MANUEL UTILISATEUR
Authentification
Accéder à l’application de démonstration à l’adresse http://demo.geonature.fr/geonature.
Connectez-vous avec l’utilisateur admin et le mot de passe admin.
Accueil
Vous accédez alors à la page d’accueil de l’application GeoNature.
Le Menu de navigation à gauche permet d’accéder aux différents modules de l’application.
Le bouton à gauche du nom de la page permet de rabattre ou d’ouvrir le Menu de navigation.
Un bouton en haut à droite permet de se déconnecter de l’application.
OccTax
Ce module permet de saisir des données selon le standard Occurrence de taxon du SINP (https://inpn.mnhn.fr/telechargement/standard-occurrence-taxon).
Les données sont organisées en relevés (localisation, jeu de données, date, observateur…) qui sont composés d’observations d’un ou plusieurs taxons (méthode, état, statut, détermination…).
Pour chaque taxon observé, il est possible de renseigner un ou plusieurs dénombrements.
Chaque dénombrement correspond à un stade de vie et un sexe.
Chaque relevé est associé à un jeu de données. Pour saisir dans un jeu de données, il faut donc que vous ayez créé au préalable les jeux de données dans l’application Métadonnées (MTD) du SINP.
Quand on accède au module OccTax, celui-ci affiche vos données présentes dans le module, sur la carte ainsi que dans une liste.
La carte et la liste sont interactives.
Il est possible de se déplacer et de zoomer dans la carte (avec la souris et la molette ou les bouton + et -).
Il est aussi possible de changer le fond de carte affiché.
Les relevés affichés peuvent être filtrés.
Le premier filtre permet de limiter les relevés à ceux contenant un taxon en particulier.
Pour sélectionner un taxon, saisir au moins 3 lettres de l’espèce (en français ou en latin).
Il est aussi possible de saisir les premières lettres de l’espèce et de la sous-espèce.
Il est possible de filtrer la liste des taxons par règne, en affichant le filtre :
Il est possible d’afficher des filtres complémentaires, et de supprimer les filtres existants :
Cela permet de filtrer sur tous les champs du module :
Selon les droits dont vous disposez, il est possible d’afficher, de modifier ou de supprimer un relevé :
Sur la liste, il est également possible de modifier les colonnes affichées :
Afficher un relevé
Si vous affichez un relevé, vous accéderez à sa fiche complète :
Si vous cliquez sur un des taxons observés dans ce relevé, cela affichera le détail de l’observation du taxon :
Vous pouvez aussi consulter les dénombrements du taxon observé :
Il est aussi possible d’afficher les informations géographiques liées au relevé :
Selon les droits dont vous disposez, il est possible de modifier un relevé directement depuis sa fiche Détail :
Ajouter un relevé
Depuis la liste des relevés, cliquer sur le bouton de création d’un relevé :
Vous accédez alors à un formulaire de saisie à compléter :
Commencez par localiser le relevé, sous forme de point (en cliquant sur la carte ou en saisissant les coordonnées GPS du point) :
De ligne (en recliquant sur le dernier point de la ligne pour la terminer) :
Ou de polygone (en recliquant sur le premier point du polygone pour le terminer) :
Les localisations peuvent être modifiées.
Pour les points, il suffit de les déplacer ou de recliquer ailleurs sur la carte.
Pour les lignes et les polygones, il faut cliquer sur le bouton de modification.
Vous pouvez alors déplacer les sommets existants ou en créer de nouveaux pour affiner le tracé en cliquant sur les sommets transparents.
Cliquer sur SAVE pour enregistrer les modifications apportées à une ligne ou un polygone.
Les altitudes minimum et maximum du relevé sont calculées automatiquement mais peuvent être modifiées manuellement.
Les informations géographiques du relevé (communes notamment) sont aussi calculées automatiquement.
Pour les afficher, il faut cliquer sur le bouton d’information :
Une fois les informations du relevé renseignées (observateurs, jeu de données, date et commentaire optionnel),
vous pouvez ajouter un premier taxon à celui-ci en cliquant sur Ajouter un taxon sur ce relevé :
Par défaut l’ensemble des taxons de Taxref sont disponibles à la saisie. Il est possible de resteindre cette liste pour mettre une liste personalisée via les listes TaxHub: - au niveau du module (paramètre id_taxon_list. La paramètre doit être un entier correspondant à l’identifiant de la liste de la table taxonomie.bib_listes ) - au niveau d’un jeu de données (via le formulaire de saisie des JDD, rubriques “spécificités GeoNature”)
Pour sélectionner un taxon, saisissez au moins les 3 premières lettres de son nom latin ou français.
Vous pouvez aussi saisir les 3 premières lettres de l’espèce et de la sous-espèce.
Renseignez ensuite les autres champs relatifs au taxon. Les valeurs proposées dans les listes dépendent du rang et du groupe du taxon selectionné :
Des valeurs par défaut sont renseignées pour certains.
Vous pouvez ensuite renseigner un ou plusieurs dénombrements pour le taxon observé.
Par défaut, un dénombrement indéterminé d’un individu est renseigné :
Une fois le taxon renseigné, cliquer sur VALIDER LE TAXON pour l’enregistrer :
Vous pouvez alors :
Modifier le taxon enregistré
Supprimer le taxon enregistré
Ajouter un autre taxon au relevé
Enregistrer le relevé pour revenir à la liste des relevés.
Pour ajouter un taxon au relevé, il faut cliquer sur Ajouter un taxon sur ce relevé et le renseigner comme le précédent :
Modifier un relevé
Si vous modifiez un relevé existant, vous accédez à sa fiche renseignée, sur laquelle vous pouvez modifier la localisation, les informations du relevé, les taxons observés et leurs dénombrements :
Vous pouvez ajouter un taxon au relevé en cliquant sur Ajouter un taxon sur ce relevé :
Ou modifier une observation existante d’un taxon en le selectionnant dans la liste des taxons déjà enregistrés :
Exports
Une fois que vous avez saisi vos relevés et observations depuis le formulaire, vous pouvez exporter ces données en CSV selon le standard Occurrence de taxon du SINP.
Deux méthodes sont possibles pour exporter les données :
Depuis le module “Occtax”
Depuis la liste de vos relevés de l’interface carte-liste, filtrez d’abord vos relevés par jeu de données (ou autre) et cliquez sur le bouton Rechercher.
Puis cliquez sur le bouton Télécharger les données en bas de la liste des relevés.
Une fenêtre s’ouvre, fournissant des informations sur le téléchargement des données. Selectionnez ensuite le format CSV pour GINCO :
Depuis le module d’export :
Les exports se font par jeu de données.
Vous obtenez alors un CSV par jeu de données.
Pour disposer dans l’export de toutes les informations saisies, une ligne correspond à un dénombrement d’un taxon.
Synthèse
Ce module permet de consulter, rechercher et exporter les données provenant des différentes sources et protocoles avec leur tronc commun, basé sur le standard Occurrences de taxon du SINP (https://inpn.mnhn.fr/telechargement/standard-occurrence-taxon).
Il permet aussi d’afficher la fiche détaillée de chaque occurrence et de revenir à sa fiche source si elle a été saisie dans un module de GeoNature.
Présentation de la synthèse
La page principale de la synthèse est composée de 3 blocs :
Rechercher dans les résultats
Visualiser les résultats sur la carte
Visualiser les résultats en liste
Par défaut, la synthèse affiche les 100 observations les plus récentes. Il est possible d’accéder aux données souhaitées en appliquant un ensemble de filtres.
Détail d’une observation
Il est possible d’accéder au détail d’une observation en cliquant sur le symbole (i) à gauche d’une observation. Le détail d’une observation correspond à l’ensemble des informations contenues dans la synthèse pour cette observation.
Une observation au sens de la synthèse ne correspond pas tout à fait à la donnée saisie initialement. C’est une représentation simplifiée et unifiée des données qui repose sur le standard SINP et qui répond aux questions suivantes :
Où ?
Quand ? : Date et heure de l’observation
Qui ? : Observateur
Quoi ? : Taxon, nombre et type d’individus, état biologique, …
Dans quel cadre ?
Toutes les données de la synthèse sont ramenées au niveau du dénombrement de taxon (exemple : 1 individu mâle adulte de Chevêche). Si une occurrence est constituée de 2 dénombrements, il y aura 2 enregistrements dans la synthèse (exemple : 1 individu mâle adulte et 1 individu femelle indéterminée de Chevêche).
Rechercher des observations
1. Filtrer les données géographiquement :
Il y a 3 façons de filtrer géographiquement les données :
en sélectionnant une commune
en dessinant une zone sur la carte à l’aide des outils de dessin (rectangle, polygone ou cercle)
en important un fichier de la zone
Filtrer par communes :
Dans le panneau filtre :
cliquez sur le champ Communes
saisissez les premières lettre de la commune
sélectionnez la commune souhaitée
Il est possible de sélectionner plusieurs communes.
Dessiner une zone :
Sur la carte, choisir un outil de dessin (rectangle, polygone ou cercle) et réaliser votre selection sur la carte.
Après avoir dessiné une zone, il est nécessaire de cliquer sur le bouton Rechercher.
Importer un fichier :
Il est possible d’importer une/des zone(s) de sélection directement à partir d’un fichier GeoJson.
Vous pouvez préparer ce fichier avec QGIS depuis un fichier SHP ou autre. Le fichier doit être enregistré au format GeoJson (projection 4326).
Sur la couche souhaitée :
Faire un clic droit sur la couche puis sélectionner Exporter > Sauvegarder les entités sous…
- Enregistrer le fichier en sélectionnant les bons paramètres :
Format : GeoJson
SCR : WGS 84 (4326)
Pour des questions de performance il est possible de ne pas exporter les données attributaires
Importer le fichier dans la synthèse GeoNature :
Cliquer sur l’icône ouvrir un fichier
Sélectionner le fichier
La ou les zone(s) apparaissent sur la carte
Lancer la recherche
2. Filtrer les données via la taxonomie
Il est possible de rechercher les données en utilisant des critères taxonomiques, en recherchant soit sur un taxon ou un groupe taxonomique en particulier, soit en se basant sur des critères taxonomiques (statut de protection, attributs)
Recherche simple :
Dans le panneau filtre :
cliquez sur le champ taxon
saisissez les premières lettre du taxon
sélectionnez le taxon souhaité
Il est possible de sélectionner plusieurs taxons.
Recherche avancée :
Dans le panneau filtre dans la section « Quoi ? » cliquer sur Avancé.
Vous pourrez :
Sélectionner un ou des groupes taxonomiques (exemple Chiroptera)
Filtrer sur les listes rouge UICN,…
Filtrer sur des attributs spécifiés dans TaxHub : patrimonialité, enjeu prioritaire, …
3. Autres filtres
Il est également possible de filtrer :
sur une date ou une période donnée
sur un observateur
sur un jeu de données
Admin
C’est le module “backoffice” de GeoNature. Il permet notamment de gérer les permissions (CRUVED et autres filtres), les nomenclatures (typologies et vocabulaires) utilisées dans les différents modules de GeoNature ainsi que les champs additionnels.
Metadonnées
Ce module permet de gérer les métadonnées (Cadres d’acquisition et jeux de données), basées sur le standard Métadonnées du SINP (http://standards-sinp.mnhn.fr/category/standards/metadonnees/).