’avoir une base de données de GeoNature en version 2.7.5

  • Si vous avez UsersHub installé, ajoutez dans votre configuration GeoNature la section suivante (en adaptant le chemin) :

  [ALEMBIC]
  VERSION_LOCATIONS = '/path/to/usershub/app/migrations/versions'
  

  • Entrer dans le virtualenv afin d’avoir la commande geonature disponible : source backend/venv/bin/activate

  • Exécuter les commandes suivantes afin d’indiquer à Alembic l’état de votre base de données :

  geonature db stamp f06cc80cc8ba  # GeoNature 2.7.5
  geonature db stamp 0dfdbfbccd63  # référentiel géographique des communes
  geonature db stamp 3fdaa1805575  # référentiel géographique des départements
  geonature db stamp 586613e2faeb  # référentiel géographique des mailles 1×1
  geonature db stamp 7d6e98441e4c  # référentiel géographique des mailles 5×5
  geonature db stamp ede150d9afd9  # référentiel géographique des mailles 10×10
  geonature db stamp 1715cf31a75d  # MNT de l’IGN
  

  • Si vous aviez déjà intallé certains modules, vous devez l’indiquer à Alembic :

    • Module Occtax : geonature db stamp f57107d2d0ad

    • Module Occhab : geonature db stamp 2984569d5df6

  • Mettre sa base de données à jour avec Alembic : geonature db autoupgrade

  Pour plus d’information sur l’utilisation d’Alembic, voir la documentation administrateur de GeoNature.

2.7.5 (2021-07-28)

🐛 Corrections

• Compatibilité avec Occtax-mobile 1.3. Possibilité d’ajouter la query string fields sur la route meta/datasets pour choisir les champs renvoyés par l’API

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour GeoNature :

• Vous pouvez passer directement à cette version mais en suivant les notes des versions intermédiaires

2.7.4 (2021-07-23)

🐛 Corrections

• Correction d’un import manquant entrainant un problème de compilation du frontend (#1424)

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour GeoNature :

• Vous pouvez passer directement à cette version mais en suivant les notes des versions intermédiaires

2.7.3 (2021-07-22)

🚀 Nouveautés

• Métadonnées : ajout des paramètres CD_NOMENCLATURE_ROLE_TYPE_DS et CD_NOMENCLATURE_ROLE_TYPE_AF pour limiter les rôles utilisables au niveau des jeux de données et des cadres d’acquisition (#1417)

• Ajout de la commande mtd_sync qui permet de synchroniser les métadonnées de toute une instance depuis le flux MTD du SINP

🐛 Corrections

• Correction de l’affichage des jeux de données sur les fiches des cadres d’acquisition (#1410)

• Doc : Précision des OS supportés (Debian 10 uniquement en production)

💻 Développement

• Support des commandes Flask au niveau de la commande geonature (run, db, routes, shell…)

• Ajout des sous-modules en tant que dépendances

• Ajout d’une commande install_packaged_gn_module

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour GeoNature :

• Vous pouvez passer directement à cette version mais en suivant les notes des versions intermédiaires

2.7.2 (2021-07-05)

🐛 Corrections

• OCCTAX : correction de la vérification du CRUVED (#1413)

• OCCTAX : correction du dégrisement du formulaire au chargement de la fonctionnalité « mes lieux » (#1414)

• OCCTAX : Déplacement des champs additionnels pour les dénombrements avant les médias (#1409)

• Suppression des champs additionnels de type « taxonomy » qui n’étaient pas supportés

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour GeoNature :

• Vous pouvez passer directement à cette version mais en suivant les notes des versions intermédiaires

• Exécuter le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.7.1to2.7.2.sql)

2.7.1 (2021-07-02)

🐛 Corrections

• Installation des dépendances javascript des modules lors de la migration de version de GeoNature (#1252)

• Installation de la version 1.8.1 de TaxHub par défaut à la place de la 1.8.0

• Intégration de la documentation permettant de mettre en place l’accès public à GeoNature

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour GeoNature :

• Vous pouvez passer directement à cette version mais en suivant les notes des versions intermédiaires

2.7.0 - Androsace delphinensis 🌼 (2021-06-30)

Nécessite la version 1.8.x de TaxHub.

🚀 Nouveautés

• Compatible avec TaxHub 1.8.x qui inclut notamment la migration (optionnelle) vers Taxref version 14 et l’ajout de la BDC statuts

• Installation globale migrée de Taxref version 13 à 14

• Occtax : Possibilité d’ajouter des champs additionels par JDD ou globaux au module et documentation liée (#1007)

• Occtax/Synthese : Ajout des champs additionnels dans les exports (#1114)

• Occtax/Synthese : Affichage des champs additionnels dans les fiches info

• Customisation : possibilité de changer le CSS sans rebuilder l’application

• Admin : Création d’un backoffice d’administration des champs additionels (#1007)

• Admin : Création d’une documentation d’administration des champs additionnels (#1007)

• Occtax : Possibilité de désactiver la recherche de taxon par liste (#1315)

• Occtax : Par défaut la recherche de taxon n’interroge pas une liste mais tout Taxref, si aucune liste de taxons n’a été spécifiée dans la configuration du module Occtax (voir notes de version) (#1315)

• Occtax/Metadonnées : possibilité d’associer une liste de taxons à un JDD (implémenté uniquement dans Occtax) (#1315)

• Occtax : Possibilité d’ajouter les infos sur les médias dans les exports (paramètre ADD_MEDIA_IN_EXPORT) (#1326)

• Occtax : Possibilité de paramétrer l’affichage des champs du composant MEDIA dans OCCTAX (paramètre MEDIA_FIELDS_DETAILS - #1287)

• Occtax : Possibilité de filtrer la liste des habitats du formulaire avec les nouveaux paramètres ID_LIST_HABITAT et CD_TYPO_HABITAT

• Occtax : Possibilité d’ouvrir le module avec un JDD pré-selectionné en passant le paramètre id_dataset dans l’URL (#1071)

• Accueil : Réorganisation des blocs (#1375)

• Accueil : Ajout d’un paramètre controlant la fréquence de MAJ du cache des statistiques de la page d’accueil (STAT_BLOC_TTL, par défaut 1h: 3600 secondes) (#1320)

• Amélioration des performances de récupération des modules et du CRUVED

• Monitoring : Ajout d’un trigger garantissant la cohérence entre date_min et date_max et historisation de la table gn_monitoring.cor_visit_observer (#1247)

• La page d’authentification affiche désormais le nom de l’application (appName) défini dans la configuration de GeoNature (#1277)

• Possibilité d’ouvrir l’accès à GeoNature sans authentification (voir documentation d’administration) (#1323)

• Métadonnées : Optimisation du temps de chargement des listes des CA et JDD (#1291)

• Métadonnées : Passage de la version 1.3.9 du standard SINP à la version 1.3.10 et ajout des champs liés dans les formulaires (#1291)

• Métadonnées : Révision du design la partie « Acteurs » du formulaire et mise à part de l’acteur de type « Contact principal », obligatoire dans le standard SINP

• Métadonnées : Ordonnancement des JDD par leur nom

• Métadonnées : Ajout de la suppression en cascade au niveau des tables des CA et des JDD

• Métadonnées : Ajout d’un message quand un CA ou JDD n’a pas d’acteur (#1404)

• Synthèse et validation : Ajout d’un filtre avancé Possède des médias (#1179, #1338, #1180)

• Synthèse : Affichage du contenu json du champs des données additionnelles, dans la fiche détail d’une observation

• Synthèse : Ajout de la possibilité d’afficher la colonne « Effectif » dans la liste des observations

• DynamicForm : enrichissement des formulaires dynamiques pour les médias, l’ajout de liens externes

• Ajout d’une contrainte d’unicité de la combinaison des champs id_type et area_code dans ref_geo.l_areas (#1270)

• Ajout d’une contrainte d’unicité du champs type_code de la table ref_geo.bib_areas_types

• Mise à jour des versions de nombreuses dépendances Python et Javascript

• Support du gestionnaire d’erreurs Sentry

• Compression des images

• Ajout d’un script permettant d’identifier les doublons dans data/scripts/duplicates_deletion (#1324)

• Validation : possibilité de passer des fonctions dans la liste des colonnes affichées (pour décoder une nomenclature)

• Validation : Les paramètres LIST_COLUMNS_FRONTEND et COLUMNS_API_VALIDATION_WEB_APP sont regroupés en un seul paramètre nommé COLUMN_LIST. Voir le fichier contrib/gn_module_validation/config/conf_gn_module.toml.example

🐛 Corrections

• Occtax : Correction d’un bug sur le champs observateur lors de la modification d’un relevé (#1177)

• Occtax : Renseignement par défaut de l’utilisateur connecté à la création d’un relevé en mode « observers_txt » (#1292)

• Occtax : Déplacement des boutons d’action à gauche dans la liste des taxons d’un relevé pour éviter qu’ils soient masqués quand les noms de taxon sont longs (#1299 et #1337)

• Occtax : Correction de la possibilité de modifier un relevé si U=1 (#1365)

• Occtax : Suppression du zoom quand on localise le relevé (#1317)

• Occtax : Correction du nombre de lignes affichées après une recherche

• Occtax : Correction de la suppression d’un habitat lors de la modification d’un relevé (#1296)

• Occtax : Correction des champs « Habitat » et « Lieu » quand on enchaine des relevés (#1191)

• Occtax : Correction de l’enchainement des saisies (#1300)

• Occtax : Correction de l’affichage des taxons quand le nom est long (#1299, #1337)

• Occtax : Correction de l’observateur par défaut en mode observers_txt

• Occtax : Correction des messages d’information multiples (#1367)

• Occtax : Correction de la mise à jour du « digitiser » lors d’une édition de relevé (#1392)

• Occtax : Correction du trigger alimentant les observateurs de la synthèse depuis Occtax (#1399)

• Métadonnées : Correction de la suppression d’un JDD sans données, depuis la liste des JDD (#1312)

• Métadonnées : Correction de la récupération des valeurs de nomenclature depuis MTD n’existant pas dans GeoNature (#1297)

• Authentification : Redirection vers la page login après une période d’inactivité (#1193)

• Résolution des problèmes de permission sur le fichier gn_errors.log (#1003)

💻 Développement

• Possibilité d’utiliser la commande flask (eg flask shell)

• Préparation de l’utilisation d’Alembic pour la gestion des migrations de la structure de la BDD (#880)

• Possibilité d’importer des modules packagés (#1272)

• Réorganisation des fichiers requirements et installation des branches develop des dépendances du fichier requirements-dev.txt

• Simplification de la gestion des erreurs

• Création de templates pour les configurations Apache de GeoNature, TaxHub et UsersHub, utilisés par le script install_all.sh

• Ajout du plugon leaflet-image

• Ajout d’un champs type dans la table gn_commons.t_modules pour gérer le polymorphisme, utilisé dans le module Monitoring

• Ajout des champs meta_create_date et meta_update_date dans la table gn_commons.t_modules

• Diverses améliorations mineures de l’architecture du code

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour GeoNature :

• Mettez à jour TaxHub 1.8.x avant d’effectuer la mise à jour de GeoNature : https://github.com/PnX-SI/TaxHub/releases

• Si vous utilisez le module Monitoring, mettez le à jour en version 0.2.4 minimum avant de mettre à jour GeoNature

• Si vous n’aviez pas renseigné de valeur pour le paramètre id_taxon_list dans le fichier contrib/occtax/config/conf_gn_module.toml du module Occtax, la liste 100 n’est plus passée par defaut et le module va rechercher sur tout Taxref. Si vous souhaitez utiliser une liste de taxons dans la saisie Occtax, veuillez renseigner l’identifiant de votre liste dans la configuration du module

• Vous pouvez passer directement à cette version mais en suivant les notes des versions intermédiaires

• Exécuter le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.6.2to2.7.0.sql)

• Le script SQL de mise à jour va supprimer et recréer les vues pr_occtax.v_export_occtax et gn_synthese.v_synthese_for_export pour y intégrer les champs additionnels. Si vous aviez modifié ces vues, adaptez le script de mise à jour de GeoNature 2.6.2 à 2.7.0, ou répercuter vos modifications après la mise à jour, à appliquer aussi dans votre éventuelle surcouche des paramètres default_columns_export (dans contrib/occtax/config/conf_gn_module.toml) et EXPORT_COLUMNS (dans config/geonature_config.toml)

• Le fichier de customisation CSS a été déplacé de frontend/src/custom/custom.scss vers frontend/src/assets/custom.css pour pouvoir être modifié sans devoir rebuilder l’application. Son déplacement est fait automatiquement lors de la mise à jour de GeoNature. Si vous avez customisé les styles dans ce fichier et notamment fait référence à d’autres fichiers, vérifiez ou adaptez leurs chemins

• Si vous aviez renseigner un des deux paramètres LIST_COLUMNS_FRONTEND, COLUMNS_API_VALIDATION_WEB_APP dans le module Validation, il est nécessaire de les remplacer par le nouveau paramètre COLUMN_LIST. Voir le fichier contrib/gn_module_validation/config/conf_gn_module.toml.example

• Modifier dans le fichier /etc/supervisor/conf.d/geonature-service.conf, remplacer gn_errors.log par supervisor.log dans la variable stdout_logfile :

  sudo sed -i 's|\(stdout_logfile = .*\)/gn_errors.log|\1/supervisor.log|' /etc/supervisor/conf.d/geonature-service.conf
  sudo supervisorctl reload
  

2.6.2 (2021-02-15)

🐛 Corrections

• Metadonnées : correction d’un bug sur la fiche JDD si le module d’import n’est pas installé

• Metadonnées : correction de l’affichage de certains champs sur la fiche des cadres d’acquisition

• Metadonnées : la recherche rapide n’est plus sensible à la casse casse

2.6.1 (2021-02-11)

🐛 Corrections

• Correction de la fonction gn_synthese.fct_tri_cal_sensi_diff_level_on_each_statement() non compatible avec PostgreSQL 10 (#1255)

• Synthèse : correction de l’affichage du filtre « statut de validation » (#1267)

• Permissions : correction de l’URL de redirection après l’éditiondes permissions (#1253)

• Précision de la documentation de mise à jour de GeoNature (#1251)

• Ajout du paramètre DISPLAY_EMAIL_INFO_OBS dans le fichier d’exemple de configuration (#1066 par @jbdesbas)

• Sécurité : suppression d’une route inutile

• Correction de l’URL de la doc sur la page d’accueil

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour GeoNature :

• Vous pouvez passer directement à cette version mais en suivant les notes des versions intermédiaires

• Exécuter le script de mise à jour de la BDD du sous-module de nomenclature : https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module/blob/master/data/update1.3.5to1.3.6.sql

• Exécuter ensuite le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.6.0to2.6.1.sql)

• Suivez la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)

2.6.0 - Saxifraga (2021-02-04)

Nécessite Debian 10, car cette nouvelle version nécessite PostgreSQL 10 minimum (qui n’est pas fourni par défaut avec Debian 9) pour les triggers déclenchés « on each statement », plus performants.

🚀 Nouveautés

• Sensibilité : Ajout d’un trigger sur la synthèse déclenchant automatiquement le calcul de la sensibilité des observations et calculant ensuite leur niveau de diffusion (si celui-ci est NULL) en fonction de la sensibilité (#413 et #871)

• Ajout du format GeoPackage (GPKG) pour les exports SIG, plus simple, plus léger, plus performant et unique que le SHAPEFILE. Les exports au format SHP restent pour le moment utilisés par défaut (modifiable dans la configuration des modules Occtax, Occhab et Synthèse) (#898)

• Performances : Suppression du trigger le plus lourd calculant les couleurs des taxons par unités géographiques. Il est remplacé par une vue utilisant le nouveau paramètre gn_commons.t_parameters.occtaxmobile_area_type, définissant le code du type de zonage à utiliser pour les unités géographiques dans Occtax-mobile (Mailles de 5km par défaut) (#997)

• Performances : Amélioration du trigger de la Synthèse calculant les zonages d’une observation en ne faisant un ST_Touches() seulement si l’observation n’est pas un point et en le passant on each statement (#716)

• Métadonnées : Refonte de la liste des CA et JDD avec l’ajout d’informations et d’actions, ainsi qu’une recherche avancée (#889)

• Métadonnées : Révision des fiches info des CA et JDD avec l’ajout d’actions, du tableau des imports et du téléchargement des rapports d’UUID et de sensibilité (#889)

• Métadonnées: Ajout de la fonctionnalité de fermeture (dépot) au niveau du CA (qui ferme tous les JDD du CA), seulement si le CA a au moins un JDD. Désactivée par défaut via le paramètre ENABLE_CLOSE_AF (#889 par @alainlaupinmnhn)

• Métadonnées : Possibilité d’envoyer un email automatique au créateur et à l’utilisateur d’un CA quand celui-ci est fermé (#889)

• Métadonnées : Possibilité d’ajouter un titre spécifique aux exports PDF des CA quand ceux-ci sont fermés, par exemple pour en faire un certificat (#889)

• Métadonnées : Possibilité d’importer directement dans un JDD actif depuis le module Métadonnées, désactivé par défaut (#889)

• Métadonnées : Amélioration des possibilités de customisation des PDF des fiches de métadonnées

• Métadonnées : Amélioration des fiches détail des CA et JDD et ajout de la liste des imports dans les fiches des JDD (#889)

• Métadonnées : Ajout d’un spinner lors du chargement de la liste des métadonnées et parallélisation du calcul du nombre de données par JDD (#1231)

• Synthèse : Possibilité d’ouvrir le module avec un JDD préselectionné (<URL_GeoNature>/#/synthese?id_dataset=2) et ajout d’un lien direct depuis le module Métadonnées (#889)

• Synthèse : ajout de web service pour le calcul du nombre d’observations par un paramètre donné (JDD, module, observateur), et du calcul de la bounding-box par jeu de données

• Synthese : ajout d’un filtre avancé Possède médias

• Exports au format SHP remplacés par défaut par le format GeoPackage (GPKG) plus simple, plus léger, plus performant et unique. Les exports SHP restent activables dans la configuration des modules (#898)

• Occtax : ajout du paramètre DISPLAY_VERNACULAR_NAME qui contrôle l’affichage du nom vernaculaire vs nom complet sur les interfaces (Defaut = true: afffiche le nom vernaculaire)

• Validation : Préremplir l’email à l’observateur avec des informations paramétrables sur l’occurrence (date, nom du taxon, commune, médias) (#981)

• Validation : Possibilité de paramètrer les colonnes affichées dans la liste des observations (#980)

• Possibilité de customiser le logo principal (GeoNature par défaut) dans frontend/src/custom/images/

• Ajout d’un champs json additional_data dans la table l_areas (#1111)

• Complément des scripts de migration des données depuis GINCO (data/scripts/import_ginco/)

• Barre de navigation : Mention plus générique et générale des auteurs et contributeurs

• Redirection vers le formulaire d’authentification si on tente d’accéder à une page directement sans être authentifié et sans passer par le frontend (#1193)

• Connexion à MTD : possibilité de filtrer les JDD par instance, avec le paramètre ID_INSTANCE_FILTER, par exemple pour ne récupérer que les JDD de sa région (#1195)

• Connexion à MTD : récupération du créateur et des acteurs (#922, #1008 et #1196)

• Connexion à MTD : récupération du nouveau champs statutDonneesSource pour indiquer si le JDD est d’origine publique ou privée

• Création d’une commande GeoNature permettant de récupérer les JDD, CA et acteurs depuis le webservice MTD de l’INPN, en refactorisant les outils existants d’import depuis ce webservice

• Ajout de contraintes d’unicité sur certains champs des tables de métadonnées et de la table des sources (#1215)

• Création d’un script permettant de remplacer les règles de sensibilité nationales et régionales, par les règles départementales plus précises (data/scripts/sensi/import_sensi_depobio.sh), uniquement utilisé pour DEPOBIO pour le moment, en attendant de clarifier dans une prochaine release le fonctionnement que l’on retient par défaut dans GeoNature (#413)

• Création d’un script permettant d’importer les régions dans le référentiel géographique (data/migrations/insert_reg.sh)

🐛 Corrections

• Occhab : Export SIG (GPKG ou SHP) corrigé (#898)

• Meilleur nettoyage des sessions enregistrées dans le navigateur (#1178)

• Correction des droits CRUVED et de leur héritage (#1170)

• Synthèse : Retour du bouton pour revenir à l’observation dans son module d’origine (Occtax par exemple) depuis la fiche info d’une observation (#1147)

• Synthèse : Suppression du message « Aucun historique de validation » quand une observation n’a pas encore de validation (#1147)

• Synthèse : Correction du CRUVED sur le R = 1 (ajout des JDD de l’utilisateur)

• Synthèse : Correction de l’export des statuts basé sur une recherche géographique (#1203)

• Occtax : Correction de l’erreur de chargement de l’observateur lors de la modification d’un relevé (#1177)

• Occtax : Suppression de l’obligation de remplir les champs « Déterminateur » et « Méthode de détermination »

• Métadonnées : Suppression du graphique de répartition des espèces dans les exports PDF car il était partiellement fonctionnel

• Synthèse : Fonction import_row_from_table, test sur LOWER(tbl_name)

• Redirection vers le formulaire d’authentification si l’on essaie d’accéder à une URL sans être authentifié et sans passer par le frontend (#1193)

• Script d’installation globale : prise en compte du paramètre install_grid_layer permettant d’intégrer ou non les mailles dans le ref_geo lors de l’installation initiale (#1133)

• Synthèse : Changement de la longueur du champs reference_biblio de la table gn_synthese.synthese (de 255 à 5000 caractères)

• Sensibilité : Corrections des contraintes NOT VALID (#1245)

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour GeoNature :

• Vous pouvez passer directement à cette version mais en suivant les notes des versions intermédiaires

• Exécuter ensuite le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.5.5to2.6.0.sql)

• Toutes les nouvelles données intégrées dans le Synthèse auront leur niveau de sensibilité et de diffusion calculés automatiquement. Vous pouvez ajouter ou désactiver des règles de sensibilité dans la table gn_sensivity.t_sensitivity_rules

• Vous pouvez aussi exécuter le script qui va calculer automatiquement le niveau de sensibilité et de diffusion de toutes les données déjà présentes dans la Synthèse, éventuellement en l’adaptant à votre contexte : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.5.5to2.6.0-update-sensitivity.sql

• Mettez à jour de la longueur du champs gn_synthese.synthese.reference_biblio à 5000 charactères. Exécutez la commande suivante dans la console : sudo -u postgres psql -d geonature2db -c "UPDATE pg_attribute SET atttypmod = 5004 WHERE attrelid = 'gn_synthese.synthese'::regclass AND attname = 'reference_biblio';"

• Exécuter le script de mise à jour de la BDD du sous-module de nomenclature : https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module/blob/master/data/update1.3.4to1.3.5.sql

• Suivez la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)

• Si vous utilisez Occtax-mobile, vous pouvez modifier la valeur du nouveau paramètre gn_commons.t_parameters.occtaxmobile_area_type pour lui indiquer le code du type de zonage que vous utilisez pour les unités géographiques (mailles de 5km par défaut)

• Si vous disposez du module d’import, vous devez le mettre à jour en version 1.1.1

2.5.5 (2020-11-19)

🚀 Nouveautés

• Ajout d’un composant fil d’ariane (#1143)

• Ajout de la possiblité de désactiver les composants pnx-taxa et pnx-areas (#1142)

• Ajout de tests sur les routes pour assurer la compatibilité avec les applications mobiles

🐛 Corrections

• Correction d’un bug de récupération du CRUVED sur les modules (#1146)

• Correction des validateurs sur les preuves d’existence (#1134)

• Correction de la récupération des dossiers dans backend/static dans le script migrate.sh

• Correction de l’affichage de l’utilisateur dans la navbar lorsqu’on est connecté via le CAS INPN

2.5.4 (2020-11-17)

🚀 Nouveautés

• Ajout de scripts sql et sh de restauration des medias dans data/medias (#1148)

• Ajout d’un service pour pouvoir récupérer les informations sur l’utilisateur connecté

🐛 Corrections

• Correction des médias qui sont actuellement tous supprimés automatiquement après 24h, et non pas seulement ceux orphelins (#1148)

• Correction des permissions sur les fiches info des relevés dans Occtax avec la désactivation du bouton de modification du relevé quand l’utilisateur n’en a pas les droits

⚠️ Notes de version

• Si vous aviez associé des médias à des observations dans Occtax ou autre et qu’ils ont été supprimés, vous pouvez les retrouver dans la table d’historisation des actions (SELECT * FROM gn_commons.t_history_actions WHERE table_content->'id_media' IS NOT NULL AND operation_type = 'D')

• Pour restaurer les médias supprimés depuis la table gn_commons.t_history_actions vous pouvez :

  • exécuter le script SQL data/medias/restore_medias.sql qui va recréer les médias supprimés dans la table gn_commons.t_medias

  • exécuter le script BASH data/medias/restore_medias.sh (bash /home/`whoami`/geonature/data/medias/restore_medias.sh en sudo si besoin) qui va renommer des fichiers supprimés en supprimant le préfixe deleted_

2.5.3 (2020-11-04)

🚀 Nouveautés

• Mise en place de l’héritage du CRUVED au niveau des objets des modules (#1028)

• Révision de l’export des observations de la Synthèse (noms plus lisibles, ajout des communes et d’informations taxonomiques, complément des champs existants (#755)

• Ajout d’un paramètre permettant d’ajouter un message personnalisé à la fin des emails (inscriptions, exports…) (#1050 par @jpm-cbna)

• Ajout d’une alerte de dépréciation sur les fonctions utils-sqlalchemy présentes dans GeoNature

• Ajout d’un widget de type « HTML » dans les formulaires dynamiques, permettant d’ajouter des informations dans un formulaire (#1043 et #1068 par @jpm-cbna)

• Ajout de la possibilité d’ajouter un texte d’aide sur les champs des formulaires dynamiques (#1065 par @jpm-cbna)

• Ajout de la possibilité de définir un min et un max au composant commun date (#1069 par @jpm-cbna)

• Ajout de la possibilité de définir le nombre de lignes du composant commun textarea (#1067 par @jpm-cbna)

• Ajout de la possibilité de contrôler par une expression régulière le contenu d’un champs de type text des formulaires dynamiques (#1073 par @FlorentRICHARD44)

• Ajout de la possibilité de masquer certains champs du composant media (#1072, #1078 et #1083 par @metourneau)

• Ajout d’un spinner sur les statistiques de la page d’accueil (#1086 par @jpm-cbna)

• Ajout d’un composant d’autocomplete multiselect pnx-taxa permettant de rechercher des taxons dans tout l’arbre taxonomique et de limiter la recherche à un rang

• Possibilité d’ajouter plusieurs cartes sur la même page à l’aide du composant pnx-map

• Homogénéisation du style du code et documentation des pratiques de développement

🐛 Corrections

• Correction de l’affichage des noms des validateurs sur la liste dans le module validation (#1091 par @lpofredc)

• Corrections mineures de l’export des observations de la Synthèse (#1108)

• Synthèse : Correction du masquage de la recherche par arbre taxonomique (#1057 par @jpm-cbna)

• Ajout du champs id_nomenclature_biogeo_status dans la Synthese (correspondance standard : statut biogéographique). La BDD est remplie avec la valeur par défaut de la table gn_synthese.default_nomenclature_value (valeur = non renseignée)

• Accueil : Correction de l’affichage du nom du module (#1087)

• Correction du trigger de mise à jour d’Occtax vers la Synthèse (champs the_geom_local non mis à jour) (#1117 par @jbrieuclp)

• Correction du paramètre stockant la version de Taxref, passé à 13.0 pour les nouvelles installations (#1097 par @RomainBaghi)

• Correction de l’affichage en double des markers dans Leaflet.draw (#1095 par @FlorentRICHARD44)

• Synthèse : Correction des filtres avancés par technique d’observation et méthode de détermination (#1110 par @jbrieuclp)

• Recréation du fichier de configuration à chaque installation (#1074 par @etot)

• Annulation de l’insertion du module lorsqu’une erreur est levée à l’installation d’un module

⚠️ Notes de version

• Désormais les objets des modules (par exemple les objets ’Permissions’ et ’Nomenclatures’ du module ’ADMIN’) héritent automatiquement des permissions définies au niveau du module parent et à défaut au niveau de GeoNature (#1028). Il s’agit d’une évolution de mise en cohérence puisque les modules héritaient déjà des permissions de GeoNature, mais pas leurs objets. Si vous avez défini des permissions particulières aux niveaux des objets, vérifier leur cohérence avec le nouveau fonctionnement. NB : si vous aviez mis des droits R=0 pour un groupe au module ’ADMIN’, les utilisateurs de ce groupe ne pourront pas accéder aux sous-modules ’permissions’ et ’nomenclatures’.

• Exécuter ensuite le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.5.2to2.5.3.sql). Attention, si vous avez customisé les vues des exports Occtax et Synthèse, elles seront supprimées et recrées automatiquement par le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature pour intégrer leurs évolutions réalisées dans cette nouvelle version. Révisez éventuellement ces vues avant et/ou après la mise à jour.

• Suivez la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application).

• Les noms de colonnes de l’export de la Synthèse ont été entièrement revus dans la vue fournie par défaut (gn_synthese.v_synthese_for_export). Si vous aviez surcouché le paramètre EXPORT_COLUMNS dans le fichier config/geonature_config.toml, vérifiez les noms des colonnes.

• Vérifiez que la valeur du paramètre taxref_version dans la table gn_commons.t_parameters correspond bien à votre version actuelle de Taxref (11.0 ou 13.0).

2.5.2 (2020-10-13)

🐛 Corrections

• Occtax : correction du problème d’installation du module dans le fichier schemas.py

• Synthese : correction de la fonctions SQL gn_synthese.import_row_from_table et répercussion dans le fichier gn_synthese/process.py

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour GeoNature :

• Vous pouvez passer directement à cette version mais en suivant les notes des versions intermédiaires

• Exécuter ensuite le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.5.1to2.5.2.sql)

2.5.1 (2020-10-06)

🐛 Corrections

• Ajout d’un paramètre DISPLAY_EMAIL_INFO_OBS définissant si les adresses email des observateurs sont affichées ou non dans les fiches info des observations des modules Synthèse et Validation (#1066)

• Occtax : correction de l’affichage du champs « Technique de collecte Campanule » (#1059)

• Occtax : correction du fichier d’exemple de configuration contrib/occtax/config/conf_gn_module.toml.example (#1059)

• Occtax : paramètre DISPLAY_SETTINGS_TOOLS renommé ENABLE_SETTINGS_TOOLS et désactivé par défaut (#1060)

• Occtax : quand le paramètre ENABLE_SETTINGS_TOOLS est désactivé, remise en place du fonctionnement de l’outil « Echainer les relevés ». Dans ce cas, quand on enchaine les relevés, on conserve le JDD, les observateurs, les dates et heures d’un relevé à l’autre (#1060)

• Occtax : correction de l’observateur par défaut en mode observers_as_txt

• Verification des UUID : autoriser toutes les versions (#1063)

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour GeoNature :

• Vous pouvez passer directement à cette version mais en suivant les notes des versions intermédiaires

2.5.0 - Manidae (2020-09-30)

Occtax v2 et médias

🚀 Nouveautés

• Refonte de l’ergonomie et du fonctionnement du module de saisie Occtax (#758 et #860 par @jbrieuclp et @TheoLechemia)

  • Enregistrement continu au fur et à mesure de la saisie d’un relevé

  • Découpage en 2 onglets (Un pour le relevé et un onglet pour les taxons)

  • Amélioration de la liste des taxons saisis sur un relevé (#635 et #682)

  • Amélioration de la saisie au clavier

  • Zoom réalisé dans la liste des relevé conservé quand on saisit un nouveau relevé (#436 et #912)

  • Filtres conservés quand on revient à la liste des relevés (#772)

  • Possibilité de conserver les informations saisies entre 2 taxons ou relevés, désactivable avec le paramètre DISPLAY_SETTINGS_TOOLS (#692)

  • Correction de la mise à jour des dates de début et de fin (#977)

  • Affichage d’une alerte si on saisit 2 fois le même taxon sur un même relevé

  • Fiche d’information d’un relevé complétée et mise à jour

• Passage de la version 1.2.1 à la version 2.0.0 du standard Occurrences de taxon (dans les modules Occtax, Synthèse et Validation) (#516)

  • Ajout des champs « Comportement », « NomLieu », « Habitat », « Méthode de regroupement », « Type de regroupement » et « Profondeur »

  • Ajout du champs « Précision » dans Occtax et suppression de sa valeur par défaut à 100 m

  • Renommage du champs « Méthode d’observation » en « Technique d’observation »

  • Suppression du champs « Technique d’observation » actuel de la synthèse

  • Renommage du champs « Technique d’observation » actuel d’Occtax en « Technique de collecte Campanule »

  • Ajout et mise à jour de quelques nomenclatures

  • Ajout d’un document de suivi de l’implémentation du standard Occurrences de taxon dans GeoNature (docs/implementation_gn_standard_occtax2.0.ods) (#516)

• Passage de la version 1.3.9 à la version 1.3.10 du standard de Métadonnées. Mise à jour des nomenclatures « CA_OBJECTIFS » et mise à jour des métadonnées existantes en conséquence (par @DonovanMaillard)

• Ajout d’un champs addtional_data de type jsonb dans la table gn_synthese.synthese, en prévision de l’ajout des champs additionnels dans Occtax et Synthèse (#1007)

• Mise en place de la gestion transversale et générique des médias (images, audios, vidéos, PDF…) dans gn_commons.t_medias et le Dynamic-Form (#336) et implémentation dans le module Occtax (désactivables avec le paramètre ENABLE_MEDIAS) (#620 par @joelclems)

• Mise en place de miniatures et d’aperçus des médias, ainsi que de nombreux contrôles des fichiers et de leurs formats

• Affichage des médias dans les fiches d’information des modules de saisie, ainsi que dans les modules Synthèse et Validation

• Ajout de la fonctionnalité « Mes lieux » (gn_commons.t_places), permettant de stocker la géométrie de ieux individuels fréquemment utilisés, implémentée dans le module cartographique d’Occtax (désactivable avec le paramètre ENABLE_MY_PLACES) (#246 par @metourneau)

• Tri de l’ordre des modules dans le menu latéral par ordre alphabétique par défaut et possibilité de les ordonner avec le nouveau champs gn_commons.t_modules.module_order (#787 par @alainlaupinmnhn)

• Arrêt du support de l’installation packagée sur Debian 9 et Ubuntu 16 pour passer à Python version 3.6 et plus

• Prise en charge de PostGIS 3 et notamment l’installation de l’extension postgis_raster (#946 par @jpm-cbna)

• Création de compte : Envoi automatique d’un email à l’utilisateur quand son compte est validé. Nécessite la version 2.1.3 de UsersHub (#862 et #1035 par @jpm-cbna)

Ajouts mineurs

• Homogénéisation des styles des boutons (#1026)

• Factorisation du code des fiches infos d’une observation dans les modules Synthèse et Validation (#1053)

• Métadonnées : Ajout d’un paramètre permettant de définir le nombre de CA affichés sur la page (100 par défaut)

• Métadonnées : Tri des CA et JDD par ordre alphabétique

• Métadonnées : Ajout d’un champs id_digitiser dans la table des CA et des JDD, utilisé en plus des acteurs pour le CRUVED des JDD (#921)

• Dynamic-Form : Ajout d’un composant « select » prenant une API en entrée (#1029)

• Dynamic-Form : Ajout de la possibilité d’afficher une définition d’un champs sous forme de tooltip

• CAS INPN : Redirection vers la page de connexion de GeoNature quand on se déconnecte

• Ajout d’une contrainte d’unicité sur schema_name et table_name sur la table gn_commons_bib_tables_location_unique (#962)

• Ajout d’une contrainte d’unicité sur id_organism et parameter_name dans la table gn_commons.t_parameters (#988)

• Ajout de la possibilité de filtrer le composant dataset du Dynamic-Form par module_code pour pouvoir choisir parmis les JDD associées à un module (#964)

• Mise à jour de psycopg2 en version 2.8.5, sqlalchemy en 1.3.19, marshmallow en 2.15.6, virtualenv en 20.0.31 (par @jpm-cbna)

• Mises à jour de sécurité diverses

• Améliorations des scripts install/install_db.sh et install/install_app.sh (par @jpm-cbna)

• Ajout de l’autocomplétion des commandes geonature (#999 par @jpm-cbna)

• Suppression du fichier backend/gunicorn_start.sh.sample

• Amélioration du script install/migration/migration.sh en vérifiant la présence des dossiers optionnels avant de les copier

• Amélioration des fonctions gn_synthese.import_json_row_format_insert_data et gn_synthese.import_json_row pour prendre en charge la génération des geojson dans PostGIS 3

• Documentation administrateur : Précisions sur les labels, pictos et ordres des modules dans le menu de navigation latéral

🐛 Corrections

• Module Validation : Affichage des commentaires du relevé et de l’observation (#978 et #854)

• Module Validation : Ne lister que les observations ayant un UUID et vérification de sa validité (#936)

• Module Validation : Correction et homogénéisation de l’affichage et du tri des observations par date (#971)

• Module Validation : Correction de l’affichage du statut de validation après mise à jour dans la liste des observations (#831)

• Module Validation : Correction de l’affichage du nom du validateur

• Module Validation : Amélioration des performances avec l’ajout d’un index sur le champs uuid_attached_row de la table gn_commons.t_validations (#923 par @jbdesbas)

• Suppression du trigger en double tri_insert_synthese_cor_role_releves_occtax sur pr_occtax.cor_role_releves_occtax (#762 par @jbrieuclp)

• Passage des requêtes d’export de la synthèse en POST plutôt qu’en GET (#883)

• Correction du traitement du paramètre offset de la route synthese/color_taxon utilisé par Occtax-mobile (#994)

• Correction et complément des scripts de migration de données depuis GINCO v1 (data/scripts/import_ginco/occtax.sql)

• Import des utilisateurs depuis le CAS INPN : Activer les utilisateurs importés par défaut et récupérer leur email

• Calcul automatique de la sensibilité : Ajout de la récursivité dans la récupération des critères de sensibilité au niveau de la fonction gn_sensitivity.get_id_nomenclature_sensitivity (#284)

• Typo sur le terme « Preuve d’existence » (par @RomainBaghi)

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour GeoNature :

• Nomenclatures : Commencer par exécuter le script SQL de mise à jour du schéma ref_nomenclatures de la BDD (https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module/blob/master/data/update1.3.3to1.3.4.sql)

• Exécuter ensuite le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.4.1to2.5.0.sql). Attention, si vous avez customisé les vues des exports Occtax et Synthèse, elles seront supprimées et recrées automatiquement par le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature pour s’adapter aux évolutions du standard Occtax en version 2.0.0. Révisez éventuellement ces vues avant et/ou après la mise à jour. Le script SQL de mise à jour vérifiera aussi si vous avez d’autres vues (dans le module Export notamment) qui utilisent le champs id_nomenclature_obs_technique qui doit être renommé et l’indiquera dès le début de l’exécution du script, en l’arrêtant pour que vous puissiez modifier ou supprimer ces vues bloquant la mise à jour.

• Les colonnes de l’export de la Synthèse ont été partiellement revus dans la vue fournie par défaut (gn_synthese.v_synthese_for_export). Si vous aviez surcouché le paramètre EXPORT_COLUMNS dans le fichier config/geonature_config.toml, vérifiez les noms des colonnes.

• A partir la version 2.5.0 de GeoNature, la version 3.5 de Python n’est plus supportée. Seules les versions 3.6 et + le sont. Si vous êtes encore sur Debian 9 (fourni par défaut avec Python 3.5), veuillez suivre les instructions de mise à jour de Python sur cette version (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/docs/installation-standalone.rst#python-37-sur-debian-9). Il est cependant plutôt conseillé de passer sur Debian 10 pour rester à jour sur des versions maintenues

• Suivez la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)

• A noter, quelques changements dans les paramètres du module Occtax. Les paramètres d’affichage/masquage des champs du formulaire ont évolué ainsi :

  • obs_meth devient obs_tech

  • obs_technique devient tech_collect

• A noter aussi que cette version de GeoNature est compatible avec la version 1.1.0 minimum d’Occtax-mobile (du fait de la mise du standard Occurrence de taxons)

2.4.1 (2020-06-25)

🚀 Nouveautés

• Occurrences sans géométrie précise : Ajout d’un champs id_area_attachment dans la table gn_synthese.synthese permettant d’associer une observation à un zonage dans le référentiel géographique (ref_geo.l_areas.id_area) (#845 et #867)

• Ajout d’un champs geojson_4326 dans la table ref_geo.l_areas pour pouvoir afficher les zonages du référentiel géographique sur les cartes (#867)

• Ajout de l’import par défaut des départements de France métropole dans le référentiel géographique lors de l’installation de GeoNature (en plus des actuelles communes et grilles)

• Mise à jour des communes importées sur la version de février 2020 d’Admin express IGN pour les nouvelles installations

🐛 Corrections

• Correction d’un bug d’affichage des fonds de carte WMTS de l’IGN, apparu dans la version 2.4.0 avec l’ajout du support des fonds WMS (#890)

• Gestion des exceptions de type FileNotFoundError lors de l’import des commandes d’un module

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour GeoNature :

• Vous pouvez passer directement à cette version mais en suivant les notes des versions intermédiaires

• Exécuter le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.4.0to2.4.1.sql

• Suivez la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)

• Vous pouvez alors lancer le script d’insertion des départements de France métropole dans le réferentiel géographique (optionnel) : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.4.0to2.4.1_insert_departments.sh. Vérifier le déroulement de l’import dans le fichier var/log/insert_departements.log

2.4.0 - Fiches de métadonnées (2020-06-22)

🚀 Nouveautés

• Métadonnées : Ajout d’une fiche pour chaque jeu de données et cadres d’acquisition, incluant une carte de l’étendue des observations et un graphique de répartition des taxons par Groupe INPN (#846 par @FloVollmer)

• Métadonnées : Possibilité d’exporter les fiches des JDD et des CA en PDF, générés par le serveur avec WeasyPrint. Logo et entêtes modifiables dans le dossier backend/static/images/ (#882 par @FloVollmer)

• Métadonnées : Implémentation du CRUVED sur la liste des CA et JDD (#911)

• Métadonnées : Affichage de tous les CA des JDD pour lequels l’utilisateur connecté a des droits (#908)

• Compatible avec TaxHub 1.7.0 qui inclut notamment la migration (optionnelle) vers Taxref version 13

• Installation globale migrée de Taxref version 11 à 13

• Synthèse et zonages : Ne pas inclure l’association aux zonages limitrophes d’une observation quand sa géométrie est égale à un zonage (maille, commune…) (#716 par @jbdesbas)

• Synthèse : Ajout de la possibilité d’activer la recherche par observateur à travers une liste, avec ajout des paramètres SEARCH_OBSERVER_WITH_LIST (False par défaut) et ID_SEARCH_OBSERVER_LIST (#834 par @jbrieuclp)

• Synthèse : Amélioration de la recherche des observateurs. Non prise en compte de l’ordre des noms saisis (#834 par @jbrieuclp)

• Synthèse : Ajout de filtres avancés (Saisie par basé sur id_digitiser, Commentaire du relevé et de l’occurrence, Déterminateur) (#834 par @jbrieuclp)

• Occtax : Création d’un trigger générique de calcul de l’altitude qui n’est exécuté que si l’altitude n’est pas postée (#848)

• Ajout d’une table gn_commons.t_mobile_apps permettant de lister les applications mobiles, l’URL de leur APK et d’une API pour interroger le contenu de cette table. Les fichiers des applications et leurs fichiers de configurations peuvent être chargés dans le dossier backend/static/mobile (#852)

• Ajout d’un offset et d’une limite sur la route de la couleur des taxons (utilisée uniquement par Occtax-mobile actuellement)

• Support des fonds de carte au format WMS (https://leafletjs.com/reference-1.6.0.html#tilelayer-wms-l-tilelayer-wms), (#890 par @jbdesbas)

• Ajout d’un champs texte reference_biblio dans la table gn_synthese

• Amélioration des perfomances du module de validation, en revoyant la vue gn_commons.v_synthese_validation_forwebapp, en revoyant les requêtes et en générant le GeoJSON au niveau de la BDD (#923)

• Ajout d’une fonction SQL d’insertion de données dans la synthese (et une fonction python associée)

• Compléments de la documentation (Permissions des utilisateurs, Occhab…)

• Ajout de scripts de migration des données de GINCO1 vers GeoNature (data/scripts/import_ginco)

• Trigger Occtax vers Synthèse : Amélioration du formatage des heures avec date_trunc() dans la fonction pr_occtax.insert_in_synthese() (#896 par @jbdesbas)

• Barre de navigation : Clarification de l’icône d’ouverture du menu, ajout d’un paramètre LOGO_STRUCTURE_FILE permettant de changer le nom du fichier du logo de l’application (#897 par @jbrieuclp)

• Médias : Amélioration des fonctions backend

• Mise à jour de jQuery en version 3.5.0

• Suppression de la table gn_synthese.taxons_synthese_autocomplete et du trigger sur la Synthèse qui la remplissait pour utiliser la vue matérialisée taxonomie.vm_taxref_list_forautocomplete listant les noms de recherche de tous les taxons de Taxref, entièrement revue dans TaxHub 1.7.0

• Monitoring : Correction du backend pour utiliser la nouvelle syntaxe de jointure des tables

• Ajout de fonctions SQL d’insertion de données dans la Synthèse (gn_synthese.import_json_row() et gn_synthese.import_row_from_table()) et de la fonction Python associée (import_from_table(schema_name, table_name, field_name, value)) pour l’API permettant de poster dans la Synthèse (#736). Utilisée par le module Monitoring.

• Ajout du plugin Leaflet.Deflate (#934 par @jpm-cbna)

• Connexion au CAS INPN : Association des JDD aux modules Occtax et Occhab (paramétrable) quand on importe les JDD de l’utilisateur qui se connecte (dans la table gn_commons.cor_module_dataset)

• Mise à jour des librairies Python Utils-Flask-SQLAlchemy (en version 0.1.1) et Utils-Flask-SQLAlchemy-Geo (en version 0.1.0) permettant de mettre en place les exports au format GeoPackage et corrigeant les exports de SHP contenant des géométries multiples

🐛 Corrections

• Mise à jour des URL de la documentation utilisateur des modules, renvoyant vers http://docs.geonature.fr

• Validation : Correction de l’ouverture de la fiche d’information d’une observation (#858)

• Modification de l’attribution de la hauteur du composant map-container pour permettre d’adapter la hauteur de la carte si la hauteur d’un conteneur parent est modifié. Et que <pnx-map height="100%"> fonctionne (#844 par @jbrieuclp)

• Mise à jour de la librairie python Markupsafe en version 1.1, corrigeant un problème de setuptools (#881)

• Page Maintenance : Correction de l’affichage de l’image (par @jpm-cbna)

• Correction du multiselect du composant pnx-nomenclatures (#885 par @jpm-cbna)

• Correction de l’input('coordinates') du composant marker (#901 par @jbrieuclp)

• Utilisation de NVM quand on installe les dépendances javascript (#926 par @jpm-cbna)

• Formulaire JDD : Correction de l’affichage de la liste des modules (#861)

• Correction de l’utilisation des paramètres du proxy (#944)

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour GeoNature.

• Vous devez d’abord mettre à jour TaxHub en version 1.7.0

• Si vous mettez à jour TaxHub, vous pouvez mettre à jour Taxref en version 13. Il est aussi possible de le faire en différé, plus tard

• Vous pouvez mettre à jour UsersHub en version 2.1.2

• Exécuter le script SQL de mise à jour des nomenclatures (https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module/blob/master/data/update1.3.2to1.3.3.sql).

• Si vous avez mis à jour Taxref en version 13, répercutez les évolutions au niveau des nomenclatures avec le script SQL https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module/blob/master/data/update_taxref_v13.sql. Sinon vous devrez l’exécuter plus tard, après avoir mis à jour Taxref en version 13. Après avoir mis à jour Taxref en version 13, pensez à mettre à jour le paramètre taxref_version dans la table gn_commons.t_parameters.

• Exécuter le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.3.2to2.4.0.sql)

• Installer les dépendances de la librairie Python WeasyPrint :

  sudo apt-get install -y libcairo2
  sudo apt-get install -y libpango-1.0-0
  sudo apt-get install -y libpangocairo-1.0-0
  sudo apt-get install -y libgdk-pixbuf2.0-0
  sudo apt-get install -y libffi-dev
  sudo apt-get install -y shared-mime-info
  

• Corriger l’utilisation des paramètres du proxy (#944) dans le fichier backend/gunicorn_start.sh en remplaçant les 2 lignes :

  export HTTP_PROXY="'$proxy_http'"
  export HTTPS_PROXY="'$proxy_https'"
  

  par :

  # Activation de la configuration des proxy si necessaire
  [[ -z "$proxy_http" ]] || export HTTP_PROXY="'$proxy_http'"
  [[ -z "$proxy_https" ]] || export HTTPS_PROXY="'$proxy_https'"
  

• Vous pouvez supprimer les associations des observations de la synthèse aux zonages limitrophes, si vous n’avez pas d’observations sans géométrie (#719) :

  DELETE FROM gn_synthese.cor_area_synthese cas
  USING gn_synthese.synthese s, ref_geo.l_areas a
  WHERE cas.id_synthese = s.id_synthese AND a.id_area = cas.id_area
  AND public.ST_TOUCHES(s.the_geom_local,a.geom);
  

• Suivez ensuite la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)

2.3.2 (2020-02-24)

🚀 Nouveautés

• Possibilité de charger les commandes d’un module dans les commandes de GeoNature

• Ajout de commentaires dans le fichier d’exemple de configuration config/default_config.toml.example

🐛 Corrections

• Correction d’une incohérence dans le décompte des JDD sur la page d’accueil en leur appliquant le CRUVED (#752)

• Montée de version de la librairie utils-flask-sqlalchemy-geo pour compatibilité avec la version 1.0.0 du module d’export

2.3.1 (2020-02-18)

🚀 Nouveautés

• Installation globale : Compatibilité Debian 10 (PostgreSQL 11, PostGIS 2.5)

• Installation globale : Passage à Taxhub 1.6.4 et UsersHub 2.1.1

• Utilisation généralisée des nouvelles librairies externalisées de sérialisation (https://github.com/PnX-SI/Utils-Flask-SQLAlchemy et https://github.com/PnX-SI/Utils-Flask-SQLAlchemy-Geo)

• Possibilité de régler le timeout de Gunicorn pour éviter le plantage lors de requêtes longues

• Ne pas zoomer sur les observations au premier chargement de la carte (#838)

• Leaflet-draw : Ajout de la possibilité de zoomer sur le point (par @joelclems)

• Ajout du nom vernaculaire dans les fiches d’information des relevés d’Occtax (par @FloVollmer / #826)

🐛 Corrections

• Correction de l’installation de Node.js et npm par l’utilisation généralisée de nvm (#832 et #837)

• Fixation de la version de Node.js en 10.15.3 (dans le fichier fronted/.nvmrc)

• Ajout d’une référence de l’objet Leaflet L afin qu’il soit utilisé dans les modules et changement du typage de l’évenement Leaflet MouseEvent en L.LeafletMouseEvent

• Fixation de la version de vitualenv en 20.0.1 (par @sogalgeeko)

• Corrections de typos dans la documentation d’administration (#840 - par @sogalgeeko)

⚠️ Notes de version

• Vous pouvez passer directement à cette version depuis la 2.2.x, mais en suivant les notes des versions intermédiaires (NB : il n’est pas nécessaire d’exécuter le script migrate.sh des versions précédentes)

• Installez pip3 et virtualenv:

  sudo apt-get update
  sudo apt-get install python3-pip
  sudo pip3 install virtualenv==20.0.1
  

• Rajoutez la ligne gun_timeout=30 au fichier config/settings.ini puis rechargez supervisor (sudo supervisorctl reload). Il s’agit du temps maximal (en seconde) autorisé pour chaque requête. A augmenter, si vous avez déjà rencontré des problèmes de timeout.

• Depuis le répertoire frontend, lancez la commande nvm install

2.3.0 - Occhab de Noël (2019-12-27)

🚀 Nouveautés

• Développement du module Occhab (Occurrences d’habitats) basé sur une version minimale du standard SINP du même nom et s’appuyant sur le référentiel Habref du SINP (#735)

  • Consultation (carte-liste) des stations et affichage de leurs habitats

  • Recherche (et export) des stations par jeu de données, habitats ou dates

  • Saisie d’une station et de ses habitats

  • Possibilité de saisir plusieurs habitats par station

  • Saisie des habitats basée sur une liste pré-définie à partir d’Habref. Possibilité d’intégrer toutes les typologies d’habitat ou de faire des listes réduites d’habitats

  • Possibilité de charger un fichier GeoJson, KML ou GPX sur la carte et d’utiliser un de ses objets comme géométrie de station

  • Mise en place d’une API Occhab (Get, Post, Delete, Export stations et habitats et récupérer les valeurs par défaut des nomenclatures)

  • Calcul automatique des altitudes (min/max) et de la surface d’une station

  • Gestion des droits (en fonction du CRUVED de l’utilisateur connecté)

  • Définition des valeurs par défaut dans la BDD (paramétrable par organisme)

  • Possibilité de masquer des champs du formulaire

• Création d’un sous-module autonome ou intégré pour gérer l’API d’Habref (https://github.com/PnX-SI/Habref-api-module) pour :

  • Rechercher un habitat dans Habref (avec usage du trigramme pour la pertinence du résultat)

  • Obtenir les infos d’un habitat et de ses correspondances à partir de son cd_hab

  • Obtenir les habitats d’une liste (avec ou sans leur code en plus de leur nom et filtrable par typologie)

  • Obtenir la liste des typologies (filtrable par liste d’habitats)

• Mise à jour du module des nomenclatures (https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module) en version 1.3.2 incluant notamment :

  • Ajout de nomenclatures SINP concernant les habitats

  • Ajout d’une contrainte d’unicité sur la combinaison des champs id_type et cd_nomenclature de la table t_nomenclatures

• Association des JDD à des modules pour filtrer les JDD utilisés dans Occtax ou dans Occhab notamment (#399)

• Mise à jour de Angular 4 à Angular 7 (performances, ….) par @jbrieuclp

• Ajout d’une documentation utilisateur pour le module Synthèse : http://docs.geonature.fr/user-manual.html#synthese (par @amandine-sahl)

• OCCTAX : Amélioration importante des performances de la liste des relevés (par @jbrieuclp) (#690, #740)

• Améliorations des performances des exports de Occtax et de Synthèse et ajout d’index dans Occtax (par @gildeluermoz) (#560)

• Partage de scripts de sauvegarde de l’application et de la BDD dans data/scripts/backup/ (par @gildeluermoz)

• Externalisation des librairies d’outils Flask et SQLAlchemy (https://github.com/PnX-SI/Utils-Flask-SQLAlchemy et https://github.com/PnX-SI/Utils-Flask-SQLAlchemy-Geo) pour pouvoir les factoriser et les utiliser dans d’autres applications. Cela améliore aussi les performances des jointures.

• SYNTHESE : Ajout d’un export de la liste des espèces (#805)

• SYNTHESE : Baser la portée de tous les exports (y compris Statuts) sur l’action E (#804)

• METADONNEES : Affichage des ID des JDD et CA

• OCCTAX : Conserver le fichier GPX ou GeoJSON chargé sur la carte quand on enchaine des relevés et ajouter de la transparence sur les géométries utilisés dans les relevés précédents (#813)

• OCCTAX : Clarification de l’ergonomie pour ajouter un dénombrement sur un taxon (#780)

• Ajout des dates de creation et de modification dans les tables gn_monitoring.t_base_sites et gn_monitoring.t_base_visits et triggers pour les calculer automatiquement

• Ajout des champs geom_local, altitude_min et altitude_max dans la table gn_monitoring.t_base_sites et triggers pour les calculer automatiquement (#812)

• Ajout des champs id_dataset, id_module, id_nomenclature_obs_technique et id_nomenclature_grp_typ dans la table gn_monitoring.t_base_visits (#812)

• Le composant générique FileLayer expose un output pour récuperer la géométrie sélectionnée (un observable de MapService était utilisé auparavant)

• Support des markers sur le composant leaflet-draw

• Possibilité de ne pas activer le composant marker au lancement lorsque celui-ci est utilisé (input defaultEnable)

• Ajout d’inputs time, number, medias et datalist au composant DynamicForm permettant de générer des formulaires dynamiques.

• Améliorations diverses du composant DynamicForm (par @joelclems)

• Ajout d’un paramètre dans le cas où le serveur se trouve derrière un proxy (proxy_http ou dans proxy_https dans config/settings.ini)

• Ajout d’une route permettant de récupérer la liste des rôles d’une liste à partir de son code (par @joelclems)

🐛 Corrections

• MENU Side nav : Correction pour ne pas afficher les modules pour lesquels le paramètre active_frontend est False (#822)

• OCCTAX : Gestion de l’édition des occurrences où le JDD a été désactivé, en ne permettant pas de modifier le JDD (#694)

• OCCTAX : Correction d’une faiblesse lors de la récupération des informations taxonomiques d’un relevé (utilisation d’une jointure plutôt que l’API TaxHub) (#751)

• OCCTAX : Correction des longues listes de taxons dans les tooltip des relevés en y ajoutant un scroll (par @jbrieuclp) (#666)

• OCCTAX : Masquer le bouton Télécharger si l’utilisateur n’a pas de droits d’export dans le module (E = 0)

• OCCTAX : Correction de l’affichage des relevés dans la liste (#777)

• OCCTAX : Correction des exports quand on filtre sur un obervateur en texte

• SYNTHESE : Filtre sur date_max en prenant date_max <= 23:59:59 pour prendre en compte les observations avec un horaire (#778)

• SYNTHESE : Correction des boutons radios pour les filtres taxonomiques avancés basés sur les attributs TaxHub (#763)

• SYNTHESE : Correction de la recherche par cd_nom dans le composant SearchTaxon (#824)

• VALIDATION : Corrections mineures (par @jbrieuclp) (#715)

• INSCRIPTION : Correction si aucun champ additionnel n’a été ajouté au formulaire (par @jbrieuclp) (#746)

• INSCRIPTION : Correction de l’usage des paramètres ENABLE_SIGN_UP et ENABLE_USER_MANAGEMENT (#791)

• Simplification de l’écriture des logs dans le script install_db.sh

• Correction de l’installation des requirements.txt lors de l’installation d’un module (#764 par @joelclems)

• COMMONS : Modification des champs de t_modules de type CHARACTER(n) en CHARACTER VARYING(n) (module_path, module_target, module_external_url) (#799)

• COMMONS : Ajout de contraintes d’unicité pour les champs module_path et module_code de t_modules

• pnx-geojson : Amélioration du zoom, gestion des styles

• Migration des données GeoNature V1 vers V2 (data/migrations/v1tov2/) : ajustements mineurs

⚠️ Notes de version

NB: La version 2.3.0 n’est pas compatible avec le module Dashboard. Si vous avez le module Dashboard installé, ne passez pas à cette nouvelle version. Compatibilité dans la 2.3.1.

• Lancer le script de migration qui va installer et remplir le nouveau schéma ref_habitats avec Habref et mettre à jour le schéma ref_nomenclatures :

  cd /home/`whoami`/geonature/install/migration
  chmod +x 2.2.1to2.3.0.sh
  ./2.2.1to2.3.0.sh
  

Vérifier que la migration s’est bien déroulée dans le fichier var/log/2.2.1to2.3.0.log.

• Lancer le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature https://raw.githubusercontent.com/PnX-SI/GeoNature/2.3.0/data/migrations/2.2.1to2.3.0.sql

• Vous pouvez installer le nouveau module Occhab (Occurrences d’habitats) si vous le souhaitez :

  cd /home/`whoami`/geonature/backend
  source venv/bin/activate
  geonature install_gn_module /home/`whoami`/geonature/contrib/gn_module_occhab /occhab
  deactivate
  

• Lors de la migration (/data/migrations/2.2.1to2.3.0.sql), tous les JDD actifs sont associés par défaut au module Occtax (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.2.1to2.3.0.sql#L17-L22). A chacun d’adapter si besoin, en en retirant certains. Pour utiliser le module Occhab, vous devez y associer au moins un JDD.

2.2.1 (2019-10-09)

🐛 Corrections

• La route de changement de mot de passe était désactivée par le mauvais paramètre (ENABLE_SIGN_UP au lieu de ENABLE_USER_MANAGEMENT)

• Désactivation du mode « enchainement des relevés » en mode édition (#669). Correction effacement du même relevé (#744)

• Correction d’affichage du module métadonnées lorsque les AF n’ont pas de JDD pour des raisons de droit (#743)

• Diverses corrections de doublons d’import et de logs de débugs (#742)

• Montée de version du sous-module d’authentification: 1.4.2

2.2.0 - Module utilisateurs (2019-09-18)

🚀 Nouveautés

• Ajout d’interfaces et de paramètres de création de compte, de récupération de son mot de passe et d’administration de son profil, basé sur l’API UsersHub 2.1.0 (par @jbrieuclp et @TheoLechemia) #615

• Ajout d’une fonctionnalité de création automatique d’un CA et d’un JDD personnel lors de la validation d’un compte créé automatiquement (paramétrable)

• Amélioration du composant de création dynamique de formulaire (support de text-area, checkbox simple et multiple et exemple d’utilisation à partir de la conf GeoNature)

• Le composant ’observateur’ permet de rechercher sur le nom ou le prénom (utilisation des RegEx) #567

• Mise à jour de Flask en version 1.1.1

• Nouvelle version du sous-module d’authentification (1.4.1), compatible avec UsersHub 2.1.0

• Mise à jour du sous-module de nomenclatures (version 1.3.0)

• Mise à jour et clarification du MCD (http://docs.geonature.fr/admin-manual.html#base-de-donnees) par @jpm-cbna

• Ajout d’une tutoriel vidéo d’installation dans la documentation (https://www.youtube.com/watch?v=JYgH7cV9AjE, par @olivier8064)

🐛 Corrections

• Correction d’un bug sur les export CSV en utilisant la librairie Python standard csv (#733)

• SYNTHESE API : Passage de la route principale de récupération des données en POST plutôt qu’en GET (#704)

• SYNTHESE BDD : Suppression automatique des aires intersectées (synthese.cor_area_synthese) lorsqu’une observation est supprimée (DELETE CASCADE)

• SYNTHESE : Prise en compte du paramètre EXPORT_ID_SYNTHESE_COL (#707)

• OCCTAX : Correction d’une autocomplétion automatique erronée de la date max en mode édition (#706)

• VALIDATION : Améliorations des performances, par @jbrieuclp (#710)

• Prise en compte des sous-taxons pour le calcul des règles de sensibilité

• Correction des contraintes CHECK sur les tables liées à la sensibilité

• Complément et correction des scripts de migration data/migrations/v1tov2

• Correction et clarification de la documentation d’administration des listes de taxons et de sauvegarde et restauration de la BDD (par @lpofredc)

• Correction de la rotation des logs

⚠️ Notes de version

• Passer le script de migration suivant: https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.1.2to2.2.0.sql

• Suivez ensuite la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)

• Si vous souhaitez activer les fonctionnalités de création de compte, veuillez lire attentivement cette documentation : http://docs.geonature.fr/admin-manual.html#configuration-de-la-creation-de-compte

• Si vous activez la création de compte, UsersHub 2.1.0 doit être installé. Voir sa note de version.

2.1.2 (2019-07-25)

🐛 Corrections

• SYNTHESE : Correction d’une URL en dur pour la recherche de rangs taxonomiques

• OCCTAX : Affichage uniquement des JDD actifs

• VALIDATION : Abaissement de la limite d’affichage de données sur la carte par défaut + message indicatif

• Migration : Suppression d’un lien symbolique qui créait des liens en cascade

• Amélioration de la documentation (@dthonon)

• Amélioration de la rapidité d’installation du MNT grâce à la suppression d’un paramètre inutile

• BACKOFFICE : Correction d’une URL incorrecte et customisation

⚠️ Notes de version

Ceci est une version corrective mineure. Si vous migrez depuis la 2.1.0, passez directement à cette version en suivant les notes de version de la 2.1.1.

2.1.1 (2019-07-18)

🚀 Nouveautés

• SYNTHESE: Factorisation du formulaire de recherche (utilisé dans le module synthese et validation)

• SYNTHESE: Simplification et correction du module de recherche avancée d’un taxon en le limitant à l’ordre (performances)

• SYNTHESE: Ajout d’un composant de recherche taxonomique avancé basé sur les rangs taxonomiques (modules synthese et validation), basé sur la nouvelle fonction taxonomie.find_all_taxons_children ajoutée à TaxHub

• Création d’un backoffice d’admnistration dans le coeur de GeoNature. Basé sur Flask-admin, les modules peuvent alimenter dynamiquement le backoffice avec leur configuration

• Mise en place d’une documentation développeur automatique de l’API à partir des docstring et des composants frontend, générée par Travis et désormais accessible à l’adresse http://docs.geonature.fr (#673)

• Amélioration de la documentation (triggers, installation, module validation)

• Suppression du module d’exemple, remplacé par un template de module (https://github.com/PnX-SI/gn_module_template)

• Ajout d’un champ validable sur la table gn_meta.t_datasets controlant les données présentes dans le module VALIDATION (https://github.com/PnX-SI/gn_module_validation/issues/31)

• VALIDATION: Lister toutes les données de la synthèse ayant un uuid_sinp dans le module validation, et plus seulement celles qui ont un enregistrement dans gn_commons.t_validations

• VALIDATION: On ne liste plus les id_nomenclatures des types de validation à utiliser, dans la configuration du module. Mais on utilise toutes les nomenclatures activées du type de nomenclature STATUT_VALID. (https://github.com/PnX-SI/gn_module_validation/issues/30)

• Ajout de tests sur les ajouts de JDD et CA

• Ajout d’une fonctionnalité d’envoie d’email via Flask-Mail dans le coeur de GeoNature

• Amélioration des performances: ajout d’index sur Occtax et Metadonnées

• Script d’import des métadonnées à partir du webservice MTD de l’INPN (@DonovanMaillard)

• Complément, correction et compatibilité 2.1.0 des scripts de migration data/migrations/v1tov2

🐛 Corrections

• Nombreuses corrections du module de validation (non utilisation des id_nomenclature, simplification des vues et de la table gn_commons.t_validations)

• Ordonnancement de listes déroulantes (#685)

• OCCTAX : correction de l’édition d’un relevé à la géométrie de type Polyline (#684)

• OCCTAX : correction l’édition et du contrôle conditionnel des champs de « preuves » (preuve d’existence numérique / non numérique) (#679)

• OCCTAX : correction du parametre DATE_FORM_WITH_TODAY non pris en compte (#670)

• OCCTAX: correction de la date_max non remplie lorsque DATE_FORM_WITH_TODAY = false

• OCCTAX: correction d’un bug lors de l’enchainement de relevé lorsque l’heure est remplie

• SYNTHESE: correction des doublons lorsqu’il y a plusieurs observateurs

• Correction du composant dynamicForm sur les champs de recherche de type texte (recherche sur Preuve numérique) (#530)

• Désactivation du mode « enchainer les relevés » en mode édition (#699)

• Correction de gn_monitoring : utiliser gn_commons.t_modules à la place de utilisateurs.t_applications pour associer des sites de suivi à des modules

• Fix de SQLalchemy 1.3.3 et jointure sur objet Table

• Le trigger remplissant cor_area_synthese en intersectant gn_synthese.synthese avec ref_geo.l_areas ne prend plus que les zonages ayant le champs enabled=true

• Correction dict() et version de Python (par @jpm-cbna)

• MAJ de sécurité de Bootstrap (en version 4.3.1)

• L’ancien module export du coeur est enlevé en vue de la sortie du nouveau module export

⚠️ Notes de version

• Passer TaxHub en version 1.6.3 (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/releases/tag/1.6.3)

• Passer le script de migration data/2.1.0to2.1.1.sql

• Si vous aviez modifier les id_nomenclature dans la surcouche de la configuration du module validation, supprimer les car on se base maintenant sur les cd_nomenclature

• Suivez ensuite la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)

• Nouvelle localisation de la doc : http://docs.geonature.fr

2.1.0 - Module validation (2019-06-01)

🚀 Nouveautés

• Intégration du module Validation dans GeoNature (développé par @JulienCorny, financé par @sig-pnrnm)

• Ajout de tables, règles et fonctions permettant de calculer la sensibilité des occurrences de taxon de la synthèse (#284)

• Occtax - Possibilité d’enchainer les saisies de relevés et de garder les informations du relevé (#633)

• Occtax - Amélioration de l’ergonomie de l’interface MapList pour clarifier la recherche et l’ajout d’un relevé + ajout compteur (#467)

• Révision de l’interface du module Métadonnées, listant les cadres d’acquisition et leurs jeux de données (par @jbrieuclp)

• Ajout d’un mécanisme du calcul des taxons observés par zonage géographique (#617)

• Les mailles INPN (1, 5, 10km) sont intégrées à l’installation (avec un paramètre)

• Statistiques de la page d’accueil - Ajout d’un paramètre permettant de les désactiver (#599)

• Occtax - Date par défaut paramétrable (#351)

• Support des géometries multiples (MultiPoint, MultiPolygone, MultiLigne) dans la synthèse et Occtax (#609)

• Synthese - Affichage des zonages intersectés dans un onglet séparé (#579)

🐛 Corrections

• Révision complète des scripts de migration de GeoNature v1 à v2 (data/migrations/v1tov2)

• Masquer l’export du module Synthèse si son CRUVED est défini à 0 (#608)

• Correction de la vérification du CRUVED du module METADONNEES (#601)

• Correction de la vérification du CRUVED lorsque get_role = False

• Correction de la traduction sur la page de connexion (par @jbrieuclp)

• Occtax - Retour du composant GPS permettant de charger un marker à partir de coordonnées X et Y (#624)

• Correction lors d’import de fichier GPX ayant une altitude (#631)

• Occtax - Correction du filtre Observateur texte libre (#598)

• Métadonnées - Inversion des domaines terrestre/marin (par @xavyeah39)

• Métadonnées - Correction de l’édition des cadres d’acquisition (#654, par @DonovanMaillard)

• Mise à jour de sécurité de Jinja2 et SQLAlchemy

⚠️ Notes de version

• Vous pouvez passer directement à cette version, mais en suivant les notes des versions intermédiaires

• Suivez ensuite la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)

• Lancer le script de migration de la base de données :

  Cette nouvelle version de GeoNature intègre les mailles INPN (1, 5, 10km) dans le réferentiel géographique. Si vous ne souhaitez pas les installer, lancer le script ci dessous en passant le paramètre no-grid

  cd /home/`whoami`/geonature/data/migrations
  # avec les mailles
  ./2.0.1to2.1.0.sh
  # sans les mailles:
  # ./2.0.1to2.1.0.sh no-grid
  

• Installer le module VALIDATION si vous le souhaitez :

  Se placer dans le virtualenv de GeoNature

  cd /home/`whoami`/geonature/backend
  source venv/bin/activate
  

  Lancer la commande d’installation du module puis sortir du virtualenv

  geonature install_gn_module /home/`whoami`/geonature/contrib/gn_module_validation/ /validation
  deactivate
  

2.0.1 (2019-03-18)

🚀 Nouveautés

• Développement : ajout d’une fonction de génération dynamique de requête SQL (avec vérification et cast des types)

• Synthese : Ajout d’un message indiquant que le module affiche les dernières observations par défaut

🐛 Corrections

• Synthese : correction du filtre CRUVED pour les portées 1 et 2 sur la route synthese/for_web (#584)

• Synthese : correction du bug lorsque la géométrie est null (#580)

• Synthese : Correction de la redirection vers le module de saisie (#586)

• Synthese : Correction de la valeur par défaut de la nomenclature STATUT_OBS (Présent au lieu de NSP)

• Configuration carto : correction du bug d’arrondissement des coordonnées géographiques (#582)

• Correction du trigger de calcul de la geom locale

• Recréation de la vue pr_occtax.export_occtax_sinp qui avait été supprimée lors de la migration RC3 vers RC4

• Correction de la vue pr_occtax.v_releve_list

• Correction ajout rang et cd_nom sur l’autocomplete de la synthese, absent dans le script de migration

• DEPOBIO : Correction de la déconnexion au CAS INPN

• Occtax et Metadata: correction lors de la mise à jour d’un élement (Merge mal géré par SQLAlchemy lorsqu’on n’a pas une valeur NULL) (#588)

• Composant « jeu de données » : retour à l’affichage du nom long (#583)

• Amélioration du style du composant multiselect

• Metadata : formulaire cadre d’acquisition - listage uniquement des cadres d’acquisition parent pour ne pas avoir de cadres d’acquisition imbriqués

• Ajouts de tests automatisés complémentaires

⚠️ Notes de version

• Vous pouvez passer directement à cette version, mais en suivant les notes des versions intermédiaires

• Exécuter le script de migration SQL du sous-module Nomenclatures (https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module/blob/1.2.4/data/update1.2.3to1.2.4.sql)

• Exécuter le script de migration SQL de GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.0.0to2.0.1.sql)

• Suivez ensuite la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)

2.0.0 - La refonte (2019-02-28)

La version 2 de GeoNature est une refonte complète de l’application.

• Refonte technologique en migrant de PHP/Symfony/ExtJS/Openlayers à Python3/Flask/Angular4/Leaflet

• Refonte de l’architecture du code pour rendre GeoNature plus générique et modulaire

• Refonte de la base de données pour la rendre plus standardisée, plus générique et modulaire

• Refonte ergonomique pour moderniser l’application

Pour plus de détails sur les évolutions apportées dans la version 2, consultez les détails des versions RC (Release Candidate) ci-dessous.

Nouveautés

• Possibilité de charger un fichier (GPX, GeoJson ou KML) sur la carte pour la saisie dans le module Occtax (#256)

• Ajout d’un moteur de recherche de lieu (basé sur l’API OpenStreetMap Nominatim) sur les modules cartographiques (#476)

• Intégration du plugin leaflet markerCluster permettant d’afficher d’avantage d’observations sur les cartes et de gérer leurs superposition (#559)

• Synthèse : possibilité de grouper plusieurs types de zonages dans le composant pnx-areas

• Design de la page de login

• Intégration d’un bloc stat sur la page d’accueil

• Ajout d’un export des métadonnées dans la synthèse

• Centralisation de la configuration cartographique dans la configuration globale de GeoNature (geonature_config.toml)

• Cartographie : zoom sur l’emprise des résultats après une recherche

• Migration de la gestion des métadonnées dans un module à part : ’METADATA’ (#550)

• Export vue synthèse customisable (voir doc)

• Lien vers doc par module (customisables dans gn_commons.t_modules) (#556)

• Ajout du code du département dans les filtres par commune (#555)

• Ajout du rang taxonomique et du cd_nom après les noms de taxons dans la recherche taxonomique (#549)

• Mise à jour des communes fournies lors de l’installation (IGN admin express 2019) (#537)

• Synthèse : Ajout du filtre par organisme (#531), affichage des acteurs dans les fiches détail et les exports

• Synthese: possibilité de filtrer dans les listes déroulantes des jeux de données et cadres d’acquisition

• Filtre de la recherche taxonomique par règne et groupe INPN retiré des formulaires de recherche (#531)

• Suppression du champ validation dans le schéma de BDD Occtax car cette information est stockée dans la table verticale gn_commons.t_validations + affichage du statut de validation dans les fiches Occtax et Synthèse

• Ajout d’une vue gn_commons.v_lastest_validation pour faciliter la récupération du dernier statut de validation d’une observation

• Suppression de toutes les références à taxonomie.bib_noms en vue de le supprimer de TaxHub

• Séparation des commentaires sur l’observation et sur le contexte (relevé) dans la Synthèse et simplification des triggers de Occtax vers Synthèse (#478)

• Nouveau logo GeoNature (#346)

Corrections

• Améliorations importantes des performances de la synthèse (#560)

• Synthèse : correction liée aux filtres multiples et aux filtres géographiques de type cercle

• Ajout d’une contrainte DELETE CASCADE entre ref_geo.li_municialities et ref_geo.l_areas (#554)

• Occtax : possibilité de saisir un dénombrement égal à 0 (cas des occurrences d’absence)

• Occtax : retour à l’emprise cartographique précédente lorsqu’on enchaine les relevés (#570)

• Occtax : correction de l’automplissage du champ hour_max lors de l’édition d’un relevé

• Divers compléments de la documentation (merci @jbdesbas, @xavyeah39 et @DonovanMaillard)

• Ajout de contraintes d’unicité sur les UUID_SINP pour empêcher les doublons (#536)

• Corrections et compléments des tests automatiques

• Amélioration de l’installation des modules GeoNature

Notes de version

1. Pour les utilisateurs utilisant la version 1 de GeoNature :

Il ne s’agit pas de mettre à jour GeoNature mais d’en installer une nouvelle version. En effet, il s’agit d’une refonte complète.

• Sauvegarder toutes ses données car l’opération est complexe et non-automatisée

• Passer à la dernière version 1 de GeoNature (1.9.1)

• Passer aux dernières versions de UsersHub et TaxHub

• Installer GeoNature standalone ou refaire une installation complète

• Adaptez les scripts présents dans /data/migrations/v1tov2 et exécutez-les pas à pas. Attention ces scripts ont été faits pour la version 2.0.0-rc.1 et sont donc à ajuster, tester, compléter et adapter à votre contexte

2. Pour les utilisateurs utilisant une version RC de GeoNature 2 :

Veuillez bien lire ces quelques consignes avant de vous lancer dans la migration.

• Vous pouvez passer directement à cette version, mais en suivant les notes des versions intermédiaires.

• Les personnes ayant configuré leur fichier map.config.ts devront le répercuter dans geonature_config.toml, suite à la centralisation de la configuration cartographique (voir https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/2.0.0/config/default_config.toml.example section [MAPCONFIG]).

• La configuration des exports du module synthèse a été modifiée (voir http://docs.geonature.fr/user-manual.html#synthese). Supprimer la variable[SYNTHESE.EXPORT_COLUMNS] dans le fichier geonature_config.toml. Voir l’exemple dans le fichier (voir https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/2.0.0/config/default_config.toml.example section) pour configurer les exports.

• Supprimer la variable COLUMNS_API_SYNTHESE_WEB_APP si elle a été ajoutée dans le fichier geonature_config.toml.

• Pour simplifier son édition, le template personalisable de la page d’accueil (frontend/src/custom/components/introduction/introduction.component.html) a été modifié (la carte des 100 dernière observations n’y figure plus). Veuillez supprimer tout ce qui se situe à partir de la ligne 21 (<div class="row row-0">) dans ce fichier.

• Exécuter le script de migration SQL: https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/2.0.0/data/migrations/2.0.0rc4.2to2.0.0.sql.

• Le backoffice de gestion des métadonnées est dorénavant un module GeoNature à part. Le script migration précédemment lancé prévoit de mettre un CRUVED au groupe_admin et groupe_en_poste pour le nouveau module METADATA. Les groupes nouvellement créés par les administrateurs et n’ayant de CRUVED pour l’objet METADATA (du module Admin), se retrouvent avec le CRUVED hérité de GeoNature. L’administrateur devra changer lui-même le CRUVED de ces groupes pour le nouveau module METADATA via le backoffice des permissions.

• Suivez ensuite la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application).

2.0.0-rc.4.2 (2019-01-23)

Nouveautés

• Mise en place de logs rotatifs pour éviter de surcharger le serveur

• Centralisation des logs applicatifs dans le dossier var/log/gn_errors.log de GeoNature

Corrections

• Synthèse - Correction et amélioration de la gestion des dates (#540)

• Amélioration des tests automatisés

• Correction et complément ds scripts d’installation des modules GeoNature

• Remplacement de gn_monitoring.cor_site_application par gn_monitoring.cor_site_module

• Complément des documentations de customisation, d’administration et de développement

• Ajout d’une documentation de migration de données Serena vers GeoNature (https://github.com/PnX-SI/Ressources-techniques/tree/master/GeoNature/migration/serena) par @xavyeah39

Note de version

• Vous pouvez passer directement à cette version, mais en suivant les notes des versions intermédiaires

• Exécutez la mise à jour de la BDD GeoNature (data/migrations/2.0.0rc4.1to2.0.0rc4.2.sql)

• Depuis la version 2.0.0-rc.4, on ne stocke plus les modules de GeoNature dans utilisateurs.t_applications. On ne peut donc plus associer les sites de suivi de gn_monitoring à des applications, utilisé par les modules de suivi (Flore, habitat, chiro). Le mécanisme est remplacé par une association des sites de suivi aux modules. La création de la nouvelle table est automatisée (data/migrations/2.0.0rc4.1to2.0.0rc4.2.sql), mais pas la migration des éventuelles données existantes de gn_monitoring.cor_site_application vers gn_monitoring.cor_site_module, à faire manuellement.

• Afin que les logs de l’application soient tous écrits au même endroit, modifier le fichier geonature-service.conf (sudo nano /etc/supervisor/conf.d/geonature-service.conf). A la ligne stdout_logfile, remplacer la ligne existante par stdout_logfile = /home/<MON_USER>/geonature/var/log/gn_errors.log (en remplaçant <MON_USER> par votre utilisateur linux).

• Vous pouvez également mettre en place un système de logs rotatifs (système permettant d’archiver les fichiers de logs afin qu’ils ne surchargent pas le serveur - conseillé si votre serveur a une capacité disque limitée). Créer le fichier suivant sudo nano /etc/logrotate.d/geonature puis copiez les lignes suivantes dans le fichier nouvellement créé (en remplaçant <MON_USER> par votre utilisateur linux)

  /home/<MON_USER>/geonature/var/log/*.log {
  daily
  rotate 8
  size 100M
  create
  compress
  }
  

  Exécutez ensuite la commande sudo logrotate -f /etc/logrotate.conf

• Suivez ensuite la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)

2.0.0-rc.4.1 (2019-01-21)

Corrections

• Mise à jour des paquets du frontend (#538)

• Correction d’un conflit entre Marker et Leaflet-draw

• Utilisation du paramètre ID_APP au niveau de l’application

• Corrections mineures diverses

Note de version

• Sortie de versions correctives de UsersHub (2.0.2 - https://github.com/PnX-SI/UsersHub/releases) et TaxHub (1.6.1 - https://github.com/PnX-SI/TaxHub/releases) à appliquer aussi

• Vous pouvez vous référer à la documentation globale de mise à jour de GeoNature RC3 vers RC4 par @DonovanMaillard (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/docs/update-all-RC3-to-RC4.rst)

2.0.0-rc.4 (2019-01-15)

Nouveautés

• Intégration de la gestion des permissions (CRUVED) dans la BDD de GeoNature, géré via une interface d’administration dédié (#517)

• Mise en place d’un système de permissions plus fin par module et par objet (#517)

• Mise en place d’un mécanimse générique pour la gestion des permissions via des filtres : filtre de type portée (SCOPE), taxonomique, géographique etc… (#517)

• Compatibilité avec UsersHub version 2

• L’administration des permissions ne propose que les rôles qui sont actif et qui ont un profil dans GeoNature

• Ajout du composant Leaflet.FileLayer dans le module Synthèse pour pouvoir charger un GeoJSON, un GPS ou KML sur la carte comme géométrie de recherche (#256)

• Ajout et utilisation de l’extension PostgreSQL pg_tgrm permettant d’améliorer l’API d’autocomplétion de taxon dans la synthèse, en utilisant l’algorithme des trigrammes (http://si.ecrins-parcnational.com/blog/2019-01-fuzzy-search-taxons.html), fonctionnel aussi dans les autres modules si vous mettez à jour TaxHub en version 1.6.0.

• Nouvel exemple d’import de données historiques vers GeoNature V2 : https://github.com/PnX-SI/Ressources-techniques/blob/master/GeoNature/V2/2018-12-csv-vers-synthese-FLAVIA.sql (par @DonovanMaillard)

• Complément de la documentation HTTPS et ajout d’une documentation Apache (par @DonovanMaillard, @RomainBaghi et @lpofredc)

Corrections

• Correction de l’id_digitiser lors de la mise à jour (#481)

• Corrections multiples de la prise en compte du CRUVED (#496)

• Deconnexion apres inactivité de l’utilisateur (#490)

• Suppression des heures au niveau des dates de l’export occtax (#485)

• Correction du message d’erreur quand on n’a pas de JDD (#479)

• Correction du champs commentaire dans les exports d’Occtax séparé entre relevé et occurrence (#478)

• Correction des paramètres de la fonction GenericQuery.build_query_filter() (par @patkap)

• Correction de l’administration des métadonnées (#466 #420)

• Métadonnées (JDD et CA) : ne pas afficher les utilisateurs qui sont des groupes dans les acteurs

• Ajout d’un champs dans la Synthèse permettant de stocker de quel module provient une occurrence et fonctions SQL associées (#412)

• Amélioration du style des champs obligatoires

• Améliorations mineures de l’ergonomie d’Occtax

• Correction du spinner qui tournait en boucle lors de l’export CSV de la Synthèse (#451)

• Correction des tests automatisés

• Amélioration des performances des intersections avec les zonages de ref_geo.l_areas

• Complément de la documentation de développement

• Simplification de la configuration des gn_modules

• Occtax : ordonnancement des observation par date (#467)

• Occtax : Remplissage automatique de l’heure_max à partir de l’heure_min (#522)

• Suppression des warnings lors du build du frontend

• Correction de l’installation des modules GeoNature

• Ajout d’un message quand on n’a pas accès à une donnée d’un module

• Affichage du nom du module dans le Header (#398)

• Correction des outils cartographiques dans Occtax

• Correction complémentaire des styles des lignes sans remplissage (#458)

• MaplistService : correction du zoom sur les polygones et polylignes

• Composant Areas et Municipalities : remise à zéro de la liste déroulante quand on efface la recherche ou remet à jour les filtres

• Composant Taxonomy : la recherche autocompletée est lancée même si on tape plus de 20 caractères. Le nombre de résultat renvoyé est désormais paramétrable (#518)

• Limitation du nombre de connexions à la BDD en partageant l’instance DB avec les sous-modules

• Installation : utilisation d’un répertoire tmp local et non plus au niveau système pour limiter les problèmes de droits (#503)

• Evolution du template d’exemple de module GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/tree/master/contrib/module_example) pour utiliser l’instance DB et utiliser les nouveaux décorateurs de permissions (CRUVED)

Note de version

• Si vous effectuez une migration de GeoNature RC3 vers cette nouvelle version, il est nécessaire d’avoir installé UsersHub version 2.x au préalable. Suivez donc sa documentation (https://github.com/PnX-SI/UsersHub/releases) avant de procéder à la montée de version de GeoNature.

• Exécuter la commande suivante pour ajouter l’extension pg_trgm, en remplaçant la variable $db_name par le nom de votre BDD : sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name -c "CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS pg_trgm;"

• Mettez à jour TaxHub en version 1.6.0 pour bénéficier de l’amélioration de la recherche taxonomique dans tous les modules

• Exécutez la mise à jour de la BDD GeoNature (data/migrations/2.0.0rc3.1-to-2.0.0rc4.sql)

• Suivez ensuite la procédure classique de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)

Note développeurs

• Vous pouvez faire évoluer les modules GeoNature en utilisant l’instance DB de GeoNature pour lancer les scripts d’installation (#498)

• Il n’est plus nécéssaire de définir un id_application dans la configuration des modules GeoNature.

• La gestion des permissions a été revue et est désormais internalisée dans GeoNature (voir http://docs.geonature.fr/development.html#developpement-backend), il est donc necessaire d’utiliser les nouveaux décorateurs décrit dans la doc pour récupérer le CRUVED.

2.0.0-rc.3.1 (2018-10-21)

Corrections

• Correction du script ìnstall_all.sh au niveau de la génération de la configuration Apache de TaxHub et UsersHub (#493)

• Suppression du Servername dans la configuration Apache de TaxHub du script install_all.sh

• Complément de la documentation de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)

Notes de version

• Si vous migrez depuis une version 2.0.0-rc.2, installez directement cette version corrective plutôt que la 2.0.0-rc.3, mais en suivant les notes de versions de la 2.0.0-rc.3

• Pour mettre en place la redirection de TaxHub sans /, consultez sa documentation https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#configuration-apache

• Le script install_all.sh actuel ne semble pas fonctionner sur Debian 8, problème de version de PostGIS qui ne s’installe pas correctement

2.0.0-rc.3 (2018-10-18)

• Possibilité d’utiliser le MNT en raster ou en vecteur dans la BDD (+ doc MNT) #439 (merci @mathieubossaert)

• INSTALL_ALL - gestion du format date du serveur PostgreSQL (#435)

• INSTALL_ALL - Amélioration de la conf Apache de TaxHub pour gérer son URL sans / à la fin

• Dessin cartographique d’une autre couleur (rouge) que les observations (bleu)

• Occtax : retour au zoom précédent lors de l’enchainement de relevé (#436)

• Occtax : observateur rempli par défaut avec l’utilisateur connecté (#438)

• Prise en compte des géométries nulles dans la fonction serializegeofn

• Gestion plus complète des données exemple intégrées ou non lors de l’installation (#446)

• Complément des différentes documentations

• Complément FAQ (#441)

• Documentation de la customisation (merci @DonovanMaillard)

• Amélioration de l’architecture du gn_module d’exemple

• Clarification de la configuration des gn_modules

• Lire le fichier VERSION pour l’afficher dans l’interface (#421)

• Utilisation de la vue export_occtax_sinp et non plus export_occtax_dlb par défaut pour les exports Occtax (#462)

• Complément et correction des vues export_occtax_sinp et export_occtax_dlb (#462)

• Mise à jour de Marshmallow (2.5.0 => 2.5.1)

• Améliorations des routes de gn_monitoring et de la configuration des modules de suivi pour pouvoir utiliser le nom d’une application plutôt que son identifiant

• Export Synthèse - Remplacement de la barre de téléchargement par un spinner (#451)

Corrections

• Doc Import niveau 2 : Corrections et compléments

• Correction du trigger Occtax > Synthèse qui met à jour le champs gn_synthese.observers_txt et les commentaires (#448 et #459)

• Correction et amélioration de la fonction install_gn_module

• Correction coquille dans le modèle gn_monitoring et la fonction serializegeofn

• Installation uniquement sur un environnement 64 bits (documentation + vérification) #442 (merci @jbrieuclp et @sig-pnrnm)

• Correction et découpage des scripts de mise à jour de la BDD depuis la version Beta5

• Correction de l’édition des date_debut et date_fin de Occtax (#457)

• Correction des exports depuis la Synthèse et intégration de la géométrie des observations (#461 et #456)

• Ne pas remplir pr_occtax.cor_role_releves_occtax si observers_txt = true (#463)

• Edition d’un relevé Occtax - Ne pas recalculer l’altitude existante (#424)

• Correction de l’activation du formulaire Occtax après localisation du relevé (#469 et #471)

• Carte - Enlever le remplissage des lignes (#458)

• Amélioration du script de mise à jour de GeoNature (install/migration/migration.sh) (#465)

• Suppression d’un doublon dans le modèle de gn_commons.t_modules (merci @lpofredc)

Autres

• Mise à jour de TaxHub (Doc utilisateur, configuration Apache, script d’import des médias depuis API INPN Taxref et remise à zéro des séquences)

• Script de migration des données SICEN (ObsOcc) vers GeoNature : https://github.com/PnX-SI/Ressources-techniques/tree/master/GeoNature/migration/sicen

• Script d’import continu depuis une BDD externe vivante (avec exemple SICEN) : https://github.com/PnX-SI/Ressources-techniques/tree/master/GeoNature/migration/generic

• Module Suivi Flore Territoire fonctionnel et installable (https://github.com/PnX-SI/gn_module_suivi_flore_territoire)

• Module Suivi Chiro fonctionnel et installable (https://github.com/PnCevennes/gn_module_suivi_chiro) ainsi que son Frontend générique pour les protocoles de suivi (https://github.com/PnCevennes/projet_suivis_frontend/)

• Ebauche d’un module pour les protocoles CMR (Capture-Marquage-Recapture) : https://github.com/PnX-SI/gn_module_cmr

• MCD du module Suivi Habitat Territoire (https://github.com/PnX-SI/gn_module_suivi_habitat_territoire)

• MCD du module Flore Prioritaire (https://github.com/PnX-SI/gn_module_flore_prioritaire)

• Consolidation du backend et premiers développements du frontend de GeoNature-citizen (https://github.com/PnX-SI/GeoNature-citizen)

• Création d’un script expérimental d’installation de GeoNature-atlas compatible avec GeoNature V2 dt pouvant utiliser son schéma ref_geo pour les communes, le territoire et les mailles (https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/develop/install_db_gn2.sh)

Notes de version

• Suivez la procédure standard de mise à jour de GeoNature (http://docs.geonature.fr/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)

• Exécutez l’update de la BDD GeoNature (data/migrations/2.0.0rc2-to-2.0.0rc3.sql)

• Il est aussi conseillé de mettre à jour TaxHub en 1.5.1 (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/releases) ainsi que sa configuration pour qu’il fonctionne sans / à la fin de son URL

• Attention, si vous installez cette version avec le script global install_all.sh, il créé un problème dans la configuration Apache de UserHub (/etc/apache2/sites-available/usershub.conf) et supprime tous les /. Les ajouter sur la page de la documentation de UsersHub (https://github.com/PnX-SI/UsersHub/blob/master/docs/installation.rst#configuration-apache) puis relancer Apache (https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/develop/docs/installation.rst). Il est conseillé d’installer plutôt la version corrective.

2.0.0-rc.2 (2018-09-24)

Nouveautés

• Script install_all.sh compatible Ubuntu (16 et 18)

• Amélioration du composant Download

• Amélioration du ShapeService

• Compléments de la documentation

• Intégration de la documentation Développement backend dans la documentation

• Nettoyage du code

• Mise à jour de la doc de l’API : https://documenter.getpostman.com/view/2640883/RWaPskTw

• Configuration de la carte (frontend/src/conf/map.config.ts) : OSM par défaut car OpenTopoMap ne s’affiche pas à petite échelle

Corrections

• Correction du script install/migration/migration.sh

• Ne pas afficher le debug dans le recherche de la synthèse

• Correction du bug de déconnexion entre TaxHub et GeoNature (#423)

• Correction de la fiche info d’Occtax

• Champs Multiselect : Ne pas afficher les valeurs selectionnées dans la liste quand on modifie un objet

• Trigger Occtax vers Synthèse : Correction des problèmes d’heure de relevés mal copiés dans la Synthèse

• Correction des altitudes (non abouti) (#424)

• Données exemple : Suppression de l’observers_txt dans la synthèse

• Suppression d’un id_municipality en dur dans une route

• Suppression de la librairie Certifi non utilisée

Notes de version

• Suivez la procédure standard de mise à jour de GeoNature

• Exécuter l’update de la BDD GeoNature (data/migrations/2.0.0rc1-to-2.0.0rc2.sql)

2.0.0-rc.1 (2018-09-21)

La version 2 de GeoNature est une refonte complète de l’application.

• Refonte technologique en migrant de PHP/Symfony/ExtJS/Openlayers à Python3/Flask/Angular4/Leaflet

• Refonte de l’architecture du code pour rendre GeoNature plus générique et modulaire

• Refonte de la base de données pour la rendre plus standarde, plus générique et modulaire

• Refonte ergonomique pour moderniser l’application

Présentation et suivi des développements : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/issues/168

Accueil

• Message d’introduction customisable

• Carte des 100 dernières observations

• CSS général de l’application surcouchable

Occtax

Module permettant de saisir, consulter, rechercher et exporter des données Faune, Flore et Fonge de type Contact selon le standard Occurrences de taxon du SINP (https://inpn.mnhn.fr/telechargement/standard-occurrence-taxon).

• Développement des formulaires de saisie, page de recherche, fiche détail, API, CRUVED et export

• Possibilité de masquer ou afficher les différents champs dans le formulaire Occtax (#344)

• Développement du formulaire de manière générique pour pouvoir réutiliser ses différents éléments dans d’autres modules sous forme de composants Angular

• Configuration possible du module (Niveau de zoom, champs affichées, export…)

• Ajout des nomenclatures dans les filtres d’Occtax à partir du composant dynamicForm qui permet de créer dynamiquement un formulaire en déclarant ses champs et leur type (#318)

• Amélioration du composant de recherche d’un taxon en ne recherchant que sur les débuts de mot et en affichant en premier les noms de référence (ordrer_by cd_nom=cd_ref DESC) #334

• Multilingue fourni avec français et anglais (extensible à d’autres langues)

• Mise en place d’un export CSV, SHP, GeoJSON paramétrable dans Occtax. #363 et #366

• Ajout d’un message d’erreur si l’utilisateur n’a pas de jeu de données ou si il y a eu un problème lors de la récupération des JDD depuis MTD

• Prise en compte du CRUVED au niveau des routes et du front pour adapter les contenus et fonctionnalités aux droits de l’utilisateur

• Mise en place des triggers alimentant la synthèse à partir des données saisies et modifiées dans Occtax

Synthèse

Module permettant de rechercher parmi les données des différentes sources présentes ou intégrées dans la base de données de GeoNature

• Mise en place du backend, de l’API et du frontend #345

• Interface de consultation, de recherche et d’export dans la Synthèse

• Synthèse : Calcul automatique (trigger) des zonages de chaque observation (communes, zonages réglementaires et naturels)

• Recherche sur les zonages générique et paramétrable

• Recherche par taxon, liste de taxons, par rang, groupe, liste rouge, milieu, attribut taxonomique, nomenclature, date, période, commune, zonage, cadre d’acquisition, jeu de données, observateur, polygone, rectange ou cercle dessiné

• Retour à la fiche source possible si l’observation a été saisie dans un module de GeoNature

• Affichage de la fiche détail de chaque observation

• Attributs TaxHub dynamiques et paramétrables

• Configuration possible du module (colonnes, limites de recherche et d’export, zoom, export…)

• Export basé sur une vue (observations et statuts)

• Prise en compte du CRUVED pour définir les données à afficher et à exporter #412

• Recherche de taxons : Liste basée sur une table alimentée automatiquement par les taxons présents au moins une fois dans la Synthèse

Export

Module permettant de proposer des exports basés sur des vues

• Mise en place temporaire d’un export unique, basé sur une vue s’appuyant sur les données de Occtax, par jeu de données

• A remplacer par le module générique https://github.com/PnX-SI/gn_module_export (en cours de développement) permettant de générer des exports à volonté en créant des vues et en les affectant à des utilisateurs ou des groupes. Chaque export sera accompagné de son API standardisée et documentée

Admin

Module d’administration des tables centrales de GeoNature

• Mise en place d’un module (incomplet) permettant de gérer les métadonnées et les nomenclatures

Gestion des droits

• Mise en place d’un système baptisé CRUVED permettant de définir globalement ou par module 6 actions sont possibles (Create / Read / Update / Validate / Export / Delete) sur 3 portées possibles (Mes données / Les données de mon organisme / Toutes les données)

• Ces évolutions ont été intégrées au niveau du schéma utilisateurs de la base de données de UsersHub, de son module (https://github.com/PnX-SI/UsersHub-authentification-module), des routes de l’API GeoNature et des interfaces

Bases de données

• Développement d’un module et d’une API générique et autonome pour la gestion des nomenclatures (https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module). Il permet d’avoir un mécanisme générique de centralisation des listes de valeurs (nomenclatures) pour ne pas créer des tables pour chaque liste : https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module. Les valeurs de chaque nomenclature s’adaptent en fonction des regnes et groupe 2 INPN des taxons.

• Mise en place de tables de stockage verticales (historique, médias et validation) #339

• Mise en place d’un référentiel géographique avec un schéma dédié (ref_geo), partageable avec d’autres applications comprenant une table des communes, une table générique des zonages, une table pour le MNT et des fonctions pour intersecter point/ligne/polygones avec les zonages et le MNT (#228)

• Evolution du schéma utilisateurs de UsersHub pour passer d’une gestion des droits avec 6 niveaux à un mécanisme plus générique, souple et complet. Il permet d’attribuer des actions possibles à un rôle (utilisateur ou groupe), sur une portée; dans une application ou un module. 6 actions sont possibles dans GeoNature : Create / Read / Update / Validate / Export / Delete (aka CRUVED). 3 portées de ces actions sont possibles : Mes données / Les données de mon organisme / Toutes les données.

• Droits CRUVED : La définition du CRUVED d’un rôle (utilisateur ou groupe) sur un module de GeoNature surcouche ses droits GeoNature même si ils sont inférieurs. Si une action du CRUVED n’est pas définie au niveau du module, on prend celle de l’application parente. #292

• Si un rôle a un R du CRUVED à 0 pour un module, alors celui-ci ne lui est pas listé dans le Menu et il ne lui est pas accessible si il en connait l’URL. #360

• Développement des métadonnées dans la BDD (schéma gn_meta) sur la base du standard Métadonnées du SINP (http://standards-sinp.mnhn.fr/category/standards/metadonnees/). Elles permettent de gérer des jeux de données, des cadres d’acquisition, des acteurs (propriétaire, financeur, producteur…) et des protocoles. Chaque relevé est associé à un jeu de données.

• Développement d’un mécanisme de calcul automatique de la sensibilité d’une espèce directement dans la BDD (sur la base des règles nationales et régionales du SINP + locales éventuellement)

• Intégration du calcul automatique de l’identifiant permanent SINP (#209)

• Création du schéma gn_monitoring pour gérer la partie générique des modules de suivi (sites et visites centralisés) et les routes associées

• Mise en place d’un schéma gn_commons dans la BDD qui permet de stocker de manière générique des informations qui peuvent être communes aux autres modules : l’historique des actions sur chaque objet de la BDD, la validation d’une donnée et les médias associés à une donnée. Accompagné de fonctions génériques d’historisation et de validation des données mises en place sur le module Occtax. #339

• Ajout d’une vue matérialisée (gn_synthese.vm_min_max_for_taxons) et d’une fonction (gn_synthese.fct_calculate_min_max_for_taxon) permettant de renvoyer des informations sur les observations existantes d’un taxon (étendue des observations, date min et max, altitude min et max, nombre d’observations) pour orienter la validation et la saisie (https://github.com/PnX-SI/gn_module_validation/issues/5). Désactivée pour le moment.

• Ajout d’un trigger générique pour calculer la géométrie dans la projection locale à partir de la géométrie 4326 (#370)

• Ajout d’un trigger pour calculer automatiquement les zonages des sites de suivi (gn_monitoring.fct_trg_cor_site_area())

• Gestion des conflits de nomenclatures en n’utilisant plus leur id_type ni leur id_nomenclature lors de la création de leur contenu (code_nomenclature) (#384)

• Mise en place d’un schéma gn_imports intégrant des fonctions SQL permettant d’importer un CSV dans la BDD et de mapper des champs de tables importées avec ceux d’une table de GeoNature pour générer le script INSERT INTO

• Début de script de migration GeoNature V1 vers GeoNature V2

• Nombreuses fonctions intégrées dans les schémas de la BDD

Installation

• Scripts d’installation autonome ou globale de GeoNature sur Debian (8 et 9) et Ubuntu (16 et 18)

• Scripts de déploiement spécifiques de DEPOBIO (MTES-MNHN)

Documentation

• Rédaction d’une documentation concernant l’installation (autonome ou globale), l’utilisation, l’administration et le développement : http://docs.geonature.fr

Développement

• Découpage de l’application en backend / API / Frontend

• Multilingue au niveau de l’interface et des listes de valeurs avec français et anglais intégrés mais extensible à d’autres langues (#173)

• Développement de composants Angular génériques pour pouvoir les utiliser dans plusieurs modules sans avoir à les redévelopper ni les dupliquer (composant CARTE, composant RECHERCHE TAXON, composant OBSERVATEURS, composant NOMENCLATURES, SelectSearch, Municipalities, Observers, DynamicForm, MapList…)

• Implémentation de la gestion des droits au niveau de l’API (pour limiter les données affichées à un utilisateur en fonction de ses droits) et au niveau du Frontend (pour afficher ou non certains boutons aux utilisateurs en fonction de leurs droits).

• Par défaut, l’authentification et les utilisateurs sont gérés localement dans UsersHub, mais il est aussi possible de connecter GeoNature directement au CAS de l’INPN, sans UsersHub (cas de l’instance nationale INPN de GeoNature).

• Connexion possible au webservice METADONNEES de l’INPN pour y récupérer les jeux de données en fonction de l’utilisateur connecté, avec mise à jour des JDD à chaque appel de la route

• Mise en place d’un mécanisme standardisé de développement de modules dans GeoNature (#306)

• Ajout de tests unitaires au niveau du backend et du frontend

• Ajout d’un mécanisme de log par email (paramètres MAILERROR)

• Début de création du module de gestion des médias (backend uniquement)

• Mise en place d’une configuration globale et d’une configuration par module

• Fonction d’installation d’un module et de génération des fichiers de configuration

• Gestion de l’installation d’un module qui n’a pas de Frontend dans GeoNature

• Mise en place d’une route générique permettant de requêter dans une vue non mappée

• Mise en place d’un script pour la customisation de la plateforme nationale (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/install_all/configuration_mtes.sh)

Autres modules

• Module Export en cours de développement (https://github.com/PnX-SI/gn_module_export). Chaque export s’appuie sur une vue. Il sera possible aux administrateurs d’une GeoNature d’ajouter autant de vues que nécessaires dans son GeoNature.

• Module de validation des données en cours de développement (https://github.com/PnX-SI/gn_module_validation/issues/4)

• Module Suivi Flore territoire en cours de développement (https://github.com/PnX-SI/gn_module_suivi_flore_territoire)

• Module Suivi Habitat en cours de développement (https://github.com/PnX-SI/gn_module_suivi_habitat_territoire/issues/1)

• gn_module_suivi_chiro refondu pour devenir un module de GeoNature V2 (https://github.com/PnCevennes/gn_module_suivi_chiro)

• Projet suivi utilisé comme Frontend générique et autonome pour le Suivi chiro (https://github.com/PnCevennes/projet_suivis_frontend)

• GeoNature-citizen en cours de développement (https://github.com/PnX-SI/GeoNature-citizen/issues/2)

• GeoNature-mobile en cours de refonte pour compatibilité avec GeoNature V2 (https://github.com/PnEcrins/GeoNature-mobile/issues/19)

• GeoNature-atlas en cours d’ajustements pour compatibilité avec GeoNature V2 (https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/issues/162)

Notes de version

1. Pour les utilisateurs utilisant la version 1 de GeoNature :

Il ne s’agit pas de mettre à jour GeoNature mais d’en installer une nouvelle version. En effet, il s’agit d’une refonte complète.

• Passer à la dernière version 1 de GeoNature (1.9.1)

• Idem pour UsersHub et TaxHub

• Installer GeoNature standalone ou refaire une installation complète

• Adaptez les scripts présents dans /data/migrations/v1tov2 et éxécutez-les

TODO : MAJ depuis V1 à tester et compléter

2. Pour les utilisateurs utilisant la version 2.0.0.beta5 :

• Supprimer le schéma gn_synthese puis le recréer dans sa version RC1 (#430)

• Exécuter l’update de la BDD GeoNature (data/migrations/2.0.0beta5-to-2.0.0rc1.sql) ainsi que celui du sous-module Nomenclature (https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module/blob/1.2.1/data/update1.1.0to1.2.1.sql)

• Suivre la procédure habituelle de mise à jour

• Exécuter les commandes suivantes :

  cd geonature/backend
  source venv/bin/activate
  geonature generate_frontend_modules_route
  geonature frontend_build
  

2.0.0.beta5 (2018-07-16)

Nouveautés

• Ajout d’un message d’erreur si l’utilisateur n’a pas de JDD ou si il y a eu un problème lors de la récupération des JDD de MTD

• Ajout d’une vue matérialisée (gn_synthese.vm_min_max_for_taxons) et d’une fonction (gn_synthese.fct_calculate_min_max_for_taxon) permettant de renvoyer des informations sur les observations existantes d’un taxon (étendue des observations, date min et max, altitude min et max, nombre d’observations) pour orienter la validation et la saisie (https://github.com/PnX-SI/gn_module_validation/issues/5)

• L’export OccTax est désormais basé sur une vue qu’il est possible d’adapter

• Ajouts de nouveaux tests automatisés du code et mise en place de Travis pour les lancer automatiquement à chaque commit (https://travis-ci.org/PnX-SI/GeoNature)

• Ajout de données test

• Mise à jour des scripts de déploiement spécifiques de DEPOBIO (MTES)

• Déplacement de la table centrale de gestion des paramètres t_parameters dans le schéma gn_commons (#376)

• Ajout d’un trigger générique pour calculer la géométrie dans la projection locale à partir de la géométrie 4326 (#370)

• Regroupement des fichiers liés à l’installation et la mise à jour dans un répertoire dédié (install) (#383)

• Mise en place de scripts de migration global de la BDD (data/migrations/2.0.0beta4to2.00beta5.sql) et du schéma pr_occtax (contrib/occtax/data/migration_2.0.0.beta4to2.0.0.beta5.sql), d’un script générique de migration de l’application (install/migration/migration.sh) et d’une doc de mise à jour (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/docs/installation-standalone.rst#mise-à-jour-de-lapplication)

• Réintégration des fichiers de configuration, de logs et des modules externes dans les répertoires de l’application (#375)

• Ajout de routes à gn_monitoring

• Ajout d’un trigger pour calculer automatiquement les zonages des sites de suivi (gn_monitoring.fct_trg_cor_site_area())

• Améliorations et documentation des commandes d’installation d’un module

• Ajout des unités géographiques dans le schéma ref_geo

• Ajout d’un bouton Annuler dans le formulaire Occtax

• Gestion des conflits de nomenclatures en n’utilisant plus leur id_type ni leur id_nomenclature (#384)

• Migration du SQL de ref_nomenclautres dans le dépôt du sous-module (https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module)

• Début de mise en place d’un backoffice (métadonnées et nomenclatures)

Corrections

• OccTax : Correction du double post

• OccTax : Correction des droits dans les JDD

• OccTax : Correction de l’affichage des observers_txt dans la fiche d’un relevé

• Correction de la gestion générique des médias

• Suppression du lien entre ref_geo et ref_nomenclatures (#374)

• Compléments et relecture de la documentation

• Correction

Notes de version

Si vous mettez à jour votre GeoNature depuis une Beta4 :

• Téléchargez la beta5 et renommer les répertoires :

  cd /home/myuser
  wget https://github.com/PnX-SI/GeoNature/archive/geonature2beta.zip
  unzip geonature2beta.zip
  mv /home/<mon_user>/geonature/ /home/<mon_user>/geonature_old/
  mv GeoNature-geonature2beta /home/<mon_user>/geonature/
  

• Exécutez le script de migration install/migration/beta4tobeta5.sh depuis la racine de votre GeoNature :

  cd geonature
  ./install/migration/beta4tobeta5.sh
  

Celui-ci va récupérer vos fichiers de configuration, déplacer les modules et appliquer les changements de la BDD.

• Si vous avez développé des modules externes, voir https://github.com/PnX-SI/GeoNature/issues/375, en ajoutant un lien symbolique depuis le répertoire external_modules et en réintégrant la configuration du module dans son répertoire config

2.0.0.beta4 (2018-05-25)

Nouveautés

• Synthèse : début de mise en place du backend, de l’API et du frontend #345

• Complément de la nomenclature des Méthodes de détermination et suppression du champs Complement_Determination. Merci @DonovanMaillard. #341

• Nouveaux composants Angular (SelectSearch, Municipalities, Observers)

• Amélioration de composants Angular (Date du jour par défaut, Option de tri des nomenclatures, DynamicForm

• Connexion à MTD INPN : Mise à jour des JDD à chaque appel de la route

• Finalisation du renommage de Contact en OccTax (BDD, API, backend)

• Droits CRUVED : La définition du CRUVED d’un rôle (utilisateur ou groupe) sur un module de GeoNature surcouche ses droits GeoNature même si ils sont inférieurs. Si une action du CRUVED n’est pas définie au niveau du module, on prend celle de l’application parente. #292

• Si un rôle a un R du CRUVED à 0 pour un module, alors celui-ci ne lui est pas listé dans le Menu et il ne lui ai pas accessible si il en connait l’URL. #360

• Mise en place d’un schéma gn_commons dans la BDD qui permet de stocker de manière générique des informations qui peuvent être communes aux autres modules : l’historique des actions sur chaque objet de la BDD, la validation d’une donnée et les médias associés à une donnée. Accompagné de fonctions génériques d’historisation et de validation des données mises en place sur le module Occtax. #339

• Amélioration de l’ergonomie du MapList de OccTax. #361

• Mise en place d’un export CSV, SHP, GeoJSON paramétrable dans OccTax. #363 et #366

• Amélioration du module générique gn_monitoring et de ses sous-modules https://github.com/PnCevennes/gn_module_suivi_chiro et https://github.com/PnCevennes/projet_suivis_frontend

• Amélioration et compléments des scripts d’installation

• Mise en place d’un script pour la customisation de la plateforme nationale (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/install_all/configuration_mtes.sh)

Documentation

• Complément des différentes documentations

• Ajout d’une documentation d’administration d’OccTax (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/docs/admin-manual.rst#module-occtax)

2.0.0.beta3 (2018-03-28)

Nouveautés

• Travail sur le module générique de Suivi intégré à GeoNature (gn_monitoring). Gestion des fichiers de configuration

• Gestion de l’installation d’un module qui n’a pas de Frontend dans GeoNature

• Mise en place de tests automatiques au niveau du Frontend

• Ménage et réorganisation du code du Frontend

• Factorisation et harmonisation des composants génériques Angular

• Suppression des blocs non fonctionnels sur la Home

• Mise à jour de la doc et du MCD

• Possibilité de masquer ou afficher les différents champs dans le formulaire Occtax (#344)

• Ajout des nomenclatures dans les filtres d’OccTax à partir du nouveau composant dynamicForm qui permet de créer dynamiquement un formulaire en déclarant les champs (#318)

• Amélioration du composant de recherche d’un taxon en ne recherchant que sur les débuts de mot et en affichant en premier les noms de référence (ordrer_by cd_nom=cd_ref DESC) - #334

• Mise en place d’une route générique permettant de requêter dans une vue non mappée

• Suppression des options vides dans les listes déroulantes des nomenclatures

• Ajout de quelques paramètres (niveau de zoom mini dans chaque module, ID de la liste des taxons saisissables dans Occtax…)

Corrections

• Correction de la pagination du composant MapList

• Correction des droits attribués automatiquement quand on se connecte avec le CAS

• Correction de l’installation optionnelle de UsersHub dans le script install_all.sh

Modules annexes

• Début de refonte du module Suivi chiro (https://github.com/PnCevennes/gn_module_suivi_chiro) connecté au module générique de suivi de GeoNature, dont le front sera externe à GeoNature (https://github.com/PnCevennes/projet_suivi)

• Maquettage et avancée sur le module Validation (https://github.com/PnX-SI/gn_module_validation)

• Définition du module Suivi Habitat Territoire (https://github.com/PnX-SI/gn_module_suivi_habitat_territoire)

• Piste de définition du module Interopérabilité (https://github.com/PnX-SI/gn_module_interoperabilite)

2.0.0.beta2 (2018-03-16)

Nouveautés

• Compléments de la documentation (schéma architecture, administration, installation, développement, FAQ…)

• Amélioration de l’ergonomie du module OccTax (composant MapList, filtres, colonnes et formulaires) et du module Exports

• Amélioration du composant de recherche d’un taxon (#324)

• Amélioration et optimisation de la sérialisation des données

• Ajout de tests unitaires au niveau du backend

• Ajout d’un mécanisme de log par email (paramètres MAILERROR)

• Migration du module occtax dans le répertoire /contrib pour homogénéiser les modules

• Création du schéma gn_monitoring pour gérer la partie générique des modules de suivi (sites et visites centralisés)

• Début de création du module générique des protocoles de suivi

• Début de création du module de gestion des médias

Corrections

• Corrections de l’installation globale et autonome

• Renommage Contact en OccTax (en cours)

• Nettoyage du schéma des métadonnées (gn_meta)

2.0.0.beta1 (2018-02-16)

La version 2 de GeoNature est une refonte complète de l’application.

• Refonte technologique en migrant de PHP/Symfony/ExtJS/Openlayers à Python3/Flask/Angular4/Leaflet

• Refonte de l’architecture du code pour rendre GeoNature plus générique et modulaire

• Refonte de la base de données pour la rendre plus standarde, plus générique et modulaire

• Refonte ergonomique pour moderniser l’application

Présentation et suivi du projet : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/issues/168

Nouveautés

• Refonte de la base de données du module Contact, renommé en OccTax, s’appuyant sur le standard Occurrence de taxons du SINP (#183)

• Développement du module OccTax regroupant les contacts Faune, Flore, Fonge et Mortalité (avec formulaire de consultation et de saisie des données)

• Développement d’un module et d’une API générique et autonome pour la gestion des nomenclatures (https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module). Il permet d’avoir un mécanisme générique de centralisation des listes de valeurs (nomenclatures) pour ne pas créer des tables pour chaque liste : https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module. Les valeurs de chaque nomenclature s’adaptent en fonction des regnes et groupe 2 INPN des taxons.

• Découpage de l’application en backend / API / Frontend

• Multilingue au niveau de l’interface et des listes de valeurs avec français et anglais intégrés mais extensible à d’autres langues (#173)

• Développement de composants génériques pour pouvoir les utiliser dans plusieurs modules sans avoir à les redévelopper ni les dupliquer (composant CARTE, composant RECHERCHE TAXON, composant OBSERVATEURS, composant NOMENCLATURES…)

• Mise en place d’un référentiel géographique avec un schéma dédié (ref_geo), partageable avec d’autres applications comprenant une table des communes, une table générique des zonages, une table pour le MNT et des fonctions pour intersecter point/ligne/polygones avec les zonages et le MNT (#228)

• Evolution du schéma utilisateurs de UsersHub pour passer d’une gestion des droits avec 6 niveaux à un mécanisme plus générique, souple et complet. Il permet d’attribuer des actions possibles à un rôle (utilisateur ou groupe), sur une portée; dans une application ou un module. 6 actions sont possibles dans GeoNature : Create / Read / Update / Validate / Export / Delete (aka CRUVED). 3 portées de ces actions sont possibles : Mes données / Les données de mon organisme / Toutes les données.

• Implémentation de la gestion des droits au niveau de l’API (pour limiter les données affichées à un utilisateur en fonction de ses droits) et au niveau du Frontend (pour afficher ou non certains boutons aux utilisateurs en fonction de leurs droits).

• Par défaut, l’authentification et les utilisateurs sont gérés localement dans UsersHub, mais il est aussi possible de connecter GeoNature au CAS de l’INPN, sans utiliser GeoNature (utilisé pour l’instance nationale INPN de GeoNature). GeoNature peut aussi se connecter au webservice METADONNEES de l’INPN pour y récupérer les jeux de données en fonction de l’utilisateur connecté.

• Mise en place d’un module d’export. Chaque export s’appuie sur une vue. Il sera possible à chaque administrateur d’ajouter autant de vues que nécessaires dans son GeoNature. Pour le moment, un export au format SINP Occurrence de taxons a été intégré par défaut.

• Développement des métadonnées dans la BDD (schema gn_meta) sur la base du standard Métadonnées du SINP (http://standards-sinp.mnhn.fr/category/standards/metadonnees/). Elles permettent de gérer des jeux de données, des cadres d’acquisition, des acteurs (propriétaire, financeur, producteur…) et des protocoles. Chaque relevé est associé à un jeu de données.

• Développement d’un mécanisme de calcul automatique de la sensibilité d’une espèce directement dans la BDD (sur la base des règles nationales et régionales du SINP + locales éventuellement)

• Intégration du calcul automatique de l’identifiant permanent SINP (#209)

• Mise en place d’un mécanisme standardisé de développement de modules dans GeoNature (#306)

• Scripts d’installation autonome ou globale de GeoNature sur Debian 8 et 9

Documentation

• Installation globale de GeoNature (avec TaxHub et UsersHub) / https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/docs/installation-all.rst

• Installation autonome de GeoNature / https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/docs/installation-standalone.rst

• Manuel utilisateur / https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/docs/user-manual.rst

• Manuel administrateur / https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/docs/admin-manual.rst

• Développement (API, modules et composants) / https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/docs/development.rst

Documentation complète disponible sur http://geonature.fr/docs/2-0-0-beta1

A venir

• Finalisation MCD du module Synthèse

• Triggers d’alimentation automatique de la Synthèse depuis le module OccTax

• Développement de l’interface du module Synthèse

• Amélioration et généricité du module OccTax (médias, import GPX, champs masquables et pseudo-champs)

• Généricité du module d’export

• Développement du module de validation (#181)

• Développement d’un module de suivi des habitats avec une gestion générique des sites et visites de suivi

• Développement d’un module de collecte citoyenne (#242)

Versions 1 (2014-2018)

Pour consulter les notes des versions 1 de GeoNature, elles sont disponibles dans la branche dédiée : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/v1/docs/changelog.rst