INSTALLATION GLOBALE¶

Prérequis¶

Ressources minimum serveur :

Un serveur Linux (Debian 10 ou Ubuntu 18 architecture 64-bits) disposant d’au moins de 4 Go RAM et de 20 Go d’espace disque.

Le script global d’installation de GeoNature va aussi se charger d’installer les dépendances nécessaires :

PostgreSQL / PostGIS
Python 3 et dépendances Python nécessaires à l’application
Flask (framework web Python)
Apache
Angular 7, Angular CLI, NodeJS
Librairies javascript (Leaflet, ChartJS)
Librairies CSS (Bootstrap, Material Design)

Configuration serveur¶

GeoNature se sert de flux internet externes durant son installation et son fonctionnement. Le serveur hébergeant l’application doit autoriser les flux externes suivants :

Installation de l’application¶

Ce document décrit une procédure d’installation packagée de GeoNature.

En lançant le script d’installation ci-dessous, l’application GeoNature ainsi que ses dépendances seront installées sur un seul et même serveur au sein d’une seule base de données.

Les applications suivantes seront installées :

GeoNature
TaxHub qui pilote le schéma taxonomie
UsersHub qui pilote le schéma utilisateurs (le paramètre install_usershub_app du fichier de configuration install_all.ini permet de désactiver l’installation de l’application. Il est cependant recommandé d’installer l’application pour disposer d’une interface pour gérer les utilisateurs dans GeoNature)

Si vous disposez déjà de Taxhub ou de UsersHub sur un autre serveur ou une autre base de données et que vous souhaitez installer simplement GeoNature, veuillez suivre la documentation INSTALLATION AUTONOME.

Commencer la procédure en se connectant au serveur en SSH avec l’utilisateur linux root.

Mettre à jour les sources-list (Debian uniquement) :

A l’installation de l’OS, les sources-list (liste des sources à partir desquelles sont téléchargés les paquets) ne sont pas toujours adaptés. Pour Debian 10, les sources-list par défaut sont compatibles et il n’est donc pas nécessaire de les compléter.

nano /etc/apt/sources.list

Coller la liste des dépôts suivants :

Pour Debian 10 :

deb http://deb.debian.org/debian buster main contrib non-free
deb-src http://deb.debian.org/debian buster main contrib non-free

deb http://deb.debian.org/debian-security/ buster/updates main contrib non-free
deb-src http://deb.debian.org/debian-security/ buster/updates main contrib non-free

deb http://deb.debian.org/debian buster-updates main contrib non-free
deb-src http://deb.debian.org/debian buster-updates main contrib non-free

Mettre à jour de la liste des dépôts Linux :

apt-get update
apt-get upgrade

Installer sudo :

apt-get install -y sudo ca-certificates

Créer un utilisateur linux (nommé geonatureadmin dans notre cas) pour ne pas travailler en root :

adduser geonatureadmin

Lui donner ensuite des droits sudo :

adduser geonatureadmin sudo

L’ajouter aussi aux groupes www-data (Seulement si version < 2.0.0-rc4 -> plus nécessaire après passage à UsersHub v2) :

usermod -g www-data geonatureadmin

Configuration de la locale du serveur

Certains serveurs sont livrés sans “locale” (langue par défaut). Pour l’installation de GeoNature, il est nécessaire de bien configurer la locale. Si la commande locale renvoie ceci :

LANG=fr_FR.UTF-8
LANGUAGE=fr_FR.UTF-8
LC_CTYPE="fr_FR.UTF-8"
LC_NUMERIC="fr_FR.UTF-8"
LC_TIME="fr_FR.UTF-8"
LC_COLLATE="fr_FR.UTF-8"
LC_MONETARY="fr_FR.UTF-8"
LC_MESSAGES="fr_FR.UTF-8"
LC_PAPER="fr_FR.UTF-8"
LC_NAME="fr_FR.UTF-8"
LC_ADDRESS="fr_FR.UTF-8"
LC_TELEPHONE="fr_FR.UTF-8"
LC_MEASUREMENT="fr_FR.UTF-8"
LC_IDENTIFICATION="fr_FR.UTF-8"
LC_ALL=fr_FR.UTF-8

Vous pouvez alors passer cette étape de configuration des locales.

Sinon exécuter la commande dpkg-reconfigure locales. Une fenêtre s’affiche dans votre console. Dans la liste déroulante, sélectionnez fr_FR.UTF-8 UTF-8 avec Espace, puis cliquez sur OK. Une 2ème fenêtre s’affiche avec une liste de locale activées (fr_FR.UTF-8 doit être présent dans la liste), confirmez votre choix, en cliquant sur OK, puis attendez que la locale s’installe.

Passer alors sur l’utilisateur geonatureadmin avec la commande su geonatureadmin et exécuter ensuite ces commandes :

export LC_ALL=fr_FR.UTF-8
export LANGUAGE=fr_FR.UTF-8
export LANG=fr_FR.UTF-8

Pour la suite de la documentation et pour l’administration courante de GeoNature, on n’utilisera plus jamais l’utilisateur root (utiliser geonatureadmin dans l’exemple de la documentation; su geonatureadmin pour change d’utilisateur). Si besoin d’exécuter des commandes avec des droits d’administrateur, on les précède de sudo.

Il est d’ailleurs possible de renforcer la sécurité du serveur en bloquant la connexion SSH au serveur avec l’utilisateur root.

Voir https://docs.ovh.com/fr/vps/conseils-securisation-vps/ pour plus d’informations sur le sécurisation du serveur (port SSH, désactiver root, fail2ban, pare-feu, sauvegarde…).

Il est aussi important de configurer l’accès au serveur en HTTPS plutôt qu’en HTTP pour crypter le contenu des échanges entre le navigateur et le serveur (https://docs.ovh.com/fr/hosting/les-certificats-ssl-sur-les-hebergements-web/).

Se placer à la racine du home de l’utilisateur puis récupérer les scripts d’installation (X.Y.Z à remplacer par le numéro de la dernière version stable de GeoNature). Ces scripts installent les applications GeoNature, TaxHub et UsersHub (en option) ainsi que leurs bases de données (uniquement les schémas du coeur) :

cd ~
wget https://raw.githubusercontent.com/PnX-SI/GeoNature/X.Y.Z/install/install_all/install_all.ini
wget https://raw.githubusercontent.com/PnX-SI/GeoNature/X.Y.Z/install/install_all/install_all.sh

Attention : l’installation globale fonctionne uniquement si les scripts sont placés à la racine du home de l’utilisateur courant.

Configurez votre installation en adaptant le fichier install_all.ini :

nano install_all.ini

Renseignez à minima votre utilisateur linux, l’URL (ou IP) de votre serveur (avec un / à la fin) ainsi que l’utilisateur PostgreSQL que vous souhaitez et son mot de passe. Le script se chargera d’installer PostgreSQL et de créer l’utilisateur de base de données que vous avez renseigné.

Pour la définition des numéros de version des dépendances, voir le tableau de compatibilité des versions de GeoNature avec ses dépendances. Il est déconseillé de modifier ces versions, chaque nouvelle version de GeoNature étant fournie avec les versions adaptées de ses dépendances.

Lancer l’installation :

touch install_all.log
chmod +x install_all.sh
./install_all.sh 2>&1 | tee install_all.log

Une fois l’installation terminée, lancez la commande suivante:

exec bash

Les applications sont disponibles aux adresses suivantes :

Vous pouvez vous connecter avec l’utilisateur intégré par défaut (admin/admin).

Note:	Pour en savoir plus TaxHub, sa configuration et son utilisation, reportez-vous à sa documentation : https://taxhub.readthedocs.io. Idem pour UsersHub et sa documentation : https://usershub.readthedocs.io
Note:	GeoNature-atlas : Comme dans la V1, le script `install_all.sh` permettra à terme d’installer automatiquement GeoNature-atlas (en option) Une première version de GeoNature-atlas compatible avec GeoNature V2 est disponible : https://github.com/PnEcrins/GeoNature-atlas Vous pouvez utiliser le schéma `ref_geo` de GeoNature pour votre territoire, les communes et les mailles, si vous les avez intégré dans `ref_geo.l_areas` au préalable.
Note:	Une version expérimentale du calcul automatique de la sensibilité est disponible : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/issues/284

Si vous rencontrez une erreur, se reporter aux fichiers de logs :

Logs de l’installation de la base de données : /home/<MY_USER>/geonature/var/log/install_db.log
Log général de l’installation de l’application : /home/<MY_USER>/install_all.log

Si vous souhaitez que GeoNature soit à la racine du serveur, ou à une autre adresse, editez le fichier de configuration Apache (/etc/apache2/sites-available/geonature.conf) en modifiant l’alias :

Pour /: Alias / /home/test/geonature/frontend/dist
Pour /saisie : Alias /saisie /home/test/geonature/frontend/dist

Note: Par défaut la base de données est accessible uniquement localement par la machine où elle est installée. Pour y accéder depuis une autre machine (pour s’y connecter avec QGIS, pgAdmin ou autre), ouvrez-en les connexions. Voir la documentation https://github.com/PnEcrins/GeoNature-atlas/blob/master/docs/installation.rst#acc%C3%A9der-%C3%A0-votre-bdd. Attention si vous redémarrez PostgreSQL (sudo service postgresql restart), il faut ensuite redémarrer les API GeoNature et TaxHub (sudo supervisorctl reload).

Installation d’un module GeoNature¶

L’installation de GeoNature n’est livrée qu’avec les schémas de base de données et les modules du coeur (NB : le module Occurrence de Taxon - Occtax - est fourni par défaut). Pour ajouter un gn_module externe, il est nécessaire de l’installer :

1. Téléchargez le module depuis son dépôt Github puis dézippez-le.

2. Renseignez l’éventuel fichier config/settings.ini du module.

3. Installez le module. Rendez-vous dans le répertoire backend de GeoNature et activez le virtualenv pour rendre disponible les commandes GeoNature :

source venv/bin/activate

Lancez ensuite la commande geonature install_gn_module <mon_chemin_absolu_vers_le_module> <url_relative_du_module>

Le premier paramètre est l’emplacement absolu du module sur votre serveur et le deuxième est le chemin derrière lequel on accédera au module dans le navigateur.

Exemple pour un module Import :

geonature install_gn_module /home/gn_module_import import

Le module sera disponible à l’adresse http://mon-geonature.fr/geonature/#/validation

L’API du module sera disponible à l’adresse http://mon-geonature.fr/api/import

Cette commande exécute les actions suivantes :

Vérification de la conformité de la structure du module (présence des fichiers et dossiers obligatoires)
Intégration du blueprint du module dans l’API de GeoNature
Vérification de la conformité des paramètres utilisateurs
Génération du routing Angular pour le frontend
Re-build du frontend pour une mise en production

4. Complétez l’éventuelle configuration du module (config/conf_gn_module.toml) à partir des paramètres présents dans config/conf_gn_module.toml.example dont vous pouvez surcoucher les valeurs par défaut. Puis relancez la mise à jour de la configuration (depuis le répertoire geonature/backend et une fois dans le venv (source venv/bin/activate) : geonature update_module_configuration nom_du_module)